github.com/biogo/biogo@v1.0.4/align/matrix/matrices.go (about) 1 // DO NOT EDIT. This file was autogenerated by make.go. 2 3 // Copyright ©2013 The bíogo Authors. All rights reserved. 4 // Use of this source code is governed by a BSD-style 5 // license that can be found in the LICENSE file. 6 7 // Package matrix provides a variety of alignment scoring matrices for sequence alignment. 8 package matrix 9 10 // All alignment scoring matrices are organised to allow direct lookup using alphabets 11 // defined in biogo/alphabet. Gap penalties are set to zero for all matrices and the I/L 12 // single letter amino acid code, "J", is included but not defined for all the protein 13 // scoring matrices. 14 var ( 15 // # 16 // # This matrix was created by Todd Lowe 12/10/92 17 // # 18 // # Probabilities rounded to nearest integer 19 // # 20 // # Lowest score = -4, Highest score = 5 21 // # 22 // A T G C 23 // A 5 -4 -4 -4 24 // T -4 5 -4 -4 25 // G -4 -4 5 -4 26 // C -4 -4 -4 5 27 // 28 NUC_4 = [][]int{ 29 /* - A C G T */ 30 /* - */ {0, 0, 0, 0, 0}, 31 /* A */ {0, 5, -4, -4, -4}, 32 /* C */ {0, -4, 5, -4, -4}, 33 /* G */ {0, -4, -4, 5, -4}, 34 /* T */ {0, -4, -4, -4, 5}, 35 } 36 37 // # 38 // # This matrix was created by Todd Lowe 12/10/92 39 // # 40 // # Uses ambiguous nucleotide codes, probabilities rounded to 41 // # nearest integer 42 // # 43 // # Lowest score = -4, Highest score = 5 44 // # 45 // A T G C S W R Y K M B V H D N 46 // A 5 -4 -4 -4 -4 1 1 -4 -4 1 -4 -1 -1 -1 -2 47 // T -4 5 -4 -4 -4 1 -4 1 1 -4 -1 -4 -1 -1 -2 48 // G -4 -4 5 -4 1 -4 1 -4 1 -4 -1 -1 -4 -1 -2 49 // C -4 -4 -4 5 1 -4 -4 1 -4 1 -1 -1 -1 -4 -2 50 // S -4 -4 1 1 -1 -4 -2 -2 -2 -2 -1 -1 -3 -3 -1 51 // W 1 1 -4 -4 -4 -1 -2 -2 -2 -2 -3 -3 -1 -1 -1 52 // R 1 -4 1 -4 -2 -2 -1 -4 -2 -2 -3 -1 -3 -1 -1 53 // Y -4 1 -4 1 -2 -2 -4 -1 -2 -2 -1 -3 -1 -3 -1 54 // K -4 1 1 -4 -2 -2 -2 -2 -1 -4 -1 -3 -3 -1 -1 55 // M 1 -4 -4 1 -2 -2 -2 -2 -4 -1 -3 -1 -1 -3 -1 56 // B -4 -1 -1 -1 -1 -3 -3 -1 -1 -3 -1 -2 -2 -2 -1 57 // V -1 -4 -1 -1 -1 -3 -1 -3 -3 -1 -2 -1 -2 -2 -1 58 // H -1 -1 -4 -1 -3 -1 -3 -1 -3 -1 -2 -2 -1 -2 -1 59 // D -1 -1 -1 -4 -3 -1 -1 -3 -1 -3 -2 -2 -2 -1 -1 60 // N -2 -2 -2 -2 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 61 // 62 NUC_4_4 = [][]int{ 63 /* - A C M G R S V T W Y H K D B N */ 64 /* - */ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, 65 /* A */ {0, 5, -4, 1, -4, 1, -4, -1, -4, 1, -4, -1, -4, -1, -4, -2}, 66 /* C */ {0, -4, 5, 1, -4, -4, 1, -1, -4, -4, 1, -1, -4, -4, -1, -2}, 67 /* M */ {0, 1, 1, -1, -4, -2, -2, -1, -4, -2, -2, -1, -4, -3, -3, -1}, 68 /* G */ {0, -4, -4, -4, 5, 1, 1, -1, -4, -4, -4, -4, 1, -1, -1, -2}, 69 /* R */ {0, 1, -4, -2, 1, -1, -2, -1, -4, -2, -4, -3, -2, -1, -3, -1}, 70 /* S */ {0, -4, 1, -2, 1, -2, -1, -1, -4, -4, -2, -3, -2, -3, -1, -1}, 71 /* V */ {0, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -4, -3, -3, -2, -3, -2, -2, -1}, 72 /* T */ {0, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, 5, 1, 1, -1, 1, -1, -1, -2}, 73 /* W */ {0, 1, -4, -2, -4, -2, -4, -3, 1, -1, -2, -1, -2, -1, -3, -1}, 74 /* Y */ {0, -4, 1, -2, -4, -4, -2, -3, 1, -2, -1, -1, -2, -3, -1, -1}, 75 /* H */ {0, -1, -1, -1, -4, -3, -3, -2, -1, -1, -1, -1, -3, -2, -2, -1}, 76 /* K */ {0, -4, -4, -4, 1, -2, -2, -3, 1, -2, -2, -3, -1, -1, -1, -1}, 77 /* D */ {0, -1, -4, -3, -1, -1, -3, -2, -1, -1, -3, -2, -1, -1, -2, -1}, 78 /* B */ {0, -4, -1, -3, -1, -3, -1, -2, -1, -3, -1, -2, -1, -2, -1, -1}, 79 /* N */ {0, -2, -2, -1, -2, -1, -1, -1, -2, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1}, 80 } 81 82 // #Date: Wed, 18 Sep 91 17:36:51 EDT 83 // #From: altschul@ray.nlm.nih.gov (Stephen Altschul) 84 // #To: gish@ray.nlm.nih.gov 85 // #Subject: Vanilla-flavored PAM-250 86 // # 87 // # substitution scores for B, Z, X, and * were obtained with "pam" version 1.0.5 88 // # 89 // A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V B Z X * 90 // A 2 -2 0 0 -2 0 0 1 -1 -1 -2 -1 -1 -4 1 1 1 -6 -3 0 0 0 0 -8 91 // R -2 6 0 -1 -4 1 -1 -3 2 -2 -3 3 0 -4 0 0 -1 2 -4 -2 -1 0 -1 -8 92 // N 0 0 2 2 -4 1 1 0 2 -2 -3 1 -2 -4 -1 1 0 -4 -2 -2 2 1 0 -8 93 // D 0 -1 2 4 -5 2 3 1 1 -2 -4 0 -3 -6 -1 0 0 -7 -4 -2 3 3 -1 -8 94 // C -2 -4 -4 -5 12 -5 -5 -3 -3 -2 -6 -5 -5 -4 -3 0 -2 -8 0 -2 -4 -5 -3 -8 95 // Q 0 1 1 2 -5 4 2 -1 3 -2 -2 1 -1 -5 0 -1 -1 -5 -4 -2 1 3 -1 -8 96 // E 0 -1 1 3 -5 2 4 0 1 -2 -3 0 -2 -5 -1 0 0 -7 -4 -2 3 3 -1 -8 97 // G 1 -3 0 1 -3 -1 0 5 -2 -3 -4 -2 -3 -5 -1 1 0 -7 -5 -1 0 0 -1 -8 98 // H -1 2 2 1 -3 3 1 -2 6 -2 -2 0 -2 -2 0 -1 -1 -3 0 -2 1 2 -1 -8 99 // I -1 -2 -2 -2 -2 -2 -2 -3 -2 5 2 -2 2 1 -2 -1 0 -5 -1 4 -2 -2 -1 -8 100 // L -2 -3 -3 -4 -6 -2 -3 -4 -2 2 6 -3 4 2 -3 -3 -2 -2 -1 2 -3 -3 -1 -8 101 // K -1 3 1 0 -5 1 0 -2 0 -2 -3 5 0 -5 -1 0 0 -3 -4 -2 1 0 -1 -8 102 // M -1 0 -2 -3 -5 -1 -2 -3 -2 2 4 0 6 0 -2 -2 -1 -4 -2 2 -2 -2 -1 -8 103 // F -4 -4 -4 -6 -4 -5 -5 -5 -2 1 2 -5 0 9 -5 -3 -3 0 7 -1 -4 -5 -2 -8 104 // P 1 0 -1 -1 -3 0 -1 -1 0 -2 -3 -1 -2 -5 6 1 0 -6 -5 -1 -1 0 -1 -8 105 // S 1 0 1 0 0 -1 0 1 -1 -1 -3 0 -2 -3 1 2 1 -2 -3 -1 0 0 0 -8 106 // T 1 -1 0 0 -2 -1 0 0 -1 0 -2 0 -1 -3 0 1 3 -5 -3 0 0 -1 0 -8 107 // W -6 2 -4 -7 -8 -5 -7 -7 -3 -5 -2 -3 -4 0 -6 -2 -5 17 0 -6 -5 -6 -4 -8 108 // Y -3 -4 -2 -4 0 -4 -4 -5 0 -1 -1 -4 -2 7 -5 -3 -3 0 10 -2 -3 -4 -2 -8 109 // V 0 -2 -2 -2 -2 -2 -2 -1 -2 4 2 -2 2 -1 -1 -1 0 -6 -2 4 -2 -2 -1 -8 110 // B 0 -1 2 3 -4 1 3 0 1 -2 -3 1 -2 -4 -1 0 0 -5 -3 -2 3 2 -1 -8 111 // Z 0 0 1 3 -5 3 3 0 2 -2 -3 0 -2 -5 0 0 -1 -6 -4 -2 2 3 -1 -8 112 // X 0 -1 0 -1 -3 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -2 -1 0 0 -4 -2 -1 -1 -1 -1 -8 113 // * -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 1 114 // 115 DAYHOFF = [][]int{ 116 /* - A B C D E F G H I J K L M N P Q R S T V W X Y Z * */ 117 /* - */ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, 118 /* A */ {0, 2, 0, -2, 0, 0, -4, 1, -1, -1, 0, -1, -2, -1, 0, 1, 0, -2, 1, 1, 0, -6, 0, -3, 0, -8}, 119 /* B */ {0, 0, 3, -4, 3, 3, -4, 0, 1, -2, 0, 1, -3, -2, 2, -1, 1, -1, 0, 0, -2, -5, -1, -3, 2, -8}, 120 /* C */ {0, -2, -4, 12, -5, -5, -4, -3, -3, -2, 0, -5, -6, -5, -4, -3, -5, -4, 0, -2, -2, -8, -3, 0, -5, -8}, 121 /* D */ {0, 0, 3, -5, 4, 3, -6, 1, 1, -2, 0, 0, -4, -3, 2, -1, 2, -1, 0, 0, -2, -7, -1, -4, 3, -8}, 122 /* E */ {0, 0, 3, -5, 3, 4, -5, 0, 1, -2, 0, 0, -3, -2, 1, -1, 2, -1, 0, 0, -2, -7, -1, -4, 3, -8}, 123 /* F */ {0, -4, -4, -4, -6, -5, 9, -5, -2, 1, 0, -5, 2, 0, -4, -5, -5, -4, -3, -3, -1, 0, -2, 7, -5, -8}, 124 /* G */ {0, 1, 0, -3, 1, 0, -5, 5, -2, -3, 0, -2, -4, -3, 0, -1, -1, -3, 1, 0, -1, -7, -1, -5, 0, -8}, 125 /* H */ {0, -1, 1, -3, 1, 1, -2, -2, 6, -2, 0, 0, -2, -2, 2, 0, 3, 2, -1, -1, -2, -3, -1, 0, 2, -8}, 126 /* I */ {0, -1, -2, -2, -2, -2, 1, -3, -2, 5, 0, -2, 2, 2, -2, -2, -2, -2, -1, 0, 4, -5, -1, -1, -2, -8}, 127 /* J */ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, 128 /* K */ {0, -1, 1, -5, 0, 0, -5, -2, 0, -2, 0, 5, -3, 0, 1, -1, 1, 3, 0, 0, -2, -3, -1, -4, 0, -8}, 129 /* L */ {0, -2, -3, -6, -4, -3, 2, -4, -2, 2, 0, -3, 6, 4, -3, -3, -2, -3, -3, -2, 2, -2, -1, -1, -3, -8}, 130 /* M */ {0, -1, -2, -5, -3, -2, 0, -3, -2, 2, 0, 0, 4, 6, -2, -2, -1, 0, -2, -1, 2, -4, -1, -2, -2, -8}, 131 /* N */ {0, 0, 2, -4, 2, 1, -4, 0, 2, -2, 0, 1, -3, -2, 2, -1, 1, 0, 1, 0, -2, -4, 0, -2, 1, -8}, 132 /* P */ {0, 1, -1, -3, -1, -1, -5, -1, 0, -2, 0, -1, -3, -2, -1, 6, 0, 0, 1, 0, -1, -6, -1, -5, 0, -8}, 133 /* Q */ {0, 0, 1, -5, 2, 2, -5, -1, 3, -2, 0, 1, -2, -1, 1, 0, 4, 1, -1, -1, -2, -5, -1, -4, 3, -8}, 134 /* R */ {0, -2, -1, -4, -1, -1, -4, -3, 2, -2, 0, 3, -3, 0, 0, 0, 1, 6, 0, -1, -2, 2, -1, -4, 0, -8}, 135 /* S */ {0, 1, 0, 0, 0, 0, -3, 1, -1, -1, 0, 0, -3, -2, 1, 1, -1, 0, 2, 1, -1, -2, 0, -3, 0, -8}, 136 /* T */ {0, 1, 0, -2, 0, 0, -3, 0, -1, 0, 0, 0, -2, -1, 0, 0, -1, -1, 1, 3, 0, -5, 0, -3, -1, -8}, 137 /* V */ {0, 0, -2, -2, -2, -2, -1, -1, -2, 4, 0, -2, 2, 2, -2, -1, -2, -2, -1, 0, 4, -6, -1, -2, -2, -8}, 138 /* W */ {0, -6, -5, -8, -7, -7, 0, -7, -3, -5, 0, -3, -2, -4, -4, -6, -5, 2, -2, -5, -6, 17, -4, 0, -6, -8}, 139 /* X */ {0, 0, -1, -3, -1, -1, -2, -1, -1, -1, 0, -1, -1, -1, 0, -1, -1, -1, 0, 0, -1, -4, -1, -2, -1, -8}, 140 /* Y */ {0, -3, -3, 0, -4, -4, 7, -5, 0, -1, 0, -4, -1, -2, -2, -5, -4, -4, -3, -3, -2, 0, -2, 10, -4, -8}, 141 /* Z */ {0, 0, 2, -5, 3, 3, -5, 0, 2, -2, 0, 0, -3, -2, 1, 0, 3, 0, 0, -1, -2, -6, -1, -4, 3, -8}, 142 /* * */ {0, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, 0, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, 1}, 143 } 144 145 // # PAM 250 matrix recommended by Gonnet, Cohen & Benner 146 // # Science June 5, 1992. 147 // # Values rounded to nearest integer 148 // C S T P A G N D E Q H R K M I L V F Y W X * 149 // C 12 0 0 -3 0 -2 -2 -3 -3 -2 -1 -2 -3 -1 -1 -2 0 -1 0 -1 -3 -8 150 // S 0 2 2 0 1 0 1 0 0 0 0 0 0 -1 -2 -2 -1 -3 -2 -3 0 -8 151 // T 0 2 2 0 1 -1 0 0 0 0 0 0 0 -1 -1 -1 0 -2 -2 -4 0 -8 152 // P -3 0 0 8 0 -2 -1 -1 0 0 -1 -1 -1 -2 -3 -2 -2 -4 -3 -5 -1 -8 153 // A 0 1 1 0 2 0 0 0 0 0 -1 -1 0 -1 -1 -1 0 -2 -2 -4 0 -8 154 // G -2 0 -1 -2 0 7 0 0 -1 -1 -1 -1 -1 -4 -4 -4 -3 -5 -4 -4 -1 -8 155 // N -2 1 0 -1 0 0 4 2 1 1 1 0 1 -2 -3 -3 -2 -3 -1 -4 0 -8 156 // D -3 0 0 -1 0 0 2 5 3 1 0 0 0 -3 -4 -4 -3 -4 -3 -5 -1 -8 157 // E -3 0 0 0 0 -1 1 3 4 2 0 0 1 -2 -3 -3 -2 -4 -3 -4 -1 -8 158 // Q -2 0 0 0 0 -1 1 1 2 3 1 2 2 -1 -2 -2 -2 -3 -2 -3 -1 -8 159 // H -1 0 0 -1 -1 -1 1 0 0 1 6 1 1 -1 -2 -2 -2 0 2 -1 -1 -8 160 // R -2 0 0 -1 -1 -1 0 0 0 2 1 5 3 -2 -2 -2 -2 -3 -2 -2 -1 -8 161 // K -3 0 0 -1 0 -1 1 0 1 2 1 3 3 -1 -2 -2 -2 -3 -2 -4 -1 -8 162 // M -1 -1 -1 -2 -1 -4 -2 -3 -2 -1 -1 -2 -1 4 2 3 2 2 0 -1 -1 -8 163 // I -1 -2 -1 -3 -1 -4 -3 -4 -3 -2 -2 -2 -2 2 4 3 3 1 -1 -2 -1 -8 164 // L -2 -2 -1 -2 -1 -4 -3 -4 -3 -2 -2 -2 -2 3 3 4 2 2 0 -1 -1 -8 165 // V 0 -1 0 -2 0 -3 -2 -3 -2 -2 -2 -2 -2 2 3 2 3 0 -1 -3 -1 -8 166 // F -1 -3 -2 -4 -2 -5 -3 -4 -4 -3 0 -3 -3 2 1 2 0 7 5 4 -2 -8 167 // Y 0 -2 -2 -3 -2 -4 -1 -3 -3 -2 2 -2 -2 0 -1 0 -1 5 8 4 -2 -8 168 // W -1 -3 -4 -5 -4 -4 -4 -5 -4 -3 -1 -2 -4 -1 -2 -1 -3 4 4 14 -4 -8 169 // X -3 0 0 -1 0 -1 0 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -2 -2 -4 -1 -8 170 // * -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 1 171 // 172 GONNET = [][]int{ 173 /* - A B C D E F G H I J K L M N P Q R S T V W X Y Z * */ 174 /* - */ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, 175 /* A */ {0, 2, 0, 0, 0, 0, -2, 0, -1, -1, 0, 0, -1, -1, 0, 0, 0, -1, 1, 1, 0, -4, 0, -2, 0, -8}, 176 /* B */ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, 177 /* C */ {0, 0, 0, 12, -3, -3, -1, -2, -1, -1, 0, -3, -2, -1, -2, -3, -2, -2, 0, 0, 0, -1, -3, 0, 0, -8}, 178 /* D */ {0, 0, 0, -3, 5, 3, -4, 0, 0, -4, 0, 0, -4, -3, 2, -1, 1, 0, 0, 0, -3, -5, -1, -3, 0, -8}, 179 /* E */ {0, 0, 0, -3, 3, 4, -4, -1, 0, -3, 0, 1, -3, -2, 1, 0, 2, 0, 0, 0, -2, -4, -1, -3, 0, -8}, 180 /* F */ {0, -2, 0, -1, -4, -4, 7, -5, 0, 1, 0, -3, 2, 2, -3, -4, -3, -3, -3, -2, 0, 4, -2, 5, 0, -8}, 181 /* G */ {0, 0, 0, -2, 0, -1, -5, 7, -1, -4, 0, -1, -4, -4, 0, -2, -1, -1, 0, -1, -3, -4, -1, -4, 0, -8}, 182 /* H */ {0, -1, 0, -1, 0, 0, 0, -1, 6, -2, 0, 1, -2, -1, 1, -1, 1, 1, 0, 0, -2, -1, -1, 2, 0, -8}, 183 /* I */ {0, -1, 0, -1, -4, -3, 1, -4, -2, 4, 0, -2, 3, 2, -3, -3, -2, -2, -2, -1, 3, -2, -1, -1, 0, -8}, 184 /* J */ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, 185 /* K */ {0, 0, 0, -3, 0, 1, -3, -1, 1, -2, 0, 3, -2, -1, 1, -1, 2, 3, 0, 0, -2, -4, -1, -2, 0, -8}, 186 /* L */ {0, -1, 0, -2, -4, -3, 2, -4, -2, 3, 0, -2, 4, 3, -3, -2, -2, -2, -2, -1, 2, -1, -1, 0, 0, -8}, 187 /* M */ {0, -1, 0, -1, -3, -2, 2, -4, -1, 2, 0, -1, 3, 4, -2, -2, -1, -2, -1, -1, 2, -1, -1, 0, 0, -8}, 188 /* N */ {0, 0, 0, -2, 2, 1, -3, 0, 1, -3, 0, 1, -3, -2, 4, -1, 1, 0, 1, 0, -2, -4, 0, -1, 0, -8}, 189 /* P */ {0, 0, 0, -3, -1, 0, -4, -2, -1, -3, 0, -1, -2, -2, -1, 8, 0, -1, 0, 0, -2, -5, -1, -3, 0, -8}, 190 /* Q */ {0, 0, 0, -2, 1, 2, -3, -1, 1, -2, 0, 2, -2, -1, 1, 0, 3, 2, 0, 0, -2, -3, -1, -2, 0, -8}, 191 /* R */ {0, -1, 0, -2, 0, 0, -3, -1, 1, -2, 0, 3, -2, -2, 0, -1, 2, 5, 0, 0, -2, -2, -1, -2, 0, -8}, 192 /* S */ {0, 1, 0, 0, 0, 0, -3, 0, 0, -2, 0, 0, -2, -1, 1, 0, 0, 0, 2, 2, -1, -3, 0, -2, 0, -8}, 193 /* T */ {0, 1, 0, 0, 0, 0, -2, -1, 0, -1, 0, 0, -1, -1, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, -4, 0, -2, 0, -8}, 194 /* V */ {0, 0, 0, 0, -3, -2, 0, -3, -2, 3, 0, -2, 2, 2, -2, -2, -2, -2, -1, 0, 3, -3, -1, -1, 0, -8}, 195 /* W */ {0, -4, 0, -1, -5, -4, 4, -4, -1, -2, 0, -4, -1, -1, -4, -5, -3, -2, -3, -4, -3, 14, -4, 4, 0, -8}, 196 /* X */ {0, 0, 0, -3, -1, -1, -2, -1, -1, -1, 0, -1, -1, -1, 0, -1, -1, -1, 0, 0, -1, -4, -1, -2, 0, -8}, 197 /* Y */ {0, -2, 0, 0, -3, -3, 5, -4, 2, -1, 0, -2, 0, 0, -1, -3, -2, -2, -2, -2, -1, 4, -2, 8, 0, -8}, 198 /* Z */ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, 199 /* * */ {0, -8, 0, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, 0, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, 0, 1}, 200 } 201 202 // A R N B D C Q Z E G H I L K M F P S T W Y V X * 203 // A 1 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 204 // R -10000 1 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 205 // N -10000 -10000 1 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 206 // B -10000 -10000 -10000 1 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 207 // D -10000 -10000 -10000 -10000 1 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 208 // C -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 1 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 209 // Q -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 1 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 210 // Z -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 1 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 211 // E -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 1 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 212 // G -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 1 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 213 // H -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 1 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 214 // I -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 1 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 215 // L -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 1 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 216 // K -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 1 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 217 // M -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 1 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 218 // F -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 1 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 219 // P -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 1 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 220 // S -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 1 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 221 // T -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 1 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 222 // W -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 1 -10000 -10000 -10000 -10000 223 // Y -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 1 -10000 -10000 -10000 224 // V -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 1 -10000 -10000 225 // X -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 0 -10000 226 // * -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 -10000 0 227 // 228 IDENTITY = [][]int{ 229 /* - A B C D E F G H I J K L M N P Q R S T V W X Y Z * */ 230 /* - */ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, 231 /* A */ {0, 1, -10000, -10000, -10000, -10000, -10000, -10000, -10000, -10000, 0, -10000, -10000, -10000, -10000, -10000, -10000, -10000, -10000, -10000, -10000, -10000, -10000, -10000, -10000, -10000}, 232 /* B */ {0, -10000, 1, -10000, -10000, -10000, -10000, -10000, -10000, -10000, 0, -10000, -10000, -10000, -10000, -10000, -10000, -10000, -10000, -10000, -10000, -10000, -10000, -10000, -10000, -10000}, 233 /* C */ {0, -10000, -10000, 1, -10000, -10000, -10000, -10000, -10000, -10000, 0, -10000, -10000, -10000, -10000, -10000, -10000, -10000, -10000, -10000, -10000, -10000, -10000, -10000, -10000, -10000}, 234 /* D */ {0, -10000, -10000, -10000, 1, -10000, -10000, -10000, -10000, -10000, 0, -10000, -10000, -10000, -10000, -10000, -10000, -10000, -10000, -10000, -10000, -10000, -10000, -10000, -10000, -10000}, 235 /* E */ {0, -10000, -10000, -10000, -10000, 1, -10000, -10000, -10000, -10000, 0, -10000, -10000, -10000, -10000, -10000, -10000, -10000, -10000, -10000, -10000, -10000, -10000, -10000, -10000, -10000}, 236 /* F */ {0, -10000, -10000, -10000, -10000, -10000, 1, -10000, -10000, -10000, 0, -10000, -10000, -10000, -10000, -10000, -10000, -10000, -10000, -10000, -10000, -10000, -10000, -10000, -10000, -10000}, 237 /* G */ {0, -10000, -10000, -10000, -10000, -10000, 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-1 1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 262 // B -1 -1 -1 1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 263 // D -1 -1 -1 -1 1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 264 // C -1 -1 -1 -1 -1 1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 265 // Q -1 -1 -1 -1 -1 -1 1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 266 // Z -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 267 // E -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 268 // G -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 269 // H -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 270 // I -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 271 // L -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 272 // K -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 273 // M -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 274 // F -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 275 // P -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 276 // S -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 277 // T -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 1 -1 -1 -1 -1 -1 278 // W -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 1 -1 -1 -1 -1 279 // Y -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 1 -1 -1 -1 280 // V -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 1 -1 -1 281 // X -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 0 -1 282 // * -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 0 283 // 284 MATCH = [][]int{ 285 /* - A B C D E F G H I J K L M N P Q R S T V W X Y Z * */ 286 /* - */ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, 287 /* A */ {0, 1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, 0, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1}, 288 /* B */ {0, -1, 1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, 0, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1}, 289 /* C */ {0, -1, -1, 1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, 0, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1}, 290 /* D */ {0, -1, -1, -1, 1, -1, -1, -1, -1, -1, 0, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1}, 291 /* E */ {0, -1, -1, -1, -1, 1, -1, -1, -1, -1, 0, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1}, 292 /* F */ {0, -1, -1, -1, -1, -1, 1, -1, -1, -1, 0, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1}, 293 /* G */ {0, -1, -1, -1, -1, -1, -1, 1, -1, -1, 0, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1}, 294 /* H */ {0, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, 1, -1, 0, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1}, 295 /* I */ {0, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, 1, 0, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1}, 296 /* J */ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, 297 /* K */ {0, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, 0, 1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1}, 298 /* L */ {0, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, 0, -1, 1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1}, 299 /* M */ {0, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, 0, -1, -1, 1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1}, 300 /* N */ {0, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, 0, -1, -1, -1, 1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1}, 301 /* P */ {0, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, 0, -1, -1, -1, -1, 1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1}, 302 /* Q */ {0, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, 0, -1, -1, -1, -1, -1, 1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1}, 303 /* R */ {0, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, 0, -1, -1, -1, -1, -1, -1, 1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1}, 304 /* S */ {0, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, 0, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, 1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1}, 305 /* T */ {0, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, 0, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, 1, -1, -1, -1, -1, -1, -1}, 306 /* V */ {0, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, 0, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, 1, -1, -1, -1, -1, -1}, 307 /* W */ {0, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, 0, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, 1, -1, -1, -1, -1}, 308 /* X */ {0, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, 0, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, 0, -1, -1, -1}, 309 /* Y */ {0, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, 0, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, 1, -1, -1}, 310 /* Z */ {0, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, 0, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, 1, -1}, 311 /* * */ {0, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, 0, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, 0}, 312 } 313 314 // # Matrix made by matblas from blosum100_3.iij 315 // # * column uses minimum score 316 // # BLOSUM Clustered Scoring Matrix in 1/3 Bit Units 317 // # Blocks Database = /data/blocks_5.0/blocks.dat 318 // # Cluster Percentage: >= 100 319 // # Entropy = 1.4516, Expected = -1.0948 320 // A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V B Z X * 321 // A 8 -3 -4 -5 -2 -2 -3 -1 -4 -4 -4 -2 -3 -5 -2 1 -1 -6 -5 -2 -4 -2 -2 -10 322 // R -3 10 -2 -5 -8 0 -2 -6 -1 -7 -6 3 -4 -6 -5 -3 -3 -7 -5 -6 -4 -1 -3 -10 323 // N -4 -2 11 1 -5 -1 -2 -2 0 -7 -7 -1 -5 -7 -5 0 -1 -8 -5 -7 5 -2 -3 -10 324 // D -5 -5 1 10 -8 -2 2 -4 -3 -8 -8 -3 -8 -8 -5 -2 -4 -10 -7 -8 6 0 -4 -10 325 // C -2 -8 -5 -8 14 -7 -9 -7 -8 -3 -5 -8 -4 -4 -8 -3 -3 -7 -6 -3 -7 -8 -5 -10 326 // Q -2 0 -1 -2 -7 11 2 -5 1 -6 -5 2 -2 -6 -4 -2 -3 -5 -4 -5 -2 5 -2 -10 327 // E -3 -2 -2 2 -9 2 10 -6 -2 -7 -7 0 -5 -8 -4 -2 -3 -8 -7 -5 0 7 -3 -10 328 // G -1 -6 -2 -4 -7 -5 -6 9 -6 -9 -8 -5 -7 -8 -6 -2 -5 -7 -8 -8 -3 -5 -4 -10 329 // H -4 -1 0 -3 -8 1 -2 -6 13 -7 -6 -3 -5 -4 -5 -3 -4 -5 1 -7 -2 -1 -4 -10 330 // I -4 -7 -7 -8 -3 -6 -7 -9 -7 8 2 -6 1 -2 -7 -5 -3 -6 -4 4 -8 -7 -3 -10 331 // L -4 -6 -7 -8 -5 -5 -7 -8 -6 2 8 -6 3 0 -7 -6 -4 -5 -4 0 -8 -6 -3 -10 332 // K -2 3 -1 -3 -8 2 0 -5 -3 -6 -6 10 -4 -6 -3 -2 -3 -8 -5 -5 -2 0 -3 -10 333 // M -3 -4 -5 -8 -4 -2 -5 -7 -5 1 3 -4 12 -1 -5 -4 -2 -4 -5 0 -7 -4 -3 -10 334 // F -5 -6 -7 -8 -4 -6 -8 -8 -4 -2 0 -6 -1 11 -7 -5 -5 0 4 -3 -7 -7 -4 -10 335 // P -2 -5 -5 -5 -8 -4 -4 -6 -5 -7 -7 -3 -5 -7 12 -3 -4 -8 -7 -6 -5 -4 -4 -10 336 // S 1 -3 0 -2 -3 -2 -2 -2 -3 -5 -6 -2 -4 -5 -3 9 2 -7 -5 -4 -1 -2 -2 -10 337 // T -1 -3 -1 -4 -3 -3 -3 -5 -4 -3 -4 -3 -2 -5 -4 2 9 -7 -5 -1 -2 -3 -2 -10 338 // W -6 -7 -8 -10 -7 -5 -8 -7 -5 -6 -5 -8 -4 0 -8 -7 -7 17 2 -5 -9 -7 -6 -10 339 // Y -5 -5 -5 -7 -6 -4 -7 -8 1 -4 -4 -5 -5 4 -7 -5 -5 2 12 -5 -6 -6 -4 -10 340 // V -2 -6 -7 -8 -3 -5 -5 -8 -7 4 0 -5 0 -3 -6 -4 -1 -5 -5 8 -7 -5 -3 -10 341 // B -4 -4 5 6 -7 -2 0 -3 -2 -8 -8 -2 -7 -7 -5 -1 -2 -9 -6 -7 6 0 -4 -10 342 // Z -2 -1 -2 0 -8 5 7 -5 -1 -7 -6 0 -4 -7 -4 -2 -3 -7 -6 -5 0 6 -2 -10 343 // X -2 -3 -3 -4 -5 -2 -3 -4 -4 -3 -3 -3 -3 -4 -4 -2 -2 -6 -4 -3 -4 -2 -3 -10 344 // * -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 1 345 // 346 BLOSUM100 = [][]int{ 347 /* - A B C D E F G H I J K L M N P Q R S T V W X Y Z * */ 348 /* - */ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, 349 /* A */ {0, 8, -4, -2, -5, -3, -5, -1, -4, -4, 0, -2, -4, -3, -4, -2, -2, -3, 1, -1, -2, -6, -2, -5, -2, -10}, 350 /* B */ {0, -4, 6, -7, 6, 0, -7, -3, -2, -8, 0, -2, -8, -7, 5, -5, -2, -4, -1, -2, -7, -9, -4, -6, 0, -10}, 351 /* C */ {0, -2, -7, 14, -8, -9, -4, -7, -8, -3, 0, -8, -5, -4, -5, -8, -7, -8, -3, -3, -3, -7, -5, -6, -8, -10}, 352 /* D */ {0, -5, 6, -8, 10, 2, -8, -4, -3, -8, 0, -3, -8, -8, 1, -5, -2, -5, -2, -4, -8, -10, -4, -7, 0, -10}, 353 /* E */ {0, -3, 0, -9, 2, 10, -8, -6, -2, -7, 0, 0, -7, -5, -2, -4, 2, -2, -2, -3, -5, -8, -3, -7, 7, -10}, 354 /* F */ {0, -5, -7, -4, -8, -8, 11, -8, -4, -2, 0, -6, 0, -1, -7, -7, -6, -6, -5, -5, -3, 0, -4, 4, -7, -10}, 355 /* G */ {0, -1, -3, -7, -4, -6, -8, 9, -6, -9, 0, -5, -8, -7, -2, -6, -5, -6, -2, -5, -8, -7, -4, -8, -5, -10}, 356 /* H */ {0, -4, -2, -8, -3, -2, -4, -6, 13, -7, 0, -3, -6, -5, 0, -5, 1, -1, -3, -4, -7, -5, -4, 1, -1, -10}, 357 /* I */ {0, -4, -8, -3, -8, -7, -2, -9, -7, 8, 0, -6, 2, 1, -7, -7, -6, -7, -5, -3, 4, -6, -3, -4, -7, -10}, 358 /* J */ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, 359 /* K */ {0, -2, -2, -8, -3, 0, -6, -5, -3, -6, 0, 10, -6, -4, -1, -3, 2, 3, -2, -3, -5, -8, -3, -5, 0, -10}, 360 /* L */ {0, -4, -8, -5, -8, -7, 0, -8, -6, 2, 0, -6, 8, 3, -7, -7, -5, -6, -6, -4, 0, -5, -3, -4, -6, -10}, 361 /* M */ {0, -3, -7, -4, -8, -5, -1, -7, -5, 1, 0, -4, 3, 12, -5, -5, -2, -4, -4, -2, 0, -4, -3, -5, -4, -10}, 362 /* N */ {0, -4, 5, -5, 1, -2, -7, -2, 0, -7, 0, -1, -7, -5, 11, -5, -1, -2, 0, -1, -7, -8, -3, -5, -2, -10}, 363 /* P */ {0, -2, -5, -8, -5, -4, -7, -6, -5, -7, 0, -3, -7, -5, -5, 12, -4, -5, -3, -4, -6, -8, -4, -7, -4, -10}, 364 /* Q */ {0, -2, -2, -7, -2, 2, -6, -5, 1, -6, 0, 2, -5, -2, -1, -4, 11, 0, -2, -3, -5, -5, -2, -4, 5, -10}, 365 /* R */ {0, -3, -4, -8, -5, -2, -6, -6, -1, -7, 0, 3, -6, -4, -2, -5, 0, 10, -3, -3, -6, -7, -3, -5, -1, -10}, 366 /* S */ {0, 1, -1, -3, -2, -2, -5, -2, -3, -5, 0, -2, -6, -4, 0, -3, -2, -3, 9, 2, -4, -7, -2, -5, -2, -10}, 367 /* T */ {0, -1, -2, -3, -4, -3, -5, -5, -4, -3, 0, -3, -4, -2, -1, -4, -3, -3, 2, 9, -1, -7, -2, -5, -3, -10}, 368 /* V */ {0, -2, -7, -3, -8, -5, -3, -8, -7, 4, 0, -5, 0, 0, -7, -6, -5, -6, -4, -1, 8, -5, -3, -5, -5, -10}, 369 /* W */ {0, -6, -9, -7, -10, -8, 0, -7, -5, -6, 0, -8, -5, -4, -8, -8, -5, -7, -7, -7, -5, 17, -6, 2, -7, -10}, 370 /* X */ {0, -2, -4, -5, -4, -3, -4, -4, -4, -3, 0, -3, -3, -3, -3, -4, -2, -3, -2, -2, -3, -6, -3, -4, -2, -10}, 371 /* Y */ {0, -5, -6, -6, -7, -7, 4, -8, 1, -4, 0, -5, -4, -5, -5, -7, -4, -5, -5, -5, -5, 2, -4, 12, -6, -10}, 372 /* Z */ {0, -2, 0, -8, 0, 7, -7, -5, -1, -7, 0, 0, -6, -4, -2, -4, 5, -1, -2, -3, -5, -7, -2, -6, 6, -10}, 373 /* * */ {0, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, 0, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, 1}, 374 } 375 376 // # Matrix made by matblas from blosum30.iij 377 // # * column uses minimum score 378 // # BLOSUM Clustered Scoring Matrix in 1/5 Bit Units 379 // # Blocks Database = /data/blocks_5.0/blocks.dat 380 // # Cluster Percentage: >= 30 381 // # Entropy = 0.1424, Expected = -0.1074 382 // A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V B Z X * 383 // A 4 -1 0 0 -3 1 0 0 -2 0 -1 0 1 -2 -1 1 1 -5 -4 1 0 0 0 -7 384 // R -1 8 -2 -1 -2 3 -1 -2 -1 -3 -2 1 0 -1 -1 -1 -3 0 0 -1 -2 0 -1 -7 385 // N 0 -2 8 1 -1 -1 -1 0 -1 0 -2 0 0 -1 -3 0 1 -7 -4 -2 4 -1 0 -7 386 // D 0 -1 1 9 -3 -1 1 -1 -2 -4 -1 0 -3 -5 -1 0 -1 -4 -1 -2 5 0 -1 -7 387 // C -3 -2 -1 -3 17 -2 1 -4 -5 -2 0 -3 -2 -3 -3 -2 -2 -2 -6 -2 -2 0 -2 -7 388 // Q 1 3 -1 -1 -2 8 2 -2 0 -2 -2 0 -1 -3 0 -1 0 -1 -1 -3 -1 4 0 -7 389 // E 0 -1 -1 1 1 2 6 -2 0 -3 -1 2 -1 -4 1 0 -2 -1 -2 -3 0 5 -1 -7 390 // G 0 -2 0 -1 -4 -2 -2 8 -3 -1 -2 -1 -2 -3 -1 0 -2 1 -3 -3 0 -2 -1 -7 391 // H -2 -1 -1 -2 -5 0 0 -3 14 -2 -1 -2 2 -3 1 -1 -2 -5 0 -3 -2 0 -1 -7 392 // I 0 -3 0 -4 -2 -2 -3 -1 -2 6 2 -2 1 0 -3 -1 0 -3 -1 4 -2 -3 0 -7 393 // L -1 -2 -2 -1 0 -2 -1 -2 -1 2 4 -2 2 2 -3 -2 0 -2 3 1 -1 -1 0 -7 394 // K 0 1 0 0 -3 0 2 -1 -2 -2 -2 4 2 -1 1 0 -1 -2 -1 -2 0 1 0 -7 395 // M 1 0 0 -3 -2 -1 -1 -2 2 1 2 2 6 -2 -4 -2 0 -3 -1 0 -2 -1 0 -7 396 // F -2 -1 -1 -5 -3 -3 -4 -3 -3 0 2 -1 -2 10 -4 -1 -2 1 3 1 -3 -4 -1 -7 397 // P -1 -1 -3 -1 -3 0 1 -1 1 -3 -3 1 -4 -4 11 -1 0 -3 -2 -4 -2 0 -1 -7 398 // S 1 -1 0 0 -2 -1 0 0 -1 -1 -2 0 -2 -1 -1 4 2 -3 -2 -1 0 -1 0 -7 399 // T 1 -3 1 -1 -2 0 -2 -2 -2 0 0 -1 0 -2 0 2 5 -5 -1 1 0 -1 0 -7 400 // W -5 0 -7 -4 -2 -1 -1 1 -5 -3 -2 -2 -3 1 -3 -3 -5 20 5 -3 -5 -1 -2 -7 401 // Y -4 0 -4 -1 -6 -1 -2 -3 0 -1 3 -1 -1 3 -2 -2 -1 5 9 1 -3 -2 -1 -7 402 // V 1 -1 -2 -2 -2 -3 -3 -3 -3 4 1 -2 0 1 -4 -1 1 -3 1 5 -2 -3 0 -7 403 // B 0 -2 4 5 -2 -1 0 0 -2 -2 -1 0 -2 -3 -2 0 0 -5 -3 -2 5 0 -1 -7 404 // Z 0 0 -1 0 0 4 5 -2 0 -3 -1 1 -1 -4 0 -1 -1 -1 -2 -3 0 4 0 -7 405 // X 0 -1 0 -1 -2 0 -1 -1 -1 0 0 0 0 -1 -1 0 0 -2 -1 0 -1 0 -1 -7 406 // * -7 -7 -7 -7 -7 -7 -7 -7 -7 -7 -7 -7 -7 -7 -7 -7 -7 -7 -7 -7 -7 -7 -7 1 407 // 408 BLOSUM30 = [][]int{ 409 /* - A B C D E F G H I J K L M N P Q R S T V W X Y Z * */ 410 /* - */ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, 411 /* A */ {0, 4, 0, -3, 0, 0, -2, 0, -2, 0, 0, 0, -1, 1, 0, -1, 1, -1, 1, 1, 1, -5, 0, -4, 0, -7}, 412 /* B */ {0, 0, 5, -2, 5, 0, -3, 0, -2, -2, 0, 0, -1, -2, 4, -2, -1, -2, 0, 0, -2, -5, -1, -3, 0, -7}, 413 /* C */ {0, -3, -2, 17, -3, 1, -3, -4, -5, -2, 0, -3, 0, -2, -1, -3, -2, -2, -2, -2, -2, -2, -2, -6, 0, -7}, 414 /* D */ {0, 0, 5, -3, 9, 1, -5, -1, -2, -4, 0, 0, -1, -3, 1, -1, -1, -1, 0, -1, -2, -4, -1, -1, 0, -7}, 415 /* E */ {0, 0, 0, 1, 1, 6, -4, -2, 0, -3, 0, 2, -1, -1, -1, 1, 2, -1, 0, -2, -3, -1, -1, -2, 5, -7}, 416 /* F */ {0, -2, -3, -3, -5, -4, 10, -3, -3, 0, 0, -1, 2, -2, -1, -4, -3, -1, -1, -2, 1, 1, -1, 3, -4, -7}, 417 /* G */ {0, 0, 0, -4, -1, -2, -3, 8, -3, -1, 0, -1, -2, -2, 0, -1, -2, -2, 0, -2, -3, 1, -1, -3, -2, -7}, 418 /* H */ {0, -2, -2, -5, -2, 0, -3, -3, 14, -2, 0, -2, -1, 2, -1, 1, 0, -1, -1, -2, -3, -5, -1, 0, 0, -7}, 419 /* I */ {0, 0, -2, -2, -4, -3, 0, -1, -2, 6, 0, -2, 2, 1, 0, -3, -2, -3, -1, 0, 4, -3, 0, -1, -3, -7}, 420 /* J */ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, 421 /* K */ {0, 0, 0, -3, 0, 2, -1, -1, -2, -2, 0, 4, -2, 2, 0, 1, 0, 1, 0, -1, -2, -2, 0, -1, 1, -7}, 422 /* L */ {0, -1, -1, 0, -1, -1, 2, -2, -1, 2, 0, -2, 4, 2, -2, -3, -2, -2, -2, 0, 1, -2, 0, 3, -1, -7}, 423 /* M */ {0, 1, -2, -2, -3, -1, -2, -2, 2, 1, 0, 2, 2, 6, 0, -4, -1, 0, -2, 0, 0, -3, 0, -1, -1, -7}, 424 /* N */ {0, 0, 4, -1, 1, -1, -1, 0, -1, 0, 0, 0, -2, 0, 8, -3, -1, -2, 0, 1, -2, -7, 0, -4, -1, -7}, 425 /* P */ {0, -1, -2, -3, -1, 1, -4, -1, 1, -3, 0, 1, -3, -4, -3, 11, 0, -1, -1, 0, -4, -3, -1, -2, 0, -7}, 426 /* Q */ {0, 1, -1, -2, -1, 2, -3, -2, 0, -2, 0, 0, -2, -1, -1, 0, 8, 3, -1, 0, -3, -1, 0, -1, 4, -7}, 427 /* R */ {0, -1, -2, -2, -1, -1, -1, -2, -1, -3, 0, 1, -2, 0, -2, -1, 3, 8, -1, -3, -1, 0, -1, 0, 0, -7}, 428 /* S */ {0, 1, 0, -2, 0, 0, -1, 0, -1, -1, 0, 0, -2, -2, 0, -1, -1, -1, 4, 2, -1, -3, 0, -2, -1, -7}, 429 /* T */ {0, 1, 0, -2, -1, -2, -2, -2, -2, 0, 0, -1, 0, 0, 1, 0, 0, -3, 2, 5, 1, -5, 0, -1, -1, -7}, 430 /* V */ {0, 1, -2, -2, -2, -3, 1, -3, -3, 4, 0, -2, 1, 0, -2, -4, -3, -1, -1, 1, 5, -3, 0, 1, -3, -7}, 431 /* W */ {0, -5, -5, -2, -4, -1, 1, 1, -5, -3, 0, -2, -2, -3, -7, -3, -1, 0, -3, -5, -3, 20, -2, 5, -1, -7}, 432 /* X */ {0, 0, -1, -2, -1, -1, -1, -1, -1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, -1, 0, -1, 0, 0, 0, -2, -1, -1, 0, -7}, 433 /* Y */ {0, -4, -3, -6, -1, -2, 3, -3, 0, -1, 0, -1, 3, -1, -4, -2, -1, 0, -2, -1, 1, 5, -1, 9, -2, -7}, 434 /* Z */ {0, 0, 0, 0, 0, 5, -4, -2, 0, -3, 0, 1, -1, -1, -1, 0, 4, 0, -1, -1, -3, -1, 0, -2, 4, -7}, 435 /* * */ {0, -7, -7, -7, -7, -7, -7, -7, -7, -7, 0, -7, -7, -7, -7, -7, -7, -7, -7, -7, -7, -7, -7, -7, -7, 1}, 436 } 437 438 // # Matrix made by matblas from blosum35.iij 439 // # * column uses minimum score 440 // # BLOSUM Clustered Scoring Matrix in 1/4 Bit Units 441 // # Blocks Database = /data/blocks_5.0/blocks.dat 442 // # Cluster Percentage: >= 35 443 // # Entropy = 0.2111, Expected = -0.1550 444 // A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V B Z X * 445 // A 5 -1 -1 -1 -2 0 -1 0 -2 -1 -2 0 0 -2 -2 1 0 -2 -1 0 -1 -1 0 -5 446 // R -1 8 -1 -1 -3 2 -1 -2 -1 -3 -2 2 0 -1 -2 -1 -2 0 0 -1 -1 0 -1 -5 447 // N -1 -1 7 1 -1 1 -1 1 1 -1 -2 0 -1 -1 -2 0 0 -2 -2 -2 4 0 0 -5 448 // D -1 -1 1 8 -3 -1 2 -2 0 -3 -2 -1 -3 -3 -1 -1 -1 -3 -2 -2 5 1 -1 -5 449 // C -2 -3 -1 -3 15 -3 -1 -3 -4 -4 -2 -2 -4 -4 -4 -3 -1 -5 -5 -2 -2 -2 -2 -5 450 // Q 0 2 1 -1 -3 7 2 -2 -1 -2 -2 0 -1 -4 0 0 0 -1 0 -3 0 4 -1 -5 451 // E -1 -1 -1 2 -1 2 6 -2 -1 -3 -1 1 -2 -3 0 0 -1 -1 -1 -2 0 5 -1 -5 452 // G 0 -2 1 -2 -3 -2 -2 7 -2 -3 -3 -1 -1 -3 -2 1 -2 -1 -2 -3 0 -2 -1 -5 453 // H -2 -1 1 0 -4 -1 -1 -2 12 -3 -2 -2 1 -3 -1 -1 -2 -4 0 -4 0 -1 -1 -5 454 // I -1 -3 -1 -3 -4 -2 -3 -3 -3 5 2 -2 1 1 -1 -2 -1 -1 0 4 -2 -3 0 -5 455 // L -2 -2 -2 -2 -2 -2 -1 -3 -2 2 5 -2 3 2 -3 -2 0 0 0 2 -2 -2 0 -5 456 // K 0 2 0 -1 -2 0 1 -1 -2 -2 -2 5 0 -1 0 0 0 0 -1 -2 0 1 0 -5 457 // M 0 0 -1 -3 -4 -1 -2 -1 1 1 3 0 6 0 -3 -1 0 1 0 1 -2 -2 0 -5 458 // F -2 -1 -1 -3 -4 -4 -3 -3 -3 1 2 -1 0 8 -4 -1 -1 1 3 1 -2 -3 -1 -5 459 // P -2 -2 -2 -1 -4 0 0 -2 -1 -1 -3 0 -3 -4 10 -2 0 -4 -3 -3 -1 0 -1 -5 460 // S 1 -1 0 -1 -3 0 0 1 -1 -2 -2 0 -1 -1 -2 4 2 -2 -1 -1 0 0 0 -5 461 // T 0 -2 0 -1 -1 0 -1 -2 -2 -1 0 0 0 -1 0 2 5 -2 -2 1 -1 -1 0 -5 462 // W -2 0 -2 -3 -5 -1 -1 -1 -4 -1 0 0 1 1 -4 -2 -2 16 3 -2 -3 -1 -1 -5 463 // Y -1 0 -2 -2 -5 0 -1 -2 0 0 0 -1 0 3 -3 -1 -2 3 8 0 -2 -1 -1 -5 464 // V 0 -1 -2 -2 -2 -3 -2 -3 -4 4 2 -2 1 1 -3 -1 1 -2 0 5 -2 -2 0 -5 465 // B -1 -1 4 5 -2 0 0 0 0 -2 -2 0 -2 -2 -1 0 -1 -3 -2 -2 5 0 -1 -5 466 // Z -1 0 0 1 -2 4 5 -2 -1 -3 -2 1 -2 -3 0 0 -1 -1 -1 -2 0 4 0 -5 467 // X 0 -1 0 -1 -2 -1 -1 -1 -1 0 0 0 0 -1 -1 0 0 -1 -1 0 -1 0 -1 -5 468 // * -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 1 469 // 470 BLOSUM35 = [][]int{ 471 /* - A B C D E F G H I J K L M N P Q R S T V W X Y Z * */ 472 /* - */ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, 473 /* A */ {0, 5, -1, -2, -1, -1, -2, 0, -2, -1, 0, 0, -2, 0, -1, -2, 0, -1, 1, 0, 0, -2, 0, -1, -1, -5}, 474 /* B */ {0, -1, 5, -2, 5, 0, -2, 0, 0, -2, 0, 0, -2, -2, 4, -1, 0, -1, 0, -1, -2, -3, -1, -2, 0, -5}, 475 /* C */ {0, -2, -2, 15, -3, -1, -4, -3, -4, -4, 0, -2, -2, -4, -1, -4, -3, -3, -3, -1, -2, -5, -2, -5, -2, -5}, 476 /* D */ {0, -1, 5, -3, 8, 2, -3, -2, 0, -3, 0, -1, -2, -3, 1, -1, -1, -1, -1, -1, -2, -3, -1, -2, 1, -5}, 477 /* E */ {0, -1, 0, -1, 2, 6, -3, -2, -1, -3, 0, 1, -1, -2, -1, 0, 2, -1, 0, -1, -2, -1, -1, -1, 5, -5}, 478 /* F */ {0, -2, -2, -4, -3, -3, 8, -3, -3, 1, 0, -1, 2, 0, -1, -4, -4, -1, -1, -1, 1, 1, -1, 3, -3, -5}, 479 /* G */ {0, 0, 0, -3, -2, -2, -3, 7, -2, -3, 0, -1, -3, -1, 1, -2, -2, -2, 1, -2, -3, -1, -1, -2, -2, -5}, 480 /* H */ {0, -2, 0, -4, 0, -1, -3, -2, 12, -3, 0, -2, -2, 1, 1, -1, -1, -1, -1, -2, -4, -4, -1, 0, -1, -5}, 481 /* I */ {0, -1, -2, -4, -3, -3, 1, -3, -3, 5, 0, -2, 2, 1, -1, -1, -2, -3, -2, -1, 4, -1, 0, 0, -3, -5}, 482 /* J */ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, 483 /* K */ {0, 0, 0, -2, -1, 1, -1, -1, -2, -2, 0, 5, -2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, -2, 0, 0, -1, 1, -5}, 484 /* L */ {0, -2, -2, -2, -2, -1, 2, -3, -2, 2, 0, -2, 5, 3, -2, -3, -2, -2, -2, 0, 2, 0, 0, 0, -2, -5}, 485 /* M */ {0, 0, -2, -4, -3, -2, 0, -1, 1, 1, 0, 0, 3, 6, -1, -3, -1, 0, -1, 0, 1, 1, 0, 0, -2, -5}, 486 /* N */ {0, -1, 4, -1, 1, -1, -1, 1, 1, -1, 0, 0, -2, -1, 7, -2, 1, -1, 0, 0, -2, -2, 0, -2, 0, -5}, 487 /* P */ {0, -2, -1, -4, -1, 0, -4, -2, -1, -1, 0, 0, -3, -3, -2, 10, 0, -2, -2, 0, -3, -4, -1, -3, 0, -5}, 488 /* Q */ {0, 0, 0, -3, -1, 2, -4, -2, -1, -2, 0, 0, -2, -1, 1, 0, 7, 2, 0, 0, -3, -1, -1, 0, 4, -5}, 489 /* R */ {0, -1, -1, -3, -1, -1, -1, -2, -1, -3, 0, 2, -2, 0, -1, -2, 2, 8, -1, -2, -1, 0, -1, 0, 0, -5}, 490 /* S */ {0, 1, 0, -3, -1, 0, -1, 1, -1, -2, 0, 0, -2, -1, 0, -2, 0, -1, 4, 2, -1, -2, 0, -1, 0, -5}, 491 /* T */ {0, 0, -1, -1, -1, -1, -1, -2, -2, -1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, -2, 2, 5, 1, -2, 0, -2, -1, -5}, 492 /* V */ {0, 0, -2, -2, -2, -2, 1, -3, -4, 4, 0, -2, 2, 1, -2, -3, -3, -1, -1, 1, 5, -2, 0, 0, -2, -5}, 493 /* W */ {0, -2, -3, -5, -3, -1, 1, -1, -4, -1, 0, 0, 0, 1, -2, -4, -1, 0, -2, -2, -2, 16, -1, 3, -1, -5}, 494 /* X */ {0, 0, -1, -2, -1, -1, -1, -1, -1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, -1, -1, -1, 0, 0, 0, -1, -1, -1, 0, -5}, 495 /* Y */ {0, -1, -2, -5, -2, -1, 3, -2, 0, 0, 0, -1, 0, 0, -2, -3, 0, 0, -1, -2, 0, 3, -1, 8, -1, -5}, 496 /* Z */ {0, -1, 0, -2, 1, 5, -3, -2, -1, -3, 0, 1, -2, -2, 0, 0, 4, 0, 0, -1, -2, -1, 0, -1, 4, -5}, 497 /* * */ {0, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, 0, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, 1}, 498 } 499 500 // # Matrix made by matblas from blosum40.iij 501 // # * column uses minimum score 502 // # BLOSUM Clustered Scoring Matrix in 1/4 Bit Units 503 // # Blocks Database = /data/blocks_5.0/blocks.dat 504 // # Cluster Percentage: >= 40 505 // # Entropy = 0.2851, Expected = -0.2090 506 // A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V B Z X * 507 // A 5 -2 -1 -1 -2 0 -1 1 -2 -1 -2 -1 -1 -3 -2 1 0 -3 -2 0 -1 -1 0 -6 508 // R -2 9 0 -1 -3 2 -1 -3 0 -3 -2 3 -1 -2 -3 -1 -2 -2 -1 -2 -1 0 -1 -6 509 // N -1 0 8 2 -2 1 -1 0 1 -2 -3 0 -2 -3 -2 1 0 -4 -2 -3 4 0 -1 -6 510 // D -1 -1 2 9 -2 -1 2 -2 0 -4 -3 0 -3 -4 -2 0 -1 -5 -3 -3 6 1 -1 -6 511 // C -2 -3 -2 -2 16 -4 -2 -3 -4 -4 -2 -3 -3 -2 -5 -1 -1 -6 -4 -2 -2 -3 -2 -6 512 // Q 0 2 1 -1 -4 8 2 -2 0 -3 -2 1 -1 -4 -2 1 -1 -1 -1 -3 0 4 -1 -6 513 // E -1 -1 -1 2 -2 2 7 -3 0 -4 -2 1 -2 -3 0 0 -1 -2 -2 -3 1 5 -1 -6 514 // G 1 -3 0 -2 -3 -2 -3 8 -2 -4 -4 -2 -2 -3 -1 0 -2 -2 -3 -4 -1 -2 -1 -6 515 // H -2 0 1 0 -4 0 0 -2 13 -3 -2 -1 1 -2 -2 -1 -2 -5 2 -4 0 0 -1 -6 516 // I -1 -3 -2 -4 -4 -3 -4 -4 -3 6 2 -3 1 1 -2 -2 -1 -3 0 4 -3 -4 -1 -6 517 // L -2 -2 -3 -3 -2 -2 -2 -4 -2 2 6 -2 3 2 -4 -3 -1 -1 0 2 -3 -2 -1 -6 518 // K -1 3 0 0 -3 1 1 -2 -1 -3 -2 6 -1 -3 -1 0 0 -2 -1 -2 0 1 -1 -6 519 // M -1 -1 -2 -3 -3 -1 -2 -2 1 1 3 -1 7 0 -2 -2 -1 -2 1 1 -3 -2 0 -6 520 // F -3 -2 -3 -4 -2 -4 -3 -3 -2 1 2 -3 0 9 -4 -2 -1 1 4 0 -3 -4 -1 -6 521 // P -2 -3 -2 -2 -5 -2 0 -1 -2 -2 -4 -1 -2 -4 11 -1 0 -4 -3 -3 -2 -1 -2 -6 522 // S 1 -1 1 0 -1 1 0 0 -1 -2 -3 0 -2 -2 -1 5 2 -5 -2 -1 0 0 0 -6 523 // T 0 -2 0 -1 -1 -1 -1 -2 -2 -1 -1 0 -1 -1 0 2 6 -4 -1 1 0 -1 0 -6 524 // W -3 -2 -4 -5 -6 -1 -2 -2 -5 -3 -1 -2 -2 1 -4 -5 -4 19 3 -3 -4 -2 -2 -6 525 // Y -2 -1 -2 -3 -4 -1 -2 -3 2 0 0 -1 1 4 -3 -2 -1 3 9 -1 -3 -2 -1 -6 526 // V 0 -2 -3 -3 -2 -3 -3 -4 -4 4 2 -2 1 0 -3 -1 1 -3 -1 5 -3 -3 -1 -6 527 // B -1 -1 4 6 -2 0 1 -1 0 -3 -3 0 -3 -3 -2 0 0 -4 -3 -3 5 2 -1 -6 528 // Z -1 0 0 1 -3 4 5 -2 0 -4 -2 1 -2 -4 -1 0 -1 -2 -2 -3 2 5 -1 -6 529 // X 0 -1 -1 -1 -2 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 0 -1 -2 0 0 -2 -1 -1 -1 -1 -1 -6 530 // * -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 1 531 // 532 BLOSUM40 = [][]int{ 533 /* - A B C D E F G H I J K L M N P Q R S T V W X Y Z * */ 534 /* - */ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, 535 /* A */ {0, 5, -1, -2, -1, -1, -3, 1, -2, -1, 0, -1, -2, -1, -1, -2, 0, -2, 1, 0, 0, -3, 0, -2, -1, -6}, 536 /* B */ {0, -1, 5, -2, 6, 1, -3, -1, 0, -3, 0, 0, -3, -3, 4, -2, 0, -1, 0, 0, -3, -4, -1, -3, 2, -6}, 537 /* C */ {0, -2, -2, 16, -2, -2, -2, -3, -4, -4, 0, -3, -2, -3, -2, -5, -4, -3, -1, -1, -2, -6, -2, -4, -3, -6}, 538 /* D */ {0, -1, 6, -2, 9, 2, -4, -2, 0, -4, 0, 0, -3, -3, 2, -2, -1, -1, 0, -1, -3, -5, -1, -3, 1, -6}, 539 /* E */ {0, -1, 1, -2, 2, 7, -3, -3, 0, -4, 0, 1, -2, -2, -1, 0, 2, -1, 0, -1, -3, -2, -1, -2, 5, -6}, 540 /* F */ {0, -3, -3, -2, -4, -3, 9, -3, -2, 1, 0, -3, 2, 0, -3, -4, -4, -2, -2, -1, 0, 1, -1, 4, -4, -6}, 541 /* G */ {0, 1, -1, -3, -2, -3, -3, 8, -2, -4, 0, -2, -4, -2, 0, -1, -2, -3, 0, -2, -4, -2, -1, -3, -2, -6}, 542 /* H */ {0, -2, 0, -4, 0, 0, -2, -2, 13, -3, 0, -1, -2, 1, 1, -2, 0, 0, -1, -2, -4, -5, -1, 2, 0, -6}, 543 /* I */ {0, -1, -3, -4, -4, -4, 1, -4, -3, 6, 0, -3, 2, 1, -2, -2, -3, -3, -2, -1, 4, -3, -1, 0, -4, -6}, 544 /* J */ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, 545 /* K */ {0, -1, 0, -3, 0, 1, -3, -2, -1, -3, 0, 6, -2, -1, 0, -1, 1, 3, 0, 0, -2, -2, -1, -1, 1, -6}, 546 /* L */ {0, -2, -3, -2, -3, -2, 2, -4, -2, 2, 0, -2, 6, 3, -3, -4, -2, -2, -3, -1, 2, -1, -1, 0, -2, -6}, 547 /* M */ {0, -1, -3, -3, -3, -2, 0, -2, 1, 1, 0, -1, 3, 7, -2, -2, -1, -1, -2, -1, 1, -2, 0, 1, -2, -6}, 548 /* N */ {0, -1, 4, -2, 2, -1, -3, 0, 1, -2, 0, 0, -3, -2, 8, -2, 1, 0, 1, 0, -3, -4, -1, -2, 0, -6}, 549 /* P */ {0, -2, -2, -5, -2, 0, -4, -1, -2, -2, 0, -1, -4, -2, -2, 11, -2, -3, -1, 0, -3, -4, -2, -3, -1, -6}, 550 /* Q */ {0, 0, 0, -4, -1, 2, -4, -2, 0, -3, 0, 1, -2, -1, 1, -2, 8, 2, 1, -1, -3, -1, -1, -1, 4, -6}, 551 /* R */ {0, -2, -1, -3, -1, -1, -2, -3, 0, -3, 0, 3, -2, -1, 0, -3, 2, 9, -1, -2, -2, -2, -1, -1, 0, -6}, 552 /* S */ {0, 1, 0, -1, 0, 0, -2, 0, -1, -2, 0, 0, -3, -2, 1, -1, 1, -1, 5, 2, -1, -5, 0, -2, 0, -6}, 553 /* T */ {0, 0, 0, -1, -1, -1, -1, -2, -2, -1, 0, 0, -1, -1, 0, 0, -1, -2, 2, 6, 1, -4, 0, -1, -1, -6}, 554 /* V */ {0, 0, -3, -2, -3, -3, 0, -4, -4, 4, 0, -2, 2, 1, -3, -3, -3, -2, -1, 1, 5, -3, -1, -1, -3, -6}, 555 /* W */ {0, -3, -4, -6, -5, -2, 1, -2, -5, -3, 0, -2, -1, -2, -4, -4, -1, -2, -5, -4, -3, 19, -2, 3, -2, -6}, 556 /* X */ {0, 0, -1, -2, -1, -1, -1, -1, -1, -1, 0, -1, -1, 0, -1, -2, -1, -1, 0, 0, -1, -2, -1, -1, -1, -6}, 557 /* Y */ {0, -2, -3, -4, -3, -2, 4, -3, 2, 0, 0, -1, 0, 1, -2, -3, -1, -1, -2, -1, -1, 3, -1, 9, -2, -6}, 558 /* Z */ {0, -1, 2, -3, 1, 5, -4, -2, 0, -4, 0, 1, -2, -2, 0, -1, 4, 0, 0, -1, -3, -2, -1, -2, 5, -6}, 559 /* * */ {0, -6, -6, -6, -6, -6, -6, -6, -6, -6, 0, -6, -6, -6, -6, -6, -6, -6, -6, -6, -6, -6, -6, -6, -6, 1}, 560 } 561 562 // # Matrix made by matblas from blosum45.iij 563 // # * column uses minimum score 564 // # BLOSUM Clustered Scoring Matrix in 1/3 Bit Units 565 // # Blocks Database = /data/blocks_5.0/blocks.dat 566 // # Cluster Percentage: >= 45 567 // # Entropy = 0.3795, Expected = -0.2789 568 // A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V B Z X * 569 // A 5 -2 -1 -2 -1 -1 -1 0 -2 -1 -1 -1 -1 -2 -1 1 0 -2 -2 0 -1 -1 0 -5 570 // R -2 7 0 -1 -3 1 0 -2 0 -3 -2 3 -1 -2 -2 -1 -1 -2 -1 -2 -1 0 -1 -5 571 // N -1 0 6 2 -2 0 0 0 1 -2 -3 0 -2 -2 -2 1 0 -4 -2 -3 4 0 -1 -5 572 // D -2 -1 2 7 -3 0 2 -1 0 -4 -3 0 -3 -4 -1 0 -1 -4 -2 -3 5 1 -1 -5 573 // C -1 -3 -2 -3 12 -3 -3 -3 -3 -3 -2 -3 -2 -2 -4 -1 -1 -5 -3 -1 -2 -3 -2 -5 574 // Q -1 1 0 0 -3 6 2 -2 1 -2 -2 1 0 -4 -1 0 -1 -2 -1 -3 0 4 -1 -5 575 // E -1 0 0 2 -3 2 6 -2 0 -3 -2 1 -2 -3 0 0 -1 -3 -2 -3 1 4 -1 -5 576 // G 0 -2 0 -1 -3 -2 -2 7 -2 -4 -3 -2 -2 -3 -2 0 -2 -2 -3 -3 -1 -2 -1 -5 577 // H -2 0 1 0 -3 1 0 -2 10 -3 -2 -1 0 -2 -2 -1 -2 -3 2 -3 0 0 -1 -5 578 // I -1 -3 -2 -4 -3 -2 -3 -4 -3 5 2 -3 2 0 -2 -2 -1 -2 0 3 -3 -3 -1 -5 579 // L -1 -2 -3 -3 -2 -2 -2 -3 -2 2 5 -3 2 1 -3 -3 -1 -2 0 1 -3 -2 -1 -5 580 // K -1 3 0 0 -3 1 1 -2 -1 -3 -3 5 -1 -3 -1 -1 -1 -2 -1 -2 0 1 -1 -5 581 // M -1 -1 -2 -3 -2 0 -2 -2 0 2 2 -1 6 0 -2 -2 -1 -2 0 1 -2 -1 -1 -5 582 // F -2 -2 -2 -4 -2 -4 -3 -3 -2 0 1 -3 0 8 -3 -2 -1 1 3 0 -3 -3 -1 -5 583 // P -1 -2 -2 -1 -4 -1 0 -2 -2 -2 -3 -1 -2 -3 9 -1 -1 -3 -3 -3 -2 -1 -1 -5 584 // S 1 -1 1 0 -1 0 0 0 -1 -2 -3 -1 -2 -2 -1 4 2 -4 -2 -1 0 0 0 -5 585 // T 0 -1 0 -1 -1 -1 -1 -2 -2 -1 -1 -1 -1 -1 -1 2 5 -3 -1 0 0 -1 0 -5 586 // W -2 -2 -4 -4 -5 -2 -3 -2 -3 -2 -2 -2 -2 1 -3 -4 -3 15 3 -3 -4 -2 -2 -5 587 // Y -2 -1 -2 -2 -3 -1 -2 -3 2 0 0 -1 0 3 -3 -2 -1 3 8 -1 -2 -2 -1 -5 588 // V 0 -2 -3 -3 -1 -3 -3 -3 -3 3 1 -2 1 0 -3 -1 0 -3 -1 5 -3 -3 -1 -5 589 // B -1 -1 4 5 -2 0 1 -1 0 -3 -3 0 -2 -3 -2 0 0 -4 -2 -3 4 2 -1 -5 590 // Z -1 0 0 1 -3 4 4 -2 0 -3 -2 1 -1 -3 -1 0 -1 -2 -2 -3 2 4 -1 -5 591 // X 0 -1 -1 -1 -2 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 0 0 -2 -1 -1 -1 -1 -1 -5 592 // * -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 1 593 // 594 BLOSUM45 = [][]int{ 595 /* - A B C D E F G H I J K L M N P Q R S T V W X Y Z * */ 596 /* - */ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, 597 /* A */ {0, 5, -1, -1, -2, -1, -2, 0, -2, -1, 0, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -2, 1, 0, 0, -2, 0, -2, -1, -5}, 598 /* B */ {0, -1, 4, -2, 5, 1, -3, -1, 0, -3, 0, 0, -3, -2, 4, -2, 0, -1, 0, 0, -3, -4, -1, -2, 2, -5}, 599 /* C */ {0, -1, -2, 12, -3, -3, -2, -3, -3, -3, 0, -3, -2, -2, -2, -4, -3, -3, -1, -1, -1, -5, -2, -3, -3, -5}, 600 /* D */ {0, -2, 5, -3, 7, 2, -4, -1, 0, -4, 0, 0, -3, -3, 2, -1, 0, -1, 0, -1, -3, -4, -1, -2, 1, -5}, 601 /* E */ {0, -1, 1, -3, 2, 6, -3, -2, 0, -3, 0, 1, -2, -2, 0, 0, 2, 0, 0, -1, -3, -3, -1, -2, 4, -5}, 602 /* F */ {0, -2, -3, -2, -4, -3, 8, -3, -2, 0, 0, -3, 1, 0, -2, -3, -4, -2, -2, -1, 0, 1, -1, 3, -3, -5}, 603 /* G */ {0, 0, -1, -3, -1, -2, -3, 7, -2, -4, 0, -2, -3, -2, 0, -2, -2, -2, 0, -2, -3, -2, -1, -3, -2, -5}, 604 /* H */ {0, -2, 0, -3, 0, 0, -2, -2, 10, -3, 0, -1, -2, 0, 1, -2, 1, 0, -1, -2, -3, -3, -1, 2, 0, -5}, 605 /* I */ {0, -1, -3, -3, -4, -3, 0, -4, -3, 5, 0, -3, 2, 2, -2, -2, -2, -3, -2, -1, 3, -2, -1, 0, -3, -5}, 606 /* J */ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, 607 /* K */ {0, -1, 0, -3, 0, 1, -3, -2, -1, -3, 0, 5, -3, -1, 0, -1, 1, 3, -1, -1, -2, -2, -1, -1, 1, -5}, 608 /* L */ {0, -1, -3, -2, -3, -2, 1, -3, -2, 2, 0, -3, 5, 2, -3, -3, -2, -2, -3, -1, 1, -2, -1, 0, -2, -5}, 609 /* M */ {0, -1, -2, -2, -3, -2, 0, -2, 0, 2, 0, -1, 2, 6, -2, -2, 0, -1, -2, -1, 1, -2, -1, 0, -1, -5}, 610 /* N */ {0, -1, 4, -2, 2, 0, -2, 0, 1, -2, 0, 0, -3, -2, 6, -2, 0, 0, 1, 0, -3, -4, -1, -2, 0, -5}, 611 /* P */ {0, -1, -2, -4, -1, 0, -3, -2, -2, -2, 0, -1, -3, -2, -2, 9, -1, -2, -1, -1, -3, -3, -1, -3, -1, -5}, 612 /* Q */ {0, -1, 0, -3, 0, 2, -4, -2, 1, -2, 0, 1, -2, 0, 0, -1, 6, 1, 0, -1, -3, -2, -1, -1, 4, -5}, 613 /* R */ {0, -2, -1, -3, -1, 0, -2, -2, 0, -3, 0, 3, -2, -1, 0, -2, 1, 7, -1, -1, -2, -2, -1, -1, 0, -5}, 614 /* S */ {0, 1, 0, -1, 0, 0, -2, 0, -1, -2, 0, -1, -3, -2, 1, -1, 0, -1, 4, 2, -1, -4, 0, -2, 0, -5}, 615 /* T */ {0, 0, 0, -1, -1, -1, -1, -2, -2, -1, 0, -1, -1, -1, 0, -1, -1, -1, 2, 5, 0, -3, 0, -1, -1, -5}, 616 /* V */ {0, 0, -3, -1, -3, -3, 0, -3, -3, 3, 0, -2, 1, 1, -3, -3, -3, -2, -1, 0, 5, -3, -1, -1, -3, -5}, 617 /* W */ {0, -2, -4, -5, -4, -3, 1, -2, -3, -2, 0, -2, -2, -2, -4, -3, -2, -2, -4, -3, -3, 15, -2, 3, -2, -5}, 618 /* X */ {0, 0, -1, -2, -1, -1, -1, -1, -1, -1, 0, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, 0, 0, -1, -2, -1, -1, -1, -5}, 619 /* Y */ {0, -2, -2, -3, -2, -2, 3, -3, 2, 0, 0, -1, 0, 0, -2, -3, -1, -1, -2, -1, -1, 3, -1, 8, -2, -5}, 620 /* Z */ {0, -1, 2, -3, 1, 4, -3, -2, 0, -3, 0, 1, -2, -1, 0, -1, 4, 0, 0, -1, -3, -2, -1, -2, 4, -5}, 621 /* * */ {0, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, 0, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, 1}, 622 } 623 624 // # Matrix made by matblas from blosum50.iij 625 // # * column uses minimum score 626 // # BLOSUM Clustered Scoring Matrix in 1/3 Bit Units 627 // # Blocks Database = /data/blocks_5.0/blocks.dat 628 // # Cluster Percentage: >= 50 629 // # Entropy = 0.4808, Expected = -0.3573 630 // A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V B Z X * 631 // A 5 -2 -1 -2 -1 -1 -1 0 -2 -1 -2 -1 -1 -3 -1 1 0 -3 -2 0 -2 -1 -1 -5 632 // R -2 7 -1 -2 -4 1 0 -3 0 -4 -3 3 -2 -3 -3 -1 -1 -3 -1 -3 -1 0 -1 -5 633 // N -1 -1 7 2 -2 0 0 0 1 -3 -4 0 -2 -4 -2 1 0 -4 -2 -3 4 0 -1 -5 634 // D -2 -2 2 8 -4 0 2 -1 -1 -4 -4 -1 -4 -5 -1 0 -1 -5 -3 -4 5 1 -1 -5 635 // C -1 -4 -2 -4 13 -3 -3 -3 -3 -2 -2 -3 -2 -2 -4 -1 -1 -5 -3 -1 -3 -3 -2 -5 636 // Q -1 1 0 0 -3 7 2 -2 1 -3 -2 2 0 -4 -1 0 -1 -1 -1 -3 0 4 -1 -5 637 // E -1 0 0 2 -3 2 6 -3 0 -4 -3 1 -2 -3 -1 -1 -1 -3 -2 -3 1 5 -1 -5 638 // G 0 -3 0 -1 -3 -2 -3 8 -2 -4 -4 -2 -3 -4 -2 0 -2 -3 -3 -4 -1 -2 -2 -5 639 // H -2 0 1 -1 -3 1 0 -2 10 -4 -3 0 -1 -1 -2 -1 -2 -3 2 -4 0 0 -1 -5 640 // I -1 -4 -3 -4 -2 -3 -4 -4 -4 5 2 -3 2 0 -3 -3 -1 -3 -1 4 -4 -3 -1 -5 641 // L -2 -3 -4 -4 -2 -2 -3 -4 -3 2 5 -3 3 1 -4 -3 -1 -2 -1 1 -4 -3 -1 -5 642 // K -1 3 0 -1 -3 2 1 -2 0 -3 -3 6 -2 -4 -1 0 -1 -3 -2 -3 0 1 -1 -5 643 // M -1 -2 -2 -4 -2 0 -2 -3 -1 2 3 -2 7 0 -3 -2 -1 -1 0 1 -3 -1 -1 -5 644 // F -3 -3 -4 -5 -2 -4 -3 -4 -1 0 1 -4 0 8 -4 -3 -2 1 4 -1 -4 -4 -2 -5 645 // P -1 -3 -2 -1 -4 -1 -1 -2 -2 -3 -4 -1 -3 -4 10 -1 -1 -4 -3 -3 -2 -1 -2 -5 646 // S 1 -1 1 0 -1 0 -1 0 -1 -3 -3 0 -2 -3 -1 5 2 -4 -2 -2 0 0 -1 -5 647 // T 0 -1 0 -1 -1 -1 -1 -2 -2 -1 -1 -1 -1 -2 -1 2 5 -3 -2 0 0 -1 0 -5 648 // W -3 -3 -4 -5 -5 -1 -3 -3 -3 -3 -2 -3 -1 1 -4 -4 -3 15 2 -3 -5 -2 -3 -5 649 // Y -2 -1 -2 -3 -3 -1 -2 -3 2 -1 -1 -2 0 4 -3 -2 -2 2 8 -1 -3 -2 -1 -5 650 // V 0 -3 -3 -4 -1 -3 -3 -4 -4 4 1 -3 1 -1 -3 -2 0 -3 -1 5 -4 -3 -1 -5 651 // B -2 -1 4 5 -3 0 1 -1 0 -4 -4 0 -3 -4 -2 0 0 -5 -3 -4 5 2 -1 -5 652 // Z -1 0 0 1 -3 4 5 -2 0 -3 -3 1 -1 -4 -1 0 -1 -2 -2 -3 2 5 -1 -5 653 // X -1 -1 -1 -1 -2 -1 -1 -2 -1 -1 -1 -1 -1 -2 -2 -1 0 -3 -1 -1 -1 -1 -1 -5 654 // * -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 1 655 // 656 BLOSUM50 = [][]int{ 657 /* - A B C D E F G H I J K L M N P Q R S T V W X Y Z * */ 658 /* - */ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, 659 /* A */ {0, 5, -2, -1, -2, -1, -3, 0, -2, -1, 0, -1, -2, -1, -1, -1, -1, -2, 1, 0, 0, -3, -1, -2, -1, -5}, 660 /* B */ {0, -2, 5, -3, 5, 1, -4, -1, 0, -4, 0, 0, -4, -3, 4, -2, 0, -1, 0, 0, -4, -5, -1, -3, 2, -5}, 661 /* C */ {0, -1, -3, 13, -4, -3, -2, -3, -3, -2, 0, -3, -2, -2, -2, -4, -3, -4, -1, -1, -1, -5, -2, -3, -3, -5}, 662 /* D */ {0, -2, 5, -4, 8, 2, -5, -1, -1, -4, 0, -1, -4, -4, 2, -1, 0, -2, 0, -1, -4, -5, -1, -3, 1, -5}, 663 /* E */ {0, -1, 1, -3, 2, 6, -3, -3, 0, -4, 0, 1, -3, -2, 0, -1, 2, 0, -1, -1, -3, -3, -1, -2, 5, -5}, 664 /* F */ {0, -3, -4, -2, -5, -3, 8, -4, -1, 0, 0, -4, 1, 0, -4, -4, -4, -3, -3, -2, -1, 1, -2, 4, -4, -5}, 665 /* G */ {0, 0, -1, -3, -1, -3, -4, 8, -2, -4, 0, -2, -4, -3, 0, -2, -2, -3, 0, -2, -4, -3, -2, -3, -2, -5}, 666 /* H */ {0, -2, 0, -3, -1, 0, -1, -2, 10, -4, 0, 0, -3, -1, 1, -2, 1, 0, -1, -2, -4, -3, -1, 2, 0, -5}, 667 /* I */ {0, -1, -4, -2, -4, -4, 0, -4, -4, 5, 0, -3, 2, 2, -3, -3, -3, -4, -3, -1, 4, -3, -1, -1, -3, -5}, 668 /* J */ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, 669 /* K */ {0, -1, 0, -3, -1, 1, -4, -2, 0, -3, 0, 6, -3, -2, 0, -1, 2, 3, 0, -1, -3, -3, -1, -2, 1, -5}, 670 /* L */ {0, -2, -4, -2, -4, -3, 1, -4, -3, 2, 0, -3, 5, 3, -4, -4, -2, -3, -3, -1, 1, -2, -1, -1, -3, -5}, 671 /* M */ {0, -1, -3, -2, -4, -2, 0, -3, -1, 2, 0, -2, 3, 7, -2, -3, 0, -2, -2, -1, 1, -1, -1, 0, -1, -5}, 672 /* N */ {0, -1, 4, -2, 2, 0, -4, 0, 1, -3, 0, 0, -4, -2, 7, -2, 0, -1, 1, 0, -3, -4, -1, -2, 0, -5}, 673 /* P */ {0, -1, -2, -4, -1, -1, -4, -2, -2, -3, 0, -1, -4, -3, -2, 10, -1, -3, -1, -1, -3, -4, -2, -3, -1, -5}, 674 /* Q */ {0, -1, 0, -3, 0, 2, -4, -2, 1, -3, 0, 2, -2, 0, 0, -1, 7, 1, 0, -1, -3, -1, -1, -1, 4, -5}, 675 /* R */ {0, -2, -1, -4, -2, 0, -3, -3, 0, -4, 0, 3, -3, -2, -1, -3, 1, 7, -1, -1, -3, -3, -1, -1, 0, -5}, 676 /* S */ {0, 1, 0, -1, 0, -1, -3, 0, -1, -3, 0, 0, -3, -2, 1, -1, 0, -1, 5, 2, -2, -4, -1, -2, 0, -5}, 677 /* T */ {0, 0, 0, -1, -1, -1, -2, -2, -2, -1, 0, -1, -1, -1, 0, -1, -1, -1, 2, 5, 0, -3, 0, -2, -1, -5}, 678 /* V */ {0, 0, -4, -1, -4, -3, -1, -4, -4, 4, 0, -3, 1, 1, -3, -3, -3, -3, -2, 0, 5, -3, -1, -1, -3, -5}, 679 /* W */ {0, -3, -5, -5, -5, -3, 1, -3, -3, -3, 0, -3, -2, -1, -4, -4, -1, -3, -4, -3, -3, 15, -3, 2, -2, -5}, 680 /* X */ {0, -1, -1, -2, -1, -1, -2, -2, -1, -1, 0, -1, -1, -1, -1, -2, -1, -1, -1, 0, -1, -3, -1, -1, -1, -5}, 681 /* Y */ {0, -2, -3, -3, -3, -2, 4, -3, 2, -1, 0, -2, -1, 0, -2, -3, -1, -1, -2, -2, -1, 2, -1, 8, -2, -5}, 682 /* Z */ {0, -1, 2, -3, 1, 5, -4, -2, 0, -3, 0, 1, -3, -1, 0, -1, 4, 0, 0, -1, -3, -2, -1, -2, 5, -5}, 683 /* * */ {0, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, 0, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, 1}, 684 } 685 686 // # Matrix made by matblas from blosum55.iij 687 // # * column uses minimum score 688 // # BLOSUM Clustered Scoring Matrix in 1/3 Bit Units 689 // # Blocks Database = /data/blocks_5.0/blocks.dat 690 // # Cluster Percentage: >= 55 691 // # Entropy = 0.5637, Expected = -0.4179 692 // A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V B Z X * 693 // A 5 -2 -2 -2 0 -1 -1 0 -2 -2 -2 -1 -1 -3 -1 2 0 -4 -2 0 -2 -1 -1 -5 694 // R -2 8 -1 -2 -4 1 0 -3 0 -4 -3 3 -2 -3 -3 -1 -1 -3 -2 -3 -1 0 -1 -5 695 // N -2 -1 8 2 -3 0 0 0 1 -4 -4 0 -3 -4 -2 1 0 -5 -2 -4 4 0 -1 -5 696 // D -2 -2 2 8 -4 0 2 -2 -1 -4 -5 -1 -4 -5 -2 0 -1 -5 -3 -4 5 1 -2 -5 697 // C 0 -4 -3 -4 13 -4 -4 -3 -4 -2 -2 -4 -2 -3 -3 -1 -1 -4 -3 -1 -4 -4 -2 -5 698 // Q -1 1 0 0 -4 7 2 -2 1 -4 -3 2 0 -4 -1 0 -1 -2 -1 -3 0 4 -1 -5 699 // E -1 0 0 2 -4 2 7 -3 -1 -4 -4 1 -3 -4 -1 0 -1 -3 -2 -3 1 5 -1 -5 700 // G 0 -3 0 -2 -3 -2 -3 8 -2 -5 -5 -2 -3 -4 -3 0 -2 -3 -4 -4 -1 -3 -2 -5 701 // H -2 0 1 -1 -4 1 -1 -2 11 -4 -3 0 -2 -1 -3 -1 -2 -3 2 -4 0 0 -1 -5 702 // I -2 -4 -4 -4 -2 -4 -4 -5 -4 6 2 -4 2 0 -3 -3 -1 -3 -1 4 -4 -4 -1 -5 703 // L -2 -3 -4 -5 -2 -3 -4 -5 -3 2 6 -3 3 1 -4 -3 -2 -3 -1 1 -4 -3 -1 -5 704 // K -1 3 0 -1 -4 2 1 -2 0 -4 -3 6 -2 -4 -1 0 -1 -4 -2 -3 0 1 -1 -5 705 // M -1 -2 -3 -4 -2 0 -3 -3 -2 2 3 -2 8 0 -3 -2 -1 -2 -1 1 -3 -2 -1 -5 706 // F -3 -3 -4 -5 -3 -4 -4 -4 -1 0 1 -4 0 9 -5 -3 -3 2 4 -1 -5 -4 -2 -5 707 // P -1 -3 -2 -2 -3 -1 -1 -3 -3 -3 -4 -1 -3 -5 10 -1 -1 -5 -4 -3 -2 -1 -2 -5 708 // S 2 -1 1 0 -1 0 0 0 -1 -3 -3 0 -2 -3 -1 5 2 -4 -2 -2 0 0 -1 -5 709 // T 0 -1 0 -1 -1 -1 -1 -2 -2 -1 -2 -1 -1 -3 -1 2 6 -3 -2 0 -1 -1 -1 -5 710 // W -4 -3 -5 -5 -4 -2 -3 -3 -3 -3 -3 -4 -2 2 -5 -4 -3 15 3 -4 -5 -3 -3 -5 711 // Y -2 -2 -2 -3 -3 -1 -2 -4 2 -1 -1 -2 -1 4 -4 -2 -2 3 9 -2 -3 -2 -1 -5 712 // V 0 -3 -4 -4 -1 -3 -3 -4 -4 4 1 -3 1 -1 -3 -2 0 -4 -2 5 -4 -3 -1 -5 713 // B -2 -1 4 5 -4 0 1 -1 0 -4 -4 0 -3 -5 -2 0 -1 -5 -3 -4 5 2 -1 -5 714 // Z -1 0 0 1 -4 4 5 -3 0 -4 -3 1 -2 -4 -1 0 -1 -3 -2 -3 2 5 -1 -5 715 // X -1 -1 -1 -2 -2 -1 -1 -2 -1 -1 -1 -1 -1 -2 -2 -1 -1 -3 -1 -1 -1 -1 -1 -5 716 // * -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 1 717 // 718 BLOSUM55 = [][]int{ 719 /* - A B C D E F G H I J K L M N P Q R S T V W X Y Z * */ 720 /* - */ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, 721 /* A */ {0, 5, -2, 0, -2, -1, -3, 0, -2, -2, 0, -1, -2, -1, -2, -1, -1, -2, 2, 0, 0, -4, -1, -2, -1, -5}, 722 /* B */ {0, -2, 5, -4, 5, 1, -5, -1, 0, -4, 0, 0, -4, -3, 4, -2, 0, -1, 0, -1, -4, -5, -1, -3, 2, -5}, 723 /* C */ {0, 0, -4, 13, -4, -4, -3, -3, -4, -2, 0, -4, -2, -2, -3, -3, -4, -4, -1, -1, -1, -4, -2, -3, -4, -5}, 724 /* D */ {0, -2, 5, -4, 8, 2, -5, -2, -1, -4, 0, -1, -5, -4, 2, -2, 0, -2, 0, -1, -4, -5, -2, -3, 1, -5}, 725 /* E */ {0, -1, 1, -4, 2, 7, -4, -3, -1, -4, 0, 1, -4, -3, 0, -1, 2, 0, 0, -1, -3, -3, -1, -2, 5, -5}, 726 /* F */ {0, -3, -5, -3, -5, -4, 9, -4, -1, 0, 0, -4, 1, 0, -4, -5, -4, -3, -3, -3, -1, 2, -2, 4, -4, -5}, 727 /* G */ {0, 0, -1, -3, -2, -3, -4, 8, -2, -5, 0, -2, -5, -3, 0, -3, -2, -3, 0, -2, -4, -3, -2, -4, -3, -5}, 728 /* H */ {0, -2, 0, -4, -1, -1, -1, -2, 11, -4, 0, 0, -3, -2, 1, -3, 1, 0, -1, -2, -4, -3, -1, 2, 0, -5}, 729 /* I */ {0, -2, -4, -2, -4, -4, 0, -5, -4, 6, 0, -4, 2, 2, -4, -3, -4, -4, -3, -1, 4, -3, -1, -1, -4, -5}, 730 /* J */ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, 731 /* K */ {0, -1, 0, -4, -1, 1, -4, -2, 0, -4, 0, 6, -3, -2, 0, -1, 2, 3, 0, -1, -3, -4, -1, -2, 1, -5}, 732 /* L */ {0, -2, -4, -2, -5, -4, 1, -5, -3, 2, 0, -3, 6, 3, -4, -4, -3, -3, -3, -2, 1, -3, -1, -1, -3, -5}, 733 /* M */ {0, -1, -3, -2, -4, -3, 0, -3, -2, 2, 0, -2, 3, 8, -3, -3, 0, -2, -2, -1, 1, -2, -1, -1, -2, -5}, 734 /* N */ {0, -2, 4, -3, 2, 0, -4, 0, 1, -4, 0, 0, -4, -3, 8, -2, 0, -1, 1, 0, -4, -5, -1, -2, 0, -5}, 735 /* P */ {0, -1, -2, -3, -2, -1, -5, -3, -3, -3, 0, -1, -4, -3, -2, 10, -1, -3, -1, -1, -3, -5, -2, -4, -1, -5}, 736 /* Q */ {0, -1, 0, -4, 0, 2, -4, -2, 1, -4, 0, 2, -3, 0, 0, -1, 7, 1, 0, -1, -3, -2, -1, -1, 4, -5}, 737 /* R */ {0, -2, -1, -4, -2, 0, -3, -3, 0, -4, 0, 3, -3, -2, -1, -3, 1, 8, -1, -1, -3, -3, -1, -2, 0, -5}, 738 /* S */ {0, 2, 0, -1, 0, 0, -3, 0, -1, -3, 0, 0, -3, -2, 1, -1, 0, -1, 5, 2, -2, -4, -1, -2, 0, -5}, 739 /* T */ {0, 0, -1, -1, -1, -1, -3, -2, -2, -1, 0, -1, -2, -1, 0, -1, -1, -1, 2, 6, 0, -3, -1, -2, -1, -5}, 740 /* V */ {0, 0, -4, -1, -4, -3, -1, -4, -4, 4, 0, -3, 1, 1, -4, -3, -3, -3, -2, 0, 5, -4, -1, -2, -3, -5}, 741 /* W */ {0, -4, -5, -4, -5, -3, 2, -3, -3, -3, 0, -4, -3, -2, -5, -5, -2, -3, -4, -3, -4, 15, -3, 3, -3, -5}, 742 /* X */ {0, -1, -1, -2, -2, -1, -2, -2, -1, -1, 0, -1, -1, -1, -1, -2, -1, -1, -1, -1, -1, -3, -1, -1, -1, -5}, 743 /* Y */ {0, -2, -3, -3, -3, -2, 4, -4, 2, -1, 0, -2, -1, -1, -2, -4, -1, -2, -2, -2, -2, 3, -1, 9, -2, -5}, 744 /* Z */ {0, -1, 2, -4, 1, 5, -4, -3, 0, -4, 0, 1, -3, -2, 0, -1, 4, 0, 0, -1, -3, -3, -1, -2, 5, -5}, 745 /* * */ {0, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, 0, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, 1}, 746 } 747 748 // # Matrix made by matblas from blosum60.iij 749 // # * column uses minimum score 750 // # BLOSUM Clustered Scoring Matrix in 1/2 Bit Units 751 // # Blocks Database = /data/blocks_5.0/blocks.dat 752 // # Cluster Percentage: >= 60 753 // # Entropy = 0.6603, Expected = -0.4917 754 // A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V B Z X * 755 // A 4 -1 -1 -2 0 -1 -1 0 -2 -1 -1 -1 -1 -2 -1 1 0 -3 -2 0 -2 -1 0 -4 756 // R -1 5 0 -1 -3 1 0 -2 0 -3 -2 2 -1 -3 -2 -1 -1 -3 -2 -2 -1 0 -1 -4 757 // N -1 0 6 1 -2 0 0 0 1 -3 -3 0 -2 -3 -2 1 0 -4 -2 -3 3 0 -1 -4 758 // D -2 -1 1 6 -3 0 2 -1 -1 -3 -3 -1 -3 -3 -1 0 -1 -4 -3 -3 4 1 -1 -4 759 // C 0 -3 -2 -3 9 -3 -3 -2 -3 -1 -1 -3 -1 -2 -3 -1 -1 -2 -2 -1 -3 -3 -2 -4 760 // Q -1 1 0 0 -3 5 2 -2 1 -3 -2 1 0 -3 -1 0 -1 -2 -1 -2 0 3 -1 -4 761 // E -1 0 0 2 -3 2 5 -2 0 -3 -3 1 -2 -3 -1 0 -1 -3 -2 -2 1 4 -1 -4 762 // G 0 -2 0 -1 -2 -2 -2 6 -2 -3 -4 -1 -2 -3 -2 0 -2 -2 -3 -3 -1 -2 -1 -4 763 // H -2 0 1 -1 -3 1 0 -2 7 -3 -3 -1 -1 -1 -2 -1 -2 -2 2 -3 0 0 -1 -4 764 // I -1 -3 -3 -3 -1 -3 -3 -3 -3 4 2 -3 1 0 -3 -2 -1 -2 -1 3 -3 -3 -1 -4 765 // L -1 -2 -3 -3 -1 -2 -3 -4 -3 2 4 -2 2 0 -3 -2 -1 -2 -1 1 -3 -2 -1 -4 766 // K -1 2 0 -1 -3 1 1 -1 -1 -3 -2 4 -1 -3 -1 0 -1 -3 -2 -2 0 1 -1 -4 767 // M -1 -1 -2 -3 -1 0 -2 -2 -1 1 2 -1 5 0 -2 -1 -1 -1 -1 1 -3 -1 -1 -4 768 // F -2 -3 -3 -3 -2 -3 -3 -3 -1 0 0 -3 0 6 -4 -2 -2 1 3 -1 -3 -3 -1 -4 769 // P -1 -2 -2 -1 -3 -1 -1 -2 -2 -3 -3 -1 -2 -4 7 -1 -1 -4 -3 -2 -2 -1 -2 -4 770 // S 1 -1 1 0 -1 0 0 0 -1 -2 -2 0 -1 -2 -1 4 1 -3 -2 -2 0 0 0 -4 771 // T 0 -1 0 -1 -1 -1 -1 -2 -2 -1 -1 -1 -1 -2 -1 1 4 -2 -2 0 0 -1 0 -4 772 // W -3 -3 -4 -4 -2 -2 -3 -2 -2 -2 -2 -3 -1 1 -4 -3 -2 10 2 -3 -4 -2 -2 -4 773 // Y -2 -2 -2 -3 -2 -1 -2 -3 2 -1 -1 -2 -1 3 -3 -2 -2 2 6 -1 -2 -2 -1 -4 774 // V 0 -2 -3 -3 -1 -2 -2 -3 -3 3 1 -2 1 -1 -2 -2 0 -3 -1 4 -3 -2 -1 -4 775 // B -2 -1 3 4 -3 0 1 -1 0 -3 -3 0 -3 -3 -2 0 0 -4 -2 -3 4 1 -1 -4 776 // Z -1 0 0 1 -3 3 4 -2 0 -3 -2 1 -1 -3 -1 0 -1 -2 -2 -2 1 3 -1 -4 777 // X 0 -1 -1 -1 -2 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -2 0 0 -2 -1 -1 -1 -1 -1 -4 778 // * -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 1 779 // 780 BLOSUM60 = [][]int{ 781 /* - A B C D E F G H I J K L M N P Q R S T V W X Y Z * */ 782 /* - */ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, 783 /* A */ {0, 4, -2, 0, -2, -1, -2, 0, -2, -1, 0, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, 1, 0, 0, -3, 0, -2, -1, -4}, 784 /* B */ {0, -2, 4, -3, 4, 1, -3, -1, 0, -3, 0, 0, -3, -3, 3, -2, 0, -1, 0, 0, -3, -4, -1, -2, 1, -4}, 785 /* C */ {0, 0, -3, 9, -3, -3, -2, -2, -3, -1, 0, -3, -1, -1, -2, -3, -3, -3, -1, -1, -1, -2, -2, -2, -3, -4}, 786 /* D */ {0, -2, 4, -3, 6, 2, -3, -1, -1, -3, 0, -1, -3, -3, 1, -1, 0, -1, 0, -1, -3, -4, -1, -3, 1, -4}, 787 /* E */ {0, -1, 1, -3, 2, 5, -3, -2, 0, -3, 0, 1, -3, -2, 0, -1, 2, 0, 0, -1, -2, -3, -1, -2, 4, -4}, 788 /* F */ {0, -2, -3, -2, -3, -3, 6, -3, -1, 0, 0, -3, 0, 0, -3, -4, -3, -3, -2, -2, -1, 1, -1, 3, -3, -4}, 789 /* G */ {0, 0, -1, -2, -1, -2, -3, 6, -2, -3, 0, -1, -4, -2, 0, -2, -2, -2, 0, -2, -3, -2, -1, -3, -2, -4}, 790 /* H */ {0, -2, 0, -3, -1, 0, -1, -2, 7, -3, 0, -1, -3, -1, 1, -2, 1, 0, -1, -2, -3, -2, -1, 2, 0, -4}, 791 /* I */ {0, -1, -3, -1, -3, -3, 0, -3, -3, 4, 0, -3, 2, 1, -3, -3, -3, -3, -2, -1, 3, -2, -1, -1, -3, -4}, 792 /* J */ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, 793 /* K */ {0, -1, 0, -3, -1, 1, -3, -1, -1, -3, 0, 4, -2, -1, 0, -1, 1, 2, 0, -1, -2, -3, -1, -2, 1, -4}, 794 /* L */ {0, -1, -3, -1, -3, -3, 0, -4, -3, 2, 0, -2, 4, 2, -3, -3, -2, -2, -2, -1, 1, -2, -1, -1, -2, -4}, 795 /* M */ {0, -1, -3, -1, -3, -2, 0, -2, -1, 1, 0, -1, 2, 5, -2, -2, 0, -1, -1, -1, 1, -1, -1, -1, -1, -4}, 796 /* N */ {0, -1, 3, -2, 1, 0, -3, 0, 1, -3, 0, 0, -3, -2, 6, -2, 0, 0, 1, 0, -3, -4, -1, -2, 0, -4}, 797 /* P */ {0, -1, -2, -3, -1, -1, -4, -2, -2, -3, 0, -1, -3, -2, -2, 7, -1, -2, -1, -1, -2, -4, -2, -3, -1, -4}, 798 /* Q */ {0, -1, 0, -3, 0, 2, -3, -2, 1, -3, 0, 1, -2, 0, 0, -1, 5, 1, 0, -1, -2, -2, -1, -1, 3, -4}, 799 /* R */ {0, -1, -1, -3, -1, 0, -3, -2, 0, -3, 0, 2, -2, -1, 0, -2, 1, 5, -1, -1, -2, -3, -1, -2, 0, -4}, 800 /* S */ {0, 1, 0, -1, 0, 0, -2, 0, -1, -2, 0, 0, -2, -1, 1, -1, 0, -1, 4, 1, -2, -3, 0, -2, 0, -4}, 801 /* T */ {0, 0, 0, -1, -1, -1, -2, -2, -2, -1, 0, -1, -1, -1, 0, -1, -1, -1, 1, 4, 0, -2, 0, -2, -1, -4}, 802 /* V */ {0, 0, -3, -1, -3, -2, -1, -3, -3, 3, 0, -2, 1, 1, -3, -2, -2, -2, -2, 0, 4, -3, -1, -1, -2, -4}, 803 /* W */ {0, -3, -4, -2, -4, -3, 1, -2, -2, -2, 0, -3, -2, -1, -4, -4, -2, -3, -3, -2, -3, 10, -2, 2, -2, -4}, 804 /* X */ {0, 0, -1, -2, -1, -1, -1, -1, -1, -1, 0, -1, -1, -1, -1, -2, -1, -1, 0, 0, -1, -2, -1, -1, -1, -4}, 805 /* Y */ {0, -2, -2, -2, -3, -2, 3, -3, 2, -1, 0, -2, -1, -1, -2, -3, -1, -2, -2, -2, -1, 2, -1, 6, -2, -4}, 806 /* Z */ {0, -1, 1, -3, 1, 4, -3, -2, 0, -3, 0, 1, -2, -1, 0, -1, 3, 0, 0, -1, -2, -2, -1, -2, 3, -4}, 807 /* * */ {0, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, 0, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, 1}, 808 } 809 810 // # Matrix made by matblas from blosum62.iij 811 // # * column uses minimum score 812 // # BLOSUM Clustered Scoring Matrix in 1/2 Bit Units 813 // # Blocks Database = /data/blocks_5.0/blocks.dat 814 // # Cluster Percentage: >= 62 815 // # Entropy = 0.6979, Expected = -0.5209 816 // A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V B Z X * 817 // A 4 -1 -2 -2 0 -1 -1 0 -2 -1 -1 -1 -1 -2 -1 1 0 -3 -2 0 -2 -1 0 -4 818 // R -1 5 0 -2 -3 1 0 -2 0 -3 -2 2 -1 -3 -2 -1 -1 -3 -2 -3 -1 0 -1 -4 819 // N -2 0 6 1 -3 0 0 0 1 -3 -3 0 -2 -3 -2 1 0 -4 -2 -3 3 0 -1 -4 820 // D -2 -2 1 6 -3 0 2 -1 -1 -3 -4 -1 -3 -3 -1 0 -1 -4 -3 -3 4 1 -1 -4 821 // C 0 -3 -3 -3 9 -3 -4 -3 -3 -1 -1 -3 -1 -2 -3 -1 -1 -2 -2 -1 -3 -3 -2 -4 822 // Q -1 1 0 0 -3 5 2 -2 0 -3 -2 1 0 -3 -1 0 -1 -2 -1 -2 0 3 -1 -4 823 // E -1 0 0 2 -4 2 5 -2 0 -3 -3 1 -2 -3 -1 0 -1 -3 -2 -2 1 4 -1 -4 824 // G 0 -2 0 -1 -3 -2 -2 6 -2 -4 -4 -2 -3 -3 -2 0 -2 -2 -3 -3 -1 -2 -1 -4 825 // H -2 0 1 -1 -3 0 0 -2 8 -3 -3 -1 -2 -1 -2 -1 -2 -2 2 -3 0 0 -1 -4 826 // I -1 -3 -3 -3 -1 -3 -3 -4 -3 4 2 -3 1 0 -3 -2 -1 -3 -1 3 -3 -3 -1 -4 827 // L -1 -2 -3 -4 -1 -2 -3 -4 -3 2 4 -2 2 0 -3 -2 -1 -2 -1 1 -4 -3 -1 -4 828 // K -1 2 0 -1 -3 1 1 -2 -1 -3 -2 5 -1 -3 -1 0 -1 -3 -2 -2 0 1 -1 -4 829 // M -1 -1 -2 -3 -1 0 -2 -3 -2 1 2 -1 5 0 -2 -1 -1 -1 -1 1 -3 -1 -1 -4 830 // F -2 -3 -3 -3 -2 -3 -3 -3 -1 0 0 -3 0 6 -4 -2 -2 1 3 -1 -3 -3 -1 -4 831 // P -1 -2 -2 -1 -3 -1 -1 -2 -2 -3 -3 -1 -2 -4 7 -1 -1 -4 -3 -2 -2 -1 -2 -4 832 // S 1 -1 1 0 -1 0 0 0 -1 -2 -2 0 -1 -2 -1 4 1 -3 -2 -2 0 0 0 -4 833 // T 0 -1 0 -1 -1 -1 -1 -2 -2 -1 -1 -1 -1 -2 -1 1 5 -2 -2 0 -1 -1 0 -4 834 // W -3 -3 -4 -4 -2 -2 -3 -2 -2 -3 -2 -3 -1 1 -4 -3 -2 11 2 -3 -4 -3 -2 -4 835 // Y -2 -2 -2 -3 -2 -1 -2 -3 2 -1 -1 -2 -1 3 -3 -2 -2 2 7 -1 -3 -2 -1 -4 836 // V 0 -3 -3 -3 -1 -2 -2 -3 -3 3 1 -2 1 -1 -2 -2 0 -3 -1 4 -3 -2 -1 -4 837 // B -2 -1 3 4 -3 0 1 -1 0 -3 -4 0 -3 -3 -2 0 -1 -4 -3 -3 4 1 -1 -4 838 // Z -1 0 0 1 -3 3 4 -2 0 -3 -3 1 -1 -3 -1 0 -1 -3 -2 -2 1 4 -1 -4 839 // X 0 -1 -1 -1 -2 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -2 0 0 -2 -1 -1 -1 -1 -1 -4 840 // * -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 1 841 // 842 BLOSUM62 = [][]int{ 843 /* - A B C D E F G H I J K L M N P Q R S T V W X Y Z * */ 844 /* - */ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, 845 /* A */ {0, 4, -2, 0, -2, -1, -2, 0, -2, -1, 0, -1, -1, -1, -2, -1, -1, -1, 1, 0, 0, -3, 0, -2, -1, -4}, 846 /* B */ {0, -2, 4, -3, 4, 1, -3, -1, 0, -3, 0, 0, -4, -3, 3, -2, 0, -1, 0, -1, -3, -4, -1, -3, 1, -4}, 847 /* C */ {0, 0, -3, 9, -3, -4, -2, -3, -3, -1, 0, -3, -1, -1, -3, -3, -3, -3, -1, -1, -1, -2, -2, -2, -3, -4}, 848 /* D */ {0, -2, 4, -3, 6, 2, -3, -1, -1, -3, 0, -1, -4, -3, 1, -1, 0, -2, 0, -1, -3, -4, -1, -3, 1, -4}, 849 /* E */ {0, -1, 1, -4, 2, 5, -3, -2, 0, -3, 0, 1, -3, -2, 0, -1, 2, 0, 0, -1, -2, -3, -1, -2, 4, -4}, 850 /* F */ {0, -2, -3, -2, -3, -3, 6, -3, -1, 0, 0, -3, 0, 0, -3, -4, -3, -3, -2, -2, -1, 1, -1, 3, -3, -4}, 851 /* G */ {0, 0, -1, -3, -1, -2, -3, 6, -2, -4, 0, -2, -4, -3, 0, -2, -2, -2, 0, -2, -3, -2, -1, -3, -2, -4}, 852 /* H */ {0, -2, 0, -3, -1, 0, -1, -2, 8, -3, 0, -1, -3, -2, 1, -2, 0, 0, -1, -2, -3, -2, -1, 2, 0, -4}, 853 /* I */ {0, -1, -3, -1, -3, -3, 0, -4, -3, 4, 0, -3, 2, 1, -3, -3, -3, -3, -2, -1, 3, -3, -1, -1, -3, -4}, 854 /* J */ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, 855 /* K */ {0, -1, 0, -3, -1, 1, -3, -2, -1, -3, 0, 5, -2, -1, 0, -1, 1, 2, 0, -1, -2, -3, -1, -2, 1, -4}, 856 /* L */ {0, -1, -4, -1, -4, -3, 0, -4, -3, 2, 0, -2, 4, 2, -3, -3, -2, -2, -2, -1, 1, -2, -1, -1, -3, -4}, 857 /* M */ {0, -1, -3, -1, -3, -2, 0, -3, -2, 1, 0, -1, 2, 5, -2, -2, 0, -1, -1, -1, 1, -1, -1, -1, -1, -4}, 858 /* N */ {0, -2, 3, -3, 1, 0, -3, 0, 1, -3, 0, 0, -3, -2, 6, -2, 0, 0, 1, 0, -3, -4, -1, -2, 0, -4}, 859 /* P */ {0, -1, -2, -3, -1, -1, -4, -2, -2, -3, 0, -1, -3, -2, -2, 7, -1, -2, -1, -1, -2, -4, -2, -3, -1, -4}, 860 /* Q */ {0, -1, 0, -3, 0, 2, -3, -2, 0, -3, 0, 1, -2, 0, 0, -1, 5, 1, 0, -1, -2, -2, -1, -1, 3, -4}, 861 /* R */ {0, -1, -1, -3, -2, 0, -3, -2, 0, -3, 0, 2, -2, -1, 0, -2, 1, 5, -1, -1, -3, -3, -1, -2, 0, -4}, 862 /* S */ {0, 1, 0, -1, 0, 0, -2, 0, -1, -2, 0, 0, -2, -1, 1, -1, 0, -1, 4, 1, -2, -3, 0, -2, 0, -4}, 863 /* T */ {0, 0, -1, -1, -1, -1, -2, -2, -2, -1, 0, -1, -1, -1, 0, -1, -1, -1, 1, 5, 0, -2, 0, -2, -1, -4}, 864 /* V */ {0, 0, -3, -1, -3, -2, -1, -3, -3, 3, 0, -2, 1, 1, -3, -2, -2, -3, -2, 0, 4, -3, -1, -1, -2, -4}, 865 /* W */ {0, -3, -4, -2, -4, -3, 1, -2, -2, -3, 0, -3, -2, -1, -4, -4, -2, -3, -3, -2, -3, 11, -2, 2, -3, -4}, 866 /* X */ {0, 0, -1, -2, -1, -1, -1, -1, -1, -1, 0, -1, -1, -1, -1, -2, -1, -1, 0, 0, -1, -2, -1, -1, -1, -4}, 867 /* Y */ {0, -2, -3, -2, -3, -2, 3, -3, 2, -1, 0, -2, -1, -1, -2, -3, -1, -2, -2, -2, -1, 2, -1, 7, -2, -4}, 868 /* Z */ {0, -1, 1, -3, 1, 4, -3, -2, 0, -3, 0, 1, -3, -1, 0, -1, 3, 0, 0, -1, -2, -3, -1, -2, 4, -4}, 869 /* * */ {0, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, 0, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, 1}, 870 } 871 872 // # Matrix made by matblas from blosum65.iij 873 // # * column uses minimum score 874 // # BLOSUM Clustered Scoring Matrix in 1/2 Bit Units 875 // # Blocks Database = /data/blocks_5.0/blocks.dat 876 // # Cluster Percentage: >= 65 877 // # Entropy = 0.7576, Expected = -0.5675 878 // A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V B Z X * 879 // A 4 -1 -2 -2 0 -1 -1 0 -2 -1 -2 -1 -1 -2 -1 1 0 -3 -2 0 -2 -1 -1 -5 880 // R -1 6 0 -2 -4 1 0 -2 0 -3 -2 2 -2 -3 -2 -1 -1 -3 -2 -3 -1 0 -1 -5 881 // N -2 0 6 1 -3 0 0 -1 1 -3 -4 0 -2 -3 -2 1 0 -4 -2 -3 3 0 -1 -5 882 // D -2 -2 1 6 -4 0 2 -1 -1 -3 -4 -1 -3 -4 -2 0 -1 -5 -3 -3 4 1 -1 -5 883 // C 0 -4 -3 -4 9 -3 -4 -3 -3 -1 -1 -3 -2 -2 -3 -1 -1 -2 -2 -1 -3 -4 -2 -5 884 // Q -1 1 0 0 -3 6 2 -2 1 -3 -2 1 0 -3 -1 0 -1 -2 -2 -2 0 3 -1 -5 885 // E -1 0 0 2 -4 2 5 -2 0 -3 -3 1 -2 -3 -1 0 -1 -3 -2 -3 1 4 -1 -5 886 // G 0 -2 -1 -1 -3 -2 -2 6 -2 -4 -4 -2 -3 -3 -2 0 -2 -3 -3 -3 -1 -2 -2 -5 887 // H -2 0 1 -1 -3 1 0 -2 8 -3 -3 -1 -2 -1 -2 -1 -2 -2 2 -3 0 0 -1 -5 888 // I -1 -3 -3 -3 -1 -3 -3 -4 -3 4 2 -3 1 0 -3 -2 -1 -2 -1 3 -3 -3 -1 -5 889 // L -2 -2 -4 -4 -1 -2 -3 -4 -3 2 4 -3 2 0 -3 -3 -1 -2 -1 1 -4 -3 -1 -5 890 // K -1 2 0 -1 -3 1 1 -2 -1 -3 -3 5 -2 -3 -1 0 -1 -3 -2 -2 0 1 -1 -5 891 // M -1 -2 -2 -3 -2 0 -2 -3 -2 1 2 -2 6 0 -3 -2 -1 -2 -1 1 -3 -2 -1 -5 892 // F -2 -3 -3 -4 -2 -3 -3 -3 -1 0 0 -3 0 6 -4 -2 -2 1 3 -1 -3 -3 -2 -5 893 // P -1 -2 -2 -2 -3 -1 -1 -2 -2 -3 -3 -1 -3 -4 8 -1 -1 -4 -3 -2 -2 -1 -2 -5 894 // S 1 -1 1 0 -1 0 0 0 -1 -2 -3 0 -2 -2 -1 4 1 -3 -2 -2 0 0 -1 -5 895 // T 0 -1 0 -1 -1 -1 -1 -2 -2 -1 -1 -1 -1 -2 -1 1 5 -3 -2 0 -1 -1 -1 -5 896 // W -3 -3 -4 -5 -2 -2 -3 -3 -2 -2 -2 -3 -2 1 -4 -3 -3 10 2 -3 -4 -3 -2 -5 897 // Y -2 -2 -2 -3 -2 -2 -2 -3 2 -1 -1 -2 -1 3 -3 -2 -2 2 7 -1 -3 -2 -1 -5 898 // V 0 -3 -3 -3 -1 -2 -3 -3 -3 3 1 -2 1 -1 -2 -2 0 -3 -1 4 -3 -2 -1 -5 899 // B -2 -1 3 4 -3 0 1 -1 0 -3 -4 0 -3 -3 -2 0 -1 -4 -3 -3 4 1 -1 -5 900 // Z -1 0 0 1 -4 3 4 -2 0 -3 -3 1 -2 -3 -1 0 -1 -3 -2 -2 1 4 -1 -5 901 // X -1 -1 -1 -1 -2 -1 -1 -2 -1 -1 -1 -1 -1 -2 -2 -1 -1 -2 -1 -1 -1 -1 -1 -5 902 // * -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 1 903 // 904 BLOSUM65 = [][]int{ 905 /* - A B C D E F G H I J K L M N P Q R S T V W X Y Z * */ 906 /* - */ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, 907 /* A */ {0, 4, -2, 0, -2, -1, -2, 0, -2, -1, 0, -1, -2, -1, -2, -1, -1, -1, 1, 0, 0, -3, -1, -2, -1, -5}, 908 /* B */ {0, -2, 4, -3, 4, 1, -3, -1, 0, -3, 0, 0, -4, -3, 3, -2, 0, -1, 0, -1, -3, -4, -1, -3, 1, -5}, 909 /* C */ {0, 0, -3, 9, -4, -4, -2, -3, -3, -1, 0, -3, -1, -2, -3, -3, -3, -4, -1, -1, -1, -2, -2, -2, -4, -5}, 910 /* D */ {0, -2, 4, -4, 6, 2, -4, -1, -1, -3, 0, -1, -4, -3, 1, -2, 0, -2, 0, -1, -3, -5, -1, -3, 1, -5}, 911 /* E */ {0, -1, 1, -4, 2, 5, -3, -2, 0, -3, 0, 1, -3, -2, 0, -1, 2, 0, 0, -1, -3, -3, -1, -2, 4, -5}, 912 /* F */ {0, -2, -3, -2, -4, -3, 6, -3, -1, 0, 0, -3, 0, 0, -3, -4, -3, -3, -2, -2, -1, 1, -2, 3, -3, -5}, 913 /* G */ {0, 0, -1, -3, -1, -2, -3, 6, -2, -4, 0, -2, -4, -3, -1, -2, -2, -2, 0, -2, -3, -3, -2, -3, -2, -5}, 914 /* H */ {0, -2, 0, -3, -1, 0, -1, -2, 8, -3, 0, -1, -3, -2, 1, -2, 1, 0, -1, -2, -3, -2, -1, 2, 0, -5}, 915 /* I */ {0, -1, -3, -1, -3, -3, 0, -4, -3, 4, 0, -3, 2, 1, -3, -3, -3, -3, -2, -1, 3, -2, -1, -1, -3, -5}, 916 /* J */ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, 917 /* K */ {0, -1, 0, -3, -1, 1, -3, -2, -1, -3, 0, 5, -3, -2, 0, -1, 1, 2, 0, -1, -2, -3, -1, -2, 1, -5}, 918 /* L */ {0, -2, -4, -1, -4, -3, 0, -4, -3, 2, 0, -3, 4, 2, -4, -3, -2, -2, -3, -1, 1, -2, -1, -1, -3, -5}, 919 /* M */ {0, -1, -3, -2, -3, -2, 0, -3, -2, 1, 0, -2, 2, 6, -2, -3, 0, -2, -2, -1, 1, -2, -1, -1, -2, -5}, 920 /* N */ {0, -2, 3, -3, 1, 0, -3, -1, 1, -3, 0, 0, -4, -2, 6, -2, 0, 0, 1, 0, -3, -4, -1, -2, 0, -5}, 921 /* P */ {0, -1, -2, -3, -2, -1, -4, -2, -2, -3, 0, -1, -3, -3, -2, 8, -1, -2, -1, -1, -2, -4, -2, -3, -1, -5}, 922 /* Q */ {0, -1, 0, -3, 0, 2, -3, -2, 1, -3, 0, 1, -2, 0, 0, -1, 6, 1, 0, -1, -2, -2, -1, -2, 3, -5}, 923 /* R */ {0, -1, -1, -4, -2, 0, -3, -2, 0, -3, 0, 2, -2, -2, 0, -2, 1, 6, -1, -1, -3, -3, -1, -2, 0, -5}, 924 /* S */ {0, 1, 0, -1, 0, 0, -2, 0, -1, -2, 0, 0, -3, -2, 1, -1, 0, -1, 4, 1, -2, -3, -1, -2, 0, -5}, 925 /* T */ {0, 0, -1, -1, -1, -1, -2, -2, -2, -1, 0, -1, -1, -1, 0, -1, -1, -1, 1, 5, 0, -3, -1, -2, -1, -5}, 926 /* V */ {0, 0, -3, -1, -3, -3, -1, -3, -3, 3, 0, -2, 1, 1, -3, -2, -2, -3, -2, 0, 4, -3, -1, -1, -2, -5}, 927 /* W */ {0, -3, -4, -2, -5, -3, 1, -3, -2, -2, 0, -3, -2, -2, -4, -4, -2, -3, -3, -3, -3, 10, -2, 2, -3, -5}, 928 /* X */ {0, -1, -1, -2, -1, -1, -2, -2, -1, -1, 0, -1, -1, -1, -1, -2, -1, -1, -1, -1, -1, -2, -1, -1, -1, -5}, 929 /* Y */ {0, -2, -3, -2, -3, -2, 3, -3, 2, -1, 0, -2, -1, -1, -2, -3, -2, -2, -2, -2, -1, 2, -1, 7, -2, -5}, 930 /* Z */ {0, -1, 1, -4, 1, 4, -3, -2, 0, -3, 0, 1, -3, -2, 0, -1, 3, 0, 0, -1, -2, -3, -1, -2, 4, -5}, 931 /* * */ {0, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, 0, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, 1}, 932 } 933 934 // # Matrix made by matblas from blosum70.iij 935 // # * column uses minimum score 936 // # BLOSUM Clustered Scoring Matrix in 1/2 Bit Units 937 // # Blocks Database = /data/blocks_5.0/blocks.dat 938 // # Cluster Percentage: >= 70 939 // # Entropy = 0.8391, Expected = -0.6313 940 // A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V B Z X * 941 // A 4 -2 -2 -2 -1 -1 -1 0 -2 -2 -2 -1 -1 -2 -1 1 0 -3 -2 0 -2 -1 -1 -5 942 // R -2 6 -1 -2 -4 1 0 -3 0 -3 -3 2 -2 -3 -2 -1 -1 -3 -2 -3 -1 0 -1 -5 943 // N -2 -1 6 1 -3 0 0 -1 0 -4 -4 0 -2 -3 -2 0 0 -4 -2 -3 3 0 -1 -5 944 // D -2 -2 1 6 -4 -1 1 -2 -1 -4 -4 -1 -3 -4 -2 0 -1 -5 -4 -4 4 1 -2 -5 945 // C -1 -4 -3 -4 9 -3 -4 -3 -4 -1 -2 -4 -2 -2 -3 -1 -1 -3 -3 -1 -4 -4 -2 -5 946 // Q -1 1 0 -1 -3 6 2 -2 1 -3 -2 1 0 -3 -2 0 -1 -2 -2 -2 0 3 -1 -5 947 // E -1 0 0 1 -4 2 5 -2 0 -4 -3 1 -2 -4 -1 0 -1 -4 -3 -3 1 4 -1 -5 948 // G 0 -3 -1 -2 -3 -2 -2 6 -2 -4 -4 -2 -3 -4 -3 -1 -2 -3 -4 -4 -1 -2 -2 -5 949 // H -2 0 0 -1 -4 1 0 -2 8 -4 -3 -1 -2 -1 -2 -1 -2 -2 2 -3 -1 0 -1 -5 950 // I -2 -3 -4 -4 -1 -3 -4 -4 -4 4 2 -3 1 0 -3 -3 -1 -3 -1 3 -4 -3 -1 -5 951 // L -2 -3 -4 -4 -2 -2 -3 -4 -3 2 4 -3 2 0 -3 -3 -2 -2 -1 1 -4 -3 -1 -5 952 // K -1 2 0 -1 -4 1 1 -2 -1 -3 -3 5 -2 -3 -1 0 -1 -3 -2 -3 -1 1 -1 -5 953 // M -1 -2 -2 -3 -2 0 -2 -3 -2 1 2 -2 6 0 -3 -2 -1 -2 -1 1 -3 -2 -1 -5 954 // F -2 -3 -3 -4 -2 -3 -4 -4 -1 0 0 -3 0 6 -4 -3 -2 1 3 -1 -4 -4 -2 -5 955 // P -1 -2 -2 -2 -3 -2 -1 -3 -2 -3 -3 -1 -3 -4 8 -1 -1 -4 -3 -3 -2 -1 -2 -5 956 // S 1 -1 0 0 -1 0 0 -1 -1 -3 -3 0 -2 -3 -1 4 1 -3 -2 -2 0 0 -1 -5 957 // T 0 -1 0 -1 -1 -1 -1 -2 -2 -1 -2 -1 -1 -2 -1 1 5 -3 -2 0 -1 -1 -1 -5 958 // W -3 -3 -4 -5 -3 -2 -4 -3 -2 -3 -2 -3 -2 1 -4 -3 -3 11 2 -3 -4 -3 -3 -5 959 // Y -2 -2 -2 -4 -3 -2 -3 -4 2 -1 -1 -2 -1 3 -3 -2 -2 2 7 -2 -3 -2 -2 -5 960 // V 0 -3 -3 -4 -1 -2 -3 -4 -3 3 1 -3 1 -1 -3 -2 0 -3 -2 4 -3 -3 -1 -5 961 // B -2 -1 3 4 -4 0 1 -1 -1 -4 -4 -1 -3 -4 -2 0 -1 -4 -3 -3 4 0 -1 -5 962 // Z -1 0 0 1 -4 3 4 -2 0 -3 -3 1 -2 -4 -1 0 -1 -3 -2 -3 0 4 -1 -5 963 // X -1 -1 -1 -2 -2 -1 -1 -2 -1 -1 -1 -1 -1 -2 -2 -1 -1 -3 -2 -1 -1 -1 -1 -5 964 // * -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 1 965 // 966 BLOSUM70 = [][]int{ 967 /* - A B C D E F G H I J K L M N P Q R S T V W X Y Z * */ 968 /* - */ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, 969 /* A */ {0, 4, -2, -1, -2, -1, -2, 0, -2, -2, 0, -1, -2, -1, -2, -1, -1, -2, 1, 0, 0, -3, -1, -2, -1, -5}, 970 /* B */ {0, -2, 4, -4, 4, 1, -4, -1, -1, -4, 0, -1, -4, -3, 3, -2, 0, -1, 0, -1, -3, -4, -1, -3, 0, -5}, 971 /* C */ {0, -1, -4, 9, -4, -4, -2, -3, -4, -1, 0, -4, -2, -2, -3, -3, -3, -4, -1, -1, -1, -3, -2, -3, -4, -5}, 972 /* D */ {0, -2, 4, -4, 6, 1, -4, -2, -1, -4, 0, -1, -4, -3, 1, -2, -1, -2, 0, -1, -4, -5, -2, -4, 1, -5}, 973 /* E */ {0, -1, 1, -4, 1, 5, -4, -2, 0, -4, 0, 1, -3, -2, 0, -1, 2, 0, 0, -1, -3, -4, -1, -3, 4, -5}, 974 /* F */ {0, -2, -4, -2, -4, -4, 6, -4, -1, 0, 0, -3, 0, 0, -3, -4, -3, -3, -3, -2, -1, 1, -2, 3, -4, -5}, 975 /* G */ {0, 0, -1, -3, -2, -2, -4, 6, -2, -4, 0, -2, -4, -3, -1, -3, -2, -3, -1, -2, -4, -3, -2, -4, -2, -5}, 976 /* H */ {0, -2, -1, -4, -1, 0, -1, -2, 8, -4, 0, -1, -3, -2, 0, -2, 1, 0, -1, -2, -3, -2, -1, 2, 0, -5}, 977 /* I */ {0, -2, -4, -1, -4, -4, 0, -4, -4, 4, 0, -3, 2, 1, -4, -3, -3, -3, -3, -1, 3, -3, -1, -1, -3, -5}, 978 /* J */ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, 979 /* K */ {0, -1, -1, -4, -1, 1, -3, -2, -1, -3, 0, 5, -3, -2, 0, -1, 1, 2, 0, -1, -3, -3, -1, -2, 1, -5}, 980 /* L */ {0, -2, -4, -2, -4, -3, 0, -4, -3, 2, 0, -3, 4, 2, -4, -3, -2, -3, -3, -2, 1, -2, -1, -1, -3, -5}, 981 /* M */ {0, -1, -3, -2, -3, -2, 0, -3, -2, 1, 0, -2, 2, 6, -2, -3, 0, -2, -2, -1, 1, -2, -1, -1, -2, -5}, 982 /* N */ {0, -2, 3, -3, 1, 0, -3, -1, 0, -4, 0, 0, -4, -2, 6, -2, 0, -1, 0, 0, -3, -4, -1, -2, 0, -5}, 983 /* P */ {0, -1, -2, -3, -2, -1, -4, -3, -2, -3, 0, -1, -3, -3, -2, 8, -2, -2, -1, -1, -3, -4, -2, -3, -1, -5}, 984 /* Q */ {0, -1, 0, -3, -1, 2, -3, -2, 1, -3, 0, 1, -2, 0, 0, -2, 6, 1, 0, -1, -2, -2, -1, -2, 3, -5}, 985 /* R */ {0, -2, -1, -4, -2, 0, -3, -3, 0, -3, 0, 2, -3, -2, -1, -2, 1, 6, -1, -1, -3, -3, -1, -2, 0, -5}, 986 /* S */ {0, 1, 0, -1, 0, 0, -3, -1, -1, -3, 0, 0, -3, -2, 0, -1, 0, -1, 4, 1, -2, -3, -1, -2, 0, -5}, 987 /* T */ {0, 0, -1, -1, -1, -1, -2, -2, -2, -1, 0, -1, -2, -1, 0, -1, -1, -1, 1, 5, 0, -3, -1, -2, -1, -5}, 988 /* V */ {0, 0, -3, -1, -4, -3, -1, -4, -3, 3, 0, -3, 1, 1, -3, -3, -2, -3, -2, 0, 4, -3, -1, -2, -3, -5}, 989 /* W */ {0, -3, -4, -3, -5, -4, 1, -3, -2, -3, 0, -3, -2, -2, -4, -4, -2, -3, -3, -3, -3, 11, -3, 2, -3, -5}, 990 /* X */ {0, -1, -1, -2, -2, -1, -2, -2, -1, -1, 0, -1, -1, -1, -1, -2, -1, -1, -1, -1, -1, -3, -1, -2, -1, -5}, 991 /* Y */ {0, -2, -3, -3, -4, -3, 3, -4, 2, -1, 0, -2, -1, -1, -2, -3, -2, -2, -2, -2, -2, 2, -2, 7, -2, -5}, 992 /* Z */ {0, -1, 0, -4, 1, 4, -4, -2, 0, -3, 0, 1, -3, -2, 0, -1, 3, 0, 0, -1, -3, -3, -1, -2, 4, -5}, 993 /* * */ {0, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, 0, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, 1}, 994 } 995 996 // # Matrix made by matblas from blosum75.iij 997 // # * column uses minimum score 998 // # BLOSUM Clustered Scoring Matrix in 1/2 Bit Units 999 // # Blocks Database = /data/blocks_5.0/blocks.dat 1000 // # Cluster Percentage: >= 75 1001 // # Entropy = 0.9077, Expected = -0.6845 1002 // A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V B Z X * 1003 // A 4 -2 -2 -2 -1 -1 -1 0 -2 -2 -2 -1 -1 -3 -1 1 0 -3 -2 0 -2 -1 -1 -5 1004 // R -2 6 -1 -2 -4 1 0 -3 0 -3 -3 2 -2 -3 -2 -1 -1 -3 -2 -3 -1 0 -1 -5 1005 // N -2 -1 6 1 -3 0 -1 -1 0 -4 -4 0 -3 -4 -3 0 0 -4 -3 -3 3 0 -1 -5 1006 // D -2 -2 1 6 -4 -1 1 -2 -1 -4 -4 -1 -4 -4 -2 -1 -1 -5 -4 -4 4 1 -2 -5 1007 // C -1 -4 -3 -4 9 -3 -5 -3 -4 -1 -2 -4 -2 -2 -4 -1 -1 -3 -3 -1 -4 -4 -2 -5 1008 // Q -1 1 0 -1 -3 6 2 -2 1 -3 -3 1 0 -4 -2 0 -1 -2 -2 -2 0 3 -1 -5 1009 // E -1 0 -1 1 -5 2 5 -3 0 -4 -4 1 -2 -4 -1 0 -1 -4 -3 -3 1 4 -1 -5 1010 // G 0 -3 -1 -2 -3 -2 -3 6 -2 -5 -4 -2 -3 -4 -3 -1 -2 -3 -4 -4 -1 -2 -2 -5 1011 // H -2 0 0 -1 -4 1 0 -2 8 -4 -3 -1 -2 -2 -2 -1 -2 -2 2 -4 -1 0 -1 -5 1012 // I -2 -3 -4 -4 -1 -3 -4 -5 -4 4 1 -3 1 0 -3 -3 -1 -3 -2 3 -4 -4 -2 -5 1013 // L -2 -3 -4 -4 -2 -3 -4 -4 -3 1 4 -3 2 0 -3 -3 -2 -2 -1 1 -4 -3 -1 -5 1014 // K -1 2 0 -1 -4 1 1 -2 -1 -3 -3 5 -2 -4 -1 0 -1 -4 -2 -3 -1 1 -1 -5 1015 // M -1 -2 -3 -4 -2 0 -2 -3 -2 1 2 -2 6 0 -3 -2 -1 -2 -2 1 -3 -2 -1 -5 1016 // F -3 -3 -4 -4 -2 -4 -4 -4 -2 0 0 -4 0 6 -4 -3 -2 1 3 -1 -4 -4 -2 -5 1017 // P -1 -2 -3 -2 -4 -2 -1 -3 -2 -3 -3 -1 -3 -4 8 -1 -1 -5 -4 -3 -2 -2 -2 -5 1018 // S 1 -1 0 -1 -1 0 0 -1 -1 -3 -3 0 -2 -3 -1 5 1 -3 -2 -2 0 0 -1 -5 1019 // T 0 -1 0 -1 -1 -1 -1 -2 -2 -1 -2 -1 -1 -2 -1 1 5 -3 -2 0 -1 -1 -1 -5 1020 // W -3 -3 -4 -5 -3 -2 -4 -3 -2 -3 -2 -4 -2 1 -5 -3 -3 11 2 -3 -5 -3 -3 -5 1021 // Y -2 -2 -3 -4 -3 -2 -3 -4 2 -2 -1 -2 -2 3 -4 -2 -2 2 7 -2 -3 -3 -2 -5 1022 // V 0 -3 -3 -4 -1 -2 -3 -4 -4 3 1 -3 1 -1 -3 -2 0 -3 -2 4 -4 -3 -1 -5 1023 // B -2 -1 3 4 -4 0 1 -1 -1 -4 -4 -1 -3 -4 -2 0 -1 -5 -3 -4 4 0 -2 -5 1024 // Z -1 0 0 1 -4 3 4 -2 0 -4 -3 1 -2 -4 -2 0 -1 -3 -3 -3 0 4 -1 -5 1025 // X -1 -1 -1 -2 -2 -1 -1 -2 -1 -2 -1 -1 -1 -2 -2 -1 -1 -3 -2 -1 -2 -1 -1 -5 1026 // * -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 1 1027 // 1028 BLOSUM75 = [][]int{ 1029 /* - A B C D E F G H I J K L M N P Q R S T V W X Y Z * */ 1030 /* - */ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, 1031 /* A */ {0, 4, -2, -1, -2, -1, -3, 0, -2, -2, 0, -1, -2, -1, -2, -1, -1, -2, 1, 0, 0, -3, -1, -2, -1, -5}, 1032 /* B */ {0, -2, 4, -4, 4, 1, -4, -1, -1, -4, 0, -1, -4, -3, 3, -2, 0, -1, 0, -1, -4, -5, -2, -3, 0, -5}, 1033 /* C */ {0, -1, -4, 9, -4, -5, -2, -3, -4, -1, 0, -4, -2, -2, -3, -4, -3, -4, -1, -1, -1, -3, -2, -3, -4, -5}, 1034 /* D */ {0, -2, 4, -4, 6, 1, -4, -2, -1, -4, 0, -1, -4, -4, 1, -2, -1, -2, -1, -1, -4, -5, -2, -4, 1, -5}, 1035 /* E */ {0, -1, 1, -5, 1, 5, -4, -3, 0, -4, 0, 1, -4, -2, -1, -1, 2, 0, 0, -1, -3, -4, -1, -3, 4, -5}, 1036 /* F */ {0, -3, -4, -2, -4, -4, 6, -4, -2, 0, 0, -4, 0, 0, -4, -4, -4, -3, -3, -2, -1, 1, -2, 3, -4, -5}, 1037 /* G */ {0, 0, -1, -3, -2, -3, -4, 6, -2, -5, 0, -2, -4, -3, -1, -3, -2, -3, -1, -2, -4, -3, -2, -4, -2, -5}, 1038 /* H */ {0, -2, -1, -4, -1, 0, -2, -2, 8, -4, 0, -1, -3, -2, 0, -2, 1, 0, -1, -2, -4, -2, -1, 2, 0, -5}, 1039 /* I */ {0, -2, -4, -1, -4, -4, 0, -5, -4, 4, 0, -3, 1, 1, -4, -3, -3, -3, -3, -1, 3, -3, -2, -2, -4, -5}, 1040 /* J */ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, 1041 /* K */ {0, -1, -1, -4, -1, 1, -4, -2, -1, -3, 0, 5, -3, -2, 0, -1, 1, 2, 0, -1, -3, -4, -1, -2, 1, -5}, 1042 /* L */ {0, -2, -4, -2, -4, -4, 0, -4, -3, 1, 0, -3, 4, 2, -4, -3, -3, -3, -3, -2, 1, -2, -1, -1, -3, -5}, 1043 /* M */ {0, -1, -3, -2, -4, -2, 0, -3, -2, 1, 0, -2, 2, 6, -3, -3, 0, -2, -2, -1, 1, -2, -1, -2, -2, -5}, 1044 /* N */ {0, -2, 3, -3, 1, -1, -4, -1, 0, -4, 0, 0, -4, -3, 6, -3, 0, -1, 0, 0, -3, -4, -1, -3, 0, -5}, 1045 /* P */ {0, -1, -2, -4, -2, -1, -4, -3, -2, -3, 0, -1, -3, -3, -3, 8, -2, -2, -1, -1, -3, -5, -2, -4, -2, -5}, 1046 /* Q */ {0, -1, 0, -3, -1, 2, -4, -2, 1, -3, 0, 1, -3, 0, 0, -2, 6, 1, 0, -1, -2, -2, -1, -2, 3, -5}, 1047 /* R */ {0, -2, -1, -4, -2, 0, -3, -3, 0, -3, 0, 2, -3, -2, -1, -2, 1, 6, -1, -1, -3, -3, -1, -2, 0, -5}, 1048 /* S */ {0, 1, 0, -1, -1, 0, -3, -1, -1, -3, 0, 0, -3, -2, 0, -1, 0, -1, 5, 1, -2, -3, -1, -2, 0, -5}, 1049 /* T */ {0, 0, -1, -1, -1, -1, -2, -2, -2, -1, 0, -1, -2, -1, 0, -1, -1, -1, 1, 5, 0, -3, -1, -2, -1, -5}, 1050 /* V */ {0, 0, -4, -1, -4, -3, -1, -4, -4, 3, 0, -3, 1, 1, -3, -3, -2, -3, -2, 0, 4, -3, -1, -2, -3, -5}, 1051 /* W */ {0, -3, -5, -3, -5, -4, 1, -3, -2, -3, 0, -4, -2, -2, -4, -5, -2, -3, -3, -3, -3, 11, -3, 2, -3, -5}, 1052 /* X */ {0, -1, -2, -2, -2, -1, -2, -2, -1, -2, 0, -1, -1, -1, -1, -2, -1, -1, -1, -1, -1, -3, -1, -2, -1, -5}, 1053 /* Y */ {0, -2, -3, -3, -4, -3, 3, -4, 2, -2, 0, -2, -1, -2, -3, -4, -2, -2, -2, -2, -2, 2, -2, 7, -3, -5}, 1054 /* Z */ {0, -1, 0, -4, 1, 4, -4, -2, 0, -4, 0, 1, -3, -2, 0, -2, 3, 0, 0, -1, -3, -3, -1, -3, 4, -5}, 1055 /* * */ {0, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, 0, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, 1}, 1056 } 1057 1058 // # Matrix made by matblas from blosum80_3.iij 1059 // # * column uses minimum score 1060 // # BLOSUM Clustered Scoring Matrix in 1/3 Bit Units 1061 // # Blocks Database = /data/blocks_5.0/blocks.dat 1062 // # Cluster Percentage: >= 80 1063 // # Entropy = 0.9868, Expected = -0.7442 1064 // A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V B Z X * 1065 // A 7 -3 -3 -3 -1 -2 -2 0 -3 -3 -3 -1 -2 -4 -1 2 0 -5 -4 -1 -3 -2 -1 -8 1066 // R -3 9 -1 -3 -6 1 -1 -4 0 -5 -4 3 -3 -5 -3 -2 -2 -5 -4 -4 -2 0 -2 -8 1067 // N -3 -1 9 2 -5 0 -1 -1 1 -6 -6 0 -4 -6 -4 1 0 -7 -4 -5 5 -1 -2 -8 1068 // D -3 -3 2 10 -7 -1 2 -3 -2 -7 -7 -2 -6 -6 -3 -1 -2 -8 -6 -6 6 1 -3 -8 1069 // C -1 -6 -5 -7 13 -5 -7 -6 -7 -2 -3 -6 -3 -4 -6 -2 -2 -5 -5 -2 -6 -7 -4 -8 1070 // Q -2 1 0 -1 -5 9 3 -4 1 -5 -4 2 -1 -5 -3 -1 -1 -4 -3 -4 -1 5 -2 -8 1071 // E -2 -1 -1 2 -7 3 8 -4 0 -6 -6 1 -4 -6 -2 -1 -2 -6 -5 -4 1 6 -2 -8 1072 // G 0 -4 -1 -3 -6 -4 -4 9 -4 -7 -7 -3 -5 -6 -5 -1 -3 -6 -6 -6 -2 -4 -3 -8 1073 // H -3 0 1 -2 -7 1 0 -4 12 -6 -5 -1 -4 -2 -4 -2 -3 -4 3 -5 -1 0 -2 -8 1074 // I -3 -5 -6 -7 -2 -5 -6 -7 -6 7 2 -5 2 -1 -5 -4 -2 -5 -3 4 -6 -6 -2 -8 1075 // L -3 -4 -6 -7 -3 -4 -6 -7 -5 2 6 -4 3 0 -5 -4 -3 -4 -2 1 -7 -5 -2 -8 1076 // K -1 3 0 -2 -6 2 1 -3 -1 -5 -4 8 -3 -5 -2 -1 -1 -6 -4 -4 -1 1 -2 -8 1077 // M -2 -3 -4 -6 -3 -1 -4 -5 -4 2 3 -3 9 0 -4 -3 -1 -3 -3 1 -5 -3 -2 -8 1078 // F -4 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -2 -1 0 -5 0 10 -6 -4 -4 0 4 -2 -6 -6 -3 -8 1079 // P -1 -3 -4 -3 -6 -3 -2 -5 -4 -5 -5 -2 -4 -6 12 -2 -3 -7 -6 -4 -4 -2 -3 -8 1080 // S 2 -2 1 -1 -2 -1 -1 -1 -2 -4 -4 -1 -3 -4 -2 7 2 -6 -3 -3 0 -1 -1 -8 1081 // T 0 -2 0 -2 -2 -1 -2 -3 -3 -2 -3 -1 -1 -4 -3 2 8 -5 -3 0 -1 -2 -1 -8 1082 // W -5 -5 -7 -8 -5 -4 -6 -6 -4 -5 -4 -6 -3 0 -7 -6 -5 16 3 -5 -8 -5 -5 -8 1083 // Y -4 -4 -4 -6 -5 -3 -5 -6 3 -3 -2 -4 -3 4 -6 -3 -3 3 11 -3 -5 -4 -3 -8 1084 // V -1 -4 -5 -6 -2 -4 -4 -6 -5 4 1 -4 1 -2 -4 -3 0 -5 -3 7 -6 -4 -2 -8 1085 // B -3 -2 5 6 -6 -1 1 -2 -1 -6 -7 -1 -5 -6 -4 0 -1 -8 -5 -6 6 0 -3 -8 1086 // Z -2 0 -1 1 -7 5 6 -4 0 -6 -5 1 -3 -6 -2 -1 -2 -5 -4 -4 0 6 -1 -8 1087 // X -1 -2 -2 -3 -4 -2 -2 -3 -2 -2 -2 -2 -2 -3 -3 -1 -1 -5 -3 -2 -3 -1 -2 -8 1088 // * -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 1 1089 // 1090 BLOSUM80 = [][]int{ 1091 /* - A B C D E F G H I J K L M N P Q R S T V W X Y Z * */ 1092 /* - */ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, 1093 /* A */ {0, 7, -3, -1, -3, -2, -4, 0, -3, -3, 0, -1, -3, -2, -3, -1, -2, -3, 2, 0, -1, -5, -1, -4, -2, -8}, 1094 /* B */ {0, -3, 6, -6, 6, 1, -6, -2, -1, -6, 0, -1, -7, -5, 5, -4, -1, -2, 0, -1, -6, -8, -3, -5, 0, -8}, 1095 /* C */ {0, -1, -6, 13, -7, -7, -4, -6, -7, -2, 0, -6, -3, -3, -5, -6, -5, -6, -2, -2, -2, -5, -4, -5, -7, -8}, 1096 /* D */ {0, -3, 6, -7, 10, 2, -6, -3, -2, -7, 0, -2, -7, -6, 2, -3, -1, -3, -1, -2, -6, -8, -3, -6, 1, -8}, 1097 /* E */ {0, -2, 1, -7, 2, 8, -6, -4, 0, -6, 0, 1, -6, -4, -1, -2, 3, -1, -1, -2, -4, -6, -2, -5, 6, -8}, 1098 /* F */ {0, -4, -6, -4, -6, -6, 10, -6, -2, -1, 0, -5, 0, 0, -6, -6, -5, -5, -4, -4, -2, 0, -3, 4, -6, -8}, 1099 /* G */ {0, 0, -2, -6, -3, -4, -6, 9, -4, -7, 0, -3, -7, -5, -1, -5, -4, -4, -1, -3, -6, -6, -3, -6, -4, -8}, 1100 /* H */ {0, -3, -1, -7, -2, 0, -2, -4, 12, -6, 0, -1, -5, -4, 1, -4, 1, 0, -2, -3, -5, -4, -2, 3, 0, -8}, 1101 /* I */ {0, -3, -6, -2, -7, -6, -1, -7, -6, 7, 0, -5, 2, 2, -6, -5, -5, -5, -4, -2, 4, -5, -2, -3, -6, -8}, 1102 /* J */ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, 1103 /* K */ {0, -1, -1, -6, -2, 1, -5, -3, -1, -5, 0, 8, -4, -3, 0, -2, 2, 3, -1, -1, -4, -6, -2, -4, 1, -8}, 1104 /* L */ {0, -3, -7, -3, -7, -6, 0, -7, -5, 2, 0, -4, 6, 3, -6, -5, -4, -4, -4, -3, 1, -4, -2, -2, -5, -8}, 1105 /* M */ {0, -2, -5, -3, -6, -4, 0, -5, -4, 2, 0, -3, 3, 9, -4, -4, -1, -3, -3, -1, 1, -3, -2, -3, -3, -8}, 1106 /* N */ {0, -3, 5, -5, 2, -1, -6, -1, 1, -6, 0, 0, -6, -4, 9, -4, 0, -1, 1, 0, -5, -7, -2, -4, -1, -8}, 1107 /* P */ {0, -1, -4, -6, -3, -2, -6, -5, -4, -5, 0, -2, -5, -4, -4, 12, -3, -3, -2, -3, -4, -7, -3, -6, -2, -8}, 1108 /* Q */ {0, -2, -1, -5, -1, 3, -5, -4, 1, -5, 0, 2, -4, -1, 0, -3, 9, 1, -1, -1, -4, -4, -2, -3, 5, -8}, 1109 /* R */ {0, -3, -2, -6, -3, -1, -5, -4, 0, -5, 0, 3, -4, -3, -1, -3, 1, 9, -2, -2, -4, -5, -2, -4, 0, -8}, 1110 /* S */ {0, 2, 0, -2, -1, -1, -4, -1, -2, -4, 0, -1, -4, -3, 1, -2, -1, -2, 7, 2, -3, -6, -1, -3, -1, -8}, 1111 /* T */ {0, 0, -1, -2, -2, -2, -4, -3, -3, -2, 0, -1, -3, -1, 0, -3, -1, -2, 2, 8, 0, -5, -1, -3, -2, -8}, 1112 /* V */ {0, -1, -6, -2, -6, -4, -2, -6, -5, 4, 0, -4, 1, 1, -5, -4, -4, -4, -3, 0, 7, -5, -2, -3, -4, -8}, 1113 /* W */ {0, -5, -8, -5, -8, -6, 0, -6, -4, -5, 0, -6, -4, -3, -7, -7, -4, -5, -6, -5, -5, 16, -5, 3, -5, -8}, 1114 /* X */ {0, -1, -3, -4, -3, -2, -3, -3, -2, -2, 0, -2, -2, -2, -2, -3, -2, -2, -1, -1, -2, -5, -2, -3, -1, -8}, 1115 /* Y */ {0, -4, -5, -5, -6, -5, 4, -6, 3, -3, 0, -4, -2, -3, -4, -6, -3, -4, -3, -3, -3, 3, -3, 11, -4, -8}, 1116 /* Z */ {0, -2, 0, -7, 1, 6, -6, -4, 0, -6, 0, 1, -5, -3, -1, -2, 5, 0, -1, -2, -4, -5, -1, -4, 6, -8}, 1117 /* * */ {0, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, 0, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, 1}, 1118 } 1119 1120 // # Matrix made by matblas from blosum85.iij 1121 // # * column uses minimum score 1122 // # BLOSUM Clustered Scoring Matrix in 1/2 Bit Units 1123 // # Blocks Database = /data/blocks_5.0/blocks.dat 1124 // # Cluster Percentage: >= 85 1125 // # Entropy = 1.0805, Expected = -0.8153 1126 // A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V B Z X * 1127 // A 5 -2 -2 -2 -1 -1 -1 0 -2 -2 -2 -1 -2 -3 -1 1 0 -3 -3 -1 -2 -1 -1 -6 1128 // R -2 6 -1 -2 -4 1 -1 -3 0 -4 -3 2 -2 -4 -2 -1 -2 -4 -3 -3 -2 0 -2 -6 1129 // N -2 -1 7 1 -4 0 -1 -1 0 -4 -4 0 -3 -4 -3 0 0 -5 -3 -4 4 -1 -2 -6 1130 // D -2 -2 1 7 -5 -1 1 -2 -2 -5 -5 -1 -4 -4 -2 -1 -2 -6 -4 -4 4 1 -2 -6 1131 // C -1 -4 -4 -5 9 -4 -5 -4 -5 -2 -2 -4 -2 -3 -4 -2 -2 -4 -3 -1 -4 -5 -3 -6 1132 // Q -1 1 0 -1 -4 6 2 -3 1 -4 -3 1 0 -4 -2 -1 -1 -3 -2 -3 -1 4 -1 -6 1133 // E -1 -1 -1 1 -5 2 6 -3 -1 -4 -4 0 -3 -4 -2 -1 -1 -4 -4 -3 0 4 -1 -6 1134 // G 0 -3 -1 -2 -4 -3 -3 6 -3 -5 -5 -2 -4 -4 -3 -1 -2 -4 -5 -4 -1 -3 -2 -6 1135 // H -2 0 0 -2 -5 1 -1 -3 8 -4 -3 -1 -3 -2 -3 -1 -2 -3 2 -4 -1 0 -2 -6 1136 // I -2 -4 -4 -5 -2 -4 -4 -5 -4 5 1 -3 1 -1 -4 -3 -1 -3 -2 3 -5 -4 -2 -6 1137 // L -2 -3 -4 -5 -2 -3 -4 -5 -3 1 4 -3 2 0 -4 -3 -2 -3 -2 0 -5 -4 -2 -6 1138 // K -1 2 0 -1 -4 1 0 -2 -1 -3 -3 6 -2 -4 -2 -1 -1 -5 -3 -3 -1 1 -1 -6 1139 // M -2 -2 -3 -4 -2 0 -3 -4 -3 1 2 -2 7 -1 -3 -2 -1 -2 -2 0 -4 -2 -1 -6 1140 // F -3 -4 -4 -4 -3 -4 -4 -4 -2 -1 0 -4 -1 7 -4 -3 -3 0 3 -1 -4 -4 -2 -6 1141 // P -1 -2 -3 -2 -4 -2 -2 -3 -3 -4 -4 -2 -3 -4 8 -1 -2 -5 -4 -3 -3 -2 -2 -6 1142 // S 1 -1 0 -1 -2 -1 -1 -1 -1 -3 -3 -1 -2 -3 -1 5 1 -4 -2 -2 0 -1 -1 -6 1143 // T 0 -2 0 -2 -2 -1 -1 -2 -2 -1 -2 -1 -1 -3 -2 1 5 -4 -2 0 -1 -1 -1 -6 1144 // W -3 -4 -5 -6 -4 -3 -4 -4 -3 -3 -3 -5 -2 0 -5 -4 -4 11 2 -3 -5 -4 -3 -6 1145 // Y -3 -3 -3 -4 -3 -2 -4 -5 2 -2 -2 -3 -2 3 -4 -2 -2 2 7 -2 -4 -3 -2 -6 1146 // V -1 -3 -4 -4 -1 -3 -3 -4 -4 3 0 -3 0 -1 -3 -2 0 -3 -2 5 -4 -3 -1 -6 1147 // B -2 -2 4 4 -4 -1 0 -1 -1 -5 -5 -1 -4 -4 -3 0 -1 -5 -4 -4 4 0 -2 -6 1148 // Z -1 0 -1 1 -5 4 4 -3 0 -4 -4 1 -2 -4 -2 -1 -1 -4 -3 -3 0 4 -1 -6 1149 // X -1 -2 -2 -2 -3 -1 -1 -2 -2 -2 -2 -1 -1 -2 -2 -1 -1 -3 -2 -1 -2 -1 -2 -6 1150 // * -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 1 1151 // 1152 BLOSUM85 = [][]int{ 1153 /* - A B C D E F G H I J K L M N P Q R S T V W X Y Z * */ 1154 /* - */ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, 1155 /* A */ {0, 5, -2, -1, -2, -1, -3, 0, -2, -2, 0, -1, -2, -2, -2, -1, -1, -2, 1, 0, -1, -3, -1, -3, -1, -6}, 1156 /* B */ {0, -2, 4, -4, 4, 0, -4, -1, -1, -5, 0, -1, -5, -4, 4, -3, -1, -2, 0, -1, -4, -5, -2, -4, 0, -6}, 1157 /* C */ {0, -1, -4, 9, -5, -5, -3, -4, -5, -2, 0, -4, -2, -2, -4, -4, -4, -4, -2, -2, -1, -4, -3, -3, -5, -6}, 1158 /* D */ {0, -2, 4, -5, 7, 1, -4, -2, -2, -5, 0, -1, -5, -4, 1, -2, -1, -2, -1, -2, -4, -6, -2, -4, 1, -6}, 1159 /* E */ {0, -1, 0, -5, 1, 6, -4, -3, -1, -4, 0, 0, -4, -3, -1, -2, 2, -1, -1, -1, -3, -4, -1, -4, 4, -6}, 1160 /* F */ {0, -3, -4, -3, -4, -4, 7, -4, -2, -1, 0, -4, 0, -1, -4, -4, -4, -4, -3, -3, -1, 0, -2, 3, -4, -6}, 1161 /* G */ {0, 0, -1, -4, -2, -3, -4, 6, -3, -5, 0, -2, -5, -4, -1, -3, -3, -3, -1, -2, -4, -4, -2, -5, -3, -6}, 1162 /* H */ {0, -2, -1, -5, -2, -1, -2, -3, 8, -4, 0, -1, -3, -3, 0, -3, 1, 0, -1, -2, -4, -3, -2, 2, 0, -6}, 1163 /* I */ {0, -2, -5, -2, -5, -4, -1, -5, -4, 5, 0, -3, 1, 1, -4, -4, -4, -4, -3, -1, 3, -3, -2, -2, -4, -6}, 1164 /* J */ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, 1165 /* K */ {0, -1, -1, -4, -1, 0, -4, -2, -1, -3, 0, 6, -3, -2, 0, -2, 1, 2, -1, -1, -3, -5, -1, -3, 1, -6}, 1166 /* L */ {0, -2, -5, -2, -5, -4, 0, -5, -3, 1, 0, -3, 4, 2, -4, -4, -3, -3, -3, -2, 0, -3, -2, -2, -4, -6}, 1167 /* M */ {0, -2, -4, -2, -4, -3, -1, -4, -3, 1, 0, -2, 2, 7, -3, -3, 0, -2, -2, -1, 0, -2, -1, -2, -2, -6}, 1168 /* N */ {0, -2, 4, -4, 1, -1, -4, -1, 0, -4, 0, 0, -4, -3, 7, -3, 0, -1, 0, 0, -4, -5, -2, -3, -1, -6}, 1169 /* P */ {0, -1, -3, -4, -2, -2, -4, -3, -3, -4, 0, -2, -4, -3, -3, 8, -2, -2, -1, -2, -3, -5, -2, -4, -2, -6}, 1170 /* Q */ {0, -1, -1, -4, -1, 2, -4, -3, 1, -4, 0, 1, -3, 0, 0, -2, 6, 1, -1, -1, -3, -3, -1, -2, 4, -6}, 1171 /* R */ {0, -2, -2, -4, -2, -1, -4, -3, 0, -4, 0, 2, -3, -2, -1, -2, 1, 6, -1, -2, -3, -4, -2, -3, 0, -6}, 1172 /* S */ {0, 1, 0, -2, -1, -1, -3, -1, -1, -3, 0, -1, -3, -2, 0, -1, -1, -1, 5, 1, -2, -4, -1, -2, -1, -6}, 1173 /* T */ {0, 0, -1, -2, -2, -1, -3, -2, -2, -1, 0, -1, -2, -1, 0, -2, -1, -2, 1, 5, 0, -4, -1, -2, -1, -6}, 1174 /* V */ {0, -1, -4, -1, -4, -3, -1, -4, -4, 3, 0, -3, 0, 0, -4, -3, -3, -3, -2, 0, 5, -3, -1, -2, -3, -6}, 1175 /* W */ {0, -3, -5, -4, -6, -4, 0, -4, -3, -3, 0, -5, -3, -2, -5, -5, -3, -4, -4, -4, -3, 11, -3, 2, -4, -6}, 1176 /* X */ {0, -1, -2, -3, -2, -1, -2, -2, -2, -2, 0, -1, -2, -1, -2, -2, -1, -2, -1, -1, -1, -3, -2, -2, -1, -6}, 1177 /* Y */ {0, -3, -4, -3, -4, -4, 3, -5, 2, -2, 0, -3, -2, -2, -3, -4, -2, -3, -2, -2, -2, 2, -2, 7, -3, -6}, 1178 /* Z */ {0, -1, 0, -5, 1, 4, -4, -3, 0, -4, 0, 1, -4, -2, -1, -2, 4, 0, -1, -1, -3, -4, -1, -3, 4, -6}, 1179 /* * */ {0, -6, -6, -6, -6, -6, -6, -6, -6, -6, 0, -6, -6, -6, -6, -6, -6, -6, -6, -6, -6, -6, -6, -6, -6, 1}, 1180 } 1181 1182 // # Matrix made by matblas from blosum90.iij 1183 // # * column uses minimum score 1184 // # BLOSUM Clustered Scoring Matrix in 1/2 Bit Units 1185 // # Blocks Database = /data/blocks_5.0/blocks.dat 1186 // # Cluster Percentage: >= 90 1187 // # Entropy = 1.1806, Expected = -0.8887 1188 // A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V B Z X * 1189 // A 5 -2 -2 -3 -1 -1 -1 0 -2 -2 -2 -1 -2 -3 -1 1 0 -4 -3 -1 -2 -1 -1 -6 1190 // R -2 6 -1 -3 -5 1 -1 -3 0 -4 -3 2 -2 -4 -3 -1 -2 -4 -3 -3 -2 0 -2 -6 1191 // N -2 -1 7 1 -4 0 -1 -1 0 -4 -4 0 -3 -4 -3 0 0 -5 -3 -4 4 -1 -2 -6 1192 // D -3 -3 1 7 -5 -1 1 -2 -2 -5 -5 -1 -4 -5 -3 -1 -2 -6 -4 -5 4 0 -2 -6 1193 // C -1 -5 -4 -5 9 -4 -6 -4 -5 -2 -2 -4 -2 -3 -4 -2 -2 -4 -4 -2 -4 -5 -3 -6 1194 // Q -1 1 0 -1 -4 7 2 -3 1 -4 -3 1 0 -4 -2 -1 -1 -3 -3 -3 -1 4 -1 -6 1195 // E -1 -1 -1 1 -6 2 6 -3 -1 -4 -4 0 -3 -5 -2 -1 -1 -5 -4 -3 0 4 -2 -6 1196 // G 0 -3 -1 -2 -4 -3 -3 6 -3 -5 -5 -2 -4 -5 -3 -1 -3 -4 -5 -5 -2 -3 -2 -6 1197 // H -2 0 0 -2 -5 1 -1 -3 8 -4 -4 -1 -3 -2 -3 -2 -2 -3 1 -4 -1 0 -2 -6 1198 // I -2 -4 -4 -5 -2 -4 -4 -5 -4 5 1 -4 1 -1 -4 -3 -1 -4 -2 3 -5 -4 -2 -6 1199 // L -2 -3 -4 -5 -2 -3 -4 -5 -4 1 5 -3 2 0 -4 -3 -2 -3 -2 0 -5 -4 -2 -6 1200 // K -1 2 0 -1 -4 1 0 -2 -1 -4 -3 6 -2 -4 -2 -1 -1 -5 -3 -3 -1 1 -1 -6 1201 // M -2 -2 -3 -4 -2 0 -3 -4 -3 1 2 -2 7 -1 -3 -2 -1 -2 -2 0 -4 -2 -1 -6 1202 // F -3 -4 -4 -5 -3 -4 -5 -5 -2 -1 0 -4 -1 7 -4 -3 -3 0 3 -2 -4 -4 -2 -6 1203 // P -1 -3 -3 -3 -4 -2 -2 -3 -3 -4 -4 -2 -3 -4 8 -2 -2 -5 -4 -3 -3 -2 -2 -6 1204 // S 1 -1 0 -1 -2 -1 -1 -1 -2 -3 -3 -1 -2 -3 -2 5 1 -4 -3 -2 0 -1 -1 -6 1205 // T 0 -2 0 -2 -2 -1 -1 -3 -2 -1 -2 -1 -1 -3 -2 1 6 -4 -2 -1 -1 -1 -1 -6 1206 // W -4 -4 -5 -6 -4 -3 -5 -4 -3 -4 -3 -5 -2 0 -5 -4 -4 11 2 -3 -6 -4 -3 -6 1207 // Y -3 -3 -3 -4 -4 -3 -4 -5 1 -2 -2 -3 -2 3 -4 -3 -2 2 8 -3 -4 -3 -2 -6 1208 // V -1 -3 -4 -5 -2 -3 -3 -5 -4 3 0 -3 0 -2 -3 -2 -1 -3 -3 5 -4 -3 -2 -6 1209 // B -2 -2 4 4 -4 -1 0 -2 -1 -5 -5 -1 -4 -4 -3 0 -1 -6 -4 -4 4 0 -2 -6 1210 // Z -1 0 -1 0 -5 4 4 -3 0 -4 -4 1 -2 -4 -2 -1 -1 -4 -3 -3 0 4 -1 -6 1211 // X -1 -2 -2 -2 -3 -1 -2 -2 -2 -2 -2 -1 -1 -2 -2 -1 -1 -3 -2 -2 -2 -1 -2 -6 1212 // * -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 1 1213 // 1214 BLOSUM90 = [][]int{ 1215 /* - A B C D E F G H I J K L M N P Q R S T V W X Y Z * */ 1216 /* - */ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, 1217 /* A */ {0, 5, -2, -1, -3, -1, -3, 0, -2, -2, 0, -1, -2, -2, -2, -1, -1, -2, 1, 0, -1, -4, -1, -3, -1, -6}, 1218 /* B */ {0, -2, 4, -4, 4, 0, -4, -2, -1, -5, 0, -1, -5, -4, 4, -3, -1, -2, 0, -1, -4, -6, -2, -4, 0, -6}, 1219 /* C */ {0, -1, -4, 9, -5, -6, -3, -4, -5, -2, 0, -4, -2, -2, -4, -4, -4, -5, -2, -2, -2, -4, -3, -4, -5, -6}, 1220 /* D */ {0, -3, 4, -5, 7, 1, -5, -2, -2, -5, 0, -1, -5, -4, 1, -3, -1, -3, -1, -2, -5, -6, -2, -4, 0, -6}, 1221 /* E */ {0, -1, 0, -6, 1, 6, -5, -3, -1, -4, 0, 0, -4, -3, -1, -2, 2, -1, -1, -1, -3, -5, -2, -4, 4, -6}, 1222 /* F */ {0, -3, -4, -3, -5, -5, 7, -5, -2, -1, 0, -4, 0, -1, -4, -4, -4, -4, -3, -3, -2, 0, -2, 3, -4, -6}, 1223 /* G */ {0, 0, -2, -4, -2, -3, -5, 6, -3, -5, 0, -2, -5, -4, -1, -3, -3, -3, -1, -3, -5, -4, -2, -5, -3, -6}, 1224 /* H */ {0, -2, -1, -5, -2, -1, -2, -3, 8, -4, 0, -1, -4, -3, 0, -3, 1, 0, -2, -2, -4, -3, -2, 1, 0, -6}, 1225 /* I */ {0, -2, -5, -2, -5, -4, -1, -5, -4, 5, 0, -4, 1, 1, -4, -4, -4, -4, -3, -1, 3, -4, -2, -2, -4, -6}, 1226 /* J */ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, 1227 /* K */ {0, -1, -1, -4, -1, 0, -4, -2, -1, -4, 0, 6, -3, -2, 0, -2, 1, 2, -1, -1, -3, -5, -1, -3, 1, -6}, 1228 /* L */ {0, -2, -5, -2, -5, -4, 0, -5, -4, 1, 0, -3, 5, 2, -4, -4, -3, -3, -3, -2, 0, -3, -2, -2, -4, -6}, 1229 /* M */ {0, -2, -4, -2, -4, -3, -1, -4, -3, 1, 0, -2, 2, 7, -3, -3, 0, -2, -2, -1, 0, -2, -1, -2, -2, -6}, 1230 /* N */ {0, -2, 4, -4, 1, -1, -4, -1, 0, -4, 0, 0, -4, -3, 7, -3, 0, -1, 0, 0, -4, -5, -2, -3, -1, -6}, 1231 /* P */ {0, -1, -3, -4, -3, -2, -4, -3, -3, -4, 0, -2, -4, -3, -3, 8, -2, -3, -2, -2, -3, -5, -2, -4, -2, -6}, 1232 /* Q */ {0, -1, -1, -4, -1, 2, -4, -3, 1, -4, 0, 1, -3, 0, 0, -2, 7, 1, -1, -1, -3, -3, -1, -3, 4, -6}, 1233 /* R */ {0, -2, -2, -5, -3, -1, -4, -3, 0, -4, 0, 2, -3, -2, -1, -3, 1, 6, -1, -2, -3, -4, -2, -3, 0, -6}, 1234 /* S */ {0, 1, 0, -2, -1, -1, -3, -1, -2, -3, 0, -1, -3, -2, 0, -2, -1, -1, 5, 1, -2, -4, -1, -3, -1, -6}, 1235 /* T */ {0, 0, -1, -2, -2, -1, -3, -3, -2, -1, 0, -1, -2, -1, 0, -2, -1, -2, 1, 6, -1, -4, -1, -2, -1, -6}, 1236 /* V */ {0, -1, -4, -2, -5, -3, -2, -5, -4, 3, 0, -3, 0, 0, -4, -3, -3, -3, -2, -1, 5, -3, -2, -3, -3, -6}, 1237 /* W */ {0, -4, -6, -4, -6, -5, 0, -4, -3, -4, 0, -5, -3, -2, -5, -5, -3, -4, -4, -4, -3, 11, -3, 2, -4, -6}, 1238 /* X */ {0, -1, -2, -3, -2, -2, -2, -2, -2, -2, 0, -1, -2, -1, -2, -2, -1, -2, -1, -1, -2, -3, -2, -2, -1, -6}, 1239 /* Y */ {0, -3, -4, -4, -4, -4, 3, -5, 1, -2, 0, -3, -2, -2, -3, -4, -3, -3, -3, -2, -3, 2, -2, 8, -3, -6}, 1240 /* Z */ {0, -1, 0, -5, 0, 4, -4, -3, 0, -4, 0, 1, -4, -2, -1, -2, 4, 0, -1, -1, -3, -4, -1, -3, 4, -6}, 1241 /* * */ {0, -6, -6, -6, -6, -6, -6, -6, -6, -6, 0, -6, -6, -6, -6, -6, -6, -6, -6, -6, -6, -6, -6, -6, -6, 1}, 1242 } 1243 1244 // # Matrix made by matblas from blosumn.iij 1245 // # * column uses minimum score 1246 // # BLOSUM Clustered Scoring Matrix in 1/2 Bit Units 1247 // # Blocks Database = /data/blocks_5.0/blocks.dat 1248 // # Cluster Percentage: >= -2 1249 // # Entropy = 1.5172, Expected = -1.1484 1250 // A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V B Z X * 1251 // A 6 -2 -2 -3 -2 -1 -2 -1 -3 -3 -3 -2 -2 -4 -1 1 -1 -4 -4 -1 -3 -2 -1 -7 1252 // R -2 7 -1 -3 -6 0 -2 -4 -1 -5 -4 2 -3 -4 -3 -2 -2 -5 -4 -4 -2 -1 -2 -7 1253 // N -2 -1 7 1 -4 -1 -1 -2 0 -5 -5 -1 -4 -5 -4 0 -1 -6 -4 -4 4 -1 -2 -7 1254 // D -3 -3 1 7 -6 -2 1 -3 -2 -6 -6 -2 -5 -5 -3 -2 -2 -7 -5 -5 4 0 -3 -7 1255 // C -2 -6 -4 -6 9 -5 -7 -5 -6 -2 -3 -5 -3 -3 -5 -2 -2 -5 -4 -2 -5 -6 -4 -7 1256 // Q -1 0 -1 -2 -5 7 1 -4 0 -4 -3 1 -1 -4 -2 -1 -2 -4 -3 -4 -1 4 -2 -7 1257 // E -2 -2 -1 1 -7 1 6 -4 -1 -5 -5 0 -4 -5 -3 -1 -2 -5 -4 -4 0 5 -2 -7 1258 // G -1 -4 -2 -3 -5 -4 -4 6 -4 -6 -6 -3 -5 -5 -4 -1 -3 -5 -6 -5 -2 -4 -3 -7 1259 // H -3 -1 0 -2 -6 0 -1 -4 9 -5 -4 -2 -3 -3 -4 -2 -3 -4 1 -5 -1 -1 -3 -7 1260 // I -3 -5 -5 -6 -2 -4 -5 -6 -5 6 1 -4 1 -1 -5 -4 -2 -4 -3 2 -5 -5 -2 -7 1261 // L -3 -4 -5 -6 -3 -3 -5 -6 -4 1 5 -4 2 0 -5 -4 -3 -4 -3 0 -5 -4 -2 -7 1262 // K -2 2 -1 -2 -5 1 0 -3 -2 -4 -4 6 -2 -4 -2 -1 -2 -6 -4 -4 -1 0 -2 -7 1263 // M -2 -3 -4 -5 -3 -1 -4 -5 -3 1 2 -2 8 -1 -4 -3 -2 -2 -3 0 -5 -3 -2 -7 1264 // F -4 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -3 -1 0 -4 -1 7 -5 -4 -3 0 3 -2 -5 -5 -3 -7 1265 // P -1 -3 -4 -3 -5 -2 -3 -4 -4 -5 -5 -2 -4 -5 8 -2 -3 -5 -5 -4 -4 -3 -3 -7 1266 // S 1 -2 0 -2 -2 -1 -1 -1 -2 -4 -4 -1 -3 -4 -2 6 1 -4 -3 -3 -1 -1 -1 -7 1267 // T -1 -2 -1 -2 -2 -2 -2 -3 -3 -2 -3 -2 -2 -3 -3 1 6 -5 -3 -1 -2 -2 -1 -7 1268 // W -4 -5 -6 -7 -5 -4 -5 -5 -4 -4 -4 -6 -2 0 -5 -4 -5 11 1 -3 -6 -4 -4 -7 1269 // Y -4 -4 -4 -5 -4 -3 -4 -6 1 -3 -3 -4 -3 3 -5 -3 -3 1 8 -3 -4 -4 -3 -7 1270 // V -1 -4 -4 -5 -2 -4 -4 -5 -5 2 0 -4 0 -2 -4 -3 -1 -3 -3 5 -5 -4 -2 -7 1271 // B -3 -2 4 4 -5 -1 0 -2 -1 -5 -5 -1 -5 -5 -4 -1 -2 -6 -4 -5 4 1 -2 -7 1272 // Z -2 -1 -1 0 -6 4 5 -4 -1 -5 -4 0 -3 -5 -3 -1 -2 -4 -4 -4 1 4 -2 -7 1273 // X -1 -2 -2 -3 -4 -2 -2 -3 -3 -2 -2 -2 -2 -3 -3 -1 -1 -4 -3 -2 -2 -2 -2 -7 1274 // * -7 -7 -7 -7 -7 -7 -7 -7 -7 -7 -7 -7 -7 -7 -7 -7 -7 -7 -7 -7 -7 -7 -7 1 1275 // 1276 BLOSUMN = [][]int{ 1277 /* - A B C D E F G H I J K L M N P Q R S T V W X Y Z * */ 1278 /* - */ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, 1279 /* A */ {0, 6, -3, -2, -3, -2, -4, -1, -3, -3, 0, -2, -3, -2, -2, -1, -1, -2, 1, -1, -1, -4, -1, -4, -2, -7}, 1280 /* B */ {0, -3, 4, -5, 4, 0, -5, -2, -1, -5, 0, -1, -5, -5, 4, -4, -1, -2, -1, -2, -5, -6, -2, -4, 1, -7}, 1281 /* C */ {0, -2, -5, 9, -6, -7, -3, -5, -6, -2, 0, -5, -3, -3, -4, -5, -5, -6, -2, -2, -2, -5, -4, -4, -6, -7}, 1282 /* D */ {0, -3, 4, -6, 7, 1, -5, -3, -2, -6, 0, -2, -6, -5, 1, -3, -2, -3, -2, -2, -5, -7, -3, -5, 0, -7}, 1283 /* E */ {0, -2, 0, -7, 1, 6, -5, -4, -1, -5, 0, 0, -5, -4, -1, -3, 1, -2, -1, -2, -4, -5, -2, -4, 5, -7}, 1284 /* F */ {0, -4, -5, -3, -5, -5, 7, -5, -3, -1, 0, -4, 0, -1, -5, -5, -4, -4, -4, -3, -2, 0, -3, 3, -5, -7}, 1285 /* G */ {0, -1, -2, -5, -3, -4, -5, 6, -4, -6, 0, -3, -6, -5, -2, -4, -4, -4, -1, -3, -5, -5, -3, -6, -4, -7}, 1286 /* H */ {0, -3, -1, -6, -2, -1, -3, -4, 9, -5, 0, -2, -4, -3, 0, -4, 0, -1, -2, -3, -5, -4, -3, 1, -1, -7}, 1287 /* I */ {0, -3, -5, -2, -6, -5, -1, -6, -5, 6, 0, -4, 1, 1, -5, -5, -4, -5, -4, -2, 2, -4, -2, -3, -5, -7}, 1288 /* J */ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, 1289 /* K */ {0, -2, -1, -5, -2, 0, -4, -3, -2, -4, 0, 6, -4, -2, -1, -2, 1, 2, -1, -2, -4, -6, -2, -4, 0, -7}, 1290 /* L */ {0, -3, -5, -3, -6, -5, 0, -6, -4, 1, 0, -4, 5, 2, -5, -5, -3, -4, -4, -3, 0, -4, -2, -3, -4, -7}, 1291 /* M */ {0, -2, -5, -3, -5, -4, -1, -5, -3, 1, 0, -2, 2, 8, -4, -4, -1, -3, -3, -2, 0, -2, -2, -3, -3, -7}, 1292 /* N */ {0, -2, 4, -4, 1, -1, -5, -2, 0, -5, 0, -1, -5, -4, 7, -4, -1, -1, 0, -1, -4, -6, -2, -4, -1, -7}, 1293 /* P */ {0, -1, -4, -5, -3, -3, -5, -4, -4, -5, 0, -2, -5, -4, -4, 8, -2, -3, -2, -3, -4, -5, -3, -5, -3, -7}, 1294 /* Q */ {0, -1, -1, -5, -2, 1, -4, -4, 0, -4, 0, 1, -3, -1, -1, -2, 7, 0, -1, -2, -4, -4, -2, -3, 4, -7}, 1295 /* R */ {0, -2, -2, -6, -3, -2, -4, -4, -1, -5, 0, 2, -4, -3, -1, -3, 0, 7, -2, -2, -4, -5, -2, -4, -1, -7}, 1296 /* S */ {0, 1, -1, -2, -2, -1, -4, -1, -2, -4, 0, -1, -4, -3, 0, -2, -1, -2, 6, 1, -3, -4, -1, -3, -1, -7}, 1297 /* T */ {0, -1, -2, -2, -2, -2, -3, -3, -3, -2, 0, -2, -3, -2, -1, -3, -2, -2, 1, 6, -1, -5, -1, -3, -2, -7}, 1298 /* V */ {0, -1, -5, -2, -5, -4, -2, -5, -5, 2, 0, -4, 0, 0, -4, -4, -4, -4, -3, -1, 5, -3, -2, -3, -4, -7}, 1299 /* W */ {0, -4, -6, -5, -7, -5, 0, -5, -4, -4, 0, -6, -4, -2, -6, -5, -4, -5, -4, -5, -3, 11, -4, 1, -4, -7}, 1300 /* X */ {0, -1, -2, -4, -3, -2, -3, -3, -3, -2, 0, -2, -2, -2, -2, -3, -2, -2, -1, -1, -2, -4, -2, -3, -2, -7}, 1301 /* Y */ {0, -4, -4, -4, -5, -4, 3, -6, 1, -3, 0, -4, -3, -3, -4, -5, -3, -4, -3, -3, -3, 1, -3, 8, -4, -7}, 1302 /* Z */ {0, -2, 1, -6, 0, 5, -5, -4, -1, -5, 0, 0, -4, -3, -1, -3, 4, -1, -1, -2, -4, -4, -2, -4, 4, -7}, 1303 /* * */ {0, -7, -7, -7, -7, -7, -7, -7, -7, -7, 0, -7, -7, -7, -7, -7, -7, -7, -7, -7, -7, -7, -7, -7, -7, 1}, 1304 } 1305 1306 // # 1307 // # This matrix was produced by "pam" Version 1.0.6 [28-Jul-93] 1308 // # 1309 // # PAM 10 substitution matrix, scale = ln(2)/2 = 0.346574 1310 // # 1311 // # Expected score = -8.27, Entropy = 3.43 bits 1312 // # 1313 // # Lowest score = -23, Highest score = 13 1314 // # 1315 // A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V B Z X * 1316 // A 7 -10 -7 -6 -10 -7 -5 -4 -11 -8 -9 -10 -8 -12 -4 -3 -3 -20 -11 -5 -6 -6 -6 -23 1317 // R -10 9 -9 -17 -11 -4 -15 -13 -4 -8 -12 -2 -7 -12 -7 -6 -10 -5 -14 -11 -11 -7 -9 -23 1318 // N -7 -9 9 -1 -17 -7 -5 -6 -2 -8 -10 -4 -15 -12 -9 -2 -5 -11 -7 -12 7 -6 -6 -23 1319 // D -6 -17 -1 8 -21 -6 0 -6 -7 -11 -19 -8 -17 -21 -12 -7 -8 -21 -17 -11 7 -1 -9 -23 1320 // C -10 -11 -17 -21 10 -20 -20 -13 -10 -9 -21 -20 -20 -19 -11 -6 -11 -22 -7 -9 -18 -20 -13 -23 1321 // Q -7 -4 -7 -6 -20 9 -1 -10 -2 -11 -8 -6 -7 -19 -6 -8 -9 -19 -18 -10 -6 7 -8 -23 1322 // E -5 -15 -5 0 -20 -1 8 -7 -9 -8 -13 -7 -10 -20 -9 -7 -9 -23 -11 -10 -1 7 -8 -23 1323 // G -4 -13 -6 -6 -13 -10 -7 7 -13 -17 -14 -10 -12 -12 -10 -4 -10 -21 -20 -9 -6 -8 -8 -23 1324 // H -11 -4 -2 -7 -10 -2 -9 -13 10 -13 -9 -10 -17 -9 -7 -9 -11 -10 -6 -9 -4 -4 -8 -23 1325 // I -8 -8 -8 -11 -9 -11 -8 -17 -13 9 -4 -9 -3 -5 -12 -10 -5 -20 -9 -1 -9 -9 -8 -23 1326 // L -9 -12 -10 -19 -21 -8 -13 -14 -9 -4 7 -11 -2 -5 -10 -12 -10 -9 -10 -5 -12 -10 -9 -23 1327 // K -10 -2 -4 -8 -20 -6 -7 -10 -10 -9 -11 7 -4 -20 -10 -7 -6 -18 -12 -13 -5 -6 -8 -23 1328 // M -8 -7 -15 -17 -20 -7 -10 -12 -17 -3 -2 -4 12 -7 -11 -8 -7 -19 -17 -4 -16 -8 -9 -23 1329 // F -12 -12 -12 -21 -19 -19 -20 -12 -9 -5 -5 -20 -7 9 -13 -9 -12 -7 -1 -12 -14 -20 -12 -23 1330 // P -4 -7 -9 -12 -11 -6 -9 -10 -7 -12 -10 -10 -11 -13 8 -4 -7 -20 -20 -9 -10 -7 -8 -23 1331 // S -3 -6 -2 -7 -6 -8 -7 -4 -9 -10 -12 -7 -8 -9 -4 7 -2 -8 -10 -10 -4 -8 -6 -23 1332 // T -3 -10 -5 -8 -11 -9 -9 -10 -11 -5 -10 -6 -7 -12 -7 -2 8 -19 -9 -6 -6 -9 -7 -23 1333 // W -20 -5 -11 -21 -22 -19 -23 -21 -10 -20 -9 -18 -19 -7 -20 -8 -19 13 -8 -22 -13 -21 -16 -23 1334 // Y -11 -14 -7 -17 -7 -18 -11 -20 -6 -9 -10 -12 -17 -1 -20 -10 -9 -8 10 -10 -9 -13 -11 -23 1335 // V -5 -11 -12 -11 -9 -10 -10 -9 -9 -1 -5 -13 -4 -12 -9 -10 -6 -22 -10 8 -11 -10 -8 -23 1336 // B -6 -11 7 7 -18 -6 -1 -6 -4 -9 -12 -5 -16 -14 -10 -4 -6 -13 -9 -11 7 -3 -8 -23 1337 // Z -6 -7 -6 -1 -20 7 7 -8 -4 -9 -10 -6 -8 -20 -7 -8 -9 -21 -13 -10 -3 7 -8 -23 1338 // X -6 -9 -6 -9 -13 -8 -8 -8 -8 -8 -9 -8 -9 -12 -8 -6 -7 -16 -11 -8 -8 -8 -8 -23 1339 // * -23 -23 -23 -23 -23 -23 -23 -23 -23 -23 -23 -23 -23 -23 -23 -23 -23 -23 -23 -23 -23 -23 -23 1 1340 // 1341 PAM10 = [][]int{ 1342 /* - A B C D E F G H I J K L M N P Q R S T V W X Y Z * */ 1343 /* - */ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, 1344 /* A */ {0, 7, -6, -10, -6, -5, -12, -4, -11, -8, 0, -10, -9, -8, -7, -4, -7, -10, -3, -3, -5, -20, -6, -11, -6, -23}, 1345 /* B */ {0, -6, 7, -18, 7, -1, -14, -6, -4, -9, 0, -5, -12, -16, 7, -10, -6, -11, -4, -6, -11, -13, -8, -9, -3, -23}, 1346 /* C */ {0, -10, -18, 10, -21, -20, -19, -13, -10, -9, 0, -20, -21, -20, -17, -11, -20, -11, -6, -11, -9, -22, -13, -7, -20, -23}, 1347 /* D */ {0, -6, 7, -21, 8, 0, -21, -6, -7, -11, 0, -8, -19, -17, -1, -12, -6, -17, -7, -8, -11, -21, -9, -17, -1, -23}, 1348 /* E */ {0, -5, -1, -20, 0, 8, -20, -7, -9, -8, 0, -7, -13, -10, -5, -9, -1, -15, -7, -9, -10, -23, -8, -11, 7, -23}, 1349 /* F */ {0, -12, -14, -19, -21, -20, 9, -12, -9, -5, 0, -20, -5, -7, -12, -13, -19, -12, -9, -12, -12, -7, -12, -1, -20, -23}, 1350 /* G */ {0, -4, -6, -13, -6, -7, -12, 7, -13, -17, 0, -10, -14, -12, -6, -10, -10, -13, -4, -10, -9, -21, -8, -20, -8, -23}, 1351 /* H */ {0, -11, -4, -10, -7, -9, -9, -13, 10, -13, 0, -10, -9, -17, -2, -7, -2, -4, -9, -11, -9, -10, -8, -6, -4, -23}, 1352 /* I */ {0, -8, -9, -9, -11, -8, -5, -17, -13, 9, 0, -9, -4, -3, -8, -12, -11, -8, -10, -5, -1, -20, -8, -9, -9, -23}, 1353 /* J */ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, 1354 /* K */ {0, -10, -5, -20, -8, -7, -20, -10, -10, -9, 0, 7, -11, -4, -4, -10, -6, -2, -7, -6, -13, -18, -8, -12, -6, -23}, 1355 /* L */ {0, -9, -12, -21, -19, -13, -5, -14, -9, -4, 0, -11, 7, -2, -10, -10, -8, -12, -12, -10, -5, -9, -9, -10, -10, -23}, 1356 /* M */ {0, -8, -16, -20, -17, -10, -7, -12, -17, -3, 0, -4, -2, 12, -15, -11, -7, -7, -8, -7, -4, -19, -9, -17, -8, -23}, 1357 /* N */ {0, -7, 7, -17, -1, -5, -12, -6, -2, -8, 0, -4, -10, -15, 9, -9, -7, -9, -2, -5, -12, -11, -6, -7, -6, -23}, 1358 /* P */ {0, -4, -10, -11, -12, -9, -13, -10, -7, -12, 0, -10, -10, -11, -9, 8, -6, -7, -4, -7, -9, -20, -8, -20, -7, -23}, 1359 /* Q */ {0, -7, -6, -20, -6, -1, -19, -10, -2, -11, 0, -6, -8, -7, -7, -6, 9, -4, -8, -9, -10, -19, -8, -18, 7, -23}, 1360 /* R */ {0, -10, -11, -11, -17, -15, -12, -13, -4, -8, 0, -2, -12, -7, -9, -7, -4, 9, -6, -10, -11, -5, -9, -14, -7, -23}, 1361 /* S */ {0, -3, -4, -6, -7, -7, -9, -4, -9, -10, 0, -7, -12, -8, -2, -4, -8, -6, 7, -2, -10, -8, -6, -10, -8, -23}, 1362 /* T */ {0, -3, -6, -11, -8, -9, -12, -10, -11, -5, 0, -6, -10, -7, -5, -7, -9, -10, -2, 8, -6, -19, -7, -9, -9, -23}, 1363 /* V */ {0, -5, -11, -9, -11, -10, -12, -9, -9, -1, 0, -13, -5, -4, -12, -9, -10, -11, -10, -6, 8, -22, -8, -10, -10, -23}, 1364 /* W */ {0, -20, -13, -22, -21, -23, -7, -21, -10, -20, 0, -18, -9, -19, -11, -20, -19, -5, -8, -19, -22, 13, -16, -8, -21, -23}, 1365 /* X */ {0, -6, -8, -13, -9, -8, -12, -8, -8, -8, 0, -8, -9, -9, -6, -8, -8, -9, -6, -7, -8, -16, -8, -11, -8, -23}, 1366 /* Y */ {0, -11, -9, -7, -17, -11, -1, -20, -6, -9, 0, -12, -10, -17, -7, -20, -18, -14, -10, -9, -10, -8, -11, 10, -13, -23}, 1367 /* Z */ {0, -6, -3, -20, -1, 7, -20, -8, -4, -9, 0, -6, -10, -8, -6, -7, 7, -7, -8, -9, -10, -21, -8, -13, 7, -23}, 1368 /* * */ {0, -23, -23, -23, -23, -23, -23, -23, -23, -23, 0, -23, -23, -23, -23, -23, -23, -23, -23, -23, -23, -23, -23, -23, -23, 1}, 1369 } 1370 1371 // # 1372 // # This matrix was produced by "pam" Version 1.0.6 [28-Jul-93] 1373 // # 1374 // # PAM 100 substitution matrix, scale = ln(2)/2 = 0.346574 1375 // # 1376 // # Expected score = -1.99, Entropy = 1.18 bits 1377 // # 1378 // # Lowest score = -9, Highest score = 12 1379 // # 1380 // A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V B Z X * 1381 // A 4 -3 -1 -1 -3 -2 0 1 -3 -2 -3 -3 -2 -5 1 1 1 -7 -4 0 -1 -1 -1 -9 1382 // R -3 7 -2 -4 -5 1 -3 -5 1 -3 -5 2 -1 -6 -1 -1 -3 1 -6 -4 -3 -1 -2 -9 1383 // N -1 -2 5 3 -5 -1 1 -1 2 -3 -4 1 -4 -5 -2 1 0 -5 -2 -3 4 0 -1 -9 1384 // D -1 -4 3 5 -7 0 4 -1 -1 -4 -6 -1 -5 -8 -3 -1 -2 -9 -6 -4 4 3 -2 -9 1385 // C -3 -5 -5 -7 9 -8 -8 -5 -4 -3 -8 -8 -7 -7 -4 -1 -4 -9 -1 -3 -6 -8 -5 -9 1386 // Q -2 1 -1 0 -8 6 2 -3 3 -4 -2 0 -2 -7 -1 -2 -2 -7 -6 -3 0 5 -2 -9 1387 // E 0 -3 1 4 -8 2 5 -1 -1 -3 -5 -1 -4 -8 -2 -1 -2 -9 -5 -3 3 4 -2 -9 1388 // G 1 -5 -1 -1 -5 -3 -1 5 -4 -5 -6 -3 -4 -6 -2 0 -2 -9 -7 -3 -1 -2 -2 -9 1389 // H -3 1 2 -1 -4 3 -1 -4 7 -4 -3 -2 -4 -3 -1 -2 -3 -4 -1 -3 1 1 -2 -9 1390 // I -2 -3 -3 -4 -3 -4 -3 -5 -4 6 1 -3 1 0 -4 -3 0 -7 -3 3 -3 -3 -2 -9 1391 // L -3 -5 -4 -6 -8 -2 -5 -6 -3 1 6 -4 3 0 -4 -4 -3 -3 -3 0 -5 -4 -3 -9 1392 // K -3 2 1 -1 -8 0 -1 -3 -2 -3 -4 5 0 -7 -3 -1 -1 -6 -6 -4 0 -1 -2 -9 1393 // M -2 -1 -4 -5 -7 -2 -4 -4 -4 1 3 0 9 -1 -4 -3 -1 -6 -5 1 -4 -2 -2 -9 1394 // F -5 -6 -5 -8 -7 -7 -8 -6 -3 0 0 -7 -1 8 -6 -4 -5 -1 4 -3 -6 -7 -4 -9 1395 // P 1 -1 -2 -3 -4 -1 -2 -2 -1 -4 -4 -3 -4 -6 7 0 -1 -7 -7 -3 -3 -1 -2 -9 1396 // S 1 -1 1 -1 -1 -2 -1 0 -2 -3 -4 -1 -3 -4 0 4 2 -3 -4 -2 0 -2 -1 -9 1397 // T 1 -3 0 -2 -4 -2 -2 -2 -3 0 -3 -1 -1 -5 -1 2 5 -7 -4 0 -1 -2 -1 -9 1398 // W -7 1 -5 -9 -9 -7 -9 -9 -4 -7 -3 -6 -6 -1 -7 -3 -7 12 -2 -9 -6 -8 -6 -9 1399 // Y -4 -6 -2 -6 -1 -6 -5 -7 -1 -3 -3 -6 -5 4 -7 -4 -4 -2 9 -4 -4 -6 -4 -9 1400 // V 0 -4 -3 -4 -3 -3 -3 -3 -3 3 0 -4 1 -3 -3 -2 0 -9 -4 5 -4 -3 -2 -9 1401 // B -1 -3 4 4 -6 0 3 -1 1 -3 -5 0 -4 -6 -3 0 -1 -6 -4 -4 4 2 -2 -9 1402 // Z -1 -1 0 3 -8 5 4 -2 1 -3 -4 -1 -2 -7 -1 -2 -2 -8 -6 -3 2 5 -2 -9 1403 // X -1 -2 -1 -2 -5 -2 -2 -2 -2 -2 -3 -2 -2 -4 -2 -1 -1 -6 -4 -2 -2 -2 -2 -9 1404 // * -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 1 1405 // 1406 PAM100 = [][]int{ 1407 /* - A B C D E F G H I J K L M N P Q R S T V W X Y Z * */ 1408 /* - */ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, 1409 /* A */ {0, 4, -1, -3, -1, 0, -5, 1, -3, -2, 0, -3, -3, -2, -1, 1, -2, -3, 1, 1, 0, -7, -1, -4, -1, -9}, 1410 /* B */ {0, -1, 4, -6, 4, 3, -6, -1, 1, -3, 0, 0, -5, -4, 4, -3, 0, -3, 0, -1, -4, -6, -2, -4, 2, -9}, 1411 /* C */ {0, -3, -6, 9, -7, -8, -7, -5, -4, -3, 0, -8, -8, -7, -5, -4, -8, -5, -1, -4, -3, -9, -5, -1, -8, -9}, 1412 /* D */ {0, -1, 4, -7, 5, 4, -8, -1, -1, -4, 0, -1, -6, -5, 3, -3, 0, -4, -1, -2, -4, -9, -2, -6, 3, -9}, 1413 /* E */ {0, 0, 3, -8, 4, 5, -8, -1, -1, -3, 0, -1, -5, -4, 1, -2, 2, -3, -1, -2, -3, -9, -2, -5, 4, -9}, 1414 /* F */ {0, -5, -6, -7, -8, -8, 8, -6, -3, 0, 0, -7, 0, -1, -5, -6, -7, -6, -4, -5, -3, -1, -4, 4, -7, -9}, 1415 /* G */ {0, 1, -1, -5, -1, -1, -6, 5, -4, -5, 0, -3, -6, -4, -1, -2, -3, -5, 0, -2, -3, -9, -2, -7, -2, -9}, 1416 /* H */ {0, -3, 1, -4, -1, -1, -3, -4, 7, -4, 0, -2, -3, -4, 2, -1, 3, 1, -2, -3, -3, -4, -2, -1, 1, -9}, 1417 /* I */ {0, -2, -3, -3, -4, -3, 0, -5, -4, 6, 0, -3, 1, 1, -3, -4, -4, -3, -3, 0, 3, -7, -2, -3, -3, -9}, 1418 /* J */ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, 1419 /* K */ {0, -3, 0, -8, -1, -1, -7, -3, -2, -3, 0, 5, -4, 0, 1, -3, 0, 2, -1, -1, -4, -6, -2, -6, -1, -9}, 1420 /* L */ {0, -3, -5, -8, -6, -5, 0, -6, -3, 1, 0, -4, 6, 3, -4, -4, -2, -5, -4, -3, 0, -3, -3, -3, -4, -9}, 1421 /* M */ {0, -2, -4, -7, -5, -4, -1, -4, -4, 1, 0, 0, 3, 9, -4, -4, -2, -1, -3, -1, 1, -6, -2, -5, -2, -9}, 1422 /* N */ {0, -1, 4, -5, 3, 1, -5, -1, 2, -3, 0, 1, -4, -4, 5, -2, -1, -2, 1, 0, -3, -5, -1, -2, 0, -9}, 1423 /* P */ {0, 1, -3, -4, -3, -2, -6, -2, -1, -4, 0, -3, -4, -4, -2, 7, -1, -1, 0, -1, -3, -7, -2, -7, -1, -9}, 1424 /* Q */ {0, -2, 0, -8, 0, 2, -7, -3, 3, -4, 0, 0, -2, -2, -1, -1, 6, 1, -2, -2, -3, -7, -2, -6, 5, -9}, 1425 /* R */ {0, -3, -3, -5, -4, -3, -6, -5, 1, -3, 0, 2, -5, -1, -2, -1, 1, 7, -1, -3, -4, 1, -2, -6, -1, -9}, 1426 /* S */ {0, 1, 0, -1, -1, -1, -4, 0, -2, -3, 0, -1, -4, -3, 1, 0, -2, -1, 4, 2, -2, -3, -1, -4, -2, -9}, 1427 /* T */ {0, 1, -1, -4, -2, -2, -5, -2, -3, 0, 0, -1, -3, -1, 0, -1, -2, -3, 2, 5, 0, -7, -1, -4, -2, -9}, 1428 /* V */ {0, 0, -4, -3, -4, -3, -3, -3, -3, 3, 0, -4, 0, 1, -3, -3, -3, -4, -2, 0, 5, -9, -2, -4, -3, -9}, 1429 /* W */ {0, -7, -6, -9, -9, -9, -1, -9, -4, -7, 0, -6, -3, -6, -5, -7, -7, 1, -3, -7, -9, 12, -6, -2, -8, -9}, 1430 /* X */ {0, -1, -2, -5, -2, -2, -4, -2, -2, -2, 0, -2, -3, -2, -1, -2, -2, -2, -1, -1, -2, -6, -2, -4, -2, -9}, 1431 /* Y */ {0, -4, -4, -1, -6, -5, 4, -7, -1, -3, 0, -6, -3, -5, -2, -7, -6, -6, -4, -4, -4, -2, -4, 9, -6, -9}, 1432 /* Z */ {0, -1, 2, -8, 3, 4, -7, -2, 1, -3, 0, -1, -4, -2, 0, -1, 5, -1, -2, -2, -3, -8, -2, -6, 5, -9}, 1433 /* * */ {0, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, 0, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, 1}, 1434 } 1435 1436 // # 1437 // # This matrix was produced by "pam" Version 1.0.6 [28-Jul-93] 1438 // # 1439 // # PAM 110 substitution matrix, scale = ln(2)/2 = 0.346574 1440 // # 1441 // # Expected score = -1.81, Entropy = 1.07 bits 1442 // # 1443 // # Lowest score = -9, Highest score = 12 1444 // # 1445 // A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V B Z X * 1446 // A 3 -3 -1 -1 -3 -1 0 1 -3 -1 -3 -3 -2 -4 1 1 1 -7 -4 0 -1 -1 -1 -9 1447 // R -3 7 -1 -4 -4 1 -3 -4 1 -3 -4 2 -1 -5 -1 -1 -2 1 -5 -4 -2 -1 -2 -9 1448 // N -1 -1 4 2 -5 0 1 0 2 -2 -4 1 -3 -4 -2 1 0 -5 -2 -3 3 0 -1 -9 1449 // D -1 -4 2 5 -7 1 4 0 0 -3 -6 -1 -5 -7 -3 -1 -1 -8 -5 -4 4 3 -2 -9 1450 // C -3 -4 -5 -7 9 -7 -7 -5 -4 -3 -8 -7 -7 -6 -4 -1 -3 -9 -1 -3 -6 -7 -4 -9 1451 // Q -1 1 0 1 -7 6 2 -3 3 -3 -2 0 -1 -6 0 -2 -2 -6 -6 -3 0 4 -1 -9 1452 // E 0 -3 1 4 -7 2 5 -1 -1 -3 -5 -1 -3 -7 -2 -1 -2 -9 -5 -3 3 4 -2 -9 1453 // G 1 -4 0 0 -5 -3 -1 5 -4 -4 -6 -3 -4 -5 -2 0 -2 -8 -7 -2 0 -2 -2 -9 1454 // H -3 1 2 0 -4 3 -1 -4 7 -4 -3 -2 -4 -3 -1 -2 -3 -4 -1 -3 1 1 -2 -9 1455 // I -1 -3 -2 -3 -3 -3 -3 -4 -4 6 1 -3 1 0 -4 -3 0 -7 -2 3 -3 -3 -2 -9 1456 // L -3 -4 -4 -6 -8 -2 -5 -6 -3 1 6 -4 3 0 -4 -4 -3 -3 -3 1 -5 -3 -2 -9 1457 // K -3 2 1 -1 -7 0 -1 -3 -2 -3 -4 5 0 -7 -3 -1 -1 -5 -5 -4 0 -1 -2 -9 1458 // M -2 -1 -3 -5 -7 -1 -3 -4 -4 1 3 0 8 -1 -4 -2 -1 -6 -5 1 -4 -2 -2 -9 1459 // F -4 -5 -4 -7 -6 -6 -7 -5 -3 0 0 -7 -1 8 -6 -4 -4 -1 4 -3 -6 -7 -4 -9 1460 // P 1 -1 -2 -3 -4 0 -2 -2 -1 -4 -4 -3 -4 -6 6 0 -1 -7 -7 -2 -2 -1 -2 -9 1461 // S 1 -1 1 -1 -1 -2 -1 0 -2 -3 -4 -1 -2 -4 0 3 2 -3 -3 -2 0 -1 -1 -9 1462 // T 1 -2 0 -1 -3 -2 -2 -2 -3 0 -3 -1 -1 -4 -1 2 5 -6 -3 0 -1 -2 -1 -9 1463 // W -7 1 -5 -8 -9 -6 -9 -8 -4 -7 -3 -5 -6 -1 -7 -3 -6 12 -2 -8 -6 -7 -5 -9 1464 // Y -4 -5 -2 -5 -1 -6 -5 -7 -1 -2 -3 -5 -5 4 -7 -3 -3 -2 8 -4 -3 -5 -3 -9 1465 // V 0 -4 -3 -4 -3 -3 -3 -2 -3 3 1 -4 1 -3 -2 -2 0 -8 -4 5 -3 -3 -2 -9 1466 // B -1 -2 3 4 -6 0 3 0 1 -3 -5 0 -4 -6 -2 0 -1 -6 -3 -3 4 2 -1 -9 1467 // Z -1 -1 0 3 -7 4 4 -2 1 -3 -3 -1 -2 -7 -1 -1 -2 -7 -5 -3 2 4 -2 -9 1468 // X -1 -2 -1 -2 -4 -1 -2 -2 -2 -2 -2 -2 -2 -4 -2 -1 -1 -5 -3 -2 -1 -2 -2 -9 1469 // * -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 1 1470 // 1471 PAM110 = [][]int{ 1472 /* - A B C D E F G H I J K L M N P Q R S T V W X Y Z * */ 1473 /* - */ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, 1474 /* A */ {0, 3, -1, -3, -1, 0, -4, 1, -3, -1, 0, -3, -3, -2, -1, 1, -1, -3, 1, 1, 0, -7, -1, -4, -1, -9}, 1475 /* B */ {0, -1, 4, -6, 4, 3, -6, 0, 1, -3, 0, 0, -5, -4, 3, -2, 0, -2, 0, -1, -3, -6, -1, -3, 2, -9}, 1476 /* C */ {0, -3, -6, 9, -7, -7, -6, -5, -4, -3, 0, -7, -8, -7, -5, -4, -7, -4, -1, -3, -3, -9, -4, -1, -7, -9}, 1477 /* D */ {0, -1, 4, -7, 5, 4, -7, 0, 0, -3, 0, -1, -6, -5, 2, -3, 1, -4, -1, -1, -4, -8, -2, -5, 3, -9}, 1478 /* E */ {0, 0, 3, -7, 4, 5, -7, -1, -1, -3, 0, -1, -5, -3, 1, -2, 2, -3, -1, -2, -3, -9, -2, -5, 4, -9}, 1479 /* F */ {0, -4, -6, -6, -7, -7, 8, -5, -3, 0, 0, -7, 0, -1, -4, -6, -6, -5, -4, -4, -3, -1, -4, 4, -7, -9}, 1480 /* G */ {0, 1, 0, -5, 0, -1, -5, 5, -4, -4, 0, -3, -6, -4, 0, -2, -3, -4, 0, -2, -2, -8, -2, -7, -2, -9}, 1481 /* H */ {0, -3, 1, -4, 0, -1, -3, -4, 7, -4, 0, -2, -3, -4, 2, -1, 3, 1, -2, -3, -3, -4, -2, -1, 1, -9}, 1482 /* I */ {0, -1, -3, -3, -3, -3, 0, -4, -4, 6, 0, -3, 1, 1, -2, -4, -3, -3, -3, 0, 3, -7, -2, -2, -3, -9}, 1483 /* J */ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, 1484 /* K */ {0, -3, 0, -7, -1, -1, -7, -3, -2, -3, 0, 5, -4, 0, 1, -3, 0, 2, -1, -1, -4, -5, -2, -5, -1, -9}, 1485 /* L */ {0, -3, -5, -8, -6, -5, 0, -6, -3, 1, 0, -4, 6, 3, -4, -4, -2, -4, -4, -3, 1, -3, -2, -3, -3, -9}, 1486 /* M */ {0, -2, -4, -7, -5, -3, -1, -4, -4, 1, 0, 0, 3, 8, -3, -4, -1, -1, -2, -1, 1, -6, -2, -5, -2, -9}, 1487 /* N */ {0, -1, 3, -5, 2, 1, -4, 0, 2, -2, 0, 1, -4, -3, 4, -2, 0, -1, 1, 0, -3, -5, -1, -2, 0, -9}, 1488 /* P */ {0, 1, -2, -4, -3, -2, -6, -2, -1, -4, 0, -3, -4, -4, -2, 6, 0, -1, 0, -1, -2, -7, -2, -7, -1, -9}, 1489 /* Q */ {0, -1, 0, -7, 1, 2, -6, -3, 3, -3, 0, 0, -2, -1, 0, 0, 6, 1, -2, -2, -3, -6, -1, -6, 4, -9}, 1490 /* R */ {0, -3, -2, -4, -4, -3, -5, -4, 1, -3, 0, 2, -4, -1, -1, -1, 1, 7, -1, -2, -4, 1, -2, -5, -1, -9}, 1491 /* S */ {0, 1, 0, -1, -1, -1, -4, 0, -2, -3, 0, -1, -4, -2, 1, 0, -2, -1, 3, 2, -2, -3, -1, -3, -1, -9}, 1492 /* T */ {0, 1, -1, -3, -1, -2, -4, -2, -3, 0, 0, -1, -3, -1, 0, -1, -2, -2, 2, 5, 0, -6, -1, -3, -2, -9}, 1493 /* V */ {0, 0, -3, -3, -4, -3, -3, -2, -3, 3, 0, -4, 1, 1, -3, -2, -3, -4, -2, 0, 5, -8, -2, -4, -3, -9}, 1494 /* W */ {0, -7, -6, -9, -8, -9, -1, -8, -4, -7, 0, -5, -3, -6, -5, -7, -6, 1, -3, -6, -8, 12, -5, -2, -7, -9}, 1495 /* X */ {0, -1, -1, -4, -2, -2, -4, -2, -2, -2, 0, -2, -2, -2, -1, -2, -1, -2, -1, -1, -2, -5, -2, -3, -2, -9}, 1496 /* Y */ {0, -4, -3, -1, -5, -5, 4, -7, -1, -2, 0, -5, -3, -5, -2, -7, -6, -5, -3, -3, -4, -2, -3, 8, -5, -9}, 1497 /* Z */ {0, -1, 2, -7, 3, 4, -7, -2, 1, -3, 0, -1, -3, -2, 0, -1, 4, -1, -1, -2, -3, -7, -2, -5, 4, -9}, 1498 /* * */ {0, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, 0, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, 1}, 1499 } 1500 1501 // # 1502 // # This matrix was produced by "pam" Version 1.0.6 [28-Jul-93] 1503 // # 1504 // # PAM 120 substitution matrix, scale = ln(2)/2 = 0.346574 1505 // # 1506 // # Expected score = -1.64, Entropy = 0.979 bits 1507 // # 1508 // # Lowest score = -8, Highest score = 12 1509 // # 1510 // A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V B Z X * 1511 // A 3 -3 -1 0 -3 -1 0 1 -3 -1 -3 -2 -2 -4 1 1 1 -7 -4 0 0 -1 -1 -8 1512 // R -3 6 -1 -3 -4 1 -3 -4 1 -2 -4 2 -1 -5 -1 -1 -2 1 -5 -3 -2 -1 -2 -8 1513 // N -1 -1 4 2 -5 0 1 0 2 -2 -4 1 -3 -4 -2 1 0 -4 -2 -3 3 0 -1 -8 1514 // D 0 -3 2 5 -7 1 3 0 0 -3 -5 -1 -4 -7 -3 0 -1 -8 -5 -3 4 3 -2 -8 1515 // C -3 -4 -5 -7 9 -7 -7 -4 -4 -3 -7 -7 -6 -6 -4 0 -3 -8 -1 -3 -6 -7 -4 -8 1516 // Q -1 1 0 1 -7 6 2 -3 3 -3 -2 0 -1 -6 0 -2 -2 -6 -5 -3 0 4 -1 -8 1517 // E 0 -3 1 3 -7 2 5 -1 -1 -3 -4 -1 -3 -7 -2 -1 -2 -8 -5 -3 3 4 -1 -8 1518 // G 1 -4 0 0 -4 -3 -1 5 -4 -4 -5 -3 -4 -5 -2 1 -1 -8 -6 -2 0 -2 -2 -8 1519 // H -3 1 2 0 -4 3 -1 -4 7 -4 -3 -2 -4 -3 -1 -2 -3 -3 -1 -3 1 1 -2 -8 1520 // I -1 -2 -2 -3 -3 -3 -3 -4 -4 6 1 -3 1 0 -3 -2 0 -6 -2 3 -3 -3 -1 -8 1521 // L -3 -4 -4 -5 -7 -2 -4 -5 -3 1 5 -4 3 0 -3 -4 -3 -3 -2 1 -4 -3 -2 -8 1522 // K -2 2 1 -1 -7 0 -1 -3 -2 -3 -4 5 0 -7 -2 -1 -1 -5 -5 -4 0 -1 -2 -8 1523 // M -2 -1 -3 -4 -6 -1 -3 -4 -4 1 3 0 8 -1 -3 -2 -1 -6 -4 1 -4 -2 -2 -8 1524 // F -4 -5 -4 -7 -6 -6 -7 -5 -3 0 0 -7 -1 8 -5 -3 -4 -1 4 -3 -5 -6 -3 -8 1525 // P 1 -1 -2 -3 -4 0 -2 -2 -1 -3 -3 -2 -3 -5 6 1 -1 -7 -6 -2 -2 -1 -2 -8 1526 // S 1 -1 1 0 0 -2 -1 1 -2 -2 -4 -1 -2 -3 1 3 2 -2 -3 -2 0 -1 -1 -8 1527 // T 1 -2 0 -1 -3 -2 -2 -1 -3 0 -3 -1 -1 -4 -1 2 4 -6 -3 0 0 -2 -1 -8 1528 // W -7 1 -4 -8 -8 -6 -8 -8 -3 -6 -3 -5 -6 -1 -7 -2 -6 12 -2 -8 -6 -7 -5 -8 1529 // Y -4 -5 -2 -5 -1 -5 -5 -6 -1 -2 -2 -5 -4 4 -6 -3 -3 -2 8 -3 -3 -5 -3 -8 1530 // V 0 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -2 -3 3 1 -4 1 -3 -2 -2 0 -8 -3 5 -3 -3 -1 -8 1531 // B 0 -2 3 4 -6 0 3 0 1 -3 -4 0 -4 -5 -2 0 0 -6 -3 -3 4 2 -1 -8 1532 // Z -1 -1 0 3 -7 4 4 -2 1 -3 -3 -1 -2 -6 -1 -1 -2 -7 -5 -3 2 4 -1 -8 1533 // X -1 -2 -1 -2 -4 -1 -1 -2 -2 -1 -2 -2 -2 -3 -2 -1 -1 -5 -3 -1 -1 -1 -2 -8 1534 // * -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 1 1535 // 1536 PAM120 = [][]int{ 1537 /* - A B C D E F G H I J K L M N P Q R S T V W X Y Z * */ 1538 /* - */ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, 1539 /* A */ {0, 3, 0, -3, 0, 0, -4, 1, -3, -1, 0, -2, -3, -2, -1, 1, -1, -3, 1, 1, 0, -7, -1, -4, -1, -8}, 1540 /* B */ {0, 0, 4, -6, 4, 3, -5, 0, 1, -3, 0, 0, -4, -4, 3, -2, 0, -2, 0, 0, -3, -6, -1, -3, 2, -8}, 1541 /* C */ {0, -3, -6, 9, -7, -7, -6, -4, -4, -3, 0, -7, -7, -6, -5, -4, -7, -4, 0, -3, -3, -8, -4, -1, -7, -8}, 1542 /* D */ {0, 0, 4, -7, 5, 3, -7, 0, 0, -3, 0, -1, -5, -4, 2, -3, 1, -3, 0, -1, -3, -8, -2, -5, 3, -8}, 1543 /* E */ {0, 0, 3, -7, 3, 5, -7, -1, -1, -3, 0, -1, -4, -3, 1, -2, 2, -3, -1, -2, -3, -8, -1, -5, 4, -8}, 1544 /* F */ {0, -4, -5, -6, -7, -7, 8, -5, -3, 0, 0, -7, 0, -1, -4, -5, -6, -5, -3, -4, -3, -1, -3, 4, -6, -8}, 1545 /* G */ {0, 1, 0, -4, 0, -1, -5, 5, -4, -4, 0, -3, -5, -4, 0, -2, -3, -4, 1, -1, -2, -8, -2, -6, -2, -8}, 1546 /* H */ {0, -3, 1, -4, 0, -1, -3, -4, 7, -4, 0, -2, -3, -4, 2, -1, 3, 1, -2, -3, -3, -3, -2, -1, 1, -8}, 1547 /* I */ {0, -1, -3, -3, -3, -3, 0, -4, -4, 6, 0, -3, 1, 1, -2, -3, -3, -2, -2, 0, 3, -6, -1, -2, -3, -8}, 1548 /* J */ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, 1549 /* K */ {0, -2, 0, -7, -1, -1, -7, -3, -2, -3, 0, 5, -4, 0, 1, -2, 0, 2, -1, -1, -4, -5, -2, -5, -1, -8}, 1550 /* L */ {0, -3, -4, -7, -5, -4, 0, -5, -3, 1, 0, -4, 5, 3, -4, -3, -2, -4, -4, -3, 1, -3, -2, -2, -3, -8}, 1551 /* M */ {0, -2, -4, -6, -4, -3, -1, -4, -4, 1, 0, 0, 3, 8, -3, -3, -1, -1, -2, -1, 1, -6, -2, -4, -2, -8}, 1552 /* N */ {0, -1, 3, -5, 2, 1, -4, 0, 2, -2, 0, 1, -4, -3, 4, -2, 0, -1, 1, 0, -3, -4, -1, -2, 0, -8}, 1553 /* P */ {0, 1, -2, -4, -3, -2, -5, -2, -1, -3, 0, -2, -3, -3, -2, 6, 0, -1, 1, -1, -2, -7, -2, -6, -1, -8}, 1554 /* Q */ {0, -1, 0, -7, 1, 2, -6, -3, 3, -3, 0, 0, -2, -1, 0, 0, 6, 1, -2, -2, -3, -6, -1, -5, 4, -8}, 1555 /* R */ {0, -3, -2, -4, -3, -3, -5, -4, 1, -2, 0, 2, -4, -1, -1, -1, 1, 6, -1, -2, -3, 1, -2, -5, -1, -8}, 1556 /* S */ {0, 1, 0, 0, 0, -1, -3, 1, -2, -2, 0, -1, -4, -2, 1, 1, -2, -1, 3, 2, -2, -2, -1, -3, -1, -8}, 1557 /* T */ {0, 1, 0, -3, -1, -2, -4, -1, -3, 0, 0, -1, -3, -1, 0, -1, -2, -2, 2, 4, 0, -6, -1, -3, -2, -8}, 1558 /* V */ {0, 0, -3, -3, -3, -3, -3, -2, -3, 3, 0, -4, 1, 1, -3, -2, -3, -3, -2, 0, 5, -8, -1, -3, -3, -8}, 1559 /* W */ {0, -7, -6, -8, -8, -8, -1, -8, -3, -6, 0, -5, -3, -6, -4, -7, -6, 1, -2, -6, -8, 12, -5, -2, -7, -8}, 1560 /* X */ {0, -1, -1, -4, -2, -1, -3, -2, -2, -1, 0, -2, -2, -2, -1, -2, -1, -2, -1, -1, -1, -5, -2, -3, -1, -8}, 1561 /* Y */ {0, -4, -3, -1, -5, -5, 4, -6, -1, -2, 0, -5, -2, -4, -2, -6, -5, -5, -3, -3, -3, -2, -3, 8, -5, -8}, 1562 /* Z */ {0, -1, 2, -7, 3, 4, -6, -2, 1, -3, 0, -1, -3, -2, 0, -1, 4, -1, -1, -2, -3, -7, -1, -5, 4, -8}, 1563 /* * */ {0, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, 0, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, 1}, 1564 } 1565 1566 // # 1567 // # This matrix was produced by "pam" Version 1.0.6 [28-Jul-93] 1568 // # 1569 // # PAM 120 substitution matrix, scale = 0.0693200 1570 // # 1571 // # Expected score = -8.22, Entropy = 0.979 bits 1572 // # 1573 // # Lowest score = -42, Highest score = 62 1574 // # 1575 // A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V B Z X * 1576 // A 16 -14 -3 -2 -14 -6 -1 3 -13 -6 -14 -12 -9 -21 3 6 6 -33 -20 0 -2 -3 -4 -42 1577 // R -14 32 -6 -16 -20 3 -14 -20 4 -12 -20 12 -5 -25 -4 -4 -10 4 -26 -17 -11 -4 -9 -42 1578 // N -3 -6 20 12 -23 -1 4 -2 8 -12 -18 4 -15 -21 -8 5 1 -22 -10 -15 16 2 -4 -42 1579 // D -2 -16 12 25 -33 4 17 -2 -2 -16 -27 -5 -21 -35 -13 -2 -6 -39 -26 -17 20 13 -8 -42 1580 // C -14 -20 -23 -33 44 -33 -33 -22 -20 -14 -37 -34 -32 -29 -18 -2 -16 -42 -4 -13 -28 -33 -20 -42 1581 // Q -6 3 -1 4 -33 28 12 -13 13 -16 -11 0 -7 -30 -2 -8 -9 -30 -26 -14 2 21 -6 -42 1582 // E -1 -14 4 17 -33 12 24 -4 -3 -13 -22 -5 -15 -34 -9 -5 -8 -42 -24 -13 13 20 -7 -42 1583 // G 3 -20 -2 -2 -22 -13 -4 25 -18 -20 -26 -15 -19 -26 -9 3 -7 -39 -32 -11 -2 -8 -9 -42 1584 // H -13 4 8 -2 -20 13 -3 -18 35 -19 -13 -8 -19 -13 -5 -9 -13 -17 -3 -15 4 6 -8 -42 1585 // I -6 -12 -12 -16 -14 -16 -13 -20 -19 28 6 -13 7 1 -17 -12 -1 -32 -11 17 -14 -14 -7 -42 1586 // L -14 -20 -18 -27 -37 -11 -22 -26 -13 6 27 -19 13 2 -17 -19 -13 -13 -12 3 -22 -16 -11 -42 1587 // K -12 12 4 -5 -34 0 -5 -15 -8 -13 -19 25 2 -33 -12 -4 -3 -24 -25 -19 0 -3 -8 -42 1588 // M -9 -5 -15 -21 -32 -7 -15 -19 -19 7 13 2 40 -4 -16 -11 -6 -28 -21 5 -18 -11 -8 -42 1589 // F -21 -25 -21 -35 -29 -30 -34 -26 -13 1 2 -33 -4 38 -26 -17 -20 -5 22 -13 -27 -32 -17 -42 1590 // P 3 -4 -8 -13 -18 -2 -9 -9 -5 -17 -17 -12 -16 -26 31 3 -3 -33 -31 -11 -11 -5 -8 -42 1591 // S 6 -4 5 -2 -2 -8 -5 3 -9 -12 -19 -4 -11 -17 3 16 8 -12 -16 -10 1 -6 -3 -42 1592 // T 6 -10 1 -6 -16 -9 -8 -7 -13 -1 -13 -3 -6 -20 -3 8 21 -30 -16 -1 -2 -9 -4 -42 1593 // W -33 4 -22 -39 -42 -30 -42 -39 -17 -32 -13 -24 -28 -5 -33 -12 -30 62 -8 -38 -29 -35 -25 -42 1594 // Y -20 -26 -10 -26 -4 -26 -24 -32 -3 -11 -12 -25 -21 22 -31 -16 -16 -8 42 -17 -16 -25 -16 -42 1595 // V 0 -17 -15 -17 -13 -14 -13 -11 -15 17 3 -19 5 -13 -11 -10 -1 -38 -17 25 -16 -14 -7 -42 1596 // B -2 -11 16 20 -28 2 13 -2 4 -14 -22 0 -18 -27 -11 1 -2 -29 -16 -16 18 9 -6 -42 1597 // Z -3 -4 2 13 -33 21 20 -8 6 -14 -16 -3 -11 -32 -5 -6 -9 -35 -25 -14 9 21 -7 -42 1598 // X -4 -9 -4 -8 -20 -6 -7 -9 -8 -7 -11 -8 -8 -17 -8 -3 -4 -25 -16 -7 -6 -7 -8 -42 1599 // * -42 -42 -42 -42 -42 -42 -42 -42 -42 -42 -42 -42 -42 -42 -42 -42 -42 -42 -42 -42 -42 -42 -42 1 1600 // 1601 PAM120_cdi = [][]int{ 1602 /* - A B C D E F G H I J K L M N P Q R S T V W X Y Z * */ 1603 /* - */ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, 1604 /* A */ {0, 16, -2, -14, -2, -1, -21, 3, -13, -6, 0, -12, -14, -9, -3, 3, -6, -14, 6, 6, 0, -33, -4, -20, -3, -42}, 1605 /* B */ {0, -2, 18, -28, 20, 13, -27, -2, 4, -14, 0, 0, -22, -18, 16, -11, 2, -11, 1, -2, -16, -29, -6, -16, 9, -42}, 1606 /* C */ {0, -14, -28, 44, -33, -33, -29, -22, -20, -14, 0, -34, -37, -32, -23, -18, -33, -20, -2, -16, -13, -42, -20, -4, -33, -42}, 1607 /* D */ {0, -2, 20, -33, 25, 17, -35, -2, -2, -16, 0, -5, -27, -21, 12, -13, 4, -16, -2, -6, -17, -39, -8, -26, 13, -42}, 1608 /* E */ {0, -1, 13, -33, 17, 24, -34, -4, -3, -13, 0, -5, -22, -15, 4, -9, 12, -14, -5, -8, -13, -42, -7, -24, 20, -42}, 1609 /* F */ {0, -21, -27, -29, -35, -34, 38, -26, -13, 1, 0, -33, 2, -4, -21, -26, -30, -25, -17, -20, -13, -5, -17, 22, -32, -42}, 1610 /* G */ {0, 3, -2, -22, -2, -4, -26, 25, -18, -20, 0, -15, -26, -19, -2, -9, -13, -20, 3, -7, -11, -39, -9, -32, -8, -42}, 1611 /* H */ {0, -13, 4, -20, -2, -3, -13, -18, 35, -19, 0, -8, -13, -19, 8, -5, 13, 4, -9, -13, -15, -17, -8, -3, 6, -42}, 1612 /* I */ {0, -6, -14, -14, -16, -13, 1, -20, -19, 28, 0, -13, 6, 7, -12, -17, -16, -12, -12, -1, 17, -32, -7, -11, -14, -42}, 1613 /* J */ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, 1614 /* K */ {0, -12, 0, -34, -5, -5, -33, -15, -8, -13, 0, 25, -19, 2, 4, -12, 0, 12, -4, -3, -19, -24, -8, -25, -3, -42}, 1615 /* L */ {0, -14, -22, -37, -27, -22, 2, -26, -13, 6, 0, -19, 27, 13, -18, -17, -11, -20, -19, -13, 3, -13, -11, -12, -16, -42}, 1616 /* M */ {0, -9, -18, -32, -21, -15, -4, -19, -19, 7, 0, 2, 13, 40, -15, -16, -7, -5, -11, -6, 5, -28, -8, -21, -11, -42}, 1617 /* N */ {0, -3, 16, -23, 12, 4, -21, -2, 8, -12, 0, 4, -18, -15, 20, -8, -1, -6, 5, 1, -15, -22, -4, -10, 2, -42}, 1618 /* P */ {0, 3, -11, -18, -13, -9, -26, -9, -5, -17, 0, -12, -17, -16, -8, 31, -2, -4, 3, -3, -11, -33, -8, -31, -5, -42}, 1619 /* Q */ {0, -6, 2, -33, 4, 12, -30, -13, 13, -16, 0, 0, -11, -7, -1, -2, 28, 3, -8, -9, -14, -30, -6, -26, 21, -42}, 1620 /* R */ {0, -14, -11, -20, -16, -14, -25, -20, 4, -12, 0, 12, -20, -5, -6, -4, 3, 32, -4, -10, -17, 4, -9, -26, -4, -42}, 1621 /* S */ {0, 6, 1, -2, -2, -5, -17, 3, -9, -12, 0, -4, -19, -11, 5, 3, -8, -4, 16, 8, -10, -12, -3, -16, -6, -42}, 1622 /* T */ {0, 6, -2, -16, -6, -8, -20, -7, -13, -1, 0, -3, -13, -6, 1, -3, -9, -10, 8, 21, -1, -30, -4, -16, -9, -42}, 1623 /* V */ {0, 0, -16, -13, -17, -13, -13, -11, -15, 17, 0, -19, 3, 5, -15, -11, -14, -17, -10, -1, 25, -38, -7, -17, -14, -42}, 1624 /* W */ {0, -33, -29, -42, -39, -42, -5, -39, -17, -32, 0, -24, -13, -28, -22, -33, -30, 4, -12, -30, -38, 62, -25, -8, -35, -42}, 1625 /* X */ {0, -4, -6, -20, -8, -7, -17, -9, -8, -7, 0, -8, -11, -8, -4, -8, -6, -9, -3, -4, -7, -25, -8, -16, -7, -42}, 1626 /* Y */ {0, -20, -16, -4, -26, -24, 22, -32, -3, -11, 0, -25, -12, -21, -10, -31, -26, -26, -16, -16, -17, -8, -16, 42, -25, -42}, 1627 /* Z */ {0, -3, 9, -33, 13, 20, -32, -8, 6, -14, 0, -3, -16, -11, 2, -5, 21, -4, -6, -9, -14, -35, -7, -25, 21, -42}, 1628 /* * */ {0, -42, -42, -42, -42, -42, -42, -42, -42, -42, 0, -42, -42, -42, -42, -42, -42, -42, -42, -42, -42, -42, -42, -42, -42, 1}, 1629 } 1630 1631 // # 1632 // # This matrix was produced by "pam" Version 1.0.6 [28-Jul-93] 1633 // # 1634 // # PAM 130 substitution matrix, scale = ln(2)/2 = 0.346574 1635 // # 1636 // # Expected score = -1.48, Entropy = 0.895 bits 1637 // # 1638 // # Lowest score = -8, Highest score = 12 1639 // # 1640 // A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V B Z X * 1641 // A 3 -3 0 0 -3 -1 0 1 -2 -1 -3 -2 -2 -4 1 1 1 -6 -4 0 0 0 -1 -8 1642 // R -3 6 -1 -3 -4 1 -3 -4 1 -2 -4 2 -1 -5 -1 -1 -2 1 -5 -3 -2 -1 -2 -8 1643 // N 0 -1 4 2 -4 0 1 0 2 -2 -3 1 -3 -4 -1 1 0 -4 -2 -3 3 0 -1 -8 1644 // D 0 -3 2 5 -6 1 3 0 0 -3 -5 -1 -4 -7 -2 0 -1 -7 -5 -3 4 3 -1 -8 1645 // C -3 -4 -4 -6 9 -6 -6 -4 -4 -3 -7 -6 -6 -5 -3 0 -3 -8 -1 -2 -5 -6 -4 -8 1646 // Q -1 1 0 1 -6 5 2 -2 3 -3 -2 0 -1 -6 0 -1 -2 -6 -5 -3 0 4 -1 -8 1647 // E 0 -3 1 3 -6 2 5 -1 0 -2 -4 -1 -3 -6 -2 -1 -1 -8 -5 -3 2 4 -1 -8 1648 // G 1 -4 0 0 -4 -2 -1 5 -3 -4 -5 -3 -4 -5 -2 1 -1 -7 -6 -2 0 -1 -2 -8 1649 // H -2 1 2 0 -4 3 0 -3 7 -3 -3 -1 -3 -2 -1 -2 -2 -3 0 -3 1 1 -1 -8 1650 // I -1 -2 -2 -3 -3 -3 -2 -4 -3 5 1 -2 2 0 -3 -2 0 -6 -2 3 -3 -3 -1 -8 1651 // L -3 -4 -3 -5 -7 -2 -4 -5 -3 1 5 -4 3 1 -3 -4 -2 -2 -2 1 -4 -3 -2 -8 1652 // K -2 2 1 -1 -6 0 -1 -3 -1 -2 -4 5 0 -6 -2 -1 0 -5 -5 -4 0 0 -1 -8 1653 // M -2 -1 -3 -4 -6 -1 -3 -4 -3 2 3 0 8 -1 -3 -2 -1 -5 -4 1 -3 -2 -1 -8 1654 // F -4 -5 -4 -7 -5 -6 -6 -5 -2 0 1 -6 -1 7 -5 -3 -4 -1 4 -2 -5 -6 -3 -8 1655 // P 1 -1 -1 -2 -3 0 -2 -2 -1 -3 -3 -2 -3 -5 6 1 -1 -6 -6 -2 -2 -1 -1 -8 1656 // S 1 -1 1 0 0 -1 -1 1 -2 -2 -4 -1 -2 -3 1 3 2 -2 -3 -2 0 -1 -1 -8 1657 // T 1 -2 0 -1 -3 -2 -1 -1 -2 0 -2 0 -1 -4 -1 2 4 -6 -3 0 0 -2 -1 -8 1658 // W -6 1 -4 -7 -8 -6 -8 -7 -3 -6 -2 -5 -5 -1 -6 -2 -6 12 -1 -7 -5 -7 -5 -8 1659 // Y -4 -5 -2 -5 -1 -5 -5 -6 0 -2 -2 -5 -4 4 -6 -3 -3 -1 8 -3 -3 -5 -3 -8 1660 // V 0 -3 -3 -3 -2 -3 -3 -2 -3 3 1 -4 1 -2 -2 -2 0 -7 -3 5 -3 -3 -1 -8 1661 // B 0 -2 3 4 -5 0 2 0 1 -3 -4 0 -3 -5 -2 0 0 -5 -3 -3 3 2 -1 -8 1662 // Z 0 -1 0 3 -6 4 4 -1 1 -3 -3 0 -2 -6 -1 -1 -2 -7 -5 -3 2 4 -1 -8 1663 // X -1 -2 -1 -1 -4 -1 -1 -2 -1 -1 -2 -1 -1 -3 -1 -1 -1 -5 -3 -1 -1 -1 -1 -8 1664 // * -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 1 1665 // 1666 PAM130 = [][]int{ 1667 /* - A B C D E F G H I J K L M N P Q R S T V W X Y Z * */ 1668 /* - */ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, 1669 /* A */ {0, 3, 0, -3, 0, 0, -4, 1, -2, -1, 0, -2, -3, -2, 0, 1, -1, -3, 1, 1, 0, -6, -1, -4, 0, -8}, 1670 /* B */ {0, 0, 3, -5, 4, 2, -5, 0, 1, -3, 0, 0, -4, -3, 3, -2, 0, -2, 0, 0, -3, -5, -1, -3, 2, -8}, 1671 /* C */ {0, -3, -5, 9, -6, -6, -5, -4, -4, -3, 0, -6, -7, -6, -4, -3, -6, -4, 0, -3, -2, -8, -4, -1, -6, -8}, 1672 /* D */ {0, 0, 4, -6, 5, 3, -7, 0, 0, -3, 0, -1, -5, -4, 2, -2, 1, -3, 0, -1, -3, -7, -1, -5, 3, -8}, 1673 /* E */ {0, 0, 2, -6, 3, 5, -6, -1, 0, -2, 0, -1, -4, -3, 1, -2, 2, -3, -1, -1, -3, -8, -1, -5, 4, -8}, 1674 /* F */ {0, -4, -5, -5, -7, -6, 7, -5, -2, 0, 0, -6, 1, -1, -4, -5, -6, -5, -3, -4, -2, -1, -3, 4, -6, -8}, 1675 /* G */ {0, 1, 0, -4, 0, -1, -5, 5, -3, -4, 0, -3, -5, -4, 0, -2, -2, -4, 1, -1, -2, -7, -2, -6, -1, -8}, 1676 /* H */ {0, -2, 1, -4, 0, 0, -2, -3, 7, -3, 0, -1, -3, -3, 2, -1, 3, 1, -2, -2, -3, -3, -1, 0, 1, -8}, 1677 /* I */ {0, -1, -3, -3, -3, -2, 0, -4, -3, 5, 0, -2, 1, 2, -2, -3, -3, -2, -2, 0, 3, -6, -1, -2, -3, -8}, 1678 /* J */ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, 1679 /* K */ {0, -2, 0, -6, -1, -1, -6, -3, -1, -2, 0, 5, -4, 0, 1, -2, 0, 2, -1, 0, -4, -5, -1, -5, 0, -8}, 1680 /* L */ {0, -3, -4, -7, -5, -4, 1, -5, -3, 1, 0, -4, 5, 3, -3, -3, -2, -4, -4, -2, 1, -2, -2, -2, -3, -8}, 1681 /* M */ {0, -2, -3, -6, -4, -3, -1, -4, -3, 2, 0, 0, 3, 8, -3, -3, -1, -1, -2, -1, 1, -5, -1, -4, -2, -8}, 1682 /* N */ {0, 0, 3, -4, 2, 1, -4, 0, 2, -2, 0, 1, -3, -3, 4, -1, 0, -1, 1, 0, -3, -4, -1, -2, 0, -8}, 1683 /* P */ {0, 1, -2, -3, -2, -2, -5, -2, -1, -3, 0, -2, -3, -3, -1, 6, 0, -1, 1, -1, -2, -6, -1, -6, -1, -8}, 1684 /* Q */ {0, -1, 0, -6, 1, 2, -6, -2, 3, -3, 0, 0, -2, -1, 0, 0, 5, 1, -1, -2, -3, -6, -1, -5, 4, -8}, 1685 /* R */ {0, -3, -2, -4, -3, -3, -5, -4, 1, -2, 0, 2, -4, -1, -1, -1, 1, 6, -1, -2, -3, 1, -2, -5, -1, -8}, 1686 /* S */ {0, 1, 0, 0, 0, -1, -3, 1, -2, -2, 0, -1, -4, -2, 1, 1, -1, -1, 3, 2, -2, -2, -1, -3, -1, -8}, 1687 /* T */ {0, 1, 0, -3, -1, -1, -4, -1, -2, 0, 0, 0, -2, -1, 0, -1, -2, -2, 2, 4, 0, -6, -1, -3, -2, -8}, 1688 /* V */ {0, 0, -3, -2, -3, -3, -2, -2, -3, 3, 0, -4, 1, 1, -3, -2, -3, -3, -2, 0, 5, -7, -1, -3, -3, -8}, 1689 /* W */ {0, -6, -5, -8, -7, -8, -1, -7, -3, -6, 0, -5, -2, -5, -4, -6, -6, 1, -2, -6, -7, 12, -5, -1, -7, -8}, 1690 /* X */ {0, -1, -1, -4, -1, -1, -3, -2, -1, -1, 0, -1, -2, -1, -1, -1, -1, -2, -1, -1, -1, -5, -1, -3, -1, -8}, 1691 /* Y */ {0, -4, -3, -1, -5, -5, 4, -6, 0, -2, 0, -5, -2, -4, -2, -6, -5, -5, -3, -3, -3, -1, -3, 8, -5, -8}, 1692 /* Z */ {0, 0, 2, -6, 3, 4, -6, -1, 1, -3, 0, 0, -3, -2, 0, -1, 4, -1, -1, -2, -3, -7, -1, -5, 4, -8}, 1693 /* * */ {0, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, 0, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, 1}, 1694 } 1695 1696 // # 1697 // # This matrix was produced by "pam" Version 1.0.6 [28-Jul-93] 1698 // # 1699 // # PAM 140 substitution matrix, scale = ln(2)/2 = 0.346574 1700 // # 1701 // # Expected score = -1.35, Entropy = 0.820 bits 1702 // # 1703 // # Lowest score = -8, Highest score = 12 1704 // # 1705 // A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V B Z X * 1706 // A 3 -2 0 0 -2 -1 0 1 -2 -1 -2 -2 -2 -4 1 1 1 -6 -4 0 0 0 -1 -8 1707 // R -2 6 -1 -3 -4 1 -2 -4 1 -2 -4 3 -1 -5 -1 -1 -2 1 -5 -3 -2 -1 -1 -8 1708 // N 0 -1 3 2 -4 0 1 0 2 -2 -3 1 -2 -4 -1 1 0 -4 -2 -2 3 1 -1 -8 1709 // D 0 -3 2 4 -6 1 3 0 0 -3 -5 -1 -4 -6 -2 0 -1 -7 -5 -3 4 3 -1 -8 1710 // C -2 -4 -4 -6 9 -6 -6 -4 -4 -3 -7 -6 -6 -5 -3 0 -3 -8 -1 -2 -5 -6 -4 -8 1711 // Q -1 1 0 1 -6 5 2 -2 3 -3 -2 0 -1 -5 0 -1 -2 -5 -5 -2 1 4 -1 -8 1712 // E 0 -2 1 3 -6 2 4 -1 0 -2 -4 -1 -3 -6 -1 -1 -1 -8 -4 -2 2 4 -1 -8 1713 // G 1 -4 0 0 -4 -2 -1 5 -3 -4 -5 -3 -3 -5 -1 1 -1 -7 -6 -2 0 -1 -1 -8 1714 // H -2 1 2 0 -4 3 0 -3 6 -3 -2 -1 -3 -2 -1 -1 -2 -3 0 -3 1 1 -1 -8 1715 // I -1 -2 -2 -3 -3 -3 -2 -4 -3 5 1 -2 2 0 -3 -2 0 -6 -2 3 -2 -2 -1 -8 1716 // L -2 -4 -3 -5 -7 -2 -4 -5 -2 1 5 -3 3 1 -3 -3 -2 -2 -2 1 -4 -3 -2 -8 1717 // K -2 3 1 -1 -6 0 -1 -3 -1 -2 -3 5 0 -6 -2 -1 0 -4 -5 -3 0 0 -1 -8 1718 // M -2 -1 -2 -4 -6 -1 -3 -3 -3 2 3 0 7 -1 -3 -2 -1 -5 -4 1 -3 -2 -1 -8 1719 // F -4 -5 -4 -6 -5 -5 -6 -5 -2 0 1 -6 -1 7 -5 -3 -4 -1 4 -2 -5 -6 -3 -8 1720 // P 1 -1 -1 -2 -3 0 -1 -1 -1 -3 -3 -2 -3 -5 6 1 0 -6 -6 -2 -2 -1 -1 -8 1721 // S 1 -1 1 0 0 -1 -1 1 -1 -2 -3 -1 -2 -3 1 3 2 -2 -3 -2 0 -1 0 -8 1722 // T 1 -2 0 -1 -3 -2 -1 -1 -2 0 -2 0 -1 -4 0 2 4 -5 -3 0 0 -1 -1 -8 1723 // W -6 1 -4 -7 -8 -5 -8 -7 -3 -6 -2 -4 -5 -1 -6 -2 -5 12 -1 -7 -5 -6 -5 -8 1724 // Y -4 -5 -2 -5 -1 -5 -4 -6 0 -2 -2 -5 -4 4 -6 -3 -3 -1 8 -3 -3 -4 -3 -8 1725 // V 0 -3 -2 -3 -2 -2 -2 -2 -3 3 1 -3 1 -2 -2 -2 0 -7 -3 5 -3 -2 -1 -8 1726 // B 0 -2 3 4 -5 1 2 0 1 -2 -4 0 -3 -5 -2 0 0 -5 -3 -3 3 2 -1 -8 1727 // Z 0 -1 1 3 -6 4 4 -1 1 -2 -3 0 -2 -6 -1 -1 -1 -6 -4 -2 2 4 -1 -8 1728 // X -1 -1 -1 -1 -4 -1 -1 -1 -1 -1 -2 -1 -1 -3 -1 0 -1 -5 -3 -1 -1 -1 -1 -8 1729 // * -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 1 1730 // 1731 PAM140 = [][]int{ 1732 /* - A B C D E F G H I J K L M N P Q R S T V W X Y Z * */ 1733 /* - */ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, 1734 /* A */ {0, 3, 0, -2, 0, 0, -4, 1, -2, -1, 0, -2, -2, -2, 0, 1, -1, -2, 1, 1, 0, -6, -1, -4, 0, -8}, 1735 /* B */ {0, 0, 3, -5, 4, 2, -5, 0, 1, -2, 0, 0, -4, -3, 3, -2, 1, -2, 0, 0, -3, -5, -1, -3, 2, -8}, 1736 /* C */ {0, -2, -5, 9, -6, -6, -5, -4, -4, -3, 0, -6, -7, -6, -4, -3, -6, -4, 0, -3, -2, -8, -4, -1, -6, -8}, 1737 /* D */ {0, 0, 4, -6, 4, 3, -6, 0, 0, -3, 0, -1, -5, -4, 2, -2, 1, -3, 0, -1, -3, -7, -1, -5, 3, -8}, 1738 /* E */ {0, 0, 2, -6, 3, 4, -6, -1, 0, -2, 0, -1, -4, -3, 1, -1, 2, -2, -1, -1, -2, -8, -1, -4, 4, -8}, 1739 /* F */ {0, -4, -5, -5, -6, -6, 7, -5, -2, 0, 0, -6, 1, -1, -4, -5, -5, -5, -3, -4, -2, -1, -3, 4, -6, -8}, 1740 /* G */ {0, 1, 0, -4, 0, -1, -5, 5, -3, -4, 0, -3, -5, -3, 0, -1, -2, -4, 1, -1, -2, -7, -1, -6, -1, -8}, 1741 /* H */ {0, -2, 1, -4, 0, 0, -2, -3, 6, -3, 0, -1, -2, -3, 2, -1, 3, 1, -1, -2, -3, -3, -1, 0, 1, -8}, 1742 /* I */ {0, -1, -2, -3, -3, -2, 0, -4, -3, 5, 0, -2, 1, 2, -2, -3, -3, -2, -2, 0, 3, -6, -1, -2, -2, -8}, 1743 /* J */ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, 1744 /* K */ {0, -2, 0, -6, -1, -1, -6, -3, -1, -2, 0, 5, -3, 0, 1, -2, 0, 3, -1, 0, -3, -4, -1, -5, 0, -8}, 1745 /* L */ {0, -2, -4, -7, -5, -4, 1, -5, -2, 1, 0, -3, 5, 3, -3, -3, -2, -4, -3, -2, 1, -2, -2, -2, -3, -8}, 1746 /* M */ {0, -2, -3, -6, -4, -3, -1, -3, -3, 2, 0, 0, 3, 7, -2, -3, -1, -1, -2, -1, 1, -5, -1, -4, -2, -8}, 1747 /* N */ {0, 0, 3, -4, 2, 1, -4, 0, 2, -2, 0, 1, -3, -2, 3, -1, 0, -1, 1, 0, -2, -4, -1, -2, 1, -8}, 1748 /* P */ {0, 1, -2, -3, -2, -1, -5, -1, -1, -3, 0, -2, -3, -3, -1, 6, 0, -1, 1, 0, -2, -6, -1, -6, -1, -8}, 1749 /* Q */ {0, -1, 1, -6, 1, 2, -5, -2, 3, -3, 0, 0, -2, -1, 0, 0, 5, 1, -1, -2, -2, -5, -1, -5, 4, -8}, 1750 /* R */ {0, -2, -2, -4, -3, -2, -5, -4, 1, -2, 0, 3, -4, -1, -1, -1, 1, 6, -1, -2, -3, 1, -1, -5, -1, -8}, 1751 /* S */ {0, 1, 0, 0, 0, -1, -3, 1, -1, -2, 0, -1, -3, -2, 1, 1, -1, -1, 3, 2, -2, -2, 0, -3, -1, -8}, 1752 /* T */ {0, 1, 0, -3, -1, -1, -4, -1, -2, 0, 0, 0, -2, -1, 0, 0, -2, -2, 2, 4, 0, -5, -1, -3, -1, -8}, 1753 /* V */ {0, 0, -3, -2, -3, -2, -2, -2, -3, 3, 0, -3, 1, 1, -2, -2, -2, -3, -2, 0, 5, -7, -1, -3, -2, -8}, 1754 /* W */ {0, -6, -5, -8, -7, -8, -1, -7, -3, -6, 0, -4, -2, -5, -4, -6, -5, 1, -2, -5, -7, 12, -5, -1, -6, -8}, 1755 /* X */ {0, -1, -1, -4, -1, -1, -3, -1, -1, -1, 0, -1, -2, -1, -1, -1, -1, -1, 0, -1, -1, -5, -1, -3, -1, -8}, 1756 /* Y */ {0, -4, -3, -1, -5, -4, 4, -6, 0, -2, 0, -5, -2, -4, -2, -6, -5, -5, -3, -3, -3, -1, -3, 8, -4, -8}, 1757 /* Z */ {0, 0, 2, -6, 3, 4, -6, -1, 1, -2, 0, 0, -3, -2, 1, -1, 4, -1, -1, -1, -2, -6, -1, -4, 4, -8}, 1758 /* * */ {0, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, 0, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, 1}, 1759 } 1760 1761 // # 1762 // # This matrix was produced by "pam" Version 1.0.6 [28-Jul-93] 1763 // # 1764 // # PAM 150 substitution matrix, scale = ln(2)/2 = 0.346574 1765 // # 1766 // # Expected score = -1.25, Entropy = 0.754 bits 1767 // # 1768 // # Lowest score = -7, Highest score = 12 1769 // # 1770 // A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V B Z X * 1771 // A 3 -2 0 0 -2 -1 0 1 -2 -1 -2 -2 -1 -4 1 1 1 -6 -3 0 0 0 -1 -7 1772 // R -2 6 -1 -2 -4 1 -2 -3 1 -2 -3 3 -1 -4 -1 -1 -2 1 -4 -3 -2 0 -1 -7 1773 // N 0 -1 3 2 -4 0 1 0 2 -2 -3 1 -2 -4 -1 1 0 -4 -2 -2 3 1 -1 -7 1774 // D 0 -2 2 4 -6 1 3 0 0 -3 -5 -1 -3 -6 -2 0 -1 -7 -4 -3 3 2 -1 -7 1775 // C -2 -4 -4 -6 9 -6 -6 -4 -3 -2 -6 -6 -5 -5 -3 0 -3 -7 0 -2 -5 -6 -3 -7 1776 // Q -1 1 0 1 -6 5 2 -2 3 -3 -2 0 -1 -5 0 -1 -1 -5 -4 -2 1 4 -1 -7 1777 // E 0 -2 1 3 -6 2 4 -1 0 -2 -4 -1 -2 -6 -1 -1 -1 -7 -4 -2 2 4 -1 -7 1778 // G 1 -3 0 0 -4 -2 -1 4 -3 -3 -4 -2 -3 -5 -1 1 -1 -7 -5 -2 0 -1 -1 -7 1779 // H -2 1 2 0 -3 3 0 -3 6 -3 -2 -1 -3 -2 -1 -1 -2 -3 0 -3 1 1 -1 -7 1780 // I -1 -2 -2 -3 -2 -3 -2 -3 -3 5 1 -2 2 0 -3 -2 0 -5 -2 3 -2 -2 -1 -7 1781 // L -2 -3 -3 -5 -6 -2 -4 -4 -2 1 5 -3 3 1 -3 -3 -2 -2 -2 1 -4 -3 -2 -7 1782 // K -2 3 1 -1 -6 0 -1 -2 -1 -2 -3 4 0 -6 -2 -1 0 -4 -4 -3 0 0 -1 -7 1783 // M -1 -1 -2 -3 -5 -1 -2 -3 -3 2 3 0 7 -1 -3 -2 -1 -5 -3 1 -3 -2 -1 -7 1784 // F -4 -4 -4 -6 -5 -5 -6 -5 -2 0 1 -6 -1 7 -5 -3 -3 -1 5 -2 -5 -5 -3 -7 1785 // P 1 -1 -1 -2 -3 0 -1 -1 -1 -3 -3 -2 -3 -5 6 1 0 -6 -5 -2 -2 -1 -1 -7 1786 // S 1 -1 1 0 0 -1 -1 1 -1 -2 -3 -1 -2 -3 1 2 1 -2 -3 -1 0 -1 0 -7 1787 // T 1 -2 0 -1 -3 -1 -1 -1 -2 0 -2 0 -1 -3 0 1 4 -5 -3 0 0 -1 -1 -7 1788 // W -6 1 -4 -7 -7 -5 -7 -7 -3 -5 -2 -4 -5 -1 -6 -2 -5 12 -1 -6 -5 -6 -4 -7 1789 // Y -3 -4 -2 -4 0 -4 -4 -5 0 -2 -2 -4 -3 5 -5 -3 -3 -1 8 -3 -3 -4 -3 -7 1790 // V 0 -3 -2 -3 -2 -2 -2 -2 -3 3 1 -3 1 -2 -2 -1 0 -6 -3 4 -2 -2 -1 -7 1791 // B 0 -2 3 3 -5 1 2 0 1 -2 -4 0 -3 -5 -2 0 0 -5 -3 -2 3 2 -1 -7 1792 // Z 0 0 1 2 -6 4 4 -1 1 -2 -3 0 -2 -5 -1 -1 -1 -6 -4 -2 2 4 -1 -7 1793 // X -1 -1 -1 -1 -3 -1 -1 -1 -1 -1 -2 -1 -1 -3 -1 0 -1 -4 -3 -1 -1 -1 -1 -7 1794 // * -7 -7 -7 -7 -7 -7 -7 -7 -7 -7 -7 -7 -7 -7 -7 -7 -7 -7 -7 -7 -7 -7 -7 1 1795 // 1796 PAM150 = [][]int{ 1797 /* - A B C D E F G H I J K L M N P Q R S T V W X Y Z * */ 1798 /* - */ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, 1799 /* A */ {0, 3, 0, -2, 0, 0, -4, 1, -2, -1, 0, -2, -2, -1, 0, 1, -1, -2, 1, 1, 0, -6, -1, -3, 0, -7}, 1800 /* B */ {0, 0, 3, -5, 3, 2, -5, 0, 1, -2, 0, 0, -4, -3, 3, -2, 1, -2, 0, 0, -2, -5, -1, -3, 2, -7}, 1801 /* C */ {0, -2, -5, 9, -6, -6, -5, -4, -3, -2, 0, -6, -6, -5, -4, -3, -6, -4, 0, -3, -2, -7, -3, 0, -6, -7}, 1802 /* D */ {0, 0, 3, -6, 4, 3, -6, 0, 0, -3, 0, -1, -5, -3, 2, -2, 1, -2, 0, -1, -3, -7, -1, -4, 2, -7}, 1803 /* E */ {0, 0, 2, -6, 3, 4, -6, -1, 0, -2, 0, -1, -4, -2, 1, -1, 2, -2, -1, -1, -2, -7, -1, -4, 4, -7}, 1804 /* F */ {0, -4, -5, -5, -6, -6, 7, -5, -2, 0, 0, -6, 1, -1, -4, -5, -5, -4, -3, -3, -2, -1, -3, 5, -5, -7}, 1805 /* G */ {0, 1, 0, -4, 0, -1, -5, 4, -3, -3, 0, -2, -4, -3, 0, -1, -2, -3, 1, -1, -2, -7, -1, -5, -1, -7}, 1806 /* H */ {0, -2, 1, -3, 0, 0, -2, -3, 6, -3, 0, -1, -2, -3, 2, -1, 3, 1, -1, -2, -3, -3, -1, 0, 1, -7}, 1807 /* I */ {0, -1, -2, -2, -3, -2, 0, -3, -3, 5, 0, -2, 1, 2, -2, -3, -3, -2, -2, 0, 3, -5, -1, -2, -2, -7}, 1808 /* J */ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, 1809 /* K */ {0, -2, 0, -6, -1, -1, -6, -2, -1, -2, 0, 4, -3, 0, 1, -2, 0, 3, -1, 0, -3, -4, -1, -4, 0, -7}, 1810 /* L */ {0, -2, -4, -6, -5, -4, 1, -4, -2, 1, 0, -3, 5, 3, -3, -3, -2, -3, -3, -2, 1, -2, -2, -2, -3, -7}, 1811 /* M */ {0, -1, -3, -5, -3, -2, -1, -3, -3, 2, 0, 0, 3, 7, -2, -3, -1, -1, -2, -1, 1, -5, -1, -3, -2, -7}, 1812 /* N */ {0, 0, 3, -4, 2, 1, -4, 0, 2, -2, 0, 1, -3, -2, 3, -1, 0, -1, 1, 0, -2, -4, -1, -2, 1, -7}, 1813 /* P */ {0, 1, -2, -3, -2, -1, -5, -1, -1, -3, 0, -2, -3, -3, -1, 6, 0, -1, 1, 0, -2, -6, -1, -5, -1, -7}, 1814 /* Q */ {0, -1, 1, -6, 1, 2, -5, -2, 3, -3, 0, 0, -2, -1, 0, 0, 5, 1, -1, -1, -2, -5, -1, -4, 4, -7}, 1815 /* R */ {0, -2, -2, -4, -2, -2, -4, -3, 1, -2, 0, 3, -3, -1, -1, -1, 1, 6, -1, -2, -3, 1, -1, -4, 0, -7}, 1816 /* S */ {0, 1, 0, 0, 0, -1, -3, 1, -1, -2, 0, -1, -3, -2, 1, 1, -1, -1, 2, 1, -1, -2, 0, -3, -1, -7}, 1817 /* T */ {0, 1, 0, -3, -1, -1, -3, -1, -2, 0, 0, 0, -2, -1, 0, 0, -1, -2, 1, 4, 0, -5, -1, -3, -1, -7}, 1818 /* V */ {0, 0, -2, -2, -3, -2, -2, -2, -3, 3, 0, -3, 1, 1, -2, -2, -2, -3, -1, 0, 4, -6, -1, -3, -2, -7}, 1819 /* W */ {0, -6, -5, -7, -7, -7, -1, -7, -3, -5, 0, -4, -2, -5, -4, -6, -5, 1, -2, -5, -6, 12, -4, -1, -6, -7}, 1820 /* X */ {0, -1, -1, -3, -1, -1, -3, -1, -1, -1, 0, -1, -2, -1, -1, -1, -1, -1, 0, -1, -1, -4, -1, -3, -1, -7}, 1821 /* Y */ {0, -3, -3, 0, -4, -4, 5, -5, 0, -2, 0, -4, -2, -3, -2, -5, -4, -4, -3, -3, -3, -1, -3, 8, -4, -7}, 1822 /* Z */ {0, 0, 2, -6, 2, 4, -5, -1, 1, -2, 0, 0, -3, -2, 1, -1, 4, 0, -1, -1, -2, -6, -1, -4, 4, -7}, 1823 /* * */ {0, -7, -7, -7, -7, -7, -7, -7, -7, -7, 0, -7, -7, -7, -7, -7, -7, -7, -7, -7, -7, -7, -7, -7, -7, 1}, 1824 } 1825 1826 // # 1827 // # This matrix was produced by "pam" Version 1.0.6 [28-Jul-93] 1828 // # 1829 // # PAM 160 substitution matrix, scale = ln(2)/2 = 0.346574 1830 // # 1831 // # Expected score = -1.14, Entropy = 0.694 bits 1832 // # 1833 // # Lowest score = -7, Highest score = 12 1834 // # 1835 // A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V B Z X * 1836 // A 2 -2 0 0 -2 -1 0 1 -2 -1 -2 -2 -1 -3 1 1 1 -5 -3 0 0 0 0 -7 1837 // R -2 6 -1 -2 -3 1 -2 -3 1 -2 -3 3 -1 -4 -1 -1 -1 1 -4 -3 -1 0 -1 -7 1838 // N 0 -1 3 2 -4 0 1 0 2 -2 -3 1 -2 -3 -1 1 0 -4 -2 -2 2 1 0 -7 1839 // D 0 -2 2 4 -5 1 3 0 0 -3 -4 0 -3 -6 -2 0 -1 -6 -4 -3 3 2 -1 -7 1840 // C -2 -3 -4 -5 9 -5 -5 -3 -3 -2 -6 -5 -5 -5 -3 0 -2 -7 0 -2 -4 -5 -3 -7 1841 // Q -1 1 0 1 -5 5 2 -2 2 -2 -2 0 -1 -5 0 -1 -1 -5 -4 -2 1 3 -1 -7 1842 // E 0 -2 1 3 -5 2 4 0 0 -2 -3 -1 -2 -5 -1 0 -1 -7 -4 -2 2 3 -1 -7 1843 // G 1 -3 0 0 -3 -2 0 4 -3 -3 -4 -2 -3 -4 -1 1 -1 -7 -5 -2 0 -1 -1 -7 1844 // H -2 1 2 0 -3 2 0 -3 6 -3 -2 -1 -3 -2 -1 -1 -2 -3 0 -2 1 1 -1 -7 1845 // I -1 -2 -2 -3 -2 -2 -2 -3 -3 5 2 -2 2 0 -2 -2 0 -5 -2 3 -2 -2 -1 -7 1846 // L -2 -3 -3 -4 -6 -2 -3 -4 -2 2 5 -3 3 1 -3 -3 -2 -2 -2 1 -4 -3 -2 -7 1847 // K -2 3 1 0 -5 0 -1 -2 -1 -2 -3 4 0 -5 -2 -1 0 -4 -4 -3 0 0 -1 -7 1848 // M -1 -1 -2 -3 -5 -1 -2 -3 -3 2 3 0 7 0 -2 -2 -1 -4 -3 1 -3 -2 -1 -7 1849 // F -3 -4 -3 -6 -5 -5 -5 -4 -2 0 1 -5 0 7 -4 -3 -3 -1 5 -2 -4 -5 -3 -7 1850 // P 1 -1 -1 -2 -3 0 -1 -1 -1 -2 -3 -2 -2 -4 5 1 0 -5 -5 -2 -1 -1 -1 -7 1851 // S 1 -1 1 0 0 -1 0 1 -1 -2 -3 -1 -2 -3 1 2 1 -2 -3 -1 0 -1 0 -7 1852 // T 1 -1 0 -1 -2 -1 -1 -1 -2 0 -2 0 -1 -3 0 1 3 -5 -3 0 0 -1 0 -7 1853 // W -5 1 -4 -6 -7 -5 -7 -7 -3 -5 -2 -4 -4 -1 -5 -2 -5 12 -1 -6 -5 -6 -4 -7 1854 // Y -3 -4 -2 -4 0 -4 -4 -5 0 -2 -2 -4 -3 5 -5 -3 -3 -1 8 -3 -3 -4 -3 -7 1855 // V 0 -3 -2 -3 -2 -2 -2 -2 -2 3 1 -3 1 -2 -2 -1 0 -6 -3 4 -2 -2 -1 -7 1856 // B 0 -1 2 3 -4 1 2 0 1 -2 -4 0 -3 -4 -1 0 0 -5 -3 -2 3 2 -1 -7 1857 // Z 0 0 1 2 -5 3 3 -1 1 -2 -3 0 -2 -5 -1 -1 -1 -6 -4 -2 2 3 -1 -7 1858 // X 0 -1 0 -1 -3 -1 -1 -1 -1 -1 -2 -1 -1 -3 -1 0 0 -4 -3 -1 -1 -1 -1 -7 1859 // * -7 -7 -7 -7 -7 -7 -7 -7 -7 -7 -7 -7 -7 -7 -7 -7 -7 -7 -7 -7 -7 -7 -7 1 1860 // 1861 PAM160 = [][]int{ 1862 /* - A B C D E F G H I J K L M N P Q R S T V W X Y Z * */ 1863 /* - */ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, 1864 /* A */ {0, 2, 0, -2, 0, 0, -3, 1, -2, -1, 0, -2, -2, -1, 0, 1, -1, -2, 1, 1, 0, -5, 0, -3, 0, -7}, 1865 /* B */ {0, 0, 3, -4, 3, 2, -4, 0, 1, -2, 0, 0, -4, -3, 2, -1, 1, -1, 0, 0, -2, -5, -1, -3, 2, -7}, 1866 /* C */ {0, -2, -4, 9, -5, -5, -5, -3, -3, -2, 0, -5, -6, -5, -4, -3, -5, -3, 0, -2, -2, -7, -3, 0, -5, -7}, 1867 /* D */ {0, 0, 3, -5, 4, 3, -6, 0, 0, -3, 0, 0, -4, -3, 2, -2, 1, -2, 0, -1, -3, -6, -1, -4, 2, -7}, 1868 /* E */ {0, 0, 2, -5, 3, 4, -5, 0, 0, -2, 0, -1, -3, -2, 1, -1, 2, -2, 0, -1, -2, -7, -1, -4, 3, -7}, 1869 /* F */ {0, -3, -4, -5, -6, -5, 7, -4, -2, 0, 0, -5, 1, 0, -3, -4, -5, -4, -3, -3, -2, -1, -3, 5, -5, -7}, 1870 /* G */ {0, 1, 0, -3, 0, 0, -4, 4, -3, -3, 0, -2, -4, -3, 0, -1, -2, -3, 1, -1, -2, -7, -1, -5, -1, -7}, 1871 /* H */ {0, -2, 1, -3, 0, 0, -2, -3, 6, -3, 0, -1, -2, -3, 2, -1, 2, 1, -1, -2, -2, -3, -1, 0, 1, -7}, 1872 /* I */ {0, -1, -2, -2, -3, -2, 0, -3, -3, 5, 0, -2, 2, 2, -2, -2, -2, -2, -2, 0, 3, -5, -1, -2, -2, -7}, 1873 /* J */ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, 1874 /* K */ {0, -2, 0, -5, 0, -1, -5, -2, -1, -2, 0, 4, -3, 0, 1, -2, 0, 3, -1, 0, -3, -4, -1, -4, 0, -7}, 1875 /* L */ {0, -2, -4, -6, -4, -3, 1, -4, -2, 2, 0, -3, 5, 3, -3, -3, -2, -3, -3, -2, 1, -2, -2, -2, -3, -7}, 1876 /* M */ {0, -1, -3, -5, -3, -2, 0, -3, -3, 2, 0, 0, 3, 7, -2, -2, -1, -1, -2, -1, 1, -4, -1, -3, -2, -7}, 1877 /* N */ {0, 0, 2, -4, 2, 1, -3, 0, 2, -2, 0, 1, -3, -2, 3, -1, 0, -1, 1, 0, -2, -4, 0, -2, 1, -7}, 1878 /* P */ {0, 1, -1, -3, -2, -1, -4, -1, -1, -2, 0, -2, -3, -2, -1, 5, 0, -1, 1, 0, -2, -5, -1, -5, -1, -7}, 1879 /* Q */ {0, -1, 1, -5, 1, 2, -5, -2, 2, -2, 0, 0, -2, -1, 0, 0, 5, 1, -1, -1, -2, -5, -1, -4, 3, -7}, 1880 /* R */ {0, -2, -1, -3, -2, -2, -4, -3, 1, -2, 0, 3, -3, -1, -1, -1, 1, 6, -1, -1, -3, 1, -1, -4, 0, -7}, 1881 /* S */ {0, 1, 0, 0, 0, 0, -3, 1, -1, -2, 0, -1, -3, -2, 1, 1, -1, -1, 2, 1, -1, -2, 0, -3, -1, -7}, 1882 /* T */ {0, 1, 0, -2, -1, -1, -3, -1, -2, 0, 0, 0, -2, -1, 0, 0, -1, -1, 1, 3, 0, -5, 0, -3, -1, -7}, 1883 /* V */ {0, 0, -2, -2, -3, -2, -2, -2, -2, 3, 0, -3, 1, 1, -2, -2, -2, -3, -1, 0, 4, -6, -1, -3, -2, -7}, 1884 /* W */ {0, -5, -5, -7, -6, -7, -1, -7, -3, -5, 0, -4, -2, -4, -4, -5, -5, 1, -2, -5, -6, 12, -4, -1, -6, -7}, 1885 /* X */ {0, 0, -1, -3, -1, -1, -3, -1, -1, -1, 0, -1, -2, -1, 0, -1, -1, -1, 0, 0, -1, -4, -1, -3, -1, -7}, 1886 /* Y */ {0, -3, -3, 0, -4, -4, 5, -5, 0, -2, 0, -4, -2, -3, -2, -5, -4, -4, -3, -3, -3, -1, -3, 8, -4, -7}, 1887 /* Z */ {0, 0, 2, -5, 2, 3, -5, -1, 1, -2, 0, 0, -3, -2, 1, -1, 3, 0, -1, -1, -2, -6, -1, -4, 3, -7}, 1888 /* * */ {0, -7, -7, -7, -7, -7, -7, -7, -7, -7, 0, -7, -7, -7, -7, -7, -7, -7, -7, -7, -7, -7, -7, -7, -7, 1}, 1889 } 1890 1891 // # 1892 // # This matrix was produced by "pam" Version 1.0.6 [28-Jul-93] 1893 // # 1894 // # PAM 160 substitution matrix, scale = 0.0693200 1895 // # 1896 // # Expected score = -5.73, Entropy = 0.694 bits 1897 // # 1898 // # Lowest score = -35, Highest score = 60 1899 // # 1900 // A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V B Z X * 1901 // A 12 -10 -1 -1 -11 -4 0 4 -9 -4 -10 -8 -7 -17 4 5 6 -27 -17 0 -1 -1 -2 -35 1902 // R -10 28 -3 -11 -17 4 -9 -15 5 -10 -16 13 -3 -21 -3 -3 -7 6 -21 -14 -7 -2 -6 -35 1903 // N -1 -3 14 10 -18 1 5 0 8 -9 -15 4 -11 -17 -5 4 2 -19 -9 -11 12 3 -2 -35 1904 // D -1 -11 10 20 -26 5 16 0 1 -13 -21 -2 -15 -28 -8 -1 -3 -32 -21 -13 16 12 -5 -35 1905 // C -11 -17 -18 -26 43 -27 -27 -17 -16 -11 -30 -27 -26 -23 -15 -1 -12 -35 -2 -10 -22 -27 -16 -35 1906 // Q -4 4 1 5 -27 23 11 -9 12 -12 -8 1 -5 -24 0 -5 -6 -24 -21 -11 3 17 -4 -35 1907 // E 0 -9 5 16 -27 11 20 -2 0 -10 -17 -3 -12 -27 -6 -2 -5 -34 -20 -10 12 17 -5 -35 1908 // G 4 -15 0 0 -17 -9 -2 22 -13 -15 -21 -11 -15 -22 -6 3 -3 -33 -26 -8 0 -5 -6 -35 1909 // H -9 5 8 1 -16 12 0 -13 30 -14 -11 -4 -14 -10 -3 -6 -9 -14 -1 -12 4 7 -5 -35 1910 // I -4 -10 -9 -13 -11 -12 -10 -15 -14 23 8 -10 8 2 -12 -9 0 -26 -8 16 -11 -11 -5 -35 1911 // L -10 -16 -15 -21 -30 -8 -17 -21 -11 8 25 -15 14 4 -13 -15 -10 -10 -8 5 -18 -13 -8 -35 1912 // K -8 13 4 -2 -27 1 -3 -11 -4 -10 -15 22 2 -26 -8 -3 -1 -19 -21 -14 1 -1 -6 -35 1913 // M -7 -3 -11 -15 -26 -5 -12 -15 -14 8 14 2 34 -2 -12 -9 -4 -22 -16 6 -13 -8 -5 -35 1914 // F -17 -21 -17 -28 -23 -24 -27 -22 -10 2 4 -26 -2 35 -22 -15 -16 -3 23 -9 -22 -26 -13 -35 1915 // P 4 -3 -5 -8 -15 0 -6 -6 -3 -12 -13 -8 -12 -22 27 3 -1 -27 -25 -8 -7 -3 -5 -35 1916 // S 5 -3 4 -1 -1 -5 -2 3 -6 -9 -15 -3 -9 -15 3 11 7 -11 -13 -7 2 -4 -2 -35 1917 // T 6 -7 2 -3 -12 -6 -5 -3 -9 0 -10 -1 -4 -16 -1 7 16 -25 -13 0 -1 -6 -2 -35 1918 // W -27 6 -19 -32 -35 -24 -34 -33 -14 -26 -10 -19 -22 -3 -27 -11 -25 60 -5 -31 -24 -29 -20 -35 1919 // Y -17 -21 -9 -21 -2 -21 -20 -26 -1 -8 -8 -21 -16 23 -25 -13 -13 -5 39 -14 -14 -20 -13 -35 1920 // V 0 -14 -11 -13 -10 -11 -10 -8 -12 16 5 -14 6 -9 -8 -7 0 -31 -14 21 -12 -10 -5 -35 1921 // B -1 -7 12 16 -22 3 12 0 4 -11 -18 1 -13 -22 -7 2 -1 -24 -14 -12 15 9 -4 -35 1922 // Z -1 -2 3 12 -27 17 17 -5 7 -11 -13 -1 -8 -26 -3 -4 -6 -29 -20 -10 9 17 -4 -35 1923 // X -2 -6 -2 -5 -16 -4 -5 -6 -5 -5 -8 -6 -5 -13 -5 -2 -2 -20 -13 -5 -4 -4 -6 -35 1924 // * -35 -35 -35 -35 -35 -35 -35 -35 -35 -35 -35 -35 -35 -35 -35 -35 -35 -35 -35 -35 -35 -35 -35 1 1925 // 1926 PAM160_cdi = [][]int{ 1927 /* - A B C D E F G H I J K L M N P Q R S T V W X Y Z * */ 1928 /* - */ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, 1929 /* A */ {0, 12, -1, -11, -1, 0, -17, 4, -9, -4, 0, -8, -10, -7, -1, 4, -4, -10, 5, 6, 0, -27, -2, -17, -1, -35}, 1930 /* B */ {0, -1, 15, -22, 16, 12, -22, 0, 4, -11, 0, 1, -18, -13, 12, -7, 3, -7, 2, -1, -12, -24, -4, -14, 9, -35}, 1931 /* C */ {0, -11, -22, 43, -26, -27, -23, -17, -16, -11, 0, -27, -30, -26, -18, -15, -27, -17, -1, -12, -10, -35, -16, -2, -27, -35}, 1932 /* D */ {0, -1, 16, -26, 20, 16, -28, 0, 1, -13, 0, -2, -21, -15, 10, -8, 5, -11, -1, -3, -13, -32, -5, -21, 12, -35}, 1933 /* E */ {0, 0, 12, -27, 16, 20, -27, -2, 0, -10, 0, -3, -17, -12, 5, -6, 11, -9, -2, -5, -10, -34, -5, -20, 17, -35}, 1934 /* F */ {0, -17, -22, -23, -28, -27, 35, -22, -10, 2, 0, -26, 4, -2, -17, -22, -24, -21, -15, -16, -9, -3, -13, 23, -26, -35}, 1935 /* G */ {0, 4, 0, -17, 0, -2, -22, 22, -13, -15, 0, -11, -21, -15, 0, -6, -9, -15, 3, -3, -8, -33, -6, -26, -5, -35}, 1936 /* H */ {0, -9, 4, -16, 1, 0, -10, -13, 30, -14, 0, -4, -11, -14, 8, -3, 12, 5, -6, -9, -12, -14, -5, -1, 7, -35}, 1937 /* I */ {0, -4, -11, -11, -13, -10, 2, -15, -14, 23, 0, -10, 8, 8, -9, -12, -12, -10, -9, 0, 16, -26, -5, -8, -11, -35}, 1938 /* J */ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, 1939 /* K */ {0, -8, 1, -27, -2, -3, -26, -11, -4, -10, 0, 22, -15, 2, 4, -8, 1, 13, -3, -1, -14, -19, -6, -21, -1, -35}, 1940 /* L */ {0, -10, -18, -30, -21, -17, 4, -21, -11, 8, 0, -15, 25, 14, -15, -13, -8, -16, -15, -10, 5, -10, -8, -8, -13, -35}, 1941 /* M */ {0, -7, -13, -26, -15, -12, -2, -15, -14, 8, 0, 2, 14, 34, -11, -12, -5, -3, -9, -4, 6, -22, -5, -16, -8, -35}, 1942 /* N */ {0, -1, 12, -18, 10, 5, -17, 0, 8, -9, 0, 4, -15, -11, 14, -5, 1, -3, 4, 2, -11, -19, -2, -9, 3, -35}, 1943 /* P */ {0, 4, -7, -15, -8, -6, -22, -6, -3, -12, 0, -8, -13, -12, -5, 27, 0, -3, 3, -1, -8, -27, -5, -25, -3, -35}, 1944 /* Q */ {0, -4, 3, -27, 5, 11, -24, -9, 12, -12, 0, 1, -8, -5, 1, 0, 23, 4, -5, -6, -11, -24, -4, -21, 17, -35}, 1945 /* R */ {0, -10, -7, -17, -11, -9, -21, -15, 5, -10, 0, 13, -16, -3, -3, -3, 4, 28, -3, -7, -14, 6, -6, -21, -2, -35}, 1946 /* S */ {0, 5, 2, -1, -1, -2, -15, 3, -6, -9, 0, -3, -15, -9, 4, 3, -5, -3, 11, 7, -7, -11, -2, -13, -4, -35}, 1947 /* T */ {0, 6, -1, -12, -3, -5, -16, -3, -9, 0, 0, -1, -10, -4, 2, -1, -6, -7, 7, 16, 0, -25, -2, -13, -6, -35}, 1948 /* V */ {0, 0, -12, -10, -13, -10, -9, -8, -12, 16, 0, -14, 5, 6, -11, -8, -11, -14, -7, 0, 21, -31, -5, -14, -10, -35}, 1949 /* W */ {0, -27, -24, -35, -32, -34, -3, -33, -14, -26, 0, -19, -10, -22, -19, -27, -24, 6, -11, -25, -31, 60, -20, -5, -29, -35}, 1950 /* X */ {0, -2, -4, -16, -5, -5, -13, -6, -5, -5, 0, -6, -8, -5, -2, -5, -4, -6, -2, -2, -5, -20, -6, -13, -4, -35}, 1951 /* Y */ {0, -17, -14, -2, -21, -20, 23, -26, -1, -8, 0, -21, -8, -16, -9, -25, -21, -21, -13, -13, -14, -5, -13, 39, -20, -35}, 1952 /* Z */ {0, -1, 9, -27, 12, 17, -26, -5, 7, -11, 0, -1, -13, -8, 3, -3, 17, -2, -4, -6, -10, -29, -4, -20, 17, -35}, 1953 /* * */ {0, -35, -35, -35, -35, -35, -35, -35, -35, -35, 0, -35, -35, -35, -35, -35, -35, -35, -35, -35, -35, -35, -35, -35, -35, 1}, 1954 } 1955 1956 // # 1957 // # This matrix was produced by "pam" Version 1.0.6 [28-Jul-93] 1958 // # 1959 // # PAM 170 substitution matrix, scale = ln(2)/3 = 0.231049 1960 // # 1961 // # Expected score = -1.57, Entropy = 0.640 bits 1962 // # 1963 // # Lowest score = -10, Highest score = 18 1964 // # 1965 // A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V B Z X * 1966 // A 3 -3 0 0 -3 -1 0 1 -3 -1 -3 -2 -2 -5 1 2 2 -8 -5 0 0 0 -1 -10 1967 // R -3 8 -1 -3 -5 1 -2 -4 2 -3 -4 4 -1 -6 -1 -1 -2 2 -6 -4 -2 0 -2 -10 1968 // N 0 -1 4 3 -5 0 2 0 2 -3 -4 1 -3 -5 -1 1 0 -5 -3 -3 3 1 -1 -10 1969 // D 0 -3 3 6 -7 2 5 0 0 -4 -6 -1 -4 -8 -2 0 -1 -9 -6 -4 5 4 -1 -10 1970 // C -3 -5 -5 -7 13 -8 -8 -5 -5 -3 -9 -8 -7 -6 -4 0 -3 -10 0 -3 -6 -8 -4 -10 1971 // Q -1 1 0 2 -8 6 3 -2 4 -3 -2 0 -1 -7 0 -1 -2 -7 -6 -3 1 5 -1 -10 1972 // E 0 -2 2 5 -8 3 6 0 0 -3 -5 -1 -3 -8 -1 -1 -1 -10 -6 -3 3 5 -1 -10 1973 // G 1 -4 0 0 -5 -2 0 6 -4 -4 -6 -3 -4 -6 -2 1 -1 -9 -7 -2 0 -1 -2 -10 1974 // H -3 2 2 0 -5 4 0 -4 9 -4 -3 -1 -4 -3 -1 -2 -2 -4 0 -3 1 2 -1 -10 1975 // I -1 -3 -3 -4 -3 -3 -3 -4 -4 7 2 -3 2 1 -3 -2 0 -7 -2 5 -3 -3 -1 -10 1976 // L -3 -4 -4 -6 -9 -2 -5 -6 -3 2 7 -4 4 1 -4 -4 -3 -3 -2 2 -5 -4 -2 -10 1977 // K -2 4 1 -1 -8 0 -1 -3 -1 -3 -4 6 1 -8 -2 -1 0 -5 -6 -4 0 0 -2 -10 1978 // M -2 -1 -3 -4 -7 -1 -3 -4 -4 2 4 1 10 0 -3 -2 -1 -6 -4 2 -4 -2 -1 -10 1979 // F -5 -6 -5 -8 -6 -7 -8 -6 -3 1 1 -8 0 10 -6 -4 -5 -1 7 -2 -6 -7 -4 -10 1980 // P 1 -1 -1 -2 -4 0 -1 -2 -1 -3 -4 -2 -3 -6 8 1 0 -8 -7 -2 -2 -1 -1 -10 1981 // S 2 -1 1 0 0 -1 -1 1 -2 -2 -4 -1 -2 -4 1 3 2 -3 -4 -2 1 -1 0 -10 1982 // T 2 -2 0 -1 -3 -2 -1 -1 -2 0 -3 0 -1 -5 0 2 5 -7 -4 0 0 -1 -1 -10 1983 // W -8 2 -5 -9 -10 -7 -10 -9 -4 -7 -3 -5 -6 -1 -8 -3 -7 18 -1 -9 -7 -8 -6 -10 1984 // Y -5 -6 -3 -6 0 -6 -6 -7 0 -2 -2 -6 -4 7 -7 -4 -4 -1 12 -4 -4 -6 -4 -10 1985 // V 0 -4 -3 -4 -3 -3 -3 -2 -3 5 2 -4 2 -2 -2 -2 0 -9 -4 6 -3 -3 -1 -10 1986 // B 0 -2 3 5 -6 1 3 0 1 -3 -5 0 -4 -6 -2 1 0 -7 -4 -3 4 3 -1 -10 1987 // Z 0 0 1 4 -8 5 5 -1 2 -3 -4 0 -2 -7 -1 -1 -1 -8 -6 -3 3 5 -1 -10 1988 // X -1 -2 -1 -1 -4 -1 -1 -2 -1 -1 -2 -2 -1 -4 -1 0 -1 -6 -4 -1 -1 -1 -2 -10 1989 // * -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 1 1990 // 1991 PAM170 = [][]int{ 1992 /* - A B C D E F G H I J K L M N P Q R S T V W X Y Z * */ 1993 /* - */ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, 1994 /* A */ {0, 3, 0, -3, 0, 0, -5, 1, -3, -1, 0, -2, -3, -2, 0, 1, -1, -3, 2, 2, 0, -8, -1, -5, 0, -10}, 1995 /* B */ {0, 0, 4, -6, 5, 3, -6, 0, 1, -3, 0, 0, -5, -4, 3, -2, 1, -2, 1, 0, -3, -7, -1, -4, 3, -10}, 1996 /* C */ {0, -3, -6, 13, -7, -8, -6, -5, -5, -3, 0, -8, -9, -7, -5, -4, -8, -5, 0, -3, -3, -10, -4, 0, -8, -10}, 1997 /* D */ {0, 0, 5, -7, 6, 5, -8, 0, 0, -4, 0, -1, -6, -4, 3, -2, 2, -3, 0, -1, -4, -9, -1, -6, 4, -10}, 1998 /* E */ {0, 0, 3, -8, 5, 6, -8, 0, 0, -3, 0, -1, -5, -3, 2, -1, 3, -2, -1, -1, -3, -10, -1, -6, 5, -10}, 1999 /* F */ {0, -5, -6, -6, -8, -8, 10, -6, -3, 1, 0, -8, 1, 0, -5, -6, -7, -6, -4, -5, -2, -1, -4, 7, -7, -10}, 2000 /* G */ {0, 1, 0, -5, 0, 0, -6, 6, -4, -4, 0, -3, -6, -4, 0, -2, -2, -4, 1, -1, -2, -9, -2, -7, -1, -10}, 2001 /* H */ {0, -3, 1, -5, 0, 0, -3, -4, 9, -4, 0, -1, -3, -4, 2, -1, 4, 2, -2, -2, -3, -4, -1, 0, 2, -10}, 2002 /* I */ {0, -1, -3, -3, -4, -3, 1, -4, -4, 7, 0, -3, 2, 2, -3, -3, -3, -3, -2, 0, 5, -7, -1, -2, -3, -10}, 2003 /* J */ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, 2004 /* K */ {0, -2, 0, -8, -1, -1, -8, -3, -1, -3, 0, 6, -4, 1, 1, -2, 0, 4, -1, 0, -4, -5, -2, -6, 0, -10}, 2005 /* L */ {0, -3, -5, -9, -6, -5, 1, -6, -3, 2, 0, -4, 7, 4, -4, -4, -2, -4, -4, -3, 2, -3, -2, -2, -4, -10}, 2006 /* M */ {0, -2, -4, -7, -4, -3, 0, -4, -4, 2, 0, 1, 4, 10, -3, -3, -1, -1, -2, -1, 2, -6, -1, -4, -2, -10}, 2007 /* N */ {0, 0, 3, -5, 3, 2, -5, 0, 2, -3, 0, 1, -4, -3, 4, -1, 0, -1, 1, 0, -3, -5, -1, -3, 1, -10}, 2008 /* P */ {0, 1, -2, -4, -2, -1, -6, -2, -1, -3, 0, -2, -4, -3, -1, 8, 0, -1, 1, 0, -2, -8, -1, -7, -1, -10}, 2009 /* Q */ {0, -1, 1, -8, 2, 3, -7, -2, 4, -3, 0, 0, -2, -1, 0, 0, 6, 1, -1, -2, -3, -7, -1, -6, 5, -10}, 2010 /* R */ {0, -3, -2, -5, -3, -2, -6, -4, 2, -3, 0, 4, -4, -1, -1, -1, 1, 8, -1, -2, -4, 2, -2, -6, 0, -10}, 2011 /* S */ {0, 2, 1, 0, 0, -1, -4, 1, -2, -2, 0, -1, -4, -2, 1, 1, -1, -1, 3, 2, -2, -3, 0, -4, -1, -10}, 2012 /* T */ {0, 2, 0, -3, -1, -1, -5, -1, -2, 0, 0, 0, -3, -1, 0, 0, -2, -2, 2, 5, 0, -7, -1, -4, -1, -10}, 2013 /* V */ {0, 0, -3, -3, -4, -3, -2, -2, -3, 5, 0, -4, 2, 2, -3, -2, -3, -4, -2, 0, 6, -9, -1, -4, -3, -10}, 2014 /* W */ {0, -8, -7, -10, -9, -10, -1, -9, -4, -7, 0, -5, -3, -6, -5, -8, -7, 2, -3, -7, -9, 18, -6, -1, -8, -10}, 2015 /* X */ {0, -1, -1, -4, -1, -1, -4, -2, -1, -1, 0, -2, -2, -1, -1, -1, -1, -2, 0, -1, -1, -6, -2, -4, -1, -10}, 2016 /* Y */ {0, -5, -4, 0, -6, -6, 7, -7, 0, -2, 0, -6, -2, -4, -3, -7, -6, -6, -4, -4, -4, -1, -4, 12, -6, -10}, 2017 /* Z */ {0, 0, 3, -8, 4, 5, -7, -1, 2, -3, 0, 0, -4, -2, 1, -1, 5, 0, -1, -1, -3, -8, -1, -6, 5, -10}, 2018 /* * */ {0, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, 0, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, 1}, 2019 } 2020 2021 // # 2022 // # This matrix was produced by "pam" Version 1.0.6 [28-Jul-93] 2023 // # 2024 // # PAM 180 substitution matrix, scale = ln(2)/3 = 0.231049 2025 // # 2026 // # Expected score = -1.51, Entropy = 0.591 bits 2027 // # 2028 // # Lowest score = -10, Highest score = 18 2029 // # 2030 // A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V B Z X * 2031 // A 3 -3 0 0 -3 -1 0 1 -2 -1 -3 -2 -2 -5 1 1 2 -8 -5 0 0 0 -1 -10 2032 // R -3 8 -1 -3 -5 1 -2 -4 2 -3 -4 4 -1 -6 -1 -1 -2 2 -6 -4 -2 0 -2 -10 2033 // N 0 -1 4 3 -5 0 2 0 2 -3 -4 1 -3 -5 -1 1 0 -5 -2 -3 3 1 -1 -10 2034 // D 0 -3 3 5 -7 2 4 0 0 -3 -6 0 -4 -8 -2 0 -1 -9 -6 -3 4 3 -1 -10 2035 // C -3 -5 -5 -7 13 -7 -7 -5 -4 -3 -8 -7 -7 -6 -4 0 -3 -10 0 -3 -6 -7 -4 -10 2036 // Q -1 1 0 2 -7 6 3 -2 4 -3 -2 0 -1 -6 0 -1 -2 -6 -6 -3 1 5 -1 -10 2037 // E 0 -2 2 4 -7 3 5 0 0 -3 -5 -1 -3 -7 -1 -1 -1 -9 -6 -3 3 5 -1 -10 2038 // G 1 -4 0 0 -5 -2 0 6 -3 -4 -6 -3 -4 -6 -1 1 -1 -9 -7 -2 0 -1 -2 -10 2039 // H -2 2 2 0 -4 4 0 -3 8 -4 -3 -1 -3 -3 -1 -2 -2 -4 0 -3 1 2 -1 -10 2040 // I -1 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -4 -4 6 2 -3 2 1 -3 -2 0 -7 -2 5 -3 -3 -1 -10 2041 // L -3 -4 -4 -6 -8 -2 -5 -6 -3 2 7 -4 4 1 -4 -4 -3 -3 -2 2 -5 -3 -2 -10 2042 // K -2 4 1 0 -7 0 -1 -3 -1 -3 -4 6 1 -7 -2 -1 0 -5 -6 -4 0 0 -1 -10 2043 // M -2 -1 -3 -4 -7 -1 -3 -4 -3 2 4 1 9 0 -3 -2 -1 -6 -4 2 -3 -2 -1 -10 2044 // F -5 -6 -5 -8 -6 -6 -7 -6 -3 1 1 -7 0 10 -6 -4 -4 0 7 -2 -6 -7 -3 -10 2045 // P 1 -1 -1 -2 -4 0 -1 -1 -1 -3 -4 -2 -3 -6 8 1 0 -7 -7 -2 -2 -1 -1 -10 2046 // S 1 -1 1 0 0 -1 -1 1 -2 -2 -4 -1 -2 -4 1 3 2 -3 -4 -2 1 -1 0 -10 2047 // T 2 -2 0 -1 -3 -2 -1 -1 -2 0 -3 0 -1 -4 0 2 4 -7 -4 0 0 -1 -1 -10 2048 // W -8 2 -5 -9 -10 -6 -9 -9 -4 -7 -3 -5 -6 0 -7 -3 -7 18 -1 -8 -7 -8 -6 -10 2049 // Y -5 -6 -2 -6 0 -6 -6 -7 0 -2 -2 -6 -4 7 -7 -4 -4 -1 11 -4 -4 -6 -3 -10 2050 // V 0 -4 -3 -3 -3 -3 -3 -2 -3 5 2 -4 2 -2 -2 -2 0 -8 -4 6 -3 -3 -1 -10 2051 // B 0 -2 3 4 -6 1 3 0 1 -3 -5 0 -3 -6 -2 1 0 -7 -4 -3 4 3 -1 -10 2052 // Z 0 0 1 3 -7 5 5 -1 2 -3 -3 0 -2 -7 -1 -1 -1 -8 -6 -3 3 5 -1 -10 2053 // X -1 -2 -1 -1 -4 -1 -1 -2 -1 -1 -2 -1 -1 -3 -1 0 -1 -6 -3 -1 -1 -1 -1 -10 2054 // * -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 1 2055 // 2056 PAM180 = [][]int{ 2057 /* - A B C D E F G H I J K L M N P Q R S T V W X Y Z * */ 2058 /* - */ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, 2059 /* A */ {0, 3, 0, -3, 0, 0, -5, 1, -2, -1, 0, -2, -3, -2, 0, 1, -1, -3, 1, 2, 0, -8, -1, -5, 0, -10}, 2060 /* B */ {0, 0, 4, -6, 4, 3, -6, 0, 1, -3, 0, 0, -5, -3, 3, -2, 1, -2, 1, 0, -3, -7, -1, -4, 3, -10}, 2061 /* C */ {0, -3, -6, 13, -7, -7, -6, -5, -4, -3, 0, -7, -8, -7, -5, -4, -7, -5, 0, -3, -3, -10, -4, 0, -7, -10}, 2062 /* D */ {0, 0, 4, -7, 5, 4, -8, 0, 0, -3, 0, 0, -6, -4, 3, -2, 2, -3, 0, -1, -3, -9, -1, -6, 3, -10}, 2063 /* E */ {0, 0, 3, -7, 4, 5, -7, 0, 0, -3, 0, -1, -5, -3, 2, -1, 3, -2, -1, -1, -3, -9, -1, -6, 5, -10}, 2064 /* F */ {0, -5, -6, -6, -8, -7, 10, -6, -3, 1, 0, -7, 1, 0, -5, -6, -6, -6, -4, -4, -2, 0, -3, 7, -7, -10}, 2065 /* G */ {0, 1, 0, -5, 0, 0, -6, 6, -3, -4, 0, -3, -6, -4, 0, -1, -2, -4, 1, -1, -2, -9, -2, -7, -1, -10}, 2066 /* H */ {0, -2, 1, -4, 0, 0, -3, -3, 8, -4, 0, -1, -3, -3, 2, -1, 4, 2, -2, -2, -3, -4, -1, 0, 2, -10}, 2067 /* I */ {0, -1, -3, -3, -3, -3, 1, -4, -4, 6, 0, -3, 2, 2, -3, -3, -3, -3, -2, 0, 5, -7, -1, -2, -3, -10}, 2068 /* J */ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, 2069 /* K */ {0, -2, 0, -7, 0, -1, -7, -3, -1, -3, 0, 6, -4, 1, 1, -2, 0, 4, -1, 0, -4, -5, -1, -6, 0, -10}, 2070 /* L */ {0, -3, -5, -8, -6, -5, 1, -6, -3, 2, 0, -4, 7, 4, -4, -4, -2, -4, -4, -3, 2, -3, -2, -2, -3, -10}, 2071 /* M */ {0, -2, -3, -7, -4, -3, 0, -4, -3, 2, 0, 1, 4, 9, -3, -3, -1, -1, -2, -1, 2, -6, -1, -4, -2, -10}, 2072 /* N */ {0, 0, 3, -5, 3, 2, -5, 0, 2, -3, 0, 1, -4, -3, 4, -1, 0, -1, 1, 0, -3, -5, -1, -2, 1, -10}, 2073 /* P */ {0, 1, -2, -4, -2, -1, -6, -1, -1, -3, 0, -2, -4, -3, -1, 8, 0, -1, 1, 0, -2, -7, -1, -7, -1, -10}, 2074 /* Q */ {0, -1, 1, -7, 2, 3, -6, -2, 4, -3, 0, 0, -2, -1, 0, 0, 6, 1, -1, -2, -3, -6, -1, -6, 5, -10}, 2075 /* R */ {0, -3, -2, -5, -3, -2, -6, -4, 2, -3, 0, 4, -4, -1, -1, -1, 1, 8, -1, -2, -4, 2, -2, -6, 0, -10}, 2076 /* S */ {0, 1, 1, 0, 0, -1, -4, 1, -2, -2, 0, -1, -4, -2, 1, 1, -1, -1, 3, 2, -2, -3, 0, -4, -1, -10}, 2077 /* T */ {0, 2, 0, -3, -1, -1, -4, -1, -2, 0, 0, 0, -3, -1, 0, 0, -2, -2, 2, 4, 0, -7, -1, -4, -1, -10}, 2078 /* V */ {0, 0, -3, -3, -3, -3, -2, -2, -3, 5, 0, -4, 2, 2, -3, -2, -3, -4, -2, 0, 6, -8, -1, -4, -3, -10}, 2079 /* W */ {0, -8, -7, -10, -9, -9, 0, -9, -4, -7, 0, -5, -3, -6, -5, -7, -6, 2, -3, -7, -8, 18, -6, -1, -8, -10}, 2080 /* X */ {0, -1, -1, -4, -1, -1, -3, -2, -1, -1, 0, -1, -2, -1, -1, -1, -1, -2, 0, -1, -1, -6, -1, -3, -1, -10}, 2081 /* Y */ {0, -5, -4, 0, -6, -6, 7, -7, 0, -2, 0, -6, -2, -4, -2, -7, -6, -6, -4, -4, -4, -1, -3, 11, -6, -10}, 2082 /* Z */ {0, 0, 3, -7, 3, 5, -7, -1, 2, -3, 0, 0, -3, -2, 1, -1, 5, 0, -1, -1, -3, -8, -1, -6, 5, -10}, 2083 /* * */ {0, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, 0, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, 1}, 2084 } 2085 2086 // # 2087 // # This matrix was produced by "pam" Version 1.0.6 [28-Jul-93] 2088 // # 2089 // # PAM 190 substitution matrix, scale = ln(2)/3 = 0.231049 2090 // # 2091 // # Expected score = -1.35, Entropy = 0.547 bits 2092 // # 2093 // # Lowest score = -9, Highest score = 18 2094 // # 2095 // A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V B Z X * 2096 // A 3 -2 0 0 -3 -1 0 1 -2 -1 -3 -2 -2 -5 1 1 2 -7 -4 0 0 0 0 -9 2097 // R -2 8 -1 -2 -5 1 -2 -4 2 -3 -4 4 -1 -6 0 -1 -2 2 -5 -3 -1 0 -1 -9 2098 // N 0 -1 3 3 -5 1 2 0 2 -2 -4 1 -3 -4 -1 1 0 -5 -2 -3 3 1 -1 -9 2099 // D 0 -2 3 5 -7 2 4 0 0 -3 -5 0 -4 -7 -2 0 -1 -8 -5 -3 4 3 -1 -9 2100 // C -3 -5 -5 -7 13 -7 -7 -4 -4 -3 -8 -7 -7 -6 -4 0 -3 -9 0 -3 -6 -7 -4 -9 2101 // Q -1 1 1 2 -7 6 3 -2 3 -3 -2 1 -1 -6 0 -1 -1 -6 -5 -3 1 4 -1 -9 2102 // E 0 -2 2 4 -7 3 5 0 0 -3 -4 -1 -3 -7 -1 0 -1 -9 -5 -3 3 4 -1 -9 2103 // G 1 -4 0 0 -4 -2 0 6 -3 -4 -5 -3 -4 -6 -1 1 -1 -9 -7 -2 0 -1 -1 -9 2104 // H -2 2 2 0 -4 3 0 -3 8 -3 -3 -1 -3 -2 -1 -1 -2 -3 0 -3 1 2 -1 -9 2105 // I -1 -3 -2 -3 -3 -3 -3 -4 -3 6 2 -3 2 1 -3 -2 0 -7 -2 4 -3 -3 -1 -9 2106 // L -3 -4 -4 -5 -8 -2 -4 -5 -3 2 7 -4 4 2 -3 -4 -2 -3 -2 2 -5 -3 -2 -9 2107 // K -2 4 1 0 -7 1 -1 -3 -1 -3 -4 6 1 -7 -2 0 0 -5 -6 -3 0 0 -1 -9 2108 // M -2 -1 -3 -4 -7 -1 -3 -4 -3 2 4 1 9 0 -3 -2 -1 -6 -4 2 -3 -2 -1 -9 2109 // F -5 -6 -4 -7 -6 -6 -7 -6 -2 1 2 -7 0 10 -6 -4 -4 0 7 -2 -6 -7 -3 -9 2110 // P 1 0 -1 -2 -4 0 -1 -1 -1 -3 -3 -2 -3 -6 7 1 0 -7 -6 -2 -1 -1 -1 -9 2111 // S 1 -1 1 0 0 -1 0 1 -1 -2 -4 0 -2 -4 1 3 2 -3 -4 -2 1 -1 0 -9 2112 // T 2 -2 0 -1 -3 -1 -1 -1 -2 0 -2 0 -1 -4 0 2 4 -6 -3 0 0 -1 0 -9 2113 // W -7 2 -5 -8 -9 -6 -9 -9 -3 -7 -3 -5 -6 0 -7 -3 -6 18 -1 -8 -6 -7 -5 -9 2114 // Y -4 -5 -2 -5 0 -5 -5 -7 0 -2 -2 -6 -4 7 -6 -4 -3 -1 11 -3 -4 -5 -3 -9 2115 // V 0 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -2 -3 4 2 -3 2 -2 -2 -2 0 -8 -3 6 -3 -3 -1 -9 2116 // B 0 -1 3 4 -6 1 3 0 1 -3 -5 0 -3 -6 -1 1 0 -6 -4 -3 4 2 -1 -9 2117 // Z 0 0 1 3 -7 4 4 -1 2 -3 -3 0 -2 -7 -1 -1 -1 -7 -5 -3 2 4 -1 -9 2118 // X 0 -1 -1 -1 -4 -1 -1 -1 -1 -1 -2 -1 -1 -3 -1 0 0 -5 -3 -1 -1 -1 -1 -9 2119 // * -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 1 2120 // 2121 PAM190 = [][]int{ 2122 /* - A B C D E F G H I J K L M N P Q R S T V W X Y Z * */ 2123 /* - */ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, 2124 /* A */ {0, 3, 0, -3, 0, 0, -5, 1, -2, -1, 0, -2, -3, -2, 0, 1, -1, -2, 1, 2, 0, -7, 0, -4, 0, -9}, 2125 /* B */ {0, 0, 4, -6, 4, 3, -6, 0, 1, -3, 0, 0, -5, -3, 3, -1, 1, -1, 1, 0, -3, -6, -1, -4, 2, -9}, 2126 /* C */ {0, -3, -6, 13, -7, -7, -6, -4, -4, -3, 0, -7, -8, -7, -5, -4, -7, -5, 0, -3, -3, -9, -4, 0, -7, -9}, 2127 /* D */ {0, 0, 4, -7, 5, 4, -7, 0, 0, -3, 0, 0, -5, -4, 3, -2, 2, -2, 0, -1, -3, -8, -1, -5, 3, -9}, 2128 /* E */ {0, 0, 3, -7, 4, 5, -7, 0, 0, -3, 0, -1, -4, -3, 2, -1, 3, -2, 0, -1, -3, -9, -1, -5, 4, -9}, 2129 /* F */ {0, -5, -6, -6, -7, -7, 10, -6, -2, 1, 0, -7, 2, 0, -4, -6, -6, -6, -4, -4, -2, 0, -3, 7, -7, -9}, 2130 /* G */ {0, 1, 0, -4, 0, 0, -6, 6, -3, -4, 0, -3, -5, -4, 0, -1, -2, -4, 1, -1, -2, -9, -1, -7, -1, -9}, 2131 /* H */ {0, -2, 1, -4, 0, 0, -2, -3, 8, -3, 0, -1, -3, -3, 2, -1, 3, 2, -1, -2, -3, -3, -1, 0, 2, -9}, 2132 /* I */ {0, -1, -3, -3, -3, -3, 1, -4, -3, 6, 0, -3, 2, 2, -2, -3, -3, -3, -2, 0, 4, -7, -1, -2, -3, -9}, 2133 /* J */ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, 2134 /* K */ {0, -2, 0, -7, 0, -1, -7, -3, -1, -3, 0, 6, -4, 1, 1, -2, 1, 4, 0, 0, -3, -5, -1, -6, 0, -9}, 2135 /* L */ {0, -3, -5, -8, -5, -4, 2, -5, -3, 2, 0, -4, 7, 4, -4, -3, -2, -4, -4, -2, 2, -3, -2, -2, -3, -9}, 2136 /* M */ {0, -2, -3, -7, -4, -3, 0, -4, -3, 2, 0, 1, 4, 9, -3, -3, -1, -1, -2, -1, 2, -6, -1, -4, -2, -9}, 2137 /* N */ {0, 0, 3, -5, 3, 2, -4, 0, 2, -2, 0, 1, -4, -3, 3, -1, 1, -1, 1, 0, -3, -5, -1, -2, 1, -9}, 2138 /* P */ {0, 1, -1, -4, -2, -1, -6, -1, -1, -3, 0, -2, -3, -3, -1, 7, 0, 0, 1, 0, -2, -7, -1, -6, -1, -9}, 2139 /* Q */ {0, -1, 1, -7, 2, 3, -6, -2, 3, -3, 0, 1, -2, -1, 1, 0, 6, 1, -1, -1, -3, -6, -1, -5, 4, -9}, 2140 /* R */ {0, -2, -1, -5, -2, -2, -6, -4, 2, -3, 0, 4, -4, -1, -1, 0, 1, 8, -1, -2, -3, 2, -1, -5, 0, -9}, 2141 /* S */ {0, 1, 1, 0, 0, 0, -4, 1, -1, -2, 0, 0, -4, -2, 1, 1, -1, -1, 3, 2, -2, -3, 0, -4, -1, -9}, 2142 /* T */ {0, 2, 0, -3, -1, -1, -4, -1, -2, 0, 0, 0, -2, -1, 0, 0, -1, -2, 2, 4, 0, -6, 0, -3, -1, -9}, 2143 /* V */ {0, 0, -3, -3, -3, -3, -2, -2, -3, 4, 0, -3, 2, 2, -3, -2, -3, -3, -2, 0, 6, -8, -1, -3, -3, -9}, 2144 /* W */ {0, -7, -6, -9, -8, -9, 0, -9, -3, -7, 0, -5, -3, -6, -5, -7, -6, 2, -3, -6, -8, 18, -5, -1, -7, -9}, 2145 /* X */ {0, 0, -1, -4, -1, -1, -3, -1, -1, -1, 0, -1, -2, -1, -1, -1, -1, -1, 0, 0, -1, -5, -1, -3, -1, -9}, 2146 /* Y */ {0, -4, -4, 0, -5, -5, 7, -7, 0, -2, 0, -6, -2, -4, -2, -6, -5, -5, -4, -3, -3, -1, -3, 11, -5, -9}, 2147 /* Z */ {0, 0, 2, -7, 3, 4, -7, -1, 2, -3, 0, 0, -3, -2, 1, -1, 4, 0, -1, -1, -3, -7, -1, -5, 4, -9}, 2148 /* * */ {0, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, 0, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, 1}, 2149 } 2150 2151 // # 2152 // # This matrix was produced by "pam" Version 1.0.6 [28-Jul-93] 2153 // # 2154 // # PAM 20 substitution matrix, scale = ln(2)/2 = 0.346574 2155 // # 2156 // # Expected score = -6.18, Entropy = 2.95 bits 2157 // # 2158 // # Lowest score = -19, Highest score = 13 2159 // # 2160 // A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V B Z X * 2161 // A 6 -8 -5 -4 -8 -5 -3 -3 -8 -6 -7 -8 -6 -9 -2 -1 -1 -16 -9 -3 -5 -4 -4 -19 2162 // R -8 9 -7 -12 -9 -2 -11 -11 -3 -6 -10 -1 -5 -10 -5 -4 -8 -3 -11 -9 -9 -5 -7 -19 2163 // N -5 -7 8 1 -13 -5 -3 -4 -1 -6 -8 -2 -11 -10 -7 -1 -3 -9 -5 -9 6 -4 -4 -19 2164 // D -4 -12 1 8 -16 -4 2 -4 -5 -9 -15 -6 -13 -17 -9 -5 -6 -17 -13 -9 6 0 -7 -19 2165 // C -8 -9 -13 -16 10 -16 -16 -11 -8 -7 -17 -16 -16 -15 -9 -4 -9 -18 -5 -7 -14 -16 -11 -19 2166 // Q -5 -2 -5 -4 -16 9 0 -8 0 -9 -6 -4 -5 -15 -4 -6 -7 -15 -14 -8 -4 7 -6 -19 2167 // E -3 -11 -3 2 -16 0 8 -5 -6 -6 -10 -5 -8 -16 -7 -5 -7 -19 -9 -8 0 6 -6 -19 2168 // G -3 -11 -4 -4 -11 -8 -5 7 -10 -13 -12 -8 -10 -10 -7 -3 -7 -17 -16 -7 -4 -6 -6 -19 2169 // H -8 -3 -1 -5 -8 0 -6 -10 9 -11 -7 -8 -13 -7 -5 -7 -8 -8 -4 -7 -2 -2 -6 -19 2170 // I -6 -6 -6 -9 -7 -9 -6 -13 -11 9 -2 -7 -2 -3 -10 -8 -3 -16 -7 1 -7 -7 -6 -19 2171 // L -7 -10 -8 -15 -17 -6 -10 -12 -7 -2 7 -9 0 -4 -8 -9 -8 -7 -8 -3 -10 -8 -7 -19 2172 // K -8 -1 -2 -6 -16 -4 -5 -8 -8 -7 -9 7 -3 -16 -8 -5 -4 -14 -10 -10 -3 -5 -6 -19 2173 // M -6 -5 -11 -13 -16 -5 -8 -10 -13 -2 0 -3 11 -5 -9 -6 -5 -15 -13 -2 -12 -6 -6 -19 2174 // F -9 -10 -10 -17 -15 -15 -16 -10 -7 -3 -4 -16 -5 9 -11 -7 -10 -6 1 -9 -12 -16 -9 -19 2175 // P -2 -5 -7 -9 -9 -4 -7 -7 -5 -10 -8 -8 -9 -11 8 -3 -5 -16 -16 -7 -8 -5 -6 -19 2176 // S -1 -4 -1 -5 -4 -6 -5 -3 -7 -8 -9 -5 -6 -7 -3 7 0 -6 -8 -8 -2 -6 -4 -19 2177 // T -1 -8 -3 -6 -9 -7 -7 -7 -8 -3 -8 -4 -5 -10 -5 0 7 -15 -7 -4 -4 -7 -5 -19 2178 // W -16 -3 -9 -17 -18 -15 -19 -17 -8 -16 -7 -14 -15 -6 -16 -6 -15 13 -6 -18 -11 -17 -13 -19 2179 // Y -9 -11 -5 -13 -5 -14 -9 -16 -4 -7 -8 -10 -13 1 -16 -8 -7 -6 10 -8 -7 -11 -9 -19 2180 // V -3 -9 -9 -9 -7 -8 -8 -7 -7 1 -3 -10 -2 -9 -7 -8 -4 -18 -8 7 -9 -8 -6 -19 2181 // B -5 -9 6 6 -14 -4 0 -4 -2 -7 -10 -3 -12 -12 -8 -2 -4 -11 -7 -9 6 -1 -6 -19 2182 // Z -4 -5 -4 0 -16 7 6 -6 -2 -7 -8 -5 -6 -16 -5 -6 -7 -17 -11 -8 -1 6 -6 -19 2183 // X -4 -7 -4 -7 -11 -6 -6 -6 -6 -6 -7 -6 -6 -9 -6 -4 -5 -13 -9 -6 -6 -6 -6 -19 2184 // * -19 -19 -19 -19 -19 -19 -19 -19 -19 -19 -19 -19 -19 -19 -19 -19 -19 -19 -19 -19 -19 -19 -19 1 2185 // 2186 PAM20 = [][]int{ 2187 /* - A B C D E F G H I J K L M N P Q R S T V W X Y Z * */ 2188 /* - */ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, 2189 /* A */ {0, 6, -5, -8, -4, -3, -9, -3, -8, -6, 0, -8, -7, -6, -5, -2, -5, -8, -1, -1, -3, -16, -4, -9, -4, -19}, 2190 /* B */ {0, -5, 6, -14, 6, 0, -12, -4, -2, -7, 0, -3, -10, -12, 6, -8, -4, -9, -2, -4, -9, -11, -6, -7, -1, -19}, 2191 /* C */ {0, -8, -14, 10, -16, -16, -15, -11, -8, -7, 0, -16, -17, -16, -13, -9, -16, -9, -4, -9, -7, -18, -11, -5, -16, -19}, 2192 /* D */ {0, -4, 6, -16, 8, 2, -17, -4, -5, -9, 0, -6, -15, -13, 1, -9, -4, -12, -5, -6, -9, -17, -7, -13, 0, -19}, 2193 /* E */ {0, -3, 0, -16, 2, 8, -16, -5, -6, -6, 0, -5, -10, -8, -3, -7, 0, -11, -5, -7, -8, -19, -6, -9, 6, -19}, 2194 /* F */ {0, -9, -12, -15, -17, -16, 9, -10, -7, -3, 0, -16, -4, -5, -10, -11, -15, -10, -7, -10, -9, -6, -9, 1, -16, -19}, 2195 /* G */ {0, -3, -4, -11, -4, -5, -10, 7, -10, -13, 0, -8, -12, -10, -4, -7, -8, -11, -3, -7, -7, -17, -6, -16, -6, -19}, 2196 /* H */ {0, -8, -2, -8, -5, -6, -7, -10, 9, -11, 0, -8, -7, -13, -1, -5, 0, -3, -7, -8, -7, -8, -6, -4, -2, -19}, 2197 /* I */ {0, -6, -7, -7, -9, -6, -3, -13, -11, 9, 0, -7, -2, -2, -6, -10, -9, -6, -8, -3, 1, -16, -6, -7, -7, -19}, 2198 /* J */ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, 2199 /* K */ {0, -8, -3, -16, -6, -5, -16, -8, -8, -7, 0, 7, -9, -3, -2, -8, -4, -1, -5, -4, -10, -14, -6, -10, -5, -19}, 2200 /* L */ {0, -7, -10, -17, -15, -10, -4, -12, -7, -2, 0, -9, 7, 0, -8, -8, -6, -10, -9, -8, -3, -7, -7, -8, -8, -19}, 2201 /* M */ {0, -6, -12, -16, -13, -8, -5, -10, -13, -2, 0, -3, 0, 11, -11, -9, -5, -5, -6, -5, -2, -15, -6, -13, -6, -19}, 2202 /* N */ {0, -5, 6, -13, 1, -3, -10, -4, -1, -6, 0, -2, -8, -11, 8, -7, -5, -7, -1, -3, -9, -9, -4, -5, -4, -19}, 2203 /* P */ {0, -2, -8, -9, -9, -7, -11, -7, -5, -10, 0, -8, -8, -9, -7, 8, -4, -5, -3, -5, -7, -16, -6, -16, -5, -19}, 2204 /* Q */ {0, -5, -4, -16, -4, 0, -15, -8, 0, -9, 0, -4, -6, -5, -5, -4, 9, -2, -6, -7, -8, -15, -6, -14, 7, -19}, 2205 /* R */ {0, -8, -9, -9, -12, -11, -10, -11, -3, -6, 0, -1, -10, -5, -7, -5, -2, 9, -4, -8, -9, -3, -7, -11, -5, -19}, 2206 /* S */ {0, -1, -2, -4, -5, -5, -7, -3, -7, -8, 0, -5, -9, -6, -1, -3, -6, -4, 7, 0, -8, -6, -4, -8, -6, -19}, 2207 /* T */ {0, -1, -4, -9, -6, -7, -10, -7, -8, -3, 0, -4, -8, -5, -3, -5, -7, -8, 0, 7, -4, -15, -5, -7, -7, -19}, 2208 /* V */ {0, -3, -9, -7, -9, -8, -9, -7, -7, 1, 0, -10, -3, -2, -9, -7, -8, -9, -8, -4, 7, -18, -6, -8, -8, -19}, 2209 /* W */ {0, -16, -11, -18, -17, -19, -6, -17, -8, -16, 0, -14, -7, -15, -9, -16, -15, -3, -6, -15, -18, 13, -13, -6, -17, -19}, 2210 /* X */ {0, -4, -6, -11, -7, -6, -9, -6, -6, -6, 0, -6, -7, -6, -4, -6, -6, -7, -4, -5, -6, -13, -6, -9, -6, -19}, 2211 /* Y */ {0, -9, -7, -5, -13, -9, 1, -16, -4, -7, 0, -10, -8, -13, -5, -16, -14, -11, -8, -7, -8, -6, -9, 10, -11, -19}, 2212 /* Z */ {0, -4, -1, -16, 0, 6, -16, -6, -2, -7, 0, -5, -8, -6, -4, -5, 7, -5, -6, -7, -8, -17, -6, -11, 6, -19}, 2213 /* * */ {0, -19, -19, -19, -19, -19, -19, -19, -19, -19, 0, -19, -19, -19, -19, -19, -19, -19, -19, -19, -19, -19, -19, -19, -19, 1}, 2214 } 2215 2216 // # 2217 // # This matrix was produced by "pam" Version 1.0.6 [28-Jul-93] 2218 // # 2219 // # PAM 200 substitution matrix, scale = ln(2)/3 = 0.231049 2220 // # 2221 // # Expected score = -1.23, Entropy = 0.507 bits 2222 // # 2223 // # Lowest score = -9, Highest score = 18 2224 // # 2225 // A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V B Z X * 2226 // A 3 -2 0 0 -3 -1 0 1 -2 -1 -2 -2 -2 -4 1 1 1 -7 -4 0 0 0 0 -9 2227 // R -2 7 0 -2 -4 1 -2 -4 2 -2 -4 4 -1 -5 0 -1 -1 2 -5 -3 -1 0 -1 -9 2228 // N 0 0 3 3 -5 1 2 0 2 -2 -4 1 -2 -4 -1 1 0 -5 -2 -2 3 1 0 -9 2229 // D 0 -2 3 5 -6 2 4 0 0 -3 -5 0 -4 -7 -2 0 0 -8 -5 -3 4 3 -1 -9 2230 // C -3 -4 -5 -6 12 -7 -7 -4 -4 -3 -7 -7 -6 -6 -4 0 -3 -9 0 -2 -5 -7 -4 -9 2231 // Q -1 1 1 2 -7 5 3 -2 3 -3 -2 1 -1 -6 0 -1 -1 -6 -5 -3 1 4 -1 -9 2232 // E 0 -2 2 4 -7 3 5 0 0 -3 -4 0 -3 -7 -1 0 -1 -9 -5 -2 3 4 -1 -9 2233 // G 1 -4 0 0 -4 -2 0 6 -3 -3 -5 -2 -4 -6 -1 1 0 -8 -6 -2 0 -1 -1 -9 2234 // H -2 2 2 0 -4 3 0 -3 8 -3 -3 -1 -3 -2 -1 -1 -2 -3 0 -3 1 2 -1 -9 2235 // I -1 -2 -2 -3 -3 -3 -3 -3 -3 6 2 -2 2 1 -3 -2 0 -6 -2 4 -3 -3 -1 -9 2236 // L -2 -4 -4 -5 -7 -2 -4 -5 -3 2 7 -4 4 2 -3 -4 -2 -2 -2 2 -4 -3 -2 -9 2237 // K -2 4 1 0 -7 1 0 -2 -1 -2 -4 6 1 -7 -2 0 0 -4 -5 -3 0 0 -1 -9 2238 // M -2 -1 -2 -4 -6 -1 -3 -4 -3 2 4 1 8 0 -3 -2 -1 -5 -3 2 -3 -2 -1 -9 2239 // F -4 -5 -4 -7 -6 -6 -7 -6 -2 1 2 -7 0 10 -6 -4 -4 0 7 -2 -6 -6 -3 -9 2240 // P 1 0 -1 -2 -4 0 -1 -1 -1 -3 -3 -2 -3 -6 7 1 0 -7 -6 -2 -1 -1 -1 -9 2241 // S 1 -1 1 0 0 -1 0 1 -1 -2 -4 0 -2 -4 1 2 2 -3 -3 -1 1 -1 0 -9 2242 // T 1 -1 0 0 -3 -1 -1 0 -2 0 -2 0 -1 -4 0 2 4 -6 -3 0 0 -1 0 -9 2243 // W -7 2 -5 -8 -9 -6 -9 -8 -3 -6 -2 -4 -5 0 -7 -3 -6 18 -1 -8 -6 -7 -5 -9 2244 // Y -4 -5 -2 -5 0 -5 -5 -6 0 -2 -2 -5 -3 7 -6 -3 -3 -1 11 -3 -4 -5 -3 -9 2245 // V 0 -3 -2 -3 -2 -3 -2 -2 -3 4 2 -3 2 -2 -2 -1 0 -8 -3 5 -3 -2 -1 -9 2246 // B 0 -1 3 4 -5 1 3 0 1 -3 -4 0 -3 -6 -1 1 0 -6 -4 -3 3 2 -1 -9 2247 // Z 0 0 1 3 -7 4 4 -1 2 -3 -3 0 -2 -6 -1 -1 -1 -7 -5 -2 2 4 -1 -9 2248 // X 0 -1 0 -1 -4 -1 -1 -1 -1 -1 -2 -1 -1 -3 -1 0 0 -5 -3 -1 -1 -1 -1 -9 2249 // * -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 1 2250 // 2251 PAM200 = [][]int{ 2252 /* - A B C D E F G H I J K L M N P Q R S T V W X Y Z * */ 2253 /* - */ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, 2254 /* A */ {0, 3, 0, -3, 0, 0, -4, 1, -2, -1, 0, -2, -2, -2, 0, 1, -1, -2, 1, 1, 0, -7, 0, -4, 0, -9}, 2255 /* B */ {0, 0, 3, -5, 4, 3, -6, 0, 1, -3, 0, 0, -4, -3, 3, -1, 1, -1, 1, 0, -3, -6, -1, -4, 2, -9}, 2256 /* C */ {0, -3, -5, 12, -6, -7, -6, -4, -4, -3, 0, -7, -7, -6, -5, -4, -7, -4, 0, -3, -2, -9, -4, 0, -7, -9}, 2257 /* D */ {0, 0, 4, -6, 5, 4, -7, 0, 0, -3, 0, 0, -5, -4, 3, -2, 2, -2, 0, 0, -3, -8, -1, -5, 3, -9}, 2258 /* E */ {0, 0, 3, -7, 4, 5, -7, 0, 0, -3, 0, 0, -4, -3, 2, -1, 3, -2, 0, -1, -2, -9, -1, -5, 4, -9}, 2259 /* F */ {0, -4, -6, -6, -7, -7, 10, -6, -2, 1, 0, -7, 2, 0, -4, -6, -6, -5, -4, -4, -2, 0, -3, 7, -6, -9}, 2260 /* G */ {0, 1, 0, -4, 0, 0, -6, 6, -3, -3, 0, -2, -5, -4, 0, -1, -2, -4, 1, 0, -2, -8, -1, -6, -1, -9}, 2261 /* H */ {0, -2, 1, -4, 0, 0, -2, -3, 8, -3, 0, -1, -3, -3, 2, -1, 3, 2, -1, -2, -3, -3, -1, 0, 2, -9}, 2262 /* I */ {0, -1, -3, -3, -3, -3, 1, -3, -3, 6, 0, -2, 2, 2, -2, -3, -3, -2, -2, 0, 4, -6, -1, -2, -3, -9}, 2263 /* J */ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, 2264 /* K */ {0, -2, 0, -7, 0, 0, -7, -2, -1, -2, 0, 6, -4, 1, 1, -2, 1, 4, 0, 0, -3, -4, -1, -5, 0, -9}, 2265 /* L */ {0, -2, -4, -7, -5, -4, 2, -5, -3, 2, 0, -4, 7, 4, -4, -3, -2, -4, -4, -2, 2, -2, -2, -2, -3, -9}, 2266 /* M */ {0, -2, -3, -6, -4, -3, 0, -4, -3, 2, 0, 1, 4, 8, -2, -3, -1, -1, -2, -1, 2, -5, -1, -3, -2, -9}, 2267 /* N */ {0, 0, 3, -5, 3, 2, -4, 0, 2, -2, 0, 1, -4, -2, 3, -1, 1, 0, 1, 0, -2, -5, 0, -2, 1, -9}, 2268 /* P */ {0, 1, -1, -4, -2, -1, -6, -1, -1, -3, 0, -2, -3, -3, -1, 7, 0, 0, 1, 0, -2, -7, -1, -6, -1, -9}, 2269 /* Q */ {0, -1, 1, -7, 2, 3, -6, -2, 3, -3, 0, 1, -2, -1, 1, 0, 5, 1, -1, -1, -3, -6, -1, -5, 4, -9}, 2270 /* R */ {0, -2, -1, -4, -2, -2, -5, -4, 2, -2, 0, 4, -4, -1, 0, 0, 1, 7, -1, -1, -3, 2, -1, -5, 0, -9}, 2271 /* S */ {0, 1, 1, 0, 0, 0, -4, 1, -1, -2, 0, 0, -4, -2, 1, 1, -1, -1, 2, 2, -1, -3, 0, -3, -1, -9}, 2272 /* T */ {0, 1, 0, -3, 0, -1, -4, 0, -2, 0, 0, 0, -2, -1, 0, 0, -1, -1, 2, 4, 0, -6, 0, -3, -1, -9}, 2273 /* V */ {0, 0, -3, -2, -3, -2, -2, -2, -3, 4, 0, -3, 2, 2, -2, -2, -3, -3, -1, 0, 5, -8, -1, -3, -2, -9}, 2274 /* W */ {0, -7, -6, -9, -8, -9, 0, -8, -3, -6, 0, -4, -2, -5, -5, -7, -6, 2, -3, -6, -8, 18, -5, -1, -7, -9}, 2275 /* X */ {0, 0, -1, -4, -1, -1, -3, -1, -1, -1, 0, -1, -2, -1, 0, -1, -1, -1, 0, 0, -1, -5, -1, -3, -1, -9}, 2276 /* Y */ {0, -4, -4, 0, -5, -5, 7, -6, 0, -2, 0, -5, -2, -3, -2, -6, -5, -5, -3, -3, -3, -1, -3, 11, -5, -9}, 2277 /* Z */ {0, 0, 2, -7, 3, 4, -6, -1, 2, -3, 0, 0, -3, -2, 1, -1, 4, 0, -1, -1, -2, -7, -1, -5, 4, -9}, 2278 /* * */ {0, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, 0, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, 1}, 2279 } 2280 2281 // # 2282 // # This matrix was produced by "pam" Version 1.0.6 [28-Jul-93] 2283 // # 2284 // # PAM 200 substitution matrix, scale = 0.0693200 2285 // # 2286 // # Expected score = -4.12, Entropy = 0.507 bits 2287 // # 2288 // # Lowest score = -30, Highest score = 59 2289 // # 2290 // A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V B Z X * 2291 // A 9 -7 0 0 -9 -3 1 4 -7 -3 -8 -6 -5 -14 4 5 5 -23 -14 1 0 -1 -1 -30 2292 // R -7 24 -1 -7 -15 4 -6 -12 5 -8 -13 12 -2 -18 -1 -2 -5 7 -17 -11 -4 -1 -4 -30 2293 // N 0 -1 10 9 -15 2 5 1 7 -8 -12 4 -8 -14 -3 3 2 -16 -8 -8 9 4 -2 -30 2294 // D 0 -7 9 16 -21 6 14 1 2 -10 -17 -1 -12 -23 -5 0 -2 -27 -17 -10 13 11 -4 -30 2295 // C -9 -15 -15 -21 41 -22 -22 -14 -14 -9 -25 -22 -22 -18 -12 -1 -10 -30 0 -8 -18 -22 -13 -30 2296 // Q -3 4 2 6 -22 18 10 -6 11 -9 -7 2 -4 -19 0 -3 -4 -20 -17 -8 4 14 -3 -30 2297 // E 1 -6 5 14 -22 10 16 0 1 -9 -14 -1 -9 -22 -4 -1 -3 -28 -17 -8 10 14 -3 -30 2298 // G 4 -12 1 1 -14 -6 0 19 -10 -12 -17 -8 -12 -19 -3 4 -1 -28 -22 -6 1 -3 -4 -30 2299 // H -7 5 7 2 -14 11 1 -10 26 -11 -9 -2 -10 -8 -2 -4 -6 -11 -1 -10 4 7 -3 -30 2300 // I -3 -8 -8 -10 -9 -9 -9 -12 -11 19 8 -8 8 3 -9 -6 0 -21 -5 14 -9 -9 -3 -30 2301 // L -8 -13 -12 -17 -25 -7 -14 -17 -9 8 22 -12 13 5 -11 -12 -8 -8 -5 6 -15 -11 -6 -30 2302 // K -6 12 4 -1 -22 2 -1 -8 -2 -8 -12 19 2 -22 -6 -1 -1 -15 -18 -11 1 0 -4 -30 2303 // M -5 -2 -8 -12 -22 -4 -9 -12 -10 8 13 2 28 -1 -9 -7 -3 -18 -12 6 -10 -7 -3 -30 2304 // F -14 -18 -14 -23 -18 -19 -22 -19 -8 3 5 -22 -1 33 -18 -13 -13 -1 23 -6 -18 -21 -10 -30 2305 // P 4 -1 -3 -5 -12 0 -4 -3 -2 -9 -11 -6 -9 -18 23 3 0 -23 -20 -6 -4 -2 -3 -30 2306 // S 5 -2 3 0 -1 -3 -1 4 -4 -6 -12 -1 -7 -13 3 8 6 -9 -11 -5 2 -2 -1 -30 2307 // T 5 -5 2 -2 -10 -4 -3 -1 -6 0 -8 -1 -3 -13 0 6 12 -21 -11 1 0 -3 -1 -30 2308 // W -23 7 -16 -27 -30 -20 -28 -28 -11 -21 -8 -15 -18 -1 -23 -9 -21 59 -2 -26 -21 -24 -17 -30 2309 // Y -14 -17 -8 -17 0 -17 -17 -22 -1 -5 -5 -18 -12 23 -20 -11 -11 -2 37 -11 -12 -17 -10 -30 2310 // V 1 -11 -8 -10 -8 -8 -8 -6 -10 14 6 -11 6 -6 -6 -5 1 -26 -11 18 -9 -8 -3 -30 2311 // B 0 -4 9 13 -18 4 10 1 4 -9 -15 1 -10 -18 -4 2 0 -21 -12 -9 12 8 -3 -30 2312 // Z -1 -1 4 11 -22 14 14 -3 7 -9 -11 0 -7 -21 -2 -2 -3 -24 -17 -8 8 14 -3 -30 2313 // X -1 -4 -2 -4 -13 -3 -3 -4 -3 -3 -6 -4 -3 -10 -3 -1 -1 -17 -10 -3 -3 -3 -4 -30 2314 // * -30 -30 -30 -30 -30 -30 -30 -30 -30 -30 -30 -30 -30 -30 -30 -30 -30 -30 -30 -30 -30 -30 -30 1 2315 // 2316 PAM200_cdi = [][]int{ 2317 /* - A B C D E F G H I J K L M N P Q R S T V W X Y Z * */ 2318 /* - */ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, 2319 /* A */ {0, 9, 0, -9, 0, 1, -14, 4, -7, -3, 0, -6, -8, -5, 0, 4, -3, -7, 5, 5, 1, -23, -1, -14, -1, -30}, 2320 /* B */ {0, 0, 12, -18, 13, 10, -18, 1, 4, -9, 0, 1, -15, -10, 9, -4, 4, -4, 2, 0, -9, -21, -3, -12, 8, -30}, 2321 /* C */ {0, -9, -18, 41, -21, -22, -18, -14, -14, -9, 0, -22, -25, -22, -15, -12, -22, -15, -1, -10, -8, -30, -13, 0, -22, -30}, 2322 /* D */ {0, 0, 13, -21, 16, 14, -23, 1, 2, -10, 0, -1, -17, -12, 9, -5, 6, -7, 0, -2, -10, -27, -4, -17, 11, -30}, 2323 /* E */ {0, 1, 10, -22, 14, 16, -22, 0, 1, -9, 0, -1, -14, -9, 5, -4, 10, -6, -1, -3, -8, -28, -3, -17, 14, -30}, 2324 /* F */ {0, -14, -18, -18, -23, -22, 33, -19, -8, 3, 0, -22, 5, -1, -14, -18, -19, -18, -13, -13, -6, -1, -10, 23, -21, -30}, 2325 /* G */ {0, 4, 1, -14, 1, 0, -19, 19, -10, -12, 0, -8, -17, -12, 1, -3, -6, -12, 4, -1, -6, -28, -4, -22, -3, -30}, 2326 /* H */ {0, -7, 4, -14, 2, 1, -8, -10, 26, -11, 0, -2, -9, -10, 7, -2, 11, 5, -4, -6, -10, -11, -3, -1, 7, -30}, 2327 /* I */ {0, -3, -9, -9, -10, -9, 3, -12, -11, 19, 0, -8, 8, 8, -8, -9, -9, -8, -6, 0, 14, -21, -3, -5, -9, -30}, 2328 /* J */ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, 2329 /* K */ {0, -6, 1, -22, -1, -1, -22, -8, -2, -8, 0, 19, -12, 2, 4, -6, 2, 12, -1, -1, -11, -15, -4, -18, 0, -30}, 2330 /* L */ {0, -8, -15, -25, -17, -14, 5, -17, -9, 8, 0, -12, 22, 13, -12, -11, -7, -13, -12, -8, 6, -8, -6, -5, -11, -30}, 2331 /* M */ {0, -5, -10, -22, -12, -9, -1, -12, -10, 8, 0, 2, 13, 28, -8, -9, -4, -2, -7, -3, 6, -18, -3, -12, -7, -30}, 2332 /* N */ {0, 0, 9, -15, 9, 5, -14, 1, 7, -8, 0, 4, -12, -8, 10, -3, 2, -1, 3, 2, -8, -16, -2, -8, 4, -30}, 2333 /* P */ {0, 4, -4, -12, -5, -4, -18, -3, -2, -9, 0, -6, -11, -9, -3, 23, 0, -1, 3, 0, -6, -23, -3, -20, -2, -30}, 2334 /* Q */ {0, -3, 4, -22, 6, 10, -19, -6, 11, -9, 0, 2, -7, -4, 2, 0, 18, 4, -3, -4, -8, -20, -3, -17, 14, -30}, 2335 /* R */ {0, -7, -4, -15, -7, -6, -18, -12, 5, -8, 0, 12, -13, -2, -1, -1, 4, 24, -2, -5, -11, 7, -4, -17, -1, -30}, 2336 /* S */ {0, 5, 2, -1, 0, -1, -13, 4, -4, -6, 0, -1, -12, -7, 3, 3, -3, -2, 8, 6, -5, -9, -1, -11, -2, -30}, 2337 /* T */ {0, 5, 0, -10, -2, -3, -13, -1, -6, 0, 0, -1, -8, -3, 2, 0, -4, -5, 6, 12, 1, -21, -1, -11, -3, -30}, 2338 /* V */ {0, 1, -9, -8, -10, -8, -6, -6, -10, 14, 0, -11, 6, 6, -8, -6, -8, -11, -5, 1, 18, -26, -3, -11, -8, -30}, 2339 /* W */ {0, -23, -21, -30, -27, -28, -1, -28, -11, -21, 0, -15, -8, -18, -16, -23, -20, 7, -9, -21, -26, 59, -17, -2, -24, -30}, 2340 /* X */ {0, -1, -3, -13, -4, -3, -10, -4, -3, -3, 0, -4, -6, -3, -2, -3, -3, -4, -1, -1, -3, -17, -4, -10, -3, -30}, 2341 /* Y */ {0, -14, -12, 0, -17, -17, 23, -22, -1, -5, 0, -18, -5, -12, -8, -20, -17, -17, -11, -11, -11, -2, -10, 37, -17, -30}, 2342 /* Z */ {0, -1, 8, -22, 11, 14, -21, -3, 7, -9, 0, 0, -11, -7, 4, -2, 14, -1, -2, -3, -8, -24, -3, -17, 14, -30}, 2343 /* * */ {0, -30, -30, -30, -30, -30, -30, -30, -30, -30, 0, -30, -30, -30, -30, -30, -30, -30, -30, -30, -30, -30, -30, -30, -30, 1}, 2344 } 2345 2346 // # 2347 // # This matrix was produced by "pam" Version 1.0.6 [28-Jul-93] 2348 // # 2349 // # PAM 210 substitution matrix, scale = ln(2)/3 = 0.231049 2350 // # 2351 // # Expected score = -1.12, Entropy = 0.470 bits 2352 // # 2353 // # Lowest score = -9, Highest score = 18 2354 // # 2355 // A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V B Z X * 2356 // A 2 -2 0 0 -2 -1 0 1 -2 -1 -2 -2 -1 -4 1 1 1 -7 -4 0 0 0 0 -9 2357 // R -2 7 0 -2 -4 1 -2 -3 2 -2 -4 4 -1 -5 0 0 -1 2 -5 -3 -1 0 -1 -9 2358 // N 0 0 3 2 -4 1 2 0 2 -2 -3 1 -2 -4 -1 1 0 -5 -2 -2 3 1 0 -9 2359 // D 0 -2 2 5 -6 2 4 0 1 -3 -5 0 -3 -7 -1 0 0 -8 -5 -3 4 3 -1 -9 2360 // C -2 -4 -4 -6 12 -6 -6 -4 -4 -3 -7 -6 -6 -5 -3 0 -3 -9 0 -2 -5 -6 -4 -9 2361 // Q -1 1 1 2 -6 5 3 -2 3 -3 -2 1 -1 -6 0 -1 -1 -6 -5 -2 1 4 -1 -9 2362 // E 0 -2 2 4 -6 3 5 0 0 -2 -4 0 -3 -6 -1 0 -1 -8 -5 -2 3 4 -1 -9 2363 // G 1 -3 0 0 -4 -2 0 5 -3 -3 -5 -2 -3 -5 -1 1 0 -8 -6 -2 0 -1 -1 -9 2364 // H -2 2 2 1 -4 3 0 -3 8 -3 -2 0 -3 -2 0 -1 -2 -3 0 -3 1 2 -1 -9 2365 // I -1 -2 -2 -3 -3 -3 -2 -3 -3 5 2 -2 2 1 -3 -2 0 -6 -1 4 -3 -3 -1 -9 2366 // L -2 -4 -3 -5 -7 -2 -4 -5 -2 2 7 -3 4 2 -3 -3 -2 -2 -1 2 -4 -3 -2 -9 2367 // K -2 4 1 0 -6 1 0 -2 0 -2 -3 5 1 -6 -2 0 0 -4 -5 -3 0 0 -1 -9 2368 // M -1 -1 -2 -3 -6 -1 -3 -3 -3 2 4 1 8 0 -3 -2 -1 -5 -3 2 -3 -2 -1 -9 2369 // F -4 -5 -4 -7 -5 -6 -6 -5 -2 1 2 -6 0 10 -5 -4 -4 0 7 -2 -5 -6 -3 -9 2370 // P 1 0 -1 -1 -3 0 -1 -1 0 -3 -3 -2 -3 -5 7 1 0 -7 -6 -2 -1 0 -1 -9 2371 // S 1 0 1 0 0 -1 0 1 -1 -2 -3 0 -2 -4 1 2 2 -3 -3 -1 1 0 0 -9 2372 // T 1 -1 0 0 -3 -1 -1 0 -2 0 -2 0 -1 -4 0 2 3 -6 -3 0 0 -1 0 -9 2373 // W -7 2 -5 -8 -9 -6 -8 -8 -3 -6 -2 -4 -5 0 -7 -3 -6 18 -1 -7 -6 -7 -5 -9 2374 // Y -4 -5 -2 -5 0 -5 -5 -6 0 -1 -1 -5 -3 7 -6 -3 -3 -1 11 -3 -4 -5 -3 -9 2375 // V 0 -3 -2 -3 -2 -2 -2 -2 -3 4 2 -3 2 -2 -2 -1 0 -7 -3 5 -2 -2 -1 -9 2376 // B 0 -1 3 4 -5 1 3 0 1 -3 -4 0 -3 -5 -1 1 0 -6 -4 -2 3 2 -1 -9 2377 // Z 0 0 1 3 -6 4 4 -1 2 -3 -3 0 -2 -6 0 0 -1 -7 -5 -2 2 4 -1 -9 2378 // X 0 -1 0 -1 -4 -1 -1 -1 -1 -1 -2 -1 -1 -3 -1 0 0 -5 -3 -1 -1 -1 -1 -9 2379 // * -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 1 2380 // 2381 PAM210 = [][]int{ 2382 /* - A B C D E F G H I J K L M N P Q R S T V W X Y Z * */ 2383 /* - */ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, 2384 /* A */ {0, 2, 0, -2, 0, 0, -4, 1, -2, -1, 0, -2, -2, -1, 0, 1, -1, -2, 1, 1, 0, -7, 0, -4, 0, -9}, 2385 /* B */ {0, 0, 3, -5, 4, 3, -5, 0, 1, -3, 0, 0, -4, -3, 3, -1, 1, -1, 1, 0, -2, -6, -1, -4, 2, -9}, 2386 /* C */ {0, -2, -5, 12, -6, -6, -5, -4, -4, -3, 0, -6, -7, -6, -4, -3, -6, -4, 0, -3, -2, -9, -4, 0, -6, -9}, 2387 /* D */ {0, 0, 4, -6, 5, 4, -7, 0, 1, -3, 0, 0, -5, -3, 2, -1, 2, -2, 0, 0, -3, -8, -1, -5, 3, -9}, 2388 /* E */ {0, 0, 3, -6, 4, 5, -6, 0, 0, -2, 0, 0, -4, -3, 2, -1, 3, -2, 0, -1, -2, -8, -1, -5, 4, -9}, 2389 /* F */ {0, -4, -5, -5, -7, -6, 10, -5, -2, 1, 0, -6, 2, 0, -4, -5, -6, -5, -4, -4, -2, 0, -3, 7, -6, -9}, 2390 /* G */ {0, 1, 0, -4, 0, 0, -5, 5, -3, -3, 0, -2, -5, -3, 0, -1, -2, -3, 1, 0, -2, -8, -1, -6, -1, -9}, 2391 /* H */ {0, -2, 1, -4, 1, 0, -2, -3, 8, -3, 0, 0, -2, -3, 2, 0, 3, 2, -1, -2, -3, -3, -1, 0, 2, -9}, 2392 /* I */ {0, -1, -3, -3, -3, -2, 1, -3, -3, 5, 0, -2, 2, 2, -2, -3, -3, -2, -2, 0, 4, -6, -1, -1, -3, -9}, 2393 /* J */ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, 2394 /* K */ {0, -2, 0, -6, 0, 0, -6, -2, 0, -2, 0, 5, -3, 1, 1, -2, 1, 4, 0, 0, -3, -4, -1, -5, 0, -9}, 2395 /* L */ {0, -2, -4, -7, -5, -4, 2, -5, -2, 2, 0, -3, 7, 4, -3, -3, -2, -4, -3, -2, 2, -2, -2, -1, -3, -9}, 2396 /* M */ {0, -1, -3, -6, -3, -3, 0, -3, -3, 2, 0, 1, 4, 8, -2, -3, -1, -1, -2, -1, 2, -5, -1, -3, -2, -9}, 2397 /* N */ {0, 0, 3, -4, 2, 2, -4, 0, 2, -2, 0, 1, -3, -2, 3, -1, 1, 0, 1, 0, -2, -5, 0, -2, 1, -9}, 2398 /* P */ {0, 1, -1, -3, -1, -1, -5, -1, 0, -3, 0, -2, -3, -3, -1, 7, 0, 0, 1, 0, -2, -7, -1, -6, 0, -9}, 2399 /* Q */ {0, -1, 1, -6, 2, 3, -6, -2, 3, -3, 0, 1, -2, -1, 1, 0, 5, 1, -1, -1, -2, -6, -1, -5, 4, -9}, 2400 /* R */ {0, -2, -1, -4, -2, -2, -5, -3, 2, -2, 0, 4, -4, -1, 0, 0, 1, 7, 0, -1, -3, 2, -1, -5, 0, -9}, 2401 /* S */ {0, 1, 1, 0, 0, 0, -4, 1, -1, -2, 0, 0, -3, -2, 1, 1, -1, 0, 2, 2, -1, -3, 0, -3, 0, -9}, 2402 /* T */ {0, 1, 0, -3, 0, -1, -4, 0, -2, 0, 0, 0, -2, -1, 0, 0, -1, -1, 2, 3, 0, -6, 0, -3, -1, -9}, 2403 /* V */ {0, 0, -2, -2, -3, -2, -2, -2, -3, 4, 0, -3, 2, 2, -2, -2, -2, -3, -1, 0, 5, -7, -1, -3, -2, -9}, 2404 /* W */ {0, -7, -6, -9, -8, -8, 0, -8, -3, -6, 0, -4, -2, -5, -5, -7, -6, 2, -3, -6, -7, 18, -5, -1, -7, -9}, 2405 /* X */ {0, 0, -1, -4, -1, -1, -3, -1, -1, -1, 0, -1, -2, -1, 0, -1, -1, -1, 0, 0, -1, -5, -1, -3, -1, -9}, 2406 /* Y */ {0, -4, -4, 0, -5, -5, 7, -6, 0, -1, 0, -5, -1, -3, -2, -6, -5, -5, -3, -3, -3, -1, -3, 11, -5, -9}, 2407 /* Z */ {0, 0, 2, -6, 3, 4, -6, -1, 2, -3, 0, 0, -3, -2, 1, 0, 4, 0, 0, -1, -2, -7, -1, -5, 4, -9}, 2408 /* * */ {0, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, 0, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, 1}, 2409 } 2410 2411 // # 2412 // # This matrix was produced by "pam" Version 1.0.6 [28-Jul-93] 2413 // # 2414 // # PAM 220 substitution matrix, scale = ln(2)/3 = 0.231049 2415 // # 2416 // # Expected score = -1.06, Entropy = 0.437 bits 2417 // # 2418 // # Lowest score = -8, Highest score = 17 2419 // # 2420 // A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V B Z X * 2421 // A 2 -2 0 0 -2 -1 0 1 -2 -1 -2 -1 -1 -4 1 1 1 -6 -4 0 0 0 0 -8 2422 // R -2 7 0 -2 -4 1 -1 -3 2 -2 -3 4 -1 -5 0 0 -1 2 -5 -3 -1 0 -1 -8 2423 // N 0 0 3 2 -4 1 2 0 2 -2 -3 1 -2 -4 -1 1 0 -4 -2 -2 2 1 0 -8 2424 // D 0 -2 2 4 -6 2 4 0 1 -3 -5 0 -3 -6 -1 0 0 -8 -5 -3 4 3 -1 -8 2425 // C -2 -4 -4 -6 12 -6 -6 -4 -4 -3 -7 -6 -6 -5 -3 0 -3 -8 0 -2 -5 -6 -3 -8 2426 // Q -1 1 1 2 -6 5 3 -2 3 -2 -2 1 -1 -5 0 -1 -1 -5 -5 -2 1 4 -1 -8 2427 // E 0 -1 2 4 -6 3 4 0 1 -2 -4 0 -2 -6 -1 0 -1 -8 -5 -2 3 4 -1 -8 2428 // G 1 -3 0 0 -4 -2 0 5 -3 -3 -5 -2 -3 -5 -1 1 0 -8 -6 -2 0 -1 -1 -8 2429 // H -2 2 2 1 -4 3 1 -3 7 -3 -2 0 -3 -2 0 -1 -2 -3 0 -3 1 2 -1 -8 2430 // I -1 -2 -2 -3 -3 -2 -2 -3 -3 5 2 -2 2 1 -2 -2 0 -6 -1 4 -2 -2 -1 -8 2431 // L -2 -3 -3 -5 -7 -2 -4 -5 -2 2 6 -3 4 2 -3 -3 -2 -2 -1 2 -4 -3 -2 -8 2432 // K -1 4 1 0 -6 1 0 -2 0 -2 -3 5 1 -6 -1 0 0 -4 -5 -3 0 0 -1 -8 2433 // M -1 -1 -2 -3 -6 -1 -2 -3 -3 2 4 1 8 0 -2 -2 -1 -5 -3 2 -3 -2 -1 -8 2434 // F -4 -5 -4 -6 -5 -5 -6 -5 -2 1 2 -6 0 10 -5 -4 -4 0 7 -2 -5 -6 -3 -8 2435 // P 1 0 -1 -1 -3 0 -1 -1 0 -2 -3 -1 -2 -5 7 1 0 -6 -6 -1 -1 0 -1 -8 2436 // S 1 0 1 0 0 -1 0 1 -1 -2 -3 0 -2 -4 1 2 2 -3 -3 -1 0 0 0 -8 2437 // T 1 -1 0 0 -3 -1 -1 0 -2 0 -2 0 -1 -4 0 2 3 -6 -3 0 0 -1 0 -8 2438 // W -6 2 -4 -8 -8 -5 -8 -8 -3 -6 -2 -4 -5 0 -6 -3 -6 17 0 -7 -6 -7 -5 -8 2439 // Y -4 -5 -2 -5 0 -5 -5 -6 0 -1 -1 -5 -3 7 -6 -3 -3 0 11 -3 -3 -5 -3 -8 2440 // V 0 -3 -2 -3 -2 -2 -2 -2 -3 4 2 -3 2 -2 -1 -1 0 -7 -3 5 -2 -2 -1 -8 2441 // B 0 -1 2 4 -5 1 3 0 1 -2 -4 0 -3 -5 -1 0 0 -6 -3 -2 3 2 -1 -8 2442 // Z 0 0 1 3 -6 4 4 -1 2 -2 -3 0 -2 -6 0 0 -1 -7 -5 -2 2 4 -1 -8 2443 // X 0 -1 0 -1 -3 -1 -1 -1 -1 -1 -2 -1 -1 -3 -1 0 0 -5 -3 -1 -1 -1 -1 -8 2444 // * -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 1 2445 // 2446 PAM220 = [][]int{ 2447 /* - A B C D E F G H I J K L M N P Q R S T V W X Y Z * */ 2448 /* - */ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, 2449 /* A */ {0, 2, 0, -2, 0, 0, -4, 1, -2, -1, 0, -1, -2, -1, 0, 1, -1, -2, 1, 1, 0, -6, 0, -4, 0, -8}, 2450 /* B */ {0, 0, 3, -5, 4, 3, -5, 0, 1, -2, 0, 0, -4, -3, 2, -1, 1, -1, 0, 0, -2, -6, -1, -3, 2, -8}, 2451 /* C */ {0, -2, -5, 12, -6, -6, -5, -4, -4, -3, 0, -6, -7, -6, -4, -3, -6, -4, 0, -3, -2, -8, -3, 0, -6, -8}, 2452 /* D */ {0, 0, 4, -6, 4, 4, -6, 0, 1, -3, 0, 0, -5, -3, 2, -1, 2, -2, 0, 0, -3, -8, -1, -5, 3, -8}, 2453 /* E */ {0, 0, 3, -6, 4, 4, -6, 0, 1, -2, 0, 0, -4, -2, 2, -1, 3, -1, 0, -1, -2, -8, -1, -5, 4, -8}, 2454 /* F */ {0, -4, -5, -5, -6, -6, 10, -5, -2, 1, 0, -6, 2, 0, -4, -5, -5, -5, -4, -4, -2, 0, -3, 7, -6, -8}, 2455 /* G */ {0, 1, 0, -4, 0, 0, -5, 5, -3, -3, 0, -2, -5, -3, 0, -1, -2, -3, 1, 0, -2, -8, -1, -6, -1, -8}, 2456 /* H */ {0, -2, 1, -4, 1, 1, -2, -3, 7, -3, 0, 0, -2, -3, 2, 0, 3, 2, -1, -2, -3, -3, -1, 0, 2, -8}, 2457 /* I */ {0, -1, -2, -3, -3, -2, 1, -3, -3, 5, 0, -2, 2, 2, -2, -2, -2, -2, -2, 0, 4, -6, -1, -1, -2, -8}, 2458 /* J */ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, 2459 /* K */ {0, -1, 0, -6, 0, 0, -6, -2, 0, -2, 0, 5, -3, 1, 1, -1, 1, 4, 0, 0, -3, -4, -1, -5, 0, -8}, 2460 /* L */ {0, -2, -4, -7, -5, -4, 2, -5, -2, 2, 0, -3, 6, 4, -3, -3, -2, -3, -3, -2, 2, -2, -2, -1, -3, -8}, 2461 /* M */ {0, -1, -3, -6, -3, -2, 0, -3, -3, 2, 0, 1, 4, 8, -2, -2, -1, -1, -2, -1, 2, -5, -1, -3, -2, -8}, 2462 /* N */ {0, 0, 2, -4, 2, 2, -4, 0, 2, -2, 0, 1, -3, -2, 3, -1, 1, 0, 1, 0, -2, -4, 0, -2, 1, -8}, 2463 /* P */ {0, 1, -1, -3, -1, -1, -5, -1, 0, -2, 0, -1, -3, -2, -1, 7, 0, 0, 1, 0, -1, -6, -1, -6, 0, -8}, 2464 /* Q */ {0, -1, 1, -6, 2, 3, -5, -2, 3, -2, 0, 1, -2, -1, 1, 0, 5, 1, -1, -1, -2, -5, -1, -5, 4, -8}, 2465 /* R */ {0, -2, -1, -4, -2, -1, -5, -3, 2, -2, 0, 4, -3, -1, 0, 0, 1, 7, 0, -1, -3, 2, -1, -5, 0, -8}, 2466 /* S */ {0, 1, 0, 0, 0, 0, -4, 1, -1, -2, 0, 0, -3, -2, 1, 1, -1, 0, 2, 2, -1, -3, 0, -3, 0, -8}, 2467 /* T */ {0, 1, 0, -3, 0, -1, -4, 0, -2, 0, 0, 0, -2, -1, 0, 0, -1, -1, 2, 3, 0, -6, 0, -3, -1, -8}, 2468 /* V */ {0, 0, -2, -2, -3, -2, -2, -2, -3, 4, 0, -3, 2, 2, -2, -1, -2, -3, -1, 0, 5, -7, -1, -3, -2, -8}, 2469 /* W */ {0, -6, -6, -8, -8, -8, 0, -8, -3, -6, 0, -4, -2, -5, -4, -6, -5, 2, -3, -6, -7, 17, -5, 0, -7, -8}, 2470 /* X */ {0, 0, -1, -3, -1, -1, -3, -1, -1, -1, 0, -1, -2, -1, 0, -1, -1, -1, 0, 0, -1, -5, -1, -3, -1, -8}, 2471 /* Y */ {0, -4, -3, 0, -5, -5, 7, -6, 0, -1, 0, -5, -1, -3, -2, -6, -5, -5, -3, -3, -3, 0, -3, 11, -5, -8}, 2472 /* Z */ {0, 0, 2, -6, 3, 4, -6, -1, 2, -2, 0, 0, -3, -2, 1, 0, 4, 0, 0, -1, -2, -7, -1, -5, 4, -8}, 2473 /* * */ {0, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, 0, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, 1}, 2474 } 2475 2476 // # 2477 // # This matrix was produced by "pam" Version 1.0.6 [28-Jul-93] 2478 // # 2479 // # PAM 230 substitution matrix, scale = ln(2)/3 = 0.231049 2480 // # 2481 // # Expected score = -0.991, Entropy = 0.407 bits 2482 // # 2483 // # Lowest score = -8, Highest score = 17 2484 // # 2485 // A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V B Z X * 2486 // A 2 -2 0 0 -2 -1 0 1 -2 -1 -2 -1 -1 -4 1 1 1 -6 -4 0 0 0 0 -8 2487 // R -2 7 0 -2 -4 1 -1 -3 2 -2 -3 4 -1 -5 0 0 -1 2 -5 -3 -1 0 -1 -8 2488 // N 0 0 2 2 -4 1 1 0 2 -2 -3 1 -2 -4 -1 1 0 -4 -2 -2 2 1 0 -8 2489 // D 0 -2 2 4 -6 2 4 1 1 -3 -4 0 -3 -6 -1 0 0 -7 -5 -2 3 3 -1 -8 2490 // C -2 -4 -4 -6 12 -6 -6 -4 -4 -2 -7 -6 -6 -5 -3 0 -2 -8 0 -2 -5 -6 -3 -8 2491 // Q -1 1 1 2 -6 5 3 -1 3 -2 -2 1 -1 -5 0 -1 -1 -5 -4 -2 1 4 -1 -8 2492 // E 0 -1 1 4 -6 3 4 0 1 -2 -4 0 -2 -6 -1 0 -1 -8 -5 -2 3 4 -1 -8 2493 // G 1 -3 0 1 -4 -1 0 5 -2 -3 -4 -2 -3 -5 -1 1 0 -7 -6 -2 0 -1 -1 -8 2494 // H -2 2 2 1 -4 3 1 -2 7 -3 -2 0 -2 -2 0 -1 -2 -3 0 -2 1 2 -1 -8 2495 // I -1 -2 -2 -3 -2 -2 -2 -3 -3 5 2 -2 2 1 -2 -2 0 -6 -1 4 -2 -2 -1 -8 2496 // L -2 -3 -3 -4 -7 -2 -4 -4 -2 2 6 -3 4 2 -3 -3 -2 -2 -1 2 -4 -3 -2 -8 2497 // K -1 4 1 0 -6 1 0 -2 0 -2 -3 5 0 -6 -1 0 0 -4 -5 -3 1 0 -1 -8 2498 // M -1 -1 -2 -3 -6 -1 -2 -3 -2 2 4 0 7 0 -2 -2 -1 -5 -3 2 -2 -2 -1 -8 2499 // F -4 -5 -4 -6 -5 -5 -6 -5 -2 1 2 -6 0 9 -5 -3 -3 0 7 -1 -5 -6 -3 -8 2500 // P 1 0 -1 -1 -3 0 -1 -1 0 -2 -3 -1 -2 -5 6 1 0 -6 -5 -1 -1 0 -1 -8 2501 // S 1 0 1 0 0 -1 0 1 -1 -2 -3 0 -2 -3 1 2 2 -3 -3 -1 0 0 0 -8 2502 // T 1 -1 0 0 -2 -1 -1 0 -2 0 -2 0 -1 -3 0 2 3 -6 -3 0 0 -1 0 -8 2503 // W -6 2 -4 -7 -8 -5 -8 -7 -3 -6 -2 -4 -5 0 -6 -3 -6 17 0 -7 -6 -6 -4 -8 2504 // Y -4 -5 -2 -5 0 -4 -5 -6 0 -1 -1 -5 -3 7 -5 -3 -3 0 10 -3 -3 -5 -3 -8 2505 // V 0 -3 -2 -2 -2 -2 -2 -2 -2 4 2 -3 2 -1 -1 -1 0 -7 -3 5 -2 -2 -1 -8 2506 // B 0 -1 2 3 -5 1 3 0 1 -2 -4 1 -2 -5 -1 0 0 -6 -3 -2 3 2 -1 -8 2507 // Z 0 0 1 3 -6 4 4 -1 2 -2 -3 0 -2 -6 0 0 -1 -6 -5 -2 2 4 -1 -8 2508 // X 0 -1 0 -1 -3 -1 -1 -1 -1 -1 -2 -1 -1 -3 -1 0 0 -4 -3 -1 -1 -1 -1 -8 2509 // * -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 1 2510 // 2511 PAM230 = [][]int{ 2512 /* - A B C D E F G H I J K L M N P Q R S T V W X Y Z * */ 2513 /* - */ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, 2514 /* A */ {0, 2, 0, -2, 0, 0, -4, 1, -2, -1, 0, -1, -2, -1, 0, 1, -1, -2, 1, 1, 0, -6, 0, -4, 0, -8}, 2515 /* B */ {0, 0, 3, -5, 3, 3, -5, 0, 1, -2, 0, 1, -4, -2, 2, -1, 1, -1, 0, 0, -2, -6, -1, -3, 2, -8}, 2516 /* C */ {0, -2, -5, 12, -6, -6, -5, -4, -4, -2, 0, -6, -7, -6, -4, -3, -6, -4, 0, -2, -2, -8, -3, 0, -6, -8}, 2517 /* D */ {0, 0, 3, -6, 4, 4, -6, 1, 1, -3, 0, 0, -4, -3, 2, -1, 2, -2, 0, 0, -2, -7, -1, -5, 3, -8}, 2518 /* E */ {0, 0, 3, -6, 4, 4, -6, 0, 1, -2, 0, 0, -4, -2, 1, -1, 3, -1, 0, -1, -2, -8, -1, -5, 4, -8}, 2519 /* F */ {0, -4, -5, -5, -6, -6, 9, -5, -2, 1, 0, -6, 2, 0, -4, -5, -5, -5, -3, -3, -1, 0, -3, 7, -6, -8}, 2520 /* G */ {0, 1, 0, -4, 1, 0, -5, 5, -2, -3, 0, -2, -4, -3, 0, -1, -1, -3, 1, 0, -2, -7, -1, -6, -1, -8}, 2521 /* H */ {0, -2, 1, -4, 1, 1, -2, -2, 7, -3, 0, 0, -2, -2, 2, 0, 3, 2, -1, -2, -2, -3, -1, 0, 2, -8}, 2522 /* I */ {0, -1, -2, -2, -3, -2, 1, -3, -3, 5, 0, -2, 2, 2, -2, -2, -2, -2, -2, 0, 4, -6, -1, -1, -2, -8}, 2523 /* J */ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, 2524 /* K */ {0, -1, 1, -6, 0, 0, -6, -2, 0, -2, 0, 5, -3, 0, 1, -1, 1, 4, 0, 0, -3, -4, -1, -5, 0, -8}, 2525 /* L */ {0, -2, -4, -7, -4, -4, 2, -4, -2, 2, 0, -3, 6, 4, -3, -3, -2, -3, -3, -2, 2, -2, -2, -1, -3, -8}, 2526 /* M */ {0, -1, -2, -6, -3, -2, 0, -3, -2, 2, 0, 0, 4, 7, -2, -2, -1, -1, -2, -1, 2, -5, -1, -3, -2, -8}, 2527 /* N */ {0, 0, 2, -4, 2, 1, -4, 0, 2, -2, 0, 1, -3, -2, 2, -1, 1, 0, 1, 0, -2, -4, 0, -2, 1, -8}, 2528 /* P */ {0, 1, -1, -3, -1, -1, -5, -1, 0, -2, 0, -1, -3, -2, -1, 6, 0, 0, 1, 0, -1, -6, -1, -5, 0, -8}, 2529 /* Q */ {0, -1, 1, -6, 2, 3, -5, -1, 3, -2, 0, 1, -2, -1, 1, 0, 5, 1, -1, -1, -2, -5, -1, -4, 4, -8}, 2530 /* R */ {0, -2, -1, -4, -2, -1, -5, -3, 2, -2, 0, 4, -3, -1, 0, 0, 1, 7, 0, -1, -3, 2, -1, -5, 0, -8}, 2531 /* S */ {0, 1, 0, 0, 0, 0, -3, 1, -1, -2, 0, 0, -3, -2, 1, 1, -1, 0, 2, 2, -1, -3, 0, -3, 0, -8}, 2532 /* T */ {0, 1, 0, -2, 0, -1, -3, 0, -2, 0, 0, 0, -2, -1, 0, 0, -1, -1, 2, 3, 0, -6, 0, -3, -1, -8}, 2533 /* V */ {0, 0, -2, -2, -2, -2, -1, -2, -2, 4, 0, -3, 2, 2, -2, -1, -2, -3, -1, 0, 5, -7, -1, -3, -2, -8}, 2534 /* W */ {0, -6, -6, -8, -7, -8, 0, -7, -3, -6, 0, -4, -2, -5, -4, -6, -5, 2, -3, -6, -7, 17, -4, 0, -6, -8}, 2535 /* X */ {0, 0, -1, -3, -1, -1, -3, -1, -1, -1, 0, -1, -2, -1, 0, -1, -1, -1, 0, 0, -1, -4, -1, -3, -1, -8}, 2536 /* Y */ {0, -4, -3, 0, -5, -5, 7, -6, 0, -1, 0, -5, -1, -3, -2, -5, -4, -5, -3, -3, -3, 0, -3, 10, -5, -8}, 2537 /* Z */ {0, 0, 2, -6, 3, 4, -6, -1, 2, -2, 0, 0, -3, -2, 1, 0, 4, 0, 0, -1, -2, -6, -1, -5, 4, -8}, 2538 /* * */ {0, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, 0, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, 1}, 2539 } 2540 2541 // # 2542 // # This matrix was produced by "pam" Version 1.0.6 [28-Jul-93] 2543 // # 2544 // # PAM 240 substitution matrix, scale = ln(2)/3 = 0.231049 2545 // # 2546 // # Expected score = -0.923, Entropy = 0.379 bits 2547 // # 2548 // # Lowest score = -8, Highest score = 17 2549 // # 2550 // A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V B Z X * 2551 // A 2 -2 0 0 -2 0 0 1 -1 -1 -2 -1 -1 -4 1 1 1 -6 -4 0 0 0 0 -8 2552 // R -2 6 0 -1 -4 1 -1 -3 2 -2 -3 3 0 -5 0 0 -1 2 -4 -3 -1 0 -1 -8 2553 // N 0 0 2 2 -4 1 1 0 2 -2 -3 1 -2 -4 -1 1 0 -4 -2 -2 2 1 0 -8 2554 // D 0 -1 2 4 -5 2 4 1 1 -2 -4 0 -3 -6 -1 0 0 -7 -4 -2 3 3 -1 -8 2555 // C -2 -4 -4 -5 12 -6 -6 -4 -4 -2 -6 -6 -5 -5 -3 0 -2 -8 0 -2 -5 -6 -3 -8 2556 // Q 0 1 1 2 -6 4 3 -1 3 -2 -2 1 -1 -5 0 -1 -1 -5 -4 -2 1 3 -1 -8 2557 // E 0 -1 1 4 -6 3 4 0 1 -2 -3 0 -2 -6 -1 0 0 -7 -4 -2 3 3 -1 -8 2558 // G 1 -3 0 1 -4 -1 0 5 -2 -3 -4 -2 -3 -5 -1 1 0 -7 -5 -1 0 0 -1 -8 2559 // H -1 2 2 1 -4 3 1 -2 7 -3 -2 0 -2 -2 0 -1 -1 -3 0 -2 1 2 -1 -8 2560 // I -1 -2 -2 -2 -2 -2 -2 -3 -3 5 2 -2 2 1 -2 -1 0 -5 -1 4 -2 -2 -1 -8 2561 // L -2 -3 -3 -4 -6 -2 -3 -4 -2 2 6 -3 4 2 -3 -3 -2 -2 -1 2 -4 -3 -1 -8 2562 // K -1 3 1 0 -6 1 0 -2 0 -2 -3 5 0 -5 -1 0 0 -4 -5 -3 1 0 -1 -8 2563 // M -1 0 -2 -3 -5 -1 -2 -3 -2 2 4 0 7 0 -2 -2 -1 -4 -3 2 -2 -2 -1 -8 2564 // F -4 -5 -4 -6 -5 -5 -6 -5 -2 1 2 -5 0 9 -5 -3 -3 0 7 -1 -5 -5 -2 -8 2565 // P 1 0 -1 -1 -3 0 -1 -1 0 -2 -3 -1 -2 -5 6 1 0 -6 -5 -1 -1 0 -1 -8 2566 // S 1 0 1 0 0 -1 0 1 -1 -1 -3 0 -2 -3 1 2 1 -3 -3 -1 0 0 0 -8 2567 // T 1 -1 0 0 -2 -1 0 0 -1 0 -2 0 -1 -3 0 1 3 -5 -3 0 0 -1 0 -8 2568 // W -6 2 -4 -7 -8 -5 -7 -7 -3 -5 -2 -4 -4 0 -6 -3 -5 17 0 -6 -5 -6 -4 -8 2569 // Y -4 -4 -2 -4 0 -4 -4 -5 0 -1 -1 -5 -3 7 -5 -3 -3 0 10 -3 -3 -4 -2 -8 2570 // V 0 -3 -2 -2 -2 -2 -2 -1 -2 4 2 -3 2 -1 -1 -1 0 -6 -3 4 -2 -2 -1 -8 2571 // B 0 -1 2 3 -5 1 3 0 1 -2 -4 1 -2 -5 -1 0 0 -5 -3 -2 3 2 -1 -8 2572 // Z 0 0 1 3 -6 3 3 0 2 -2 -3 0 -2 -5 0 0 -1 -6 -4 -2 2 3 -1 -8 2573 // X 0 -1 0 -1 -3 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -2 -1 0 0 -4 -2 -1 -1 -1 -1 -8 2574 // * -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 1 2575 // 2576 PAM240 = [][]int{ 2577 /* - A B C D E F G H I J K L M N P Q R S T V W X Y Z * */ 2578 /* - */ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, 2579 /* A */ {0, 2, 0, -2, 0, 0, -4, 1, -1, -1, 0, -1, -2, -1, 0, 1, 0, -2, 1, 1, 0, -6, 0, -4, 0, -8}, 2580 /* B */ {0, 0, 3, -5, 3, 3, -5, 0, 1, -2, 0, 1, -4, -2, 2, -1, 1, -1, 0, 0, -2, -5, -1, -3, 2, -8}, 2581 /* C */ {0, -2, -5, 12, -5, -6, -5, -4, -4, -2, 0, -6, -6, -5, -4, -3, -6, -4, 0, -2, -2, -8, -3, 0, -6, -8}, 2582 /* D */ {0, 0, 3, -5, 4, 4, -6, 1, 1, -2, 0, 0, -4, -3, 2, -1, 2, -1, 0, 0, -2, -7, -1, -4, 3, -8}, 2583 /* E */ {0, 0, 3, -6, 4, 4, -6, 0, 1, -2, 0, 0, -3, -2, 1, -1, 3, -1, 0, 0, -2, -7, -1, -4, 3, -8}, 2584 /* F */ {0, -4, -5, -5, -6, -6, 9, -5, -2, 1, 0, -5, 2, 0, -4, -5, -5, -5, -3, -3, -1, 0, -2, 7, -5, -8}, 2585 /* G */ {0, 1, 0, -4, 1, 0, -5, 5, -2, -3, 0, -2, -4, -3, 0, -1, -1, -3, 1, 0, -1, -7, -1, -5, 0, -8}, 2586 /* H */ {0, -1, 1, -4, 1, 1, -2, -2, 7, -3, 0, 0, -2, -2, 2, 0, 3, 2, -1, -1, -2, -3, -1, 0, 2, -8}, 2587 /* I */ {0, -1, -2, -2, -2, -2, 1, -3, -3, 5, 0, -2, 2, 2, -2, -2, -2, -2, -1, 0, 4, -5, -1, -1, -2, -8}, 2588 /* J */ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, 2589 /* K */ {0, -1, 1, -6, 0, 0, -5, -2, 0, -2, 0, 5, -3, 0, 1, -1, 1, 3, 0, 0, -3, -4, -1, -5, 0, -8}, 2590 /* L */ {0, -2, -4, -6, -4, -3, 2, -4, -2, 2, 0, -3, 6, 4, -3, -3, -2, -3, -3, -2, 2, -2, -1, -1, -3, -8}, 2591 /* M */ {0, -1, -2, -5, -3, -2, 0, -3, -2, 2, 0, 0, 4, 7, -2, -2, -1, 0, -2, -1, 2, -4, -1, -3, -2, -8}, 2592 /* N */ {0, 0, 2, -4, 2, 1, -4, 0, 2, -2, 0, 1, -3, -2, 2, -1, 1, 0, 1, 0, -2, -4, 0, -2, 1, -8}, 2593 /* P */ {0, 1, -1, -3, -1, -1, -5, -1, 0, -2, 0, -1, -3, -2, -1, 6, 0, 0, 1, 0, -1, -6, -1, -5, 0, -8}, 2594 /* Q */ {0, 0, 1, -6, 2, 3, -5, -1, 3, -2, 0, 1, -2, -1, 1, 0, 4, 1, -1, -1, -2, -5, -1, -4, 3, -8}, 2595 /* R */ {0, -2, -1, -4, -1, -1, -5, -3, 2, -2, 0, 3, -3, 0, 0, 0, 1, 6, 0, -1, -3, 2, -1, -4, 0, -8}, 2596 /* S */ {0, 1, 0, 0, 0, 0, -3, 1, -1, -1, 0, 0, -3, -2, 1, 1, -1, 0, 2, 1, -1, -3, 0, -3, 0, -8}, 2597 /* T */ {0, 1, 0, -2, 0, 0, -3, 0, -1, 0, 0, 0, -2, -1, 0, 0, -1, -1, 1, 3, 0, -5, 0, -3, -1, -8}, 2598 /* V */ {0, 0, -2, -2, -2, -2, -1, -1, -2, 4, 0, -3, 2, 2, -2, -1, -2, -3, -1, 0, 4, -6, -1, -3, -2, -8}, 2599 /* W */ {0, -6, -5, -8, -7, -7, 0, -7, -3, -5, 0, -4, -2, -4, -4, -6, -5, 2, -3, -5, -6, 17, -4, 0, -6, -8}, 2600 /* X */ {0, 0, -1, -3, -1, -1, -2, -1, -1, -1, 0, -1, -1, -1, 0, -1, -1, -1, 0, 0, -1, -4, -1, -2, -1, -8}, 2601 /* Y */ {0, -4, -3, 0, -4, -4, 7, -5, 0, -1, 0, -5, -1, -3, -2, -5, -4, -4, -3, -3, -3, 0, -2, 10, -4, -8}, 2602 /* Z */ {0, 0, 2, -6, 3, 3, -5, 0, 2, -2, 0, 0, -3, -2, 1, 0, 3, 0, 0, -1, -2, -6, -1, -4, 3, -8}, 2603 /* * */ {0, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, 0, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, 1}, 2604 } 2605 2606 // # 2607 // # This matrix was produced by "pam" Version 1.0.6 [28-Jul-93] 2608 // # 2609 // # PAM 250 substitution matrix, scale = ln(2)/3 = 0.231049 2610 // # 2611 // # Expected score = -0.844, Entropy = 0.354 bits 2612 // # 2613 // # Lowest score = -8, Highest score = 17 2614 // # 2615 // A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V B Z X * 2616 // A 2 -2 0 0 -2 0 0 1 -1 -1 -2 -1 -1 -3 1 1 1 -6 -3 0 0 0 0 -8 2617 // R -2 6 0 -1 -4 1 -1 -3 2 -2 -3 3 0 -4 0 0 -1 2 -4 -2 -1 0 -1 -8 2618 // N 0 0 2 2 -4 1 1 0 2 -2 -3 1 -2 -3 0 1 0 -4 -2 -2 2 1 0 -8 2619 // D 0 -1 2 4 -5 2 3 1 1 -2 -4 0 -3 -6 -1 0 0 -7 -4 -2 3 3 -1 -8 2620 // C -2 -4 -4 -5 12 -5 -5 -3 -3 -2 -6 -5 -5 -4 -3 0 -2 -8 0 -2 -4 -5 -3 -8 2621 // Q 0 1 1 2 -5 4 2 -1 3 -2 -2 1 -1 -5 0 -1 -1 -5 -4 -2 1 3 -1 -8 2622 // E 0 -1 1 3 -5 2 4 0 1 -2 -3 0 -2 -5 -1 0 0 -7 -4 -2 3 3 -1 -8 2623 // G 1 -3 0 1 -3 -1 0 5 -2 -3 -4 -2 -3 -5 0 1 0 -7 -5 -1 0 0 -1 -8 2624 // H -1 2 2 1 -3 3 1 -2 6 -2 -2 0 -2 -2 0 -1 -1 -3 0 -2 1 2 -1 -8 2625 // I -1 -2 -2 -2 -2 -2 -2 -3 -2 5 2 -2 2 1 -2 -1 0 -5 -1 4 -2 -2 -1 -8 2626 // L -2 -3 -3 -4 -6 -2 -3 -4 -2 2 6 -3 4 2 -3 -3 -2 -2 -1 2 -3 -3 -1 -8 2627 // K -1 3 1 0 -5 1 0 -2 0 -2 -3 5 0 -5 -1 0 0 -3 -4 -2 1 0 -1 -8 2628 // M -1 0 -2 -3 -5 -1 -2 -3 -2 2 4 0 6 0 -2 -2 -1 -4 -2 2 -2 -2 -1 -8 2629 // F -3 -4 -3 -6 -4 -5 -5 -5 -2 1 2 -5 0 9 -5 -3 -3 0 7 -1 -4 -5 -2 -8 2630 // P 1 0 0 -1 -3 0 -1 0 0 -2 -3 -1 -2 -5 6 1 0 -6 -5 -1 -1 0 -1 -8 2631 // S 1 0 1 0 0 -1 0 1 -1 -1 -3 0 -2 -3 1 2 1 -2 -3 -1 0 0 0 -8 2632 // T 1 -1 0 0 -2 -1 0 0 -1 0 -2 0 -1 -3 0 1 3 -5 -3 0 0 -1 0 -8 2633 // W -6 2 -4 -7 -8 -5 -7 -7 -3 -5 -2 -3 -4 0 -6 -2 -5 17 0 -6 -5 -6 -4 -8 2634 // Y -3 -4 -2 -4 0 -4 -4 -5 0 -1 -1 -4 -2 7 -5 -3 -3 0 10 -2 -3 -4 -2 -8 2635 // V 0 -2 -2 -2 -2 -2 -2 -1 -2 4 2 -2 2 -1 -1 -1 0 -6 -2 4 -2 -2 -1 -8 2636 // B 0 -1 2 3 -4 1 3 0 1 -2 -3 1 -2 -4 -1 0 0 -5 -3 -2 3 2 -1 -8 2637 // Z 0 0 1 3 -5 3 3 0 2 -2 -3 0 -2 -5 0 0 -1 -6 -4 -2 2 3 -1 -8 2638 // X 0 -1 0 -1 -3 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -2 -1 0 0 -4 -2 -1 -1 -1 -1 -8 2639 // * -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 1 2640 // 2641 PAM250 = [][]int{ 2642 /* - A B C D E F G H I J K L M N P Q R S T V W X Y Z * */ 2643 /* - */ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, 2644 /* A */ {0, 2, 0, -2, 0, 0, -3, 1, -1, -1, 0, -1, -2, -1, 0, 1, 0, -2, 1, 1, 0, -6, 0, -3, 0, -8}, 2645 /* B */ {0, 0, 3, -4, 3, 3, -4, 0, 1, -2, 0, 1, -3, -2, 2, -1, 1, -1, 0, 0, -2, -5, -1, -3, 2, -8}, 2646 /* C */ {0, -2, -4, 12, -5, -5, -4, -3, -3, -2, 0, -5, -6, -5, -4, -3, -5, -4, 0, -2, -2, -8, -3, 0, -5, -8}, 2647 /* D */ {0, 0, 3, -5, 4, 3, -6, 1, 1, -2, 0, 0, -4, -3, 2, -1, 2, -1, 0, 0, -2, -7, -1, -4, 3, -8}, 2648 /* E */ {0, 0, 3, -5, 3, 4, -5, 0, 1, -2, 0, 0, -3, -2, 1, -1, 2, -1, 0, 0, -2, -7, -1, -4, 3, -8}, 2649 /* F */ {0, -3, -4, -4, -6, -5, 9, -5, -2, 1, 0, -5, 2, 0, -3, -5, -5, -4, -3, -3, -1, 0, -2, 7, -5, -8}, 2650 /* G */ {0, 1, 0, -3, 1, 0, -5, 5, -2, -3, 0, -2, -4, -3, 0, 0, -1, -3, 1, 0, -1, -7, -1, -5, 0, -8}, 2651 /* H */ {0, -1, 1, -3, 1, 1, -2, -2, 6, -2, 0, 0, -2, -2, 2, 0, 3, 2, -1, -1, -2, -3, -1, 0, 2, -8}, 2652 /* I */ {0, -1, -2, -2, -2, -2, 1, -3, -2, 5, 0, -2, 2, 2, -2, -2, -2, -2, -1, 0, 4, -5, -1, -1, -2, -8}, 2653 /* J */ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, 2654 /* K */ {0, -1, 1, -5, 0, 0, -5, -2, 0, -2, 0, 5, -3, 0, 1, -1, 1, 3, 0, 0, -2, -3, -1, -4, 0, -8}, 2655 /* L */ {0, -2, -3, -6, -4, -3, 2, -4, -2, 2, 0, -3, 6, 4, -3, -3, -2, -3, -3, -2, 2, -2, -1, -1, -3, -8}, 2656 /* M */ {0, -1, -2, -5, -3, -2, 0, -3, -2, 2, 0, 0, 4, 6, -2, -2, -1, 0, -2, -1, 2, -4, -1, -2, -2, -8}, 2657 /* N */ {0, 0, 2, -4, 2, 1, -3, 0, 2, -2, 0, 1, -3, -2, 2, 0, 1, 0, 1, 0, -2, -4, 0, -2, 1, -8}, 2658 /* P */ {0, 1, -1, -3, -1, -1, -5, 0, 0, -2, 0, -1, -3, -2, 0, 6, 0, 0, 1, 0, -1, -6, -1, -5, 0, -8}, 2659 /* Q */ {0, 0, 1, -5, 2, 2, -5, -1, 3, -2, 0, 1, -2, -1, 1, 0, 4, 1, -1, -1, -2, -5, -1, -4, 3, -8}, 2660 /* R */ {0, -2, -1, -4, -1, -1, -4, -3, 2, -2, 0, 3, -3, 0, 0, 0, 1, 6, 0, -1, -2, 2, -1, -4, 0, -8}, 2661 /* S */ {0, 1, 0, 0, 0, 0, -3, 1, -1, -1, 0, 0, -3, -2, 1, 1, -1, 0, 2, 1, -1, -2, 0, -3, 0, -8}, 2662 /* T */ {0, 1, 0, -2, 0, 0, -3, 0, -1, 0, 0, 0, -2, -1, 0, 0, -1, -1, 1, 3, 0, -5, 0, -3, -1, -8}, 2663 /* V */ {0, 0, -2, -2, -2, -2, -1, -1, -2, 4, 0, -2, 2, 2, -2, -1, -2, -2, -1, 0, 4, -6, -1, -2, -2, -8}, 2664 /* W */ {0, -6, -5, -8, -7, -7, 0, -7, -3, -5, 0, -3, -2, -4, -4, -6, -5, 2, -2, -5, -6, 17, -4, 0, -6, -8}, 2665 /* X */ {0, 0, -1, -3, -1, -1, -2, -1, -1, -1, 0, -1, -1, -1, 0, -1, -1, -1, 0, 0, -1, -4, -1, -2, -1, -8}, 2666 /* Y */ {0, -3, -3, 0, -4, -4, 7, -5, 0, -1, 0, -4, -1, -2, -2, -5, -4, -4, -3, -3, -2, 0, -2, 10, -4, -8}, 2667 /* Z */ {0, 0, 2, -5, 3, 3, -5, 0, 2, -2, 0, 0, -3, -2, 1, 0, 3, 0, 0, -1, -2, -6, -1, -4, 3, -8}, 2668 /* * */ {0, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, 0, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, 1}, 2669 } 2670 2671 // # 2672 // # This matrix was produced by "pam" Version 1.0.6 [28-Jul-93] 2673 // # 2674 // # PAM 250 substitution matrix, scale = 0.0693200 2675 // # 2676 // # Expected score = -2.81, Entropy = 0.354 bits 2677 // # 2678 // # Lowest score = -26, Highest score = 57 2679 // # 2680 // A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V B Z X * 2681 // A 6 -5 1 1 -7 -1 1 4 -4 -2 -6 -4 -4 -12 4 4 4 -19 -12 1 1 0 -1 -26 2682 // R -5 20 0 -4 -12 4 -4 -8 5 -7 -10 11 -1 -15 -1 -1 -3 7 -14 -8 -2 0 -3 -26 2683 // N 1 0 7 7 -12 3 5 1 5 -6 -10 3 -6 -12 -2 2 1 -13 -7 -6 7 4 -1 -26 2684 // D 1 -4 7 13 -17 5 11 2 2 -8 -13 0 -9 -19 -3 1 0 -22 -14 -7 10 9 -2 -26 2685 // C -7 -12 -12 -17 40 -18 -18 -11 -11 -8 -20 -18 -17 -14 -9 0 -7 -26 1 -6 -15 -18 -10 -26 2686 // Q -1 4 3 5 -18 13 8 -4 10 -7 -6 2 -3 -15 1 -2 -3 -16 -13 -6 4 11 -2 -26 2687 // E 1 -4 5 11 -18 8 13 1 2 -7 -11 0 -7 -18 -2 0 -1 -23 -14 -6 9 11 -2 -26 2688 // G 4 -8 1 2 -11 -4 1 16 -7 -8 -13 -6 -9 -16 -2 4 0 -23 -17 -4 2 -1 -3 -26 2689 // H -4 5 5 2 -11 10 2 -7 22 -8 -7 0 -7 -6 -1 -3 -4 -9 0 -7 4 6 -2 -26 2690 // I -2 -7 -6 -8 -8 -7 -7 -8 -8 15 8 -6 7 3 -7 -5 0 -17 -3 12 -7 -7 -2 -26 2691 // L -6 -10 -10 -13 -20 -6 -11 -13 -7 8 20 -9 12 6 -8 -9 -6 -6 -3 6 -11 -9 -4 -26 2692 // K -4 11 3 0 -18 2 0 -6 0 -6 -9 15 1 -17 -4 -1 0 -12 -15 -8 2 1 -3 -26 2693 // M -4 -1 -6 -9 -17 -3 -7 -9 -7 7 12 1 21 1 -7 -5 -2 -14 -8 6 -7 -5 -2 -26 2694 // F -12 -15 -12 -19 -14 -15 -18 -16 -6 3 6 -17 1 30 -15 -11 -10 1 23 -4 -15 -17 -8 -26 2695 // P 4 -1 -2 -3 -9 1 -2 -2 -1 -7 -8 -4 -7 -15 19 3 1 -19 -16 -4 -2 -1 -2 -26 2696 // S 4 -1 2 1 0 -2 0 4 -3 -5 -9 -1 -5 -11 3 5 4 -8 -9 -3 2 -1 -1 -26 2697 // T 4 -3 1 0 -7 -3 -1 0 -4 0 -6 0 -2 -10 1 4 9 -17 -9 1 0 -2 -1 -26 2698 // W -19 7 -13 -22 -26 -16 -23 -23 -9 -17 -6 -12 -14 1 -19 -8 -17 57 0 -21 -18 -19 -13 -26 2699 // Y -12 -14 -7 -14 1 -13 -14 -17 0 -3 -3 -15 -8 23 -16 -9 -9 0 34 -8 -10 -14 -8 -26 2700 // V 1 -8 -6 -7 -6 -6 -6 -4 -7 12 6 -8 6 -4 -4 -3 1 -21 -8 14 -6 -6 -2 -26 2701 // B 1 -2 7 10 -15 4 9 2 4 -7 -11 2 -7 -15 -2 2 0 -18 -10 -6 9 7 -2 -26 2702 // Z 0 0 4 9 -18 11 11 -1 6 -7 -9 1 -5 -17 -1 -1 -2 -19 -14 -6 7 11 -2 -26 2703 // X -1 -3 -1 -2 -10 -2 -2 -3 -2 -2 -4 -3 -2 -8 -2 -1 -1 -13 -8 -2 -2 -2 -3 -26 2704 // * -26 -26 -26 -26 -26 -26 -26 -26 -26 -26 -26 -26 -26 -26 -26 -26 -26 -26 -26 -26 -26 -26 -26 1 2705 // 2706 PAM250_cdi = [][]int{ 2707 /* - A B C D E F G H I J K L M N P Q R S T V W X Y Z * */ 2708 /* - */ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, 2709 /* A */ {0, 6, 1, -7, 1, 1, -12, 4, -4, -2, 0, -4, -6, -4, 1, 4, -1, -5, 4, 4, 1, -19, -1, -12, 0, -26}, 2710 /* B */ {0, 1, 9, -15, 10, 9, -15, 2, 4, -7, 0, 2, -11, -7, 7, -2, 4, -2, 2, 0, -6, -18, -2, -10, 7, -26}, 2711 /* C */ {0, -7, -15, 40, -17, -18, -14, -11, -11, -8, 0, -18, -20, -17, -12, -9, -18, -12, 0, -7, -6, -26, -10, 1, -18, -26}, 2712 /* D */ {0, 1, 10, -17, 13, 11, -19, 2, 2, -8, 0, 0, -13, -9, 7, -3, 5, -4, 1, 0, -7, -22, -2, -14, 9, -26}, 2713 /* E */ {0, 1, 9, -18, 11, 13, -18, 1, 2, -7, 0, 0, -11, -7, 5, -2, 8, -4, 0, -1, -6, -23, -2, -14, 11, -26}, 2714 /* F */ {0, -12, -15, -14, -19, -18, 30, -16, -6, 3, 0, -17, 6, 1, -12, -15, -15, -15, -11, -10, -4, 1, -8, 23, -17, -26}, 2715 /* G */ {0, 4, 2, -11, 2, 1, -16, 16, -7, -8, 0, -6, -13, -9, 1, -2, -4, -8, 4, 0, -4, -23, -3, -17, -1, -26}, 2716 /* H */ {0, -4, 4, -11, 2, 2, -6, -7, 22, -8, 0, 0, -7, -7, 5, -1, 10, 5, -3, -4, -7, -9, -2, 0, 6, -26}, 2717 /* I */ {0, -2, -7, -8, -8, -7, 3, -8, -8, 15, 0, -6, 8, 7, -6, -7, -7, -7, -5, 0, 12, -17, -2, -3, -7, -26}, 2718 /* J */ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, 2719 /* K */ {0, -4, 2, -18, 0, 0, -17, -6, 0, -6, 0, 15, -9, 1, 3, -4, 2, 11, -1, 0, -8, -12, -3, -15, 1, -26}, 2720 /* L */ {0, -6, -11, -20, -13, -11, 6, -13, -7, 8, 0, -9, 20, 12, -10, -8, -6, -10, -9, -6, 6, -6, -4, -3, -9, -26}, 2721 /* M */ {0, -4, -7, -17, -9, -7, 1, -9, -7, 7, 0, 1, 12, 21, -6, -7, -3, -1, -5, -2, 6, -14, -2, -8, -5, -26}, 2722 /* N */ {0, 1, 7, -12, 7, 5, -12, 1, 5, -6, 0, 3, -10, -6, 7, -2, 3, 0, 2, 1, -6, -13, -1, -7, 4, -26}, 2723 /* P */ {0, 4, -2, -9, -3, -2, -15, -2, -1, -7, 0, -4, -8, -7, -2, 19, 1, -1, 3, 1, -4, -19, -2, -16, -1, -26}, 2724 /* Q */ {0, -1, 4, -18, 5, 8, -15, -4, 10, -7, 0, 2, -6, -3, 3, 1, 13, 4, -2, -3, -6, -16, -2, -13, 11, -26}, 2725 /* R */ {0, -5, -2, -12, -4, -4, -15, -8, 5, -7, 0, 11, -10, -1, 0, -1, 4, 20, -1, -3, -8, 7, -3, -14, 0, -26}, 2726 /* S */ {0, 4, 2, 0, 1, 0, -11, 4, -3, -5, 0, -1, -9, -5, 2, 3, -2, -1, 5, 4, -3, -8, -1, -9, -1, -26}, 2727 /* T */ {0, 4, 0, -7, 0, -1, -10, 0, -4, 0, 0, 0, -6, -2, 1, 1, -3, -3, 4, 9, 1, -17, -1, -9, -2, -26}, 2728 /* V */ {0, 1, -6, -6, -7, -6, -4, -4, -7, 12, 0, -8, 6, 6, -6, -4, -6, -8, -3, 1, 14, -21, -2, -8, -6, -26}, 2729 /* W */ {0, -19, -18, -26, -22, -23, 1, -23, -9, -17, 0, -12, -6, -14, -13, -19, -16, 7, -8, -17, -21, 57, -13, 0, -19, -26}, 2730 /* X */ {0, -1, -2, -10, -2, -2, -8, -3, -2, -2, 0, -3, -4, -2, -1, -2, -2, -3, -1, -1, -2, -13, -3, -8, -2, -26}, 2731 /* Y */ {0, -12, -10, 1, -14, -14, 23, -17, 0, -3, 0, -15, -3, -8, -7, -16, -13, -14, -9, -9, -8, 0, -8, 34, -14, -26}, 2732 /* Z */ {0, 0, 7, -18, 9, 11, -17, -1, 6, -7, 0, 1, -9, -5, 4, -1, 11, 0, -1, -2, -6, -19, -2, -14, 11, -26}, 2733 /* * */ {0, -26, -26, -26, -26, -26, -26, -26, -26, -26, 0, -26, -26, -26, -26, -26, -26, -26, -26, -26, -26, -26, -26, -26, -26, 1}, 2734 } 2735 2736 // # 2737 // # This matrix was produced by "pam" Version 1.0.6 [28-Jul-93] 2738 // # 2739 // # PAM 260 substitution matrix, scale = ln(2)/3 = 0.231049 2740 // # 2741 // # Expected score = -0.794, Entropy = 0.330 bits 2742 // # 2743 // # Lowest score = -7, Highest score = 17 2744 // # 2745 // A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V B Z X * 2746 // A 2 -1 0 0 -2 0 0 1 -1 0 -2 -1 -1 -3 1 1 1 -6 -3 0 0 0 0 -7 2747 // R -1 6 0 -1 -4 1 -1 -2 2 -2 -3 3 0 -4 0 0 -1 2 -4 -2 -1 0 -1 -7 2748 // N 0 0 2 2 -3 1 1 0 2 -2 -3 1 -2 -3 0 1 0 -4 -2 -2 2 1 0 -7 2749 // D 0 -1 2 4 -5 2 3 1 1 -2 -4 0 -2 -5 -1 0 0 -6 -4 -2 3 3 -1 -7 2750 // C -2 -4 -3 -5 12 -5 -5 -3 -3 -2 -6 -5 -5 -4 -3 0 -2 -7 0 -2 -4 -5 -3 -7 2751 // Q 0 1 1 2 -5 4 2 -1 3 -2 -2 1 -1 -4 0 0 -1 -5 -4 -2 1 3 0 -7 2752 // E 0 -1 1 3 -5 2 4 0 1 -2 -3 0 -2 -5 0 0 0 -7 -4 -2 3 3 -1 -7 2753 // G 1 -2 0 1 -3 -1 0 5 -2 -2 -4 -2 -3 -5 0 1 0 -7 -5 -1 1 0 -1 -7 2754 // H -1 2 2 1 -3 3 1 -2 6 -2 -2 0 -2 -2 0 -1 -1 -3 0 -2 1 2 -1 -7 2755 // I 0 -2 -2 -2 -2 -2 -2 -2 -2 4 2 -2 2 1 -2 -1 0 -5 -1 4 -2 -2 -1 -7 2756 // L -2 -3 -3 -4 -6 -2 -3 -4 -2 2 6 -3 4 2 -2 -3 -2 -2 -1 2 -3 -2 -1 -7 2757 // K -1 3 1 0 -5 1 0 -2 0 -2 -3 4 0 -5 -1 0 0 -3 -4 -2 1 0 -1 -7 2758 // M -1 0 -2 -2 -5 -1 -2 -3 -2 2 4 0 6 0 -2 -1 -1 -4 -2 2 -2 -2 -1 -7 2759 // F -3 -4 -3 -5 -4 -4 -5 -5 -2 1 2 -5 0 9 -4 -3 -3 0 7 -1 -4 -5 -2 -7 2760 // P 1 0 0 -1 -3 0 0 0 0 -2 -2 -1 -2 -4 6 1 0 -5 -5 -1 -1 0 -1 -7 2761 // S 1 0 1 0 0 0 0 1 -1 -1 -3 0 -1 -3 1 1 1 -2 -3 -1 0 0 0 -7 2762 // T 1 -1 0 0 -2 -1 0 0 -1 0 -2 0 -1 -3 0 1 2 -5 -3 0 0 0 0 -7 2763 // W -6 2 -4 -6 -7 -5 -7 -7 -3 -5 -2 -3 -4 0 -5 -2 -5 17 0 -6 -5 -6 -4 -7 2764 // Y -3 -4 -2 -4 0 -4 -4 -5 0 -1 -1 -4 -2 7 -5 -3 -3 0 10 -2 -3 -4 -2 -7 2765 // V 0 -2 -2 -2 -2 -2 -2 -1 -2 4 2 -2 2 -1 -1 -1 0 -6 -2 4 -2 -2 -1 -7 2766 // B 0 -1 2 3 -4 1 3 1 1 -2 -3 1 -2 -4 -1 0 0 -5 -3 -2 3 2 0 -7 2767 // Z 0 0 1 3 -5 3 3 0 2 -2 -2 0 -2 -5 0 0 0 -6 -4 -2 2 3 -1 -7 2768 // X 0 -1 0 -1 -3 0 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -2 -1 0 0 -4 -2 -1 0 -1 -1 -7 2769 // * -7 -7 -7 -7 -7 -7 -7 -7 -7 -7 -7 -7 -7 -7 -7 -7 -7 -7 -7 -7 -7 -7 -7 1 2770 // 2771 PAM260 = [][]int{ 2772 /* - A B C D E F G H I J K L M N P Q R S T V W X Y Z * */ 2773 /* - */ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, 2774 /* A */ {0, 2, 0, -2, 0, 0, -3, 1, -1, 0, 0, -1, -2, -1, 0, 1, 0, -1, 1, 1, 0, -6, 0, -3, 0, -7}, 2775 /* B */ {0, 0, 3, -4, 3, 3, -4, 1, 1, -2, 0, 1, -3, -2, 2, -1, 1, -1, 0, 0, -2, -5, 0, -3, 2, -7}, 2776 /* C */ {0, -2, -4, 12, -5, -5, -4, -3, -3, -2, 0, -5, -6, -5, -3, -3, -5, -4, 0, -2, -2, -7, -3, 0, -5, -7}, 2777 /* D */ {0, 0, 3, -5, 4, 3, -5, 1, 1, -2, 0, 0, -4, -2, 2, -1, 2, -1, 0, 0, -2, -6, -1, -4, 3, -7}, 2778 /* E */ {0, 0, 3, -5, 3, 4, -5, 0, 1, -2, 0, 0, -3, -2, 1, 0, 2, -1, 0, 0, -2, -7, -1, -4, 3, -7}, 2779 /* F */ {0, -3, -4, -4, -5, -5, 9, -5, -2, 1, 0, -5, 2, 0, -3, -4, -4, -4, -3, -3, -1, 0, -2, 7, -5, -7}, 2780 /* G */ {0, 1, 1, -3, 1, 0, -5, 5, -2, -2, 0, -2, -4, -3, 0, 0, -1, -2, 1, 0, -1, -7, -1, -5, 0, -7}, 2781 /* H */ {0, -1, 1, -3, 1, 1, -2, -2, 6, -2, 0, 0, -2, -2, 2, 0, 3, 2, -1, -1, -2, -3, -1, 0, 2, -7}, 2782 /* I */ {0, 0, -2, -2, -2, -2, 1, -2, -2, 4, 0, -2, 2, 2, -2, -2, -2, -2, -1, 0, 4, -5, -1, -1, -2, -7}, 2783 /* J */ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, 2784 /* K */ {0, -1, 1, -5, 0, 0, -5, -2, 0, -2, 0, 4, -3, 0, 1, -1, 1, 3, 0, 0, -2, -3, -1, -4, 0, -7}, 2785 /* L */ {0, -2, -3, -6, -4, -3, 2, -4, -2, 2, 0, -3, 6, 4, -3, -2, -2, -3, -3, -2, 2, -2, -1, -1, -2, -7}, 2786 /* M */ {0, -1, -2, -5, -2, -2, 0, -3, -2, 2, 0, 0, 4, 6, -2, -2, -1, 0, -1, -1, 2, -4, -1, -2, -2, -7}, 2787 /* N */ {0, 0, 2, -3, 2, 1, -3, 0, 2, -2, 0, 1, -3, -2, 2, 0, 1, 0, 1, 0, -2, -4, 0, -2, 1, -7}, 2788 /* P */ {0, 1, -1, -3, -1, 0, -4, 0, 0, -2, 0, -1, -2, -2, 0, 6, 0, 0, 1, 0, -1, -5, -1, -5, 0, -7}, 2789 /* Q */ {0, 0, 1, -5, 2, 2, -4, -1, 3, -2, 0, 1, -2, -1, 1, 0, 4, 1, 0, -1, -2, -5, 0, -4, 3, -7}, 2790 /* R */ {0, -1, -1, -4, -1, -1, -4, -2, 2, -2, 0, 3, -3, 0, 0, 0, 1, 6, 0, -1, -2, 2, -1, -4, 0, -7}, 2791 /* S */ {0, 1, 0, 0, 0, 0, -3, 1, -1, -1, 0, 0, -3, -1, 1, 1, 0, 0, 1, 1, -1, -2, 0, -3, 0, -7}, 2792 /* T */ {0, 1, 0, -2, 0, 0, -3, 0, -1, 0, 0, 0, -2, -1, 0, 0, -1, -1, 1, 2, 0, -5, 0, -3, 0, -7}, 2793 /* V */ {0, 0, -2, -2, -2, -2, -1, -1, -2, 4, 0, -2, 2, 2, -2, -1, -2, -2, -1, 0, 4, -6, -1, -2, -2, -7}, 2794 /* W */ {0, -6, -5, -7, -6, -7, 0, -7, -3, -5, 0, -3, -2, -4, -4, -5, -5, 2, -2, -5, -6, 17, -4, 0, -6, -7}, 2795 /* X */ {0, 0, 0, -3, -1, -1, -2, -1, -1, -1, 0, -1, -1, -1, 0, -1, 0, -1, 0, 0, -1, -4, -1, -2, -1, -7}, 2796 /* Y */ {0, -3, -3, 0, -4, -4, 7, -5, 0, -1, 0, -4, -1, -2, -2, -5, -4, -4, -3, -3, -2, 0, -2, 10, -4, -7}, 2797 /* Z */ {0, 0, 2, -5, 3, 3, -5, 0, 2, -2, 0, 0, -2, -2, 1, 0, 3, 0, 0, 0, -2, -6, -1, -4, 3, -7}, 2798 /* * */ {0, -7, -7, -7, -7, -7, -7, -7, -7, -7, 0, -7, -7, -7, -7, -7, -7, -7, -7, -7, -7, -7, -7, -7, -7, 1}, 2799 } 2800 2801 // # 2802 // # This matrix was produced by "pam" Version 1.0.6 [28-Jul-93] 2803 // # 2804 // # PAM 270 substitution matrix, scale = ln(2)/4 = 0.173287 2805 // # 2806 // # Expected score = -0.969, Entropy = 0.309 bits 2807 // # 2808 // # Lowest score = -10, Highest score = 23 2809 // # 2810 // A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V B Z X * 2811 // A 2 -2 0 0 -2 0 0 2 -2 -1 -2 -1 -1 -4 1 1 1 -7 -4 0 0 0 0 -10 2812 // R -2 8 0 -1 -5 2 -1 -3 2 -2 -4 4 -1 -5 0 0 -1 3 -5 -3 -1 0 -1 -10 2813 // N 0 0 2 2 -4 1 2 1 2 -2 -3 1 -2 -4 0 1 1 -5 -3 -2 2 2 0 -10 2814 // D 0 -1 2 5 -6 2 4 1 1 -3 -5 0 -3 -7 -1 0 0 -8 -5 -3 4 3 -1 -10 2815 // C -2 -5 -4 -6 16 -7 -6 -4 -4 -3 -7 -7 -6 -5 -3 0 -3 -10 1 -2 -5 -7 -4 -10 2816 // Q 0 2 1 2 -7 5 3 -1 4 -2 -2 1 -1 -6 0 -1 -1 -6 -5 -2 2 4 -1 -10 2817 // E 0 -1 2 4 -6 3 5 0 1 -2 -4 0 -3 -7 -1 0 0 -9 -5 -2 3 4 -1 -10 2818 // G 2 -3 1 1 -4 -1 0 6 -2 -3 -5 -2 -3 -6 0 1 0 -9 -6 -2 1 0 -1 -10 2819 // H -2 2 2 1 -4 4 1 -2 8 -3 -3 0 -3 -2 0 -1 -1 -3 0 -3 1 2 -1 -10 2820 // I -1 -2 -2 -3 -3 -2 -2 -3 -3 5 3 -2 3 1 -2 -2 0 -6 -1 5 -3 -2 -1 -10 2821 // L -2 -4 -3 -5 -7 -2 -4 -5 -3 3 8 -3 5 2 -3 -3 -2 -2 -1 2 -4 -3 -2 -10 2822 // K -1 4 1 0 -7 1 0 -2 0 -2 -3 6 0 -6 -1 0 0 -4 -5 -3 1 0 -1 -10 2823 // M -1 -1 -2 -3 -6 -1 -3 -3 -3 3 5 0 8 0 -2 -2 -1 -5 -3 2 -3 -2 -1 -10 2824 // F -4 -5 -4 -7 -5 -6 -7 -6 -2 1 2 -6 0 12 -6 -4 -4 1 9 -1 -6 -6 -3 -10 2825 // P 1 0 0 -1 -3 0 -1 0 0 -2 -3 -1 -2 -6 7 1 0 -7 -6 -1 -1 0 -1 -10 2826 // S 1 0 1 0 0 -1 0 1 -1 -2 -3 0 -2 -4 1 2 2 -3 -4 -1 1 0 0 -10 2827 // T 1 -1 1 0 -3 -1 0 0 -1 0 -2 0 -1 -4 0 2 3 -6 -3 0 0 -1 0 -10 2828 // W -7 3 -5 -8 -10 -6 -9 -9 -3 -6 -2 -4 -5 1 -7 -3 -6 23 0 -8 -7 -7 -5 -10 2829 // Y -4 -5 -3 -5 1 -5 -5 -6 0 -1 -1 -5 -3 9 -6 -4 -3 0 13 -3 -4 -5 -3 -10 2830 // V 0 -3 -2 -3 -2 -2 -2 -2 -3 5 2 -3 2 -1 -1 -1 0 -8 -3 5 -2 -2 -1 -10 2831 // B 0 -1 2 4 -5 2 3 1 1 -3 -4 1 -3 -6 -1 1 0 -7 -4 -2 3 3 -1 -10 2832 // Z 0 0 2 3 -7 4 4 0 2 -2 -3 0 -2 -6 0 0 -1 -7 -5 -2 3 4 -1 -10 2833 // X 0 -1 0 -1 -4 -1 -1 -1 -1 -1 -2 -1 -1 -3 -1 0 0 -5 -3 -1 -1 -1 -1 -10 2834 // * -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 1 2835 // 2836 PAM270 = [][]int{ 2837 /* - A B C D E F G H I J K L M N P Q R S T V W X Y Z * */ 2838 /* - */ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, 2839 /* A */ {0, 2, 0, -2, 0, 0, -4, 2, -2, -1, 0, -1, -2, -1, 0, 1, 0, -2, 1, 1, 0, -7, 0, -4, 0, -10}, 2840 /* B */ {0, 0, 3, -5, 4, 3, -6, 1, 1, -3, 0, 1, -4, -3, 2, -1, 2, -1, 1, 0, -2, -7, -1, -4, 3, -10}, 2841 /* C */ {0, -2, -5, 16, -6, -6, -5, -4, -4, -3, 0, -7, -7, -6, -4, -3, -7, -5, 0, -3, -2, -10, -4, 1, -7, -10}, 2842 /* D */ {0, 0, 4, -6, 5, 4, -7, 1, 1, -3, 0, 0, -5, -3, 2, -1, 2, -1, 0, 0, -3, -8, -1, -5, 3, -10}, 2843 /* E */ {0, 0, 3, -6, 4, 5, -7, 0, 1, -2, 0, 0, -4, -3, 2, -1, 3, -1, 0, 0, -2, -9, -1, -5, 4, -10}, 2844 /* F */ {0, -4, -6, -5, -7, -7, 12, -6, -2, 1, 0, -6, 2, 0, -4, -6, -6, -5, -4, -4, -1, 1, -3, 9, -6, -10}, 2845 /* G */ {0, 2, 1, -4, 1, 0, -6, 6, -2, -3, 0, -2, -5, -3, 1, 0, -1, -3, 1, 0, -2, -9, -1, -6, 0, -10}, 2846 /* H */ {0, -2, 1, -4, 1, 1, -2, -2, 8, -3, 0, 0, -3, -3, 2, 0, 4, 2, -1, -1, -3, -3, -1, 0, 2, -10}, 2847 /* I */ {0, -1, -3, -3, -3, -2, 1, -3, -3, 5, 0, -2, 3, 3, -2, -2, -2, -2, -2, 0, 5, -6, -1, -1, -2, -10}, 2848 /* J */ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, 2849 /* K */ {0, -1, 1, -7, 0, 0, -6, -2, 0, -2, 0, 6, -3, 0, 1, -1, 1, 4, 0, 0, -3, -4, -1, -5, 0, -10}, 2850 /* L */ {0, -2, -4, -7, -5, -4, 2, -5, -3, 3, 0, -3, 8, 5, -3, -3, -2, -4, -3, -2, 2, -2, -2, -1, -3, -10}, 2851 /* M */ {0, -1, -3, -6, -3, -3, 0, -3, -3, 3, 0, 0, 5, 8, -2, -2, -1, -1, -2, -1, 2, -5, -1, -3, -2, -10}, 2852 /* N */ {0, 0, 2, -4, 2, 2, -4, 1, 2, -2, 0, 1, -3, -2, 2, 0, 1, 0, 1, 1, -2, -5, 0, -3, 2, -10}, 2853 /* P */ {0, 1, -1, -3, -1, -1, -6, 0, 0, -2, 0, -1, -3, -2, 0, 7, 0, 0, 1, 0, -1, -7, -1, -6, 0, -10}, 2854 /* Q */ {0, 0, 2, -7, 2, 3, -6, -1, 4, -2, 0, 1, -2, -1, 1, 0, 5, 2, -1, -1, -2, -6, -1, -5, 4, -10}, 2855 /* R */ {0, -2, -1, -5, -1, -1, -5, -3, 2, -2, 0, 4, -4, -1, 0, 0, 2, 8, 0, -1, -3, 3, -1, -5, 0, -10}, 2856 /* S */ {0, 1, 1, 0, 0, 0, -4, 1, -1, -2, 0, 0, -3, -2, 1, 1, -1, 0, 2, 2, -1, -3, 0, -4, 0, -10}, 2857 /* T */ {0, 1, 0, -3, 0, 0, -4, 0, -1, 0, 0, 0, -2, -1, 1, 0, -1, -1, 2, 3, 0, -6, 0, -3, -1, -10}, 2858 /* V */ {0, 0, -2, -2, -3, -2, -1, -2, -3, 5, 0, -3, 2, 2, -2, -1, -2, -3, -1, 0, 5, -8, -1, -3, -2, -10}, 2859 /* W */ {0, -7, -7, -10, -8, -9, 1, -9, -3, -6, 0, -4, -2, -5, -5, -7, -6, 3, -3, -6, -8, 23, -5, 0, -7, -10}, 2860 /* X */ {0, 0, -1, -4, -1, -1, -3, -1, -1, -1, 0, -1, -2, -1, 0, -1, -1, -1, 0, 0, -1, -5, -1, -3, -1, -10}, 2861 /* Y */ {0, -4, -4, 1, -5, -5, 9, -6, 0, -1, 0, -5, -1, -3, -3, -6, -5, -5, -4, -3, -3, 0, -3, 13, -5, -10}, 2862 /* Z */ {0, 0, 3, -7, 3, 4, -6, 0, 2, -2, 0, 0, -3, -2, 2, 0, 4, 0, 0, -1, -2, -7, -1, -5, 4, -10}, 2863 /* * */ {0, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, 0, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, 1}, 2864 } 2865 2866 // # 2867 // # This matrix was produced by "pam" Version 1.0.6 [28-Jul-93] 2868 // # 2869 // # PAM 280 substitution matrix, scale = ln(2)/4 = 0.173287 2870 // # 2871 // # Expected score = -0.916, Entropy = 0.289 bits 2872 // # 2873 // # Lowest score = -9, Highest score = 22 2874 // # 2875 // A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V B Z X * 2876 // A 2 -2 0 0 -2 0 0 2 -1 -1 -2 -1 -1 -4 1 1 1 -7 -4 0 0 0 0 -9 2877 // R -2 7 0 -1 -4 2 -1 -3 2 -2 -3 4 0 -5 0 0 -1 3 -5 -3 -1 0 -1 -9 2878 // N 0 0 2 2 -4 1 2 1 2 -2 -3 1 -2 -4 0 1 1 -5 -3 -2 2 1 0 -9 2879 // D 0 -1 2 4 -6 2 4 1 1 -3 -5 0 -3 -7 -1 0 0 -8 -5 -2 4 3 -1 -9 2880 // C -2 -4 -4 -6 15 -6 -6 -4 -4 -3 -7 -6 -6 -5 -3 0 -3 -9 1 -2 -5 -6 -3 -9 2881 // Q 0 2 1 2 -6 4 3 -1 3 -2 -2 1 -1 -5 0 0 -1 -6 -5 -2 2 4 -1 -9 2882 // E 0 -1 2 4 -6 3 4 0 1 -2 -4 0 -2 -6 0 0 0 -8 -5 -2 3 4 -1 -9 2883 // G 2 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11, -6, -2, 1, 0, -6, 2, 0, -4, -5, -5, -5, -4, -4, -1, 1, -3, 9, -6, -9}, 2910 /* G */ {0, 2, 1, -4, 1, 0, -6, 6, -2, -3, 0, -2, -5, -3, 1, 0, -1, -3, 1, 0, -1, -8, -1, -6, 0, -9}, 2911 /* H */ {0, -1, 1, -4, 1, 1, -2, -2, 8, -3, 0, 0, -2, -2, 2, 0, 3, 2, -1, -1, -3, -3, -1, 0, 2, -9}, 2912 /* I */ {0, -1, -2, -3, -3, -2, 1, -3, -3, 5, 0, -2, 3, 3, -2, -2, -2, -2, -2, 0, 4, -6, -1, -1, -2, -9}, 2913 /* J */ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, 2914 /* K */ {0, -1, 1, -6, 0, 0, -6, -2, 0, -2, 0, 6, -3, 0, 1, -1, 1, 4, 0, 0, -3, -4, -1, -5, 1, -9}, 2915 /* L */ {0, -2, -4, -7, -5, -4, 2, -5, -2, 3, 0, -3, 7, 5, -3, -3, -2, -3, -3, -2, 2, -2, -1, -1, -3, -9}, 2916 /* M */ {0, -1, -2, -6, -3, -2, 0, -3, -2, 3, 0, 0, 5, 7, -2, -2, -1, 0, -2, -1, 2, -5, -1, -3, -2, -9}, 2917 /* N */ {0, 0, 2, -4, 2, 2, -4, 1, 2, -2, 0, 1, -3, -2, 2, 0, 1, 0, 1, 1, -2, -5, 0, -3, 1, -9}, 2918 /* P */ {0, 1, -1, -3, -1, 0, -5, 0, 0, -2, 0, -1, -3, -2, 0, 7, 0, 0, 1, 1, -1, -7, -1, -6, 0, -9}, 2919 /* Q */ {0, 0, 2, -6, 2, 3, -5, -1, 3, -2, 0, 1, -2, -1, 1, 0, 4, 2, 0, -1, -2, -6, -1, -5, 4, -9}, 2920 /* R */ {0, -2, -1, -4, -1, -1, -5, -3, 2, -2, 0, 4, -3, 0, 0, 0, 2, 7, 0, -1, -3, 3, -1, -5, 0, -9}, 2921 /* S */ {0, 1, 1, 0, 0, 0, -4, 1, -1, -2, 0, 0, -3, -2, 1, 1, 0, 0, 2, 1, -1, -3, 0, -3, 0, -9}, 2922 /* T */ {0, 1, 0, -3, 0, 0, -4, 0, -1, 0, 0, 0, -2, -1, 1, 1, -1, -1, 1, 3, 0, -6, 0, -3, 0, -9}, 2923 /* V */ {0, 0, -2, -2, -2, -2, -1, -1, -3, 4, 0, -3, 2, 2, -2, -1, -2, -3, -1, 0, 5, -7, -1, -3, -2, -9}, 2924 /* W */ {0, -7, -6, -9, -8, -8, 1, -8, -3, -6, 0, -4, -2, -5, -5, -7, -6, 3, -3, -6, -7, 22, -5, 0, -7, -9}, 2925 /* X */ {0, 0, -1, -3, -1, -1, -3, -1, -1, -1, 0, -1, -1, -1, 0, -1, -1, -1, 0, 0, -1, -5, -1, -3, -1, -9}, 2926 /* Y */ {0, -4, -4, 1, -5, -5, 9, -6, 0, -1, 0, -5, -1, -3, -3, -6, -5, -5, -3, -3, -3, 0, -3, 13, -5, -9}, 2927 /* Z */ {0, 0, 2, -6, 3, 4, -6, 0, 2, -2, 0, 1, -3, -2, 1, 0, 4, 0, 0, 0, -2, -7, -1, -5, 4, -9}, 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-4, -5, -5, -5, -4, -3, -1, 1, -3, 9, -6, -9}, 2975 /* G */ {0, 2, 1, -4, 1, 0, -6, 5, -2, -3, 0, -2, -4, -3, 1, 0, -1, -3, 1, 0, -1, -8, -1, -6, 0, -9}, 2976 /* H */ {0, -1, 1, -4, 1, 1, -2, -2, 7, -3, 0, 0, -2, -2, 2, 0, 3, 2, -1, -1, -2, -3, -1, 0, 2, -9}, 2977 /* I */ {0, -1, -2, -3, -3, -2, 1, -3, -3, 5, 0, -2, 3, 3, -2, -2, -2, -2, -1, 0, 4, -6, -1, -1, -2, -9}, 2978 /* J */ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, 2979 /* K */ {0, -1, 1, -6, 0, 0, -6, -2, 0, -2, 0, 5, -3, 0, 1, -1, 1, 4, 0, 0, -3, -4, -1, -5, 1, -9}, 2980 /* L */ {0, -2, -4, -7, -4, -4, 3, -4, -2, 3, 0, -3, 7, 5, -3, -3, -2, -3, -3, -2, 2, -2, -1, -1, -3, -9}, 2981 /* M */ {0, -1, -2, -6, -3, -2, 0, -3, -2, 3, 0, 0, 5, 7, -2, -2, -1, 0, -2, -1, 2, -5, -1, -2, -2, -9}, 2982 /* N */ {0, 0, 2, -4, 2, 2, -4, 1, 2, -2, 0, 1, -3, -2, 2, 0, 1, 0, 1, 1, -2, -5, 0, -3, 1, -9}, 2983 /* P */ {0, 1, -1, -3, -1, 0, -5, 0, 0, -2, 0, -1, -3, -2, 0, 7, 0, 0, 1, 1, -1, -6, -1, -6, 0, -9}, 2984 /* Q */ {0, 0, 2, -6, 2, 3, -5, -1, 3, -2, 0, 1, -2, -1, 1, 0, 4, 2, 0, -1, -2, -5, 0, -5, 3, -9}, 2985 /* R */ {0, -2, 0, -4, -1, -1, -5, -3, 2, -2, 0, 4, -3, 0, 0, 0, 2, 7, 0, -1, -3, 3, -1, -5, 0, -9}, 2986 /* S */ {0, 1, 1, 0, 0, 0, -4, 1, -1, -1, 0, 0, -3, -2, 1, 1, 0, 0, 2, 1, -1, -3, 0, -3, 0, -9}, 2987 /* T */ {0, 1, 0, -2, 0, 0, -3, 0, -1, 0, 0, 0, -2, -1, 1, 1, -1, -1, 1, 3, 0, -6, 0, -3, 0, -9}, 2988 /* V */ {0, 0, -2, -2, -2, -2, -1, -1, -2, 4, 0, -3, 2, 2, -2, -1, -2, -3, -1, 0, 5, -7, -1, -3, -2, -9}, 2989 /* W */ {0, -7, -6, -9, -8, -8, 1, -8, -3, -6, 0, -4, -2, -5, -5, -6, -5, 3, -3, -6, -7, 22, -5, 0, -7, -9}, 2990 /* X */ {0, 0, 0, -3, -1, -1, -3, -1, -1, -1, 0, -1, -1, -1, 0, -1, 0, -1, 0, 0, -1, -5, -1, -2, -1, -9}, 2991 /* Y */ {0, -4, -4, 1, -5, -5, 9, -6, 0, -1, 0, -5, -1, -2, -3, -6, -5, -5, -3, -3, -3, 0, -2, 13, -5, -9}, 2992 /* Z */ {0, 0, 2, -6, 3, 4, -6, 0, 2, -2, 0, 1, -3, -2, 1, 0, 3, 0, 0, 0, -2, -7, -1, -5, 4, -9}, 2993 /* * */ {0, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, 0, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, 1}, 2994 } 2995 2996 // # 2997 // # This matrix was produced by "pam" Version 1.0.6 [28-Jul-93] 2998 // # 2999 // # PAM 30 substitution matrix, scale = ln(2)/2 = 0.346574 3000 // # 3001 // # Expected score = -5.06, Entropy = 2.57 bits 3002 // # 3003 // # Lowest score = -17, Highest score = 13 3004 // # 3005 // A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V B Z X * 3006 // A 6 -7 -4 -3 -6 -4 -2 -2 -7 -5 -6 -7 -5 -8 -2 0 -1 -13 -8 -2 -3 -3 -3 -17 3007 // R -7 8 -6 -10 -8 -2 -9 -9 -2 -5 -8 0 -4 -9 -4 -3 -6 -2 -10 -8 -7 -4 -6 -17 3008 // N -4 -6 8 2 -11 -3 -2 -3 0 -5 -7 -1 -9 -9 -6 0 -2 -8 -4 -8 6 -3 -3 -17 3009 // D -3 -10 2 8 -14 -2 2 -3 -4 -7 -12 -4 -11 -15 -8 -4 -5 -15 -11 -8 6 1 -5 -17 3010 // C -6 -8 -11 -14 10 -14 -14 -9 -7 -6 -15 -14 -13 -13 -8 -3 -8 -15 -4 -6 -12 -14 -9 -17 3011 // Q -4 -2 -3 -2 -14 8 1 -7 1 -8 -5 -3 -4 -13 -3 -5 -5 -13 -12 -7 -3 6 -5 -17 3012 // E -2 -9 -2 2 -14 1 8 -4 -5 -5 -9 -4 -7 -14 -5 -4 -6 -17 -8 -6 1 6 -5 -17 3013 // G -2 -9 -3 -3 -9 -7 -4 6 -9 -11 -10 -7 -8 -9 -6 -2 -6 -15 -14 -5 -3 -5 -5 -17 3014 // H -7 -2 0 -4 -7 1 -5 -9 9 -9 -6 -6 -10 -6 -4 -6 -7 -7 -3 -6 -1 -1 -5 -17 3015 // I -5 -5 -5 -7 -6 -8 -5 -11 -9 8 -1 -6 -1 -2 -8 -7 -2 -14 -6 2 -6 -6 -5 -17 3016 // L -6 -8 -7 -12 -15 -5 -9 -10 -6 -1 7 -8 1 -3 -7 -8 -7 -6 -7 -2 -9 -7 -6 -17 3017 // K -7 0 -1 -4 -14 -3 -4 -7 -6 -6 -8 7 -2 -14 -6 -4 -3 -12 -9 -9 -2 -4 -5 -17 3018 // M -5 -4 -9 -11 -13 -4 -7 -8 -10 -1 1 -2 11 -4 -8 -5 -4 -13 -11 -1 -10 -5 -5 -17 3019 // F -8 -9 -9 -15 -13 -13 -14 -9 -6 -2 -3 -14 -4 9 -10 -6 -9 -4 2 -8 -10 -13 -8 -17 3020 // P -2 -4 -6 -8 -8 -3 -5 -6 -4 -8 -7 -6 -8 -10 8 -2 -4 -14 -13 -6 -7 -4 -5 -17 3021 // S 0 -3 0 -4 -3 -5 -4 -2 -6 -7 -8 -4 -5 -6 -2 6 0 -5 -7 -6 -1 -5 -3 -17 3022 // T -1 -6 -2 -5 -8 -5 -6 -6 -7 -2 -7 -3 -4 -9 -4 0 7 -13 -6 -3 -3 -6 -4 -17 3023 // W -13 -2 -8 -15 -15 -13 -17 -15 -7 -14 -6 -12 -13 -4 -14 -5 -13 13 -5 -15 -10 -14 -11 -17 3024 // Y -8 -10 -4 -11 -4 -12 -8 -14 -3 -6 -7 -9 -11 2 -13 -7 -6 -5 10 -7 -6 -9 -7 -17 3025 // V -2 -8 -8 -8 -6 -7 -6 -5 -6 2 -2 -9 -1 -8 -6 -6 -3 -15 -7 7 -8 -6 -5 -17 3026 // B -3 -7 6 6 -12 -3 1 -3 -1 -6 -9 -2 -10 -10 -7 -1 -3 -10 -6 -8 6 0 -5 -17 3027 // Z -3 -4 -3 1 -14 6 6 -5 -1 -6 -7 -4 -5 -13 -4 -5 -6 -14 -9 -6 0 6 -5 -17 3028 // X -3 -6 -3 -5 -9 -5 -5 -5 -5 -5 -6 -5 -5 -8 -5 -3 -4 -11 -7 -5 -5 -5 -5 -17 3029 // * -17 -17 -17 -17 -17 -17 -17 -17 -17 -17 -17 -17 -17 -17 -17 -17 -17 -17 -17 -17 -17 -17 -17 1 3030 // 3031 PAM30 = [][]int{ 3032 /* - A B C D E F G H I J K L M N P Q R S T V W X Y Z * */ 3033 /* - */ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, 3034 /* A */ {0, 6, -3, -6, -3, -2, -8, -2, -7, -5, 0, -7, -6, -5, -4, -2, -4, -7, 0, -1, -2, -13, -3, -8, -3, -17}, 3035 /* B */ {0, -3, 6, -12, 6, 1, -10, -3, -1, -6, 0, -2, -9, -10, 6, -7, -3, -7, -1, -3, -8, -10, -5, -6, 0, -17}, 3036 /* C */ {0, -6, -12, 10, -14, -14, -13, -9, -7, -6, 0, -14, -15, -13, -11, -8, -14, -8, -3, -8, -6, -15, -9, -4, -14, -17}, 3037 /* D */ {0, -3, 6, -14, 8, 2, -15, -3, -4, -7, 0, -4, -12, -11, 2, -8, -2, -10, -4, -5, -8, -15, -5, -11, 1, -17}, 3038 /* E */ {0, -2, 1, -14, 2, 8, -14, -4, -5, -5, 0, -4, -9, -7, -2, -5, 1, -9, -4, -6, -6, -17, -5, -8, 6, -17}, 3039 /* F */ {0, -8, -10, -13, -15, -14, 9, -9, -6, -2, 0, -14, -3, -4, -9, -10, -13, -9, -6, -9, -8, -4, -8, 2, -13, -17}, 3040 /* G */ {0, -2, -3, -9, -3, -4, -9, 6, -9, -11, 0, -7, -10, -8, -3, -6, -7, -9, -2, -6, -5, -15, -5, -14, -5, -17}, 3041 /* H */ {0, -7, -1, -7, -4, -5, -6, -9, 9, -9, 0, -6, -6, -10, 0, -4, 1, -2, -6, -7, -6, -7, -5, -3, -1, -17}, 3042 /* I */ {0, -5, -6, -6, -7, -5, -2, -11, -9, 8, 0, -6, -1, -1, -5, -8, -8, -5, -7, -2, 2, -14, -5, -6, -6, -17}, 3043 /* J */ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, 3044 /* K */ {0, -7, -2, -14, -4, -4, -14, -7, -6, -6, 0, 7, -8, -2, -1, -6, -3, 0, -4, -3, -9, -12, -5, -9, -4, -17}, 3045 /* L */ {0, -6, -9, -15, -12, -9, -3, -10, -6, -1, 0, -8, 7, 1, -7, -7, -5, -8, -8, -7, -2, -6, -6, -7, -7, -17}, 3046 /* M */ {0, -5, -10, -13, -11, -7, -4, -8, -10, -1, 0, -2, 1, 11, -9, -8, -4, -4, -5, -4, -1, -13, -5, -11, -5, -17}, 3047 /* N */ {0, -4, 6, -11, 2, -2, -9, -3, 0, -5, 0, -1, -7, -9, 8, -6, -3, -6, 0, -2, -8, -8, -3, -4, -3, -17}, 3048 /* P */ {0, -2, -7, -8, -8, -5, -10, -6, -4, -8, 0, -6, -7, -8, -6, 8, -3, -4, -2, -4, -6, -14, -5, -13, -4, -17}, 3049 /* Q */ {0, -4, -3, -14, -2, 1, -13, -7, 1, -8, 0, -3, -5, -4, -3, -3, 8, -2, -5, -5, -7, -13, -5, -12, 6, -17}, 3050 /* R */ {0, -7, -7, -8, -10, -9, -9, -9, -2, -5, 0, 0, -8, -4, -6, -4, -2, 8, -3, -6, -8, -2, -6, -10, -4, -17}, 3051 /* S */ {0, 0, -1, -3, -4, -4, -6, -2, -6, -7, 0, -4, -8, -5, 0, -2, -5, -3, 6, 0, -6, -5, -3, -7, -5, -17}, 3052 /* T */ {0, -1, -3, -8, -5, -6, -9, -6, -7, -2, 0, -3, -7, -4, -2, -4, -5, -6, 0, 7, -3, -13, -4, -6, -6, -17}, 3053 /* V */ {0, -2, -8, -6, -8, -6, -8, -5, -6, 2, 0, -9, -2, -1, -8, -6, -7, -8, -6, -3, 7, -15, -5, -7, -6, -17}, 3054 /* W */ {0, -13, -10, -15, -15, -17, -4, -15, -7, -14, 0, -12, -6, -13, -8, -14, -13, -2, -5, -13, -15, 13, -11, -5, -14, -17}, 3055 /* X */ {0, -3, -5, -9, -5, -5, -8, -5, -5, -5, 0, -5, -6, -5, -3, -5, -5, -6, -3, -4, -5, -11, -5, -7, -5, -17}, 3056 /* Y */ {0, -8, -6, -4, -11, -8, 2, -14, -3, -6, 0, -9, -7, -11, -4, -13, -12, -10, -7, -6, -7, -5, -7, 10, -9, -17}, 3057 /* Z */ {0, -3, 0, -14, 1, 6, -13, -5, -1, -6, 0, -4, -7, -5, -3, -4, 6, -4, -5, -6, -6, -14, -5, -9, 6, -17}, 3058 /* * */ {0, -17, -17, -17, -17, -17, -17, -17, -17, -17, 0, -17, -17, -17, -17, -17, -17, -17, -17, -17, -17, -17, -17, -17, -17, 1}, 3059 } 3060 3061 // # 3062 // # This matrix was produced by "pam" Version 1.0.6 [28-Jul-93] 3063 // # 3064 // # PAM 300 substitution matrix, scale = ln(2)/4 = 0.173287 3065 // # 3066 // # Expected score = -0.835, Entropy = 0.254 bits 3067 // # 3068 // # Lowest score = -9, Highest score = 22 3069 // # 3070 // A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V B Z X * 3071 // A 2 -1 0 0 -2 0 0 2 -1 0 -2 -1 -1 -4 1 1 1 -6 -4 0 0 0 0 -9 3072 // R -1 7 0 -1 -4 2 -1 -2 2 -2 -3 4 0 -5 0 0 -1 3 -5 -3 0 0 -1 -9 3073 // N 0 0 2 2 -4 1 2 1 2 -2 -3 1 -2 -4 0 1 0 -5 -2 -2 2 1 0 -9 3074 // D 0 -1 2 4 -6 2 4 1 1 -2 -4 0 -3 -6 -1 0 0 -7 -5 -2 3 3 -1 -9 3075 // C -2 -4 -4 -6 15 -6 -6 -4 -4 -3 -7 -6 -6 -5 -3 0 -2 -9 1 -2 -5 -6 -3 -9 3076 // Q 0 2 1 2 -6 4 3 -1 3 -2 -2 1 -1 -5 0 0 -1 -5 -4 -2 2 3 0 -9 3077 // E 0 -1 2 4 -6 3 4 0 1 -2 -4 0 -2 -6 0 0 0 -8 -5 -2 3 3 -1 -9 3078 // G 2 -2 1 1 -4 -1 0 5 -2 -3 -4 -2 -3 -5 0 1 0 -8 -6 -1 1 0 -1 -9 3079 // H -1 2 2 1 -4 3 1 -2 7 -2 -2 0 -2 -2 0 -1 -1 -3 0 -2 1 2 0 -9 3080 // I 0 -2 -2 -2 -3 -2 -2 -3 -2 5 3 -2 3 1 -2 -1 0 -6 -1 4 -2 -2 -1 -9 3081 // L -2 -3 -3 -4 -7 -2 -4 -4 -2 3 7 -3 4 3 -3 -3 -2 -2 0 2 -4 -3 -1 -9 3082 // K -1 4 1 0 -6 1 0 -2 0 -2 -3 5 0 -6 -1 0 0 -4 -5 -2 1 1 -1 -9 3083 // M -1 0 -2 -3 -6 -1 -2 -3 -2 3 4 0 6 1 -2 -2 -1 -5 -2 2 -2 -2 -1 -9 3084 // F -4 -5 -4 -6 -5 -5 -6 -5 -2 1 3 -6 1 11 -5 -4 -3 1 9 -1 -5 -5 -2 -9 3085 // P 1 0 0 -1 -3 0 0 0 0 -2 -3 -1 -2 -5 6 1 1 -6 -5 -1 0 0 -1 -9 3086 // S 1 0 1 0 0 0 0 1 -1 -1 -3 0 -2 -4 1 1 1 -3 -3 -1 1 0 0 -9 3087 // T 1 -1 0 0 -2 -1 0 0 -1 0 -2 0 -1 -3 1 1 2 -6 -3 0 0 0 0 -9 3088 // W -6 3 -5 -7 -9 -5 -8 -8 -3 -6 -2 -4 -5 1 -6 -3 -6 22 0 -7 -6 -6 -4 -9 3089 // Y -4 -5 -2 -5 1 -4 -5 -6 0 -1 0 -5 -2 9 -5 -3 -3 0 12 -3 -4 -5 -2 -9 3090 // V 0 -3 -2 -2 -2 -2 -2 -1 -2 4 2 -2 2 -1 -1 -1 0 -7 -3 5 -2 -2 0 -9 3091 // B 0 0 2 3 -5 2 3 1 1 -2 -4 1 -2 -5 0 1 0 -6 -4 -2 3 2 0 -9 3092 // Z 0 0 1 3 -6 3 3 0 2 -2 -3 1 -2 -5 0 0 0 -6 -5 -2 2 3 -1 -9 3093 // X 0 -1 0 -1 -3 0 -1 -1 0 -1 -1 -1 -1 -2 -1 0 0 -4 -2 0 0 -1 -1 -9 3094 // * -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 1 3095 // 3096 PAM300 = [][]int{ 3097 /* - A B C D E F G H I J K L M N P Q R S T V W X Y Z * */ 3098 /* - */ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, 3099 /* A */ {0, 2, 0, -2, 0, 0, -4, 2, -1, 0, 0, -1, -2, -1, 0, 1, 0, -1, 1, 1, 0, -6, 0, -4, 0, -9}, 3100 /* B */ {0, 0, 3, -5, 3, 3, -5, 1, 1, -2, 0, 1, -4, -2, 2, 0, 2, 0, 1, 0, -2, -6, 0, -4, 2, -9}, 3101 /* C */ {0, -2, -5, 15, -6, -6, -5, -4, -4, -3, 0, -6, -7, -6, -4, -3, -6, -4, 0, -2, -2, -9, -3, 1, -6, -9}, 3102 /* D */ {0, 0, 3, -6, 4, 4, -6, 1, 1, -2, 0, 0, -4, -3, 2, -1, 2, -1, 0, 0, -2, -7, -1, -5, 3, -9}, 3103 /* E */ {0, 0, 3, -6, 4, 4, -6, 0, 1, -2, 0, 0, -4, -2, 2, 0, 3, -1, 0, 0, -2, -8, -1, -5, 3, -9}, 3104 /* F */ {0, -4, -5, -5, -6, -6, 11, -5, -2, 1, 0, -6, 3, 1, -4, -5, -5, -5, -4, -3, -1, 1, -2, 9, -5, -9}, 3105 /* G */ {0, 2, 1, -4, 1, 0, -5, 5, -2, -3, 0, -2, -4, -3, 1, 0, -1, -2, 1, 0, -1, -8, -1, -6, 0, -9}, 3106 /* H */ {0, -1, 1, -4, 1, 1, -2, -2, 7, -2, 0, 0, -2, -2, 2, 0, 3, 2, -1, -1, -2, -3, 0, 0, 2, -9}, 3107 /* I */ {0, 0, -2, -3, -2, -2, 1, -3, -2, 5, 0, -2, 3, 3, -2, -2, -2, -2, -1, 0, 4, -6, -1, -1, -2, -9}, 3108 /* J */ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, 3109 /* K */ {0, -1, 1, -6, 0, 0, -6, -2, 0, -2, 0, 5, -3, 0, 1, -1, 1, 4, 0, 0, -2, -4, -1, -5, 1, -9}, 3110 /* L */ {0, -2, -4, -7, -4, -4, 3, -4, -2, 3, 0, -3, 7, 4, -3, -3, -2, -3, -3, -2, 2, -2, -1, 0, -3, -9}, 3111 /* M */ {0, -1, -2, -6, -3, -2, 1, -3, -2, 3, 0, 0, 4, 6, -2, -2, -1, 0, -2, -1, 2, -5, -1, -2, -2, -9}, 3112 /* N */ {0, 0, 2, -4, 2, 2, -4, 1, 2, -2, 0, 1, -3, -2, 2, 0, 1, 0, 1, 0, -2, -5, 0, -2, 1, -9}, 3113 /* P */ {0, 1, 0, -3, -1, 0, -5, 0, 0, -2, 0, -1, -3, -2, 0, 6, 0, 0, 1, 1, -1, -6, -1, -5, 0, -9}, 3114 /* Q */ {0, 0, 2, -6, 2, 3, -5, -1, 3, -2, 0, 1, -2, -1, 1, 0, 4, 2, 0, -1, -2, -5, 0, -4, 3, -9}, 3115 /* R */ {0, -1, 0, -4, -1, -1, -5, -2, 2, -2, 0, 4, -3, 0, 0, 0, 2, 7, 0, -1, -3, 3, -1, -5, 0, -9}, 3116 /* S */ {0, 1, 1, 0, 0, 0, -4, 1, -1, -1, 0, 0, -3, -2, 1, 1, 0, 0, 1, 1, -1, -3, 0, -3, 0, -9}, 3117 /* T */ {0, 1, 0, -2, 0, 0, -3, 0, -1, 0, 0, 0, -2, -1, 0, 1, -1, -1, 1, 2, 0, -6, 0, -3, 0, -9}, 3118 /* V */ {0, 0, -2, -2, -2, -2, -1, -1, -2, 4, 0, -2, 2, 2, -2, -1, -2, -3, -1, 0, 5, -7, 0, -3, -2, -9}, 3119 /* W */ {0, -6, -6, -9, -7, -8, 1, -8, -3, -6, 0, -4, -2, -5, -5, -6, -5, 3, -3, -6, -7, 22, -4, 0, -6, -9}, 3120 /* X */ {0, 0, 0, -3, -1, -1, -2, -1, 0, -1, 0, -1, -1, -1, 0, -1, 0, -1, 0, 0, 0, -4, -1, -2, -1, -9}, 3121 /* Y */ {0, -4, -4, 1, -5, -5, 9, -6, 0, -1, 0, -5, 0, -2, -2, -5, -4, -5, -3, -3, -3, 0, -2, 12, -5, -9}, 3122 /* Z */ {0, 0, 2, -6, 3, 3, -5, 0, 2, -2, 0, 1, -3, -2, 1, 0, 3, 0, 0, 0, -2, -6, -1, -5, 3, -9}, 3123 /* * */ {0, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, 0, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, 1}, 3124 } 3125 3126 // # 3127 // # This matrix was produced by "pam" Version 1.0.6 [28-Jul-93] 3128 // # 3129 // # PAM 310 substitution matrix, scale = ln(2)/4 = 0.173287 3130 // # 3131 // # Expected score = -0.779, Entropy = 0.238 bits 3132 // # 3133 // # Lowest score = -9, Highest score = 22 3134 // # 3135 // A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V B Z X * 3136 // A 2 -1 0 0 -2 0 0 1 -1 0 -2 -1 -1 -4 1 1 1 -6 -4 0 0 0 0 -9 3137 // R -1 6 0 -1 -4 1 -1 -2 2 -2 -3 4 0 -5 0 0 -1 3 -4 -2 0 0 -1 -9 3138 // N 0 0 2 2 -4 1 2 1 2 -2 -3 1 -2 -4 0 1 0 -4 -2 -2 2 1 0 -9 3139 // D 0 -1 2 4 -5 2 4 1 1 -2 -4 0 -2 -6 -1 0 0 -7 -5 -2 3 3 -1 -9 3140 // C -2 -4 -4 -5 15 -6 -6 -3 -4 -2 -6 -6 -6 -4 -3 0 -2 -9 1 -2 -5 -6 -3 -9 3141 // Q 0 1 1 2 -6 4 3 -1 3 -2 -2 1 -1 -5 0 0 -1 -5 -4 -2 2 3 0 -9 3142 // E 0 -1 2 4 -6 3 4 1 1 -2 -3 0 -2 -6 0 0 0 -7 -5 -2 3 3 -1 -9 3143 // G 1 -2 1 1 -3 -1 1 5 -2 -2 -4 -1 -3 -5 0 1 0 -8 -6 -1 1 0 -1 -9 3144 // H -1 2 2 1 -4 3 1 -2 7 -2 -2 0 -2 -2 0 -1 -1 -3 0 -2 1 2 0 -9 3145 // I 0 -2 -2 -2 -2 -2 -2 -2 -2 4 3 -2 3 1 -2 -1 0 -5 -1 4 -2 -2 -1 -9 3146 // L -2 -3 -3 -4 -6 -2 -3 -4 -2 3 7 -3 4 3 -3 -3 -2 -2 0 2 -3 -3 -1 -9 3147 // K -1 4 1 0 -6 1 0 -1 0 -2 -3 5 0 -5 -1 0 0 -3 -5 -2 1 1 -1 -9 3148 // M -1 0 -2 -2 -6 -1 -2 -3 -2 3 4 0 6 1 -2 -2 -1 -4 -2 2 -2 -2 -1 -9 3149 // F -4 -5 -4 -6 -4 -5 -6 -5 -2 1 3 -5 1 11 -5 -4 -3 1 9 -1 -5 -5 -2 -9 3150 // P 1 0 0 -1 -3 0 0 0 0 -2 -3 -1 -2 -5 6 1 1 -6 -5 -1 0 0 0 -9 3151 // S 1 0 1 0 0 0 0 1 -1 -1 -3 0 -2 -4 1 1 1 -3 -3 -1 1 0 0 -9 3152 // T 1 -1 0 0 -2 -1 0 0 -1 0 -2 0 -1 -3 1 1 2 -6 -3 0 0 0 0 -9 3153 // W -6 3 -4 -7 -9 -5 -7 -8 -3 -5 -2 -3 -4 1 -6 -3 -6 22 0 -7 -6 -6 -4 -9 3154 // Y -4 -4 -2 -5 1 -4 -5 -6 0 -1 0 -5 -2 9 -5 -3 -3 0 12 -2 -4 -4 -2 -9 3155 // V 0 -2 -2 -2 -2 -2 -2 -1 -2 4 2 -2 2 -1 -1 -1 0 -7 -2 4 -2 -2 0 -9 3156 // B 0 0 2 3 -5 2 3 1 1 -2 -3 1 -2 -5 0 1 0 -6 -4 -2 3 2 0 -9 3157 // Z 0 0 1 3 -6 3 3 0 2 -2 -3 1 -2 -5 0 0 0 -6 -4 -2 2 3 0 -9 3158 // X 0 -1 0 -1 -3 0 -1 -1 0 -1 -1 -1 -1 -2 0 0 0 -4 -2 0 0 0 -1 -9 3159 // * -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 1 3160 // 3161 PAM310 = [][]int{ 3162 /* - A B C D E F G H I J K L M N P Q R S T V W X Y Z * */ 3163 /* - */ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, 3164 /* A */ {0, 2, 0, -2, 0, 0, -4, 1, -1, 0, 0, -1, -2, -1, 0, 1, 0, -1, 1, 1, 0, -6, 0, -4, 0, -9}, 3165 /* B */ {0, 0, 3, -5, 3, 3, -5, 1, 1, -2, 0, 1, -3, -2, 2, 0, 2, 0, 1, 0, -2, -6, 0, -4, 2, -9}, 3166 /* C */ {0, -2, -5, 15, -5, -6, -4, -3, -4, -2, 0, -6, -6, -6, -4, -3, -6, -4, 0, -2, -2, -9, -3, 1, -6, -9}, 3167 /* D */ {0, 0, 3, -5, 4, 4, -6, 1, 1, -2, 0, 0, -4, -2, 2, -1, 2, -1, 0, 0, -2, -7, -1, -5, 3, -9}, 3168 /* E */ {0, 0, 3, -6, 4, 4, -6, 1, 1, -2, 0, 0, -3, -2, 2, 0, 3, -1, 0, 0, -2, -7, -1, -5, 3, -9}, 3169 /* F */ {0, -4, -5, -4, -6, -6, 11, -5, -2, 1, 0, -5, 3, 1, -4, -5, -5, -5, -4, -3, -1, 1, -2, 9, -5, -9}, 3170 /* G */ {0, 1, 1, -3, 1, 1, -5, 5, -2, -2, 0, -1, -4, -3, 1, 0, -1, -2, 1, 0, -1, -8, -1, -6, 0, -9}, 3171 /* H */ {0, -1, 1, -4, 1, 1, -2, -2, 7, -2, 0, 0, -2, -2, 2, 0, 3, 2, -1, -1, -2, -3, 0, 0, 2, -9}, 3172 /* I */ {0, 0, -2, -2, -2, -2, 1, -2, -2, 4, 0, -2, 3, 3, -2, -2, -2, -2, -1, 0, 4, -5, -1, -1, -2, -9}, 3173 /* J */ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, 3174 /* K */ {0, -1, 1, -6, 0, 0, -5, -1, 0, -2, 0, 5, -3, 0, 1, -1, 1, 4, 0, 0, -2, -3, -1, -5, 1, -9}, 3175 /* L */ {0, -2, -3, -6, -4, -3, 3, -4, -2, 3, 0, -3, 7, 4, -3, -3, -2, -3, -3, -2, 2, -2, -1, 0, -3, -9}, 3176 /* M */ {0, -1, -2, -6, -2, -2, 1, -3, -2, 3, 0, 0, 4, 6, -2, -2, -1, 0, -2, -1, 2, -4, -1, -2, -2, -9}, 3177 /* N */ {0, 0, 2, -4, 2, 2, -4, 1, 2, -2, 0, 1, -3, -2, 2, 0, 1, 0, 1, 0, -2, -4, 0, -2, 1, -9}, 3178 /* P */ {0, 1, 0, -3, -1, 0, -5, 0, 0, -2, 0, -1, -3, -2, 0, 6, 0, 0, 1, 1, -1, -6, 0, -5, 0, -9}, 3179 /* Q */ {0, 0, 2, -6, 2, 3, -5, -1, 3, -2, 0, 1, -2, -1, 1, 0, 4, 1, 0, -1, -2, -5, 0, -4, 3, -9}, 3180 /* R */ {0, -1, 0, -4, -1, -1, -5, -2, 2, -2, 0, 4, -3, 0, 0, 0, 1, 6, 0, -1, -2, 3, -1, -4, 0, -9}, 3181 /* S */ {0, 1, 1, 0, 0, 0, -4, 1, -1, -1, 0, 0, -3, -2, 1, 1, 0, 0, 1, 1, -1, -3, 0, -3, 0, -9}, 3182 /* T */ {0, 1, 0, -2, 0, 0, -3, 0, -1, 0, 0, 0, -2, -1, 0, 1, -1, -1, 1, 2, 0, -6, 0, -3, 0, -9}, 3183 /* V */ {0, 0, -2, -2, -2, -2, -1, -1, -2, 4, 0, -2, 2, 2, -2, -1, -2, -2, -1, 0, 4, -7, 0, -2, -2, -9}, 3184 /* W */ {0, -6, -6, -9, -7, -7, 1, -8, -3, -5, 0, -3, -2, -4, -4, -6, -5, 3, -3, -6, -7, 22, -4, 0, -6, -9}, 3185 /* X */ {0, 0, 0, -3, -1, -1, -2, -1, 0, -1, 0, -1, -1, -1, 0, 0, 0, -1, 0, 0, 0, -4, -1, -2, 0, -9}, 3186 /* Y */ {0, -4, -4, 1, -5, -5, 9, -6, 0, -1, 0, -5, 0, -2, -2, -5, -4, -4, -3, -3, -2, 0, -2, 12, -4, -9}, 3187 /* Z */ {0, 0, 2, -6, 3, 3, -5, 0, 2, -2, 0, 1, -3, -2, 1, 0, 3, 0, 0, 0, -2, -6, 0, -4, 3, -9}, 3188 /* * */ {0, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, 0, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, 1}, 3189 } 3190 3191 // # 3192 // # This matrix was produced by "pam" Version 1.0.6 [28-Jul-93] 3193 // # 3194 // # PAM 320 substitution matrix, scale = ln(2)/4 = 0.173287 3195 // # 3196 // # Expected score = -0.741, Entropy = 0.224 bits 3197 // # 3198 // # Lowest score = -8, Highest score = 22 3199 // # 3200 // A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V B Z X * 3201 // A 1 -1 0 1 -2 0 0 1 -1 0 -2 -1 -1 -4 1 1 1 -6 -4 0 0 0 0 -8 3202 // R -1 6 0 -1 -4 1 -1 -2 2 -2 -3 4 0 -5 0 0 -1 3 -4 -2 0 0 -1 -8 3203 // N 0 0 2 2 -4 1 2 1 2 -2 -3 1 -2 -4 0 1 0 -4 -2 -2 2 1 0 -8 3204 // D 1 -1 2 4 -5 2 3 1 1 -2 -4 0 -2 -6 0 0 0 -7 -5 -2 3 3 -1 -8 3205 // C -2 -4 -4 -5 15 -5 -5 -3 -4 -2 -6 -6 -5 -4 -3 0 -2 -8 1 -2 -4 -5 -3 -8 3206 // Q 0 1 1 2 -5 4 2 -1 3 -2 -2 1 -1 -5 0 0 0 -5 -4 -2 2 3 0 -8 3207 // E 0 -1 2 3 -5 2 4 1 1 -2 -3 0 -2 -5 0 0 0 -7 -5 -2 3 3 0 -8 3208 // G 1 -2 1 1 -3 -1 1 5 -2 -2 -4 -1 -3 -5 0 1 0 -7 -5 -1 1 0 -1 -8 3209 // H -1 2 2 1 -4 3 1 -2 6 -2 -2 0 -2 -2 0 -1 -1 -3 0 -2 1 2 0 -8 3210 // I 0 -2 -2 -2 -2 -2 -2 -2 -2 4 3 -2 2 1 -2 -1 0 -5 -1 4 -2 -2 0 -8 3211 // L -2 -3 -3 -4 -6 -2 -3 -4 -2 3 7 -3 4 3 -2 -3 -2 -2 0 2 -3 -3 -1 -8 3212 // K -1 4 1 0 -6 1 0 -1 0 -2 -3 5 0 -5 -1 0 0 -3 -5 -2 1 1 -1 -8 3213 // M -1 0 -2 -2 -5 -1 -2 -3 -2 2 4 0 6 1 -2 -1 -1 -4 -2 2 -2 -2 0 -8 3214 // F -4 -5 -4 -6 -4 -5 -5 -5 -2 1 3 -5 1 11 -5 -3 -3 1 9 -1 -5 -5 -2 -8 3215 // P 1 0 0 0 -3 0 0 0 0 -2 -2 -1 -2 -5 6 1 1 -6 -5 -1 0 0 0 -8 3216 // S 1 0 1 0 0 0 0 1 -1 -1 -3 0 -1 -3 1 1 1 -3 -3 -1 1 0 0 -8 3217 // T 1 -1 0 0 -2 0 0 0 -1 0 -2 0 -1 -3 1 1 2 -5 -3 0 0 0 0 -8 3218 // W -6 3 -4 -7 -8 -5 -7 -7 -3 -5 -2 -3 -4 1 -6 -3 -5 22 1 -6 -6 -6 -4 -8 3219 // Y -4 -4 -2 -5 1 -4 -5 -5 0 -1 0 -5 -2 9 -5 -3 -3 1 12 -2 -3 -4 -2 -8 3220 // V 0 -2 -2 -2 -2 -2 -2 -1 -2 4 2 -2 2 -1 -1 -1 0 -6 -2 4 -2 -2 0 -8 3221 // B 0 0 2 3 -4 2 3 1 1 -2 -3 1 -2 -5 0 1 0 -6 -3 -2 2 2 0 -8 3222 // Z 0 0 1 3 -5 3 3 0 2 -2 -3 1 -2 -5 0 0 0 -6 -4 -2 2 3 0 -8 3223 // X 0 -1 0 -1 -3 0 0 -1 0 0 -1 -1 0 -2 0 0 0 -4 -2 0 0 0 -1 -8 3224 // * -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 1 3225 // 3226 PAM320 = [][]int{ 3227 /* - A B C D E F G H I J K L M N P Q R S T V W X Y Z * */ 3228 /* - */ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, 3229 /* A */ {0, 1, 0, -2, 1, 0, -4, 1, -1, 0, 0, -1, -2, -1, 0, 1, 0, -1, 1, 1, 0, -6, 0, -4, 0, -8}, 3230 /* B */ {0, 0, 2, -4, 3, 3, -5, 1, 1, -2, 0, 1, -3, -2, 2, 0, 2, 0, 1, 0, -2, -6, 0, -3, 2, -8}, 3231 /* C */ {0, -2, -4, 15, -5, -5, -4, -3, -4, -2, 0, -6, -6, -5, -4, -3, -5, -4, 0, -2, -2, -8, -3, 1, -5, -8}, 3232 /* D */ {0, 1, 3, -5, 4, 3, -6, 1, 1, -2, 0, 0, -4, -2, 2, 0, 2, -1, 0, 0, -2, -7, -1, -5, 3, -8}, 3233 /* E */ {0, 0, 3, -5, 3, 4, -5, 1, 1, -2, 0, 0, -3, -2, 2, 0, 2, -1, 0, 0, -2, -7, 0, -5, 3, -8}, 3234 /* F */ {0, -4, -5, -4, -6, -5, 11, -5, -2, 1, 0, -5, 3, 1, -4, -5, -5, -5, -3, -3, -1, 1, -2, 9, -5, -8}, 3235 /* G */ {0, 1, 1, -3, 1, 1, -5, 5, -2, -2, 0, -1, -4, -3, 1, 0, -1, -2, 1, 0, -1, -7, -1, -5, 0, -8}, 3236 /* H */ {0, -1, 1, -4, 1, 1, -2, -2, 6, -2, 0, 0, -2, -2, 2, 0, 3, 2, -1, -1, -2, -3, 0, 0, 2, -8}, 3237 /* I */ {0, 0, -2, -2, -2, -2, 1, -2, -2, 4, 0, -2, 3, 2, -2, -2, -2, -2, -1, 0, 4, -5, 0, -1, -2, -8}, 3238 /* J */ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, 3239 /* K */ {0, -1, 1, -6, 0, 0, -5, -1, 0, -2, 0, 5, -3, 0, 1, -1, 1, 4, 0, 0, -2, -3, -1, -5, 1, -8}, 3240 /* L */ {0, -2, -3, -6, -4, -3, 3, -4, -2, 3, 0, -3, 7, 4, -3, -2, -2, -3, -3, -2, 2, -2, -1, 0, -3, -8}, 3241 /* M */ {0, -1, -2, -5, -2, -2, 1, -3, -2, 2, 0, 0, 4, 6, -2, -2, -1, 0, -1, -1, 2, -4, 0, -2, -2, -8}, 3242 /* N */ {0, 0, 2, -4, 2, 2, -4, 1, 2, -2, 0, 1, -3, -2, 2, 0, 1, 0, 1, 0, -2, -4, 0, -2, 1, -8}, 3243 /* P */ {0, 1, 0, -3, 0, 0, -5, 0, 0, -2, 0, -1, -2, -2, 0, 6, 0, 0, 1, 1, -1, -6, 0, -5, 0, -8}, 3244 /* Q */ {0, 0, 2, -5, 2, 2, -5, -1, 3, -2, 0, 1, -2, -1, 1, 0, 4, 1, 0, 0, -2, -5, 0, -4, 3, -8}, 3245 /* R */ {0, -1, 0, -4, -1, -1, -5, -2, 2, -2, 0, 4, -3, 0, 0, 0, 1, 6, 0, -1, -2, 3, -1, -4, 0, -8}, 3246 /* S */ {0, 1, 1, 0, 0, 0, -3, 1, -1, -1, 0, 0, -3, -1, 1, 1, 0, 0, 1, 1, -1, -3, 0, -3, 0, -8}, 3247 /* T */ {0, 1, 0, -2, 0, 0, -3, 0, -1, 0, 0, 0, -2, -1, 0, 1, 0, -1, 1, 2, 0, -5, 0, -3, 0, -8}, 3248 /* V */ {0, 0, -2, -2, -2, -2, -1, -1, -2, 4, 0, -2, 2, 2, -2, -1, -2, -2, -1, 0, 4, -6, 0, -2, -2, -8}, 3249 /* W */ {0, -6, -6, -8, -7, -7, 1, -7, -3, -5, 0, -3, -2, -4, -4, -6, -5, 3, -3, -5, -6, 22, -4, 1, -6, -8}, 3250 /* X */ {0, 0, 0, -3, -1, 0, -2, -1, 0, 0, 0, -1, -1, 0, 0, 0, 0, -1, 0, 0, 0, -4, -1, -2, 0, -8}, 3251 /* Y */ {0, -4, -3, 1, -5, -5, 9, -5, 0, -1, 0, -5, 0, -2, -2, -5, -4, -4, -3, -3, -2, 1, -2, 12, -4, -8}, 3252 /* Z */ {0, 0, 2, -5, 3, 3, -5, 0, 2, -2, 0, 1, -3, -2, 1, 0, 3, 0, 0, 0, -2, -6, 0, -4, 3, -8}, 3253 /* * */ {0, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, 0, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, 1}, 3254 } 3255 3256 // # 3257 // # This matrix was produced by "pam" Version 1.0.6 [28-Jul-93] 3258 // # 3259 // # PAM 330 substitution matrix, scale = ln(2)/4 = 0.173287 3260 // # 3261 // # Expected score = -0.693, Entropy = 0.210 bits 3262 // # 3263 // # Lowest score = -8, Highest score = 22 3264 // # 3265 // A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V B Z X * 3266 // A 1 -1 0 1 -2 0 0 1 -1 0 -2 -1 -1 -3 1 1 1 -6 -3 0 0 0 0 -8 3267 // R -1 6 0 -1 -4 1 -1 -2 2 -2 -3 4 0 -4 0 0 -1 3 -4 -2 0 0 -1 -8 3268 // N 0 0 2 2 -4 1 2 1 1 -2 -3 1 -1 -3 0 1 0 -4 -2 -1 2 1 0 -8 3269 // D 1 -1 2 3 -5 2 3 1 1 -2 -4 0 -2 -5 0 0 0 -7 -4 -2 3 3 0 -8 3270 // C -2 -4 -4 -5 15 -5 -5 -3 -3 -2 -6 -5 -5 -4 -3 0 -2 -8 1 -2 -4 -5 -3 -8 3271 // Q 0 1 1 2 -5 3 2 -1 3 -2 -2 1 -1 -4 0 0 0 -5 -4 -2 1 3 0 -8 3272 // E 0 -1 2 3 -5 2 3 1 1 -2 -3 0 -2 -5 0 0 0 -7 -4 -2 2 3 0 -8 3273 // G 1 -2 1 1 -3 -1 1 5 -2 -2 -4 -1 -2 -5 0 1 0 -7 -5 -1 1 0 -1 -8 3274 // H -1 2 1 1 -3 3 1 -2 6 -2 -2 0 -2 -2 0 -1 -1 -3 0 -2 1 2 0 -8 3275 // I 0 -2 -2 -2 -2 -2 -2 -2 -2 4 3 -2 2 1 -2 -1 0 -5 0 4 -2 -2 0 -8 3276 // L -2 -3 -3 -4 -6 -2 -3 -4 -2 3 6 -3 4 3 -2 -3 -1 -2 0 2 -3 -2 -1 -8 3277 // K -1 4 1 0 -5 1 0 -1 0 -2 -3 5 0 -5 -1 0 0 -3 -4 -2 1 1 -1 -8 3278 // M -1 0 -1 -2 -5 -1 -2 -2 -2 2 4 0 5 1 -2 -1 0 -4 -2 2 -2 -1 0 -8 3279 // F -3 -4 -3 -5 -4 -4 -5 -5 -2 1 3 -5 1 10 -5 -3 -3 1 9 -1 -4 -5 -2 -8 3280 // P 1 0 0 0 -3 0 0 0 0 -2 -2 -1 -2 -5 6 1 1 -6 -5 -1 0 0 0 -8 3281 // S 1 0 1 0 0 0 0 1 -1 -1 -3 0 -1 -3 1 1 1 -3 -3 -1 1 0 0 -8 3282 // T 1 -1 0 0 -2 0 0 0 -1 0 -1 0 0 -3 1 1 2 -5 -3 0 0 0 0 -8 3283 // W -6 3 -4 -7 -8 -5 -7 -7 -3 -5 -2 -3 -4 1 -6 -3 -5 22 1 -6 -5 -6 -4 -8 3284 // Y -3 -4 -2 -4 1 -4 -4 -5 0 0 0 -4 -2 9 -5 -3 -3 1 12 -2 -3 -4 -2 -8 3285 // V 0 -2 -1 -2 -2 -2 -2 -1 -2 4 2 -2 2 -1 -1 -1 0 -6 -2 4 -2 -2 0 -8 3286 // B 0 0 2 3 -4 1 2 1 1 -2 -3 1 -2 -4 0 1 0 -5 -3 -2 2 2 0 -8 3287 // Z 0 0 1 3 -5 3 3 0 2 -2 -2 1 -1 -5 0 0 0 -6 -4 -2 2 3 0 -8 3288 // X 0 -1 0 0 -3 0 0 -1 0 0 -1 -1 0 -2 0 0 0 -4 -2 0 0 0 -1 -8 3289 // * -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 1 3290 // 3291 PAM330 = [][]int{ 3292 /* - A B C D E F G H I J K L M N P Q R S T V W X Y Z * */ 3293 /* - */ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, 3294 /* A */ {0, 1, 0, -2, 1, 0, -3, 1, -1, 0, 0, -1, -2, -1, 0, 1, 0, -1, 1, 1, 0, -6, 0, -3, 0, -8}, 3295 /* B */ {0, 0, 2, -4, 3, 2, -4, 1, 1, -2, 0, 1, -3, -2, 2, 0, 1, 0, 1, 0, -2, -5, 0, -3, 2, -8}, 3296 /* C */ {0, -2, -4, 15, -5, -5, -4, -3, -3, -2, 0, -5, -6, -5, -4, -3, -5, -4, 0, -2, -2, -8, -3, 1, -5, -8}, 3297 /* D */ {0, 1, 3, -5, 3, 3, -5, 1, 1, -2, 0, 0, -4, -2, 2, 0, 2, -1, 0, 0, -2, -7, 0, -4, 3, -8}, 3298 /* E */ {0, 0, 2, -5, 3, 3, -5, 1, 1, -2, 0, 0, -3, -2, 2, 0, 2, -1, 0, 0, -2, -7, 0, -4, 3, -8}, 3299 /* F */ {0, -3, -4, -4, -5, -5, 10, -5, -2, 1, 0, -5, 3, 1, -3, -5, -4, -4, -3, -3, -1, 1, -2, 9, -5, -8}, 3300 /* G */ {0, 1, 1, -3, 1, 1, -5, 5, -2, -2, 0, -1, -4, -2, 1, 0, -1, -2, 1, 0, -1, -7, -1, -5, 0, -8}, 3301 /* H */ {0, -1, 1, -3, 1, 1, -2, -2, 6, -2, 0, 0, -2, -2, 1, 0, 3, 2, -1, -1, -2, -3, 0, 0, 2, -8}, 3302 /* I */ {0, 0, -2, -2, -2, -2, 1, -2, -2, 4, 0, -2, 3, 2, -2, -2, -2, -2, -1, 0, 4, -5, 0, 0, -2, -8}, 3303 /* J */ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, 3304 /* K */ {0, -1, 1, -5, 0, 0, -5, -1, 0, -2, 0, 5, -3, 0, 1, -1, 1, 4, 0, 0, -2, -3, -1, -4, 1, -8}, 3305 /* L */ {0, -2, -3, -6, -4, -3, 3, -4, -2, 3, 0, -3, 6, 4, -3, -2, -2, -3, -3, -1, 2, -2, -1, 0, -2, -8}, 3306 /* M */ {0, -1, -2, -5, -2, -2, 1, -2, -2, 2, 0, 0, 4, 5, -1, -2, -1, 0, -1, 0, 2, -4, 0, -2, -1, -8}, 3307 /* N */ {0, 0, 2, -4, 2, 2, -3, 1, 1, -2, 0, 1, -3, -1, 2, 0, 1, 0, 1, 0, -1, -4, 0, -2, 1, -8}, 3308 /* P */ {0, 1, 0, -3, 0, 0, -5, 0, 0, -2, 0, -1, -2, -2, 0, 6, 0, 0, 1, 1, -1, -6, 0, -5, 0, -8}, 3309 /* Q */ {0, 0, 1, -5, 2, 2, -4, -1, 3, -2, 0, 1, -2, -1, 1, 0, 3, 1, 0, 0, -2, -5, 0, -4, 3, -8}, 3310 /* R */ {0, -1, 0, -4, -1, -1, -4, -2, 2, -2, 0, 4, -3, 0, 0, 0, 1, 6, 0, -1, -2, 3, -1, -4, 0, -8}, 3311 /* S */ {0, 1, 1, 0, 0, 0, -3, 1, -1, -1, 0, 0, -3, -1, 1, 1, 0, 0, 1, 1, -1, -3, 0, -3, 0, -8}, 3312 /* T */ {0, 1, 0, -2, 0, 0, -3, 0, -1, 0, 0, 0, -1, 0, 0, 1, 0, -1, 1, 2, 0, -5, 0, -3, 0, -8}, 3313 /* V */ {0, 0, -2, -2, -2, -2, -1, -1, -2, 4, 0, -2, 2, 2, -1, -1, -2, -2, -1, 0, 4, -6, 0, -2, -2, -8}, 3314 /* W */ {0, -6, -5, -8, -7, -7, 1, -7, -3, -5, 0, -3, -2, -4, -4, -6, -5, 3, -3, -5, -6, 22, -4, 1, -6, -8}, 3315 /* X */ {0, 0, 0, -3, 0, 0, -2, -1, 0, 0, 0, -1, -1, 0, 0, 0, 0, -1, 0, 0, 0, -4, -1, -2, 0, -8}, 3316 /* Y */ {0, -3, -3, 1, -4, -4, 9, -5, 0, 0, 0, -4, 0, -2, -2, -5, -4, -4, -3, -3, -2, 1, -2, 12, -4, -8}, 3317 /* Z */ {0, 0, 2, -5, 3, 3, -5, 0, 2, -2, 0, 1, -2, -1, 1, 0, 3, 0, 0, 0, -2, -6, 0, -4, 3, -8}, 3318 /* * */ {0, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, 0, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, 1}, 3319 } 3320 3321 // # 3322 // # This matrix was produced by "pam" Version 1.0.6 [28-Jul-93] 3323 // # 3324 // # PAM 340 substitution matrix, scale = ln(2)/4 = 0.173287 3325 // # 3326 // # Expected score = -0.680, Entropy = 0.198 bits 3327 // # 3328 // # Lowest score = -8, Highest score = 22 3329 // # 3330 // A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V B Z X * 3331 // A 1 -1 0 1 -2 0 0 1 -1 0 -2 -1 -1 -3 1 1 1 -6 -3 0 0 0 0 -8 3332 // R -1 6 0 -1 -4 1 0 -2 2 -2 -3 4 0 -4 0 0 0 3 -4 -2 0 0 -1 -8 3333 // N 0 0 1 2 -3 1 1 1 1 -2 -3 1 -1 -3 0 1 0 -4 -2 -1 2 1 0 -8 3334 // D 1 -1 2 3 -5 2 3 1 1 -2 -4 0 -2 -5 0 0 0 -7 -4 -2 3 3 0 -8 3335 // C -2 -4 -3 -5 15 -5 -5 -3 -3 -2 -6 -5 -5 -4 -3 0 -2 -8 1 -2 -4 -5 -3 -8 3336 // Q 0 1 1 2 -5 3 2 -1 3 -2 -2 1 -1 -4 0 0 0 -5 -4 -2 1 3 0 -8 3337 // E 0 0 1 3 -5 2 3 1 1 -2 -3 0 -2 -5 0 0 0 -7 -4 -1 2 3 0 -8 3338 // G 1 -2 1 1 -3 -1 1 4 -2 -2 -4 -1 -2 -5 0 1 0 -7 -5 -1 1 0 -1 -8 3339 // H -1 2 1 1 -3 3 1 -2 6 -2 -2 0 -2 -2 0 0 -1 -2 0 -2 1 2 0 -8 3340 // I 0 -2 -2 -2 -2 -2 -2 -2 -2 4 3 -2 2 1 -2 -1 0 -5 0 3 -2 -2 0 -8 3341 // L -2 -3 -3 -4 -6 -2 -3 -4 -2 3 6 -3 4 3 -2 -2 -1 -2 0 2 -3 -2 -1 -8 3342 // K -1 4 1 0 -5 1 0 -1 0 -2 -3 4 0 -5 -1 0 0 -3 -4 -2 1 1 0 -8 3343 // M -1 0 -1 -2 -5 -1 -2 -2 -2 2 4 0 5 1 -2 -1 0 -4 -2 2 -2 -1 0 -8 3344 // F -3 -4 -3 -5 -4 -4 -5 -5 -2 1 3 -5 1 10 -4 -3 -3 1 9 -1 -4 -5 -2 -8 3345 // P 1 0 0 0 -3 0 0 0 0 -2 -2 -1 -2 -4 5 1 1 -5 -5 -1 0 0 0 -8 3346 // S 1 0 1 0 0 0 0 1 0 -1 -2 0 -1 -3 1 1 1 -3 -3 -1 1 0 0 -8 3347 // T 1 0 0 0 -2 0 0 0 -1 0 -1 0 0 -3 1 1 2 -5 -3 0 0 0 0 -8 3348 // W -6 3 -4 -7 -8 -5 -7 -7 -2 -5 -2 -3 -4 1 -5 -3 -5 22 1 -6 -5 -6 -4 -8 3349 // Y -3 -4 -2 -4 1 -4 -4 -5 0 0 0 -4 -2 9 -5 -3 -3 1 12 -2 -3 -4 -2 -8 3350 // V 0 -2 -1 -2 -2 -2 -1 -1 -2 3 2 -2 2 -1 -1 -1 0 -6 -2 4 -2 -2 0 -8 3351 // B 0 0 2 3 -4 1 2 1 1 -2 -3 1 -2 -4 0 1 0 -5 -3 -2 2 2 0 -8 3352 // Z 0 0 1 3 -5 3 3 0 2 -2 -2 1 -1 -5 0 0 0 -6 -4 -2 2 3 0 -8 3353 // X 0 -1 0 0 -3 0 0 -1 0 0 -1 0 0 -2 0 0 0 -4 -2 0 0 0 -1 -8 3354 // * -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 1 3355 // 3356 PAM340 = [][]int{ 3357 /* - A B C D E F G H I J K L M N P Q R S T V W X Y Z * */ 3358 /* - */ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, 3359 /* A */ {0, 1, 0, -2, 1, 0, -3, 1, -1, 0, 0, -1, -2, -1, 0, 1, 0, -1, 1, 1, 0, -6, 0, -3, 0, -8}, 3360 /* B */ {0, 0, 2, -4, 3, 2, -4, 1, 1, -2, 0, 1, -3, -2, 2, 0, 1, 0, 1, 0, -2, -5, 0, -3, 2, -8}, 3361 /* C */ {0, -2, -4, 15, -5, -5, -4, -3, -3, -2, 0, -5, -6, -5, -3, -3, -5, -4, 0, -2, -2, -8, -3, 1, -5, -8}, 3362 /* D */ {0, 1, 3, -5, 3, 3, -5, 1, 1, -2, 0, 0, -4, -2, 2, 0, 2, -1, 0, 0, -2, -7, 0, -4, 3, -8}, 3363 /* E */ {0, 0, 2, -5, 3, 3, -5, 1, 1, -2, 0, 0, -3, -2, 1, 0, 2, 0, 0, 0, -1, -7, 0, -4, 3, -8}, 3364 /* F */ {0, -3, -4, -4, -5, -5, 10, -5, -2, 1, 0, -5, 3, 1, -3, -4, -4, -4, -3, -3, -1, 1, -2, 9, -5, -8}, 3365 /* G */ {0, 1, 1, -3, 1, 1, -5, 4, -2, -2, 0, -1, -4, -2, 1, 0, -1, -2, 1, 0, -1, -7, -1, -5, 0, -8}, 3366 /* H */ {0, -1, 1, -3, 1, 1, -2, -2, 6, -2, 0, 0, -2, -2, 1, 0, 3, 2, 0, -1, -2, -2, 0, 0, 2, -8}, 3367 /* I */ {0, 0, -2, -2, -2, -2, 1, -2, -2, 4, 0, -2, 3, 2, -2, -2, -2, -2, -1, 0, 3, -5, 0, 0, -2, -8}, 3368 /* J */ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, 3369 /* K */ {0, -1, 1, -5, 0, 0, -5, -1, 0, -2, 0, 4, -3, 0, 1, -1, 1, 4, 0, 0, -2, -3, 0, -4, 1, -8}, 3370 /* L */ {0, -2, -3, -6, -4, -3, 3, -4, -2, 3, 0, -3, 6, 4, -3, -2, -2, -3, -2, -1, 2, -2, -1, 0, -2, -8}, 3371 /* M */ {0, -1, -2, -5, -2, -2, 1, -2, -2, 2, 0, 0, 4, 5, -1, -2, -1, 0, -1, 0, 2, -4, 0, -2, -1, -8}, 3372 /* N */ {0, 0, 2, -3, 2, 1, -3, 1, 1, -2, 0, 1, -3, -1, 1, 0, 1, 0, 1, 0, -1, -4, 0, -2, 1, -8}, 3373 /* P */ {0, 1, 0, -3, 0, 0, -4, 0, 0, -2, 0, -1, -2, -2, 0, 5, 0, 0, 1, 1, -1, -5, 0, -5, 0, -8}, 3374 /* Q */ {0, 0, 1, -5, 2, 2, -4, -1, 3, -2, 0, 1, -2, -1, 1, 0, 3, 1, 0, 0, -2, -5, 0, -4, 3, -8}, 3375 /* R */ {0, -1, 0, -4, -1, 0, -4, -2, 2, -2, 0, 4, -3, 0, 0, 0, 1, 6, 0, 0, -2, 3, -1, -4, 0, -8}, 3376 /* S */ {0, 1, 1, 0, 0, 0, -3, 1, 0, -1, 0, 0, -2, -1, 1, 1, 0, 0, 1, 1, -1, -3, 0, -3, 0, -8}, 3377 /* T */ {0, 1, 0, -2, 0, 0, -3, 0, -1, 0, 0, 0, -1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 2, 0, -5, 0, -3, 0, -8}, 3378 /* V */ {0, 0, -2, -2, -2, -1, -1, -1, -2, 3, 0, -2, 2, 2, -1, -1, -2, -2, -1, 0, 4, -6, 0, -2, -2, -8}, 3379 /* W */ {0, -6, -5, -8, -7, -7, 1, -7, -2, -5, 0, -3, -2, -4, -4, -5, -5, 3, -3, -5, -6, 22, -4, 1, -6, -8}, 3380 /* X */ {0, 0, 0, -3, 0, 0, -2, -1, 0, 0, 0, 0, -1, 0, 0, 0, 0, -1, 0, 0, 0, -4, -1, -2, 0, -8}, 3381 /* Y */ {0, -3, -3, 1, -4, -4, 9, -5, 0, 0, 0, -4, 0, -2, -2, -5, -4, -4, -3, -3, -2, 1, -2, 12, -4, -8}, 3382 /* Z */ {0, 0, 2, -5, 3, 3, -5, 0, 2, -2, 0, 1, -2, -1, 1, 0, 3, 0, 0, 0, -2, -6, 0, -4, 3, -8}, 3383 /* * */ {0, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, 0, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, 1}, 3384 } 3385 3386 // # 3387 // # This matrix was produced by "pam" Version 1.0.6 [28-Jul-93] 3388 // # 3389 // # PAM 350 substitution matrix, scale = ln(2)/5 = 0.138629 3390 // # 3391 // # Expected score = -0.701, Entropy = 0.186 bits 3392 // # 3393 // # Lowest score = -10, Highest score = 27 3394 // # 3395 // A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V B Z X * 3396 // A 2 -1 0 1 -2 0 1 2 -1 0 -2 -1 -1 -4 1 1 1 -7 -4 0 1 0 0 -10 3397 // R -1 7 1 -1 -4 2 0 -2 2 -2 -3 4 0 -5 0 0 -1 4 -5 -3 0 1 -1 -10 3398 // N 0 1 2 2 -4 1 2 1 2 -2 -3 1 -2 -4 0 1 1 -5 -3 -2 2 2 0 -10 3399 // D 1 -1 2 4 -6 2 4 1 1 -2 -4 1 -3 -6 0 1 0 -8 -5 -2 3 3 -1 -10 3400 // C -2 -4 -4 -6 18 -6 -6 -4 -4 -3 -7 -6 -6 -5 -3 0 -2 -10 1 -2 -5 -6 -3 -10 3401 // Q 0 2 1 2 -6 4 3 -1 3 -2 -2 1 -1 -5 1 0 0 -5 -5 -2 2 3 0 -10 3402 // E 1 0 2 4 -6 3 4 1 1 -2 -4 0 -2 -6 0 0 0 -8 -5 -2 3 3 0 -10 3403 // G 2 -2 1 1 -4 -1 1 5 -2 -2 -4 -1 -3 -6 0 1 1 -8 -6 -1 1 0 -1 -10 3404 // H -1 2 2 1 -4 3 1 -2 7 -2 -2 1 -2 -2 0 -1 -1 -3 0 -2 1 2 0 -10 3405 // I 0 -2 -2 -2 -3 -2 -2 -2 -2 5 4 -2 3 2 -2 -1 0 -6 0 4 -2 -2 0 -10 3406 // L -2 -3 -3 -4 -7 -2 -4 -4 -2 4 8 -3 5 3 -3 -3 -2 -2 0 3 -4 -3 -1 -10 3407 // K -1 4 1 1 -6 1 0 -1 1 -2 -3 5 0 -6 -1 0 0 -4 -5 -2 1 1 -1 -10 3408 // M -1 0 -2 -3 -6 -1 -2 -3 -2 3 5 0 6 1 -2 -2 -1 -5 -2 2 -2 -2 0 -10 3409 // F -4 -5 -4 -6 -5 -5 -6 -6 -2 2 3 -6 1 13 -5 -4 -3 1 11 -1 -5 -6 -2 -10 3410 // P 1 0 0 0 -3 1 0 0 0 -2 -3 -1 -2 -5 6 1 1 -7 -6 -1 0 0 0 -10 3411 // S 1 0 1 1 0 0 0 1 -1 -1 -3 0 -2 -4 1 1 1 -3 -3 -1 1 0 0 -10 3412 // T 1 -1 1 0 -2 0 0 1 -1 0 -2 0 -1 -3 1 1 2 -6 -3 0 0 0 0 -10 3413 // W -7 4 -5 -8 -10 -5 -8 -8 -3 -6 -2 -4 -5 1 -7 -3 -6 27 1 -7 -6 -7 -5 -10 3414 // Y -4 -5 -3 -5 1 -5 -5 -6 0 0 0 -5 -2 11 -6 -3 -3 1 14 -2 -4 -5 -2 -10 3415 // V 0 -3 -2 -2 -2 -2 -2 -1 -2 4 3 -2 2 -1 -1 -1 0 -7 -2 5 -2 -2 0 -10 3416 // B 1 0 2 3 -5 2 3 1 1 -2 -4 1 -2 -5 0 1 0 -6 -4 -2 3 2 0 -10 3417 // Z 0 1 2 3 -6 3 3 0 2 -2 -3 1 -2 -6 0 0 0 -7 -5 -2 2 3 0 -10 3418 // X 0 -1 0 -1 -3 0 0 -1 0 0 -1 -1 0 -2 0 0 0 -5 -2 0 0 0 -1 -10 3419 // * -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 1 3420 // 3421 PAM350 = [][]int{ 3422 /* - A B C D E F G H I J K L M N P Q R S T V W X Y Z * */ 3423 /* - */ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, 3424 /* A */ {0, 2, 1, -2, 1, 1, -4, 2, -1, 0, 0, -1, -2, -1, 0, 1, 0, -1, 1, 1, 0, -7, 0, -4, 0, -10}, 3425 /* B */ {0, 1, 3, -5, 3, 3, -5, 1, 1, -2, 0, 1, -4, -2, 2, 0, 2, 0, 1, 0, -2, -6, 0, -4, 2, -10}, 3426 /* C */ {0, -2, -5, 18, -6, -6, -5, -4, -4, -3, 0, -6, -7, -6, -4, -3, -6, -4, 0, -2, -2, -10, -3, 1, -6, -10}, 3427 /* D */ {0, 1, 3, -6, 4, 4, -6, 1, 1, -2, 0, 1, -4, -3, 2, 0, 2, -1, 1, 0, -2, -8, -1, -5, 3, -10}, 3428 /* E */ {0, 1, 3, -6, 4, 4, -6, 1, 1, -2, 0, 0, -4, -2, 2, 0, 3, 0, 0, 0, -2, -8, 0, -5, 3, -10}, 3429 /* F */ {0, -4, -5, -5, -6, -6, 13, -6, -2, 2, 0, -6, 3, 1, -4, -5, -5, -5, -4, -3, -1, 1, -2, 11, -6, -10}, 3430 /* G */ {0, 2, 1, -4, 1, 1, -6, 5, -2, -2, 0, -1, -4, -3, 1, 0, -1, -2, 1, 1, -1, -8, -1, -6, 0, -10}, 3431 /* H */ {0, -1, 1, -4, 1, 1, -2, -2, 7, -2, 0, 1, -2, -2, 2, 0, 3, 2, -1, -1, -2, -3, 0, 0, 2, -10}, 3432 /* I */ {0, 0, -2, -3, -2, -2, 2, -2, -2, 5, 0, -2, 4, 3, -2, -2, -2, -2, -1, 0, 4, -6, 0, 0, -2, -10}, 3433 /* J */ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, 3434 /* K */ {0, -1, 1, -6, 1, 0, -6, -1, 1, -2, 0, 5, -3, 0, 1, -1, 1, 4, 0, 0, -2, -4, -1, -5, 1, -10}, 3435 /* L */ {0, -2, -4, -7, -4, -4, 3, -4, -2, 4, 0, -3, 8, 5, -3, -3, -2, -3, -3, -2, 3, -2, -1, 0, -3, -10}, 3436 /* M */ {0, -1, -2, -6, -3, -2, 1, -3, -2, 3, 0, 0, 5, 6, -2, -2, -1, 0, -2, -1, 2, -5, 0, -2, -2, -10}, 3437 /* N */ {0, 0, 2, -4, 2, 2, -4, 1, 2, -2, 0, 1, -3, -2, 2, 0, 1, 1, 1, 1, -2, -5, 0, -3, 2, -10}, 3438 /* P */ {0, 1, 0, -3, 0, 0, -5, 0, 0, -2, 0, -1, -3, -2, 0, 6, 1, 0, 1, 1, -1, -7, 0, -6, 0, -10}, 3439 /* Q */ {0, 0, 2, -6, 2, 3, -5, -1, 3, -2, 0, 1, -2, -1, 1, 1, 4, 2, 0, 0, -2, -5, 0, -5, 3, -10}, 3440 /* R */ {0, -1, 0, -4, -1, 0, -5, -2, 2, -2, 0, 4, -3, 0, 1, 0, 2, 7, 0, -1, -3, 4, -1, -5, 1, -10}, 3441 /* S */ {0, 1, 1, 0, 1, 0, -4, 1, -1, -1, 0, 0, -3, -2, 1, 1, 0, 0, 1, 1, -1, -3, 0, -3, 0, -10}, 3442 /* T */ {0, 1, 0, -2, 0, 0, -3, 1, -1, 0, 0, 0, -2, -1, 1, 1, 0, -1, 1, 2, 0, -6, 0, -3, 0, -10}, 3443 /* V */ {0, 0, -2, -2, -2, -2, -1, -1, -2, 4, 0, -2, 3, 2, -2, -1, -2, -3, -1, 0, 5, -7, 0, -2, -2, -10}, 3444 /* W */ {0, -7, -6, -10, -8, -8, 1, -8, -3, -6, 0, -4, -2, -5, -5, -7, -5, 4, -3, -6, -7, 27, -5, 1, -7, -10}, 3445 /* X */ {0, 0, 0, -3, -1, 0, -2, -1, 0, 0, 0, -1, -1, 0, 0, 0, 0, -1, 0, 0, 0, -5, -1, -2, 0, -10}, 3446 /* Y */ {0, -4, -4, 1, -5, -5, 11, -6, 0, 0, 0, -5, 0, -2, -3, -6, -5, -5, -3, -3, -2, 1, -2, 14, -5, -10}, 3447 /* Z */ {0, 0, 2, -6, 3, 3, -6, 0, 2, -2, 0, 1, -3, -2, 2, 0, 3, 1, 0, 0, -2, -7, 0, -5, 3, -10}, 3448 /* * */ {0, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, 0, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, 1}, 3449 } 3450 3451 // # 3452 // # This matrix was produced by "pam" Version 1.0.6 [28-Jul-93] 3453 // # 3454 // # PAM 360 substitution matrix, scale = ln(2)/5 = 0.138629 3455 // # 3456 // # Expected score = -0.697, Entropy = 0.175 bits 3457 // # 3458 // # Lowest score = -9, Highest score = 27 3459 // # 3460 // A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V B Z X * 3461 // A 1 -1 0 1 -2 0 1 2 -1 0 -2 -1 -1 -4 1 1 1 -7 -4 0 1 0 0 -9 3462 // R -1 6 1 -1 -4 2 0 -2 2 -2 -3 4 0 -5 0 0 0 4 -5 -2 0 1 -1 -9 3463 // N 0 1 2 2 -4 1 2 1 2 -2 -3 1 -2 -4 0 1 1 -5 -3 -2 2 2 0 -9 3464 // D 1 -1 2 4 -6 2 4 1 1 -2 -4 1 -2 -6 0 1 0 -8 -5 -2 3 3 0 -9 3465 // C -2 -4 -4 -6 18 -6 -6 -4 -4 -3 -7 -6 -6 -4 -3 0 -2 -9 1 -2 -5 -6 -3 -9 3466 // Q 0 2 1 2 -6 3 3 -1 3 -2 -2 1 -1 -5 1 0 0 -5 -4 -2 2 3 0 -9 3467 // E 1 0 2 4 -6 3 4 1 1 -2 -3 0 -2 -6 0 0 0 -8 -5 -2 3 3 0 -9 3468 // G 2 -2 1 1 -4 -1 1 5 -2 -2 -4 -1 -3 -6 0 1 1 -8 -6 -1 1 0 -1 -9 3469 // H -1 2 2 1 -4 3 1 -2 7 -2 -2 1 -2 -2 0 0 -1 -3 0 -2 1 2 0 -9 3470 // I 0 -2 -2 -2 -3 -2 -2 -2 -2 4 3 -2 3 2 -2 -1 0 -6 0 4 -2 -2 0 -9 3471 // L -2 -3 -3 -4 -7 -2 -3 -4 -2 3 7 -3 5 3 -3 -3 -2 -2 0 3 -4 -3 -1 -9 3472 // K -1 4 1 1 -6 1 0 -1 1 -2 -3 5 0 -6 -1 0 0 -4 -5 -2 1 1 -1 -9 3473 // M -1 0 -2 -2 -6 -1 -2 -3 -2 3 5 0 6 1 -2 -2 -1 -4 -2 2 -2 -2 0 -9 3474 // F -4 -5 -4 -6 -4 -5 -6 -6 -2 2 3 -6 1 12 -5 -4 -3 2 11 -1 -5 -5 -2 -9 3475 // P 1 0 0 0 -3 1 0 0 0 -2 -3 -1 -2 -5 6 1 1 -6 -5 -1 0 0 0 -9 3476 // S 1 0 1 1 0 0 0 1 0 -1 -3 0 -2 -4 1 1 1 -3 -3 -1 1 0 0 -9 3477 // T 1 0 1 0 -2 0 0 1 -1 0 -2 0 -1 -3 1 1 2 -6 -3 0 0 0 0 -9 3478 // W -7 4 -5 -8 -9 -5 -8 -8 -3 -6 -2 -4 -4 2 -6 -3 -6 27 1 -7 -6 -7 -4 -9 3479 // Y -4 -5 -3 -5 1 -4 -5 -6 0 0 0 -5 -2 11 -5 -3 -3 1 14 -2 -4 -5 -2 -9 3480 // V 0 -2 -2 -2 -2 -2 -2 -1 -2 4 3 -2 2 -1 -1 -1 0 -7 -2 4 -2 -2 0 -9 3481 // B 1 0 2 3 -5 2 3 1 1 -2 -4 1 -2 -5 0 1 0 -6 -4 -2 2 2 0 -9 3482 // Z 0 1 2 3 -6 3 3 0 2 -2 -3 1 -2 -5 0 0 0 -7 -5 -2 2 3 0 -9 3483 // X 0 -1 0 0 -3 0 0 -1 0 0 -1 -1 0 -2 0 0 0 -4 -2 0 0 0 -1 -9 3484 // * -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 1 3485 // 3486 PAM360 = [][]int{ 3487 /* - A B C D E F G H I J K L M N P Q R S T V W X Y Z * */ 3488 /* - */ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, 3489 /* A */ {0, 1, 1, -2, 1, 1, -4, 2, -1, 0, 0, -1, -2, -1, 0, 1, 0, -1, 1, 1, 0, -7, 0, -4, 0, -9}, 3490 /* B */ {0, 1, 2, -5, 3, 3, -5, 1, 1, -2, 0, 1, -4, -2, 2, 0, 2, 0, 1, 0, -2, -6, 0, -4, 2, -9}, 3491 /* C */ {0, -2, -5, 18, -6, -6, -4, -4, -4, -3, 0, -6, -7, -6, -4, -3, -6, -4, 0, -2, -2, -9, -3, 1, -6, -9}, 3492 /* D */ {0, 1, 3, -6, 4, 4, -6, 1, 1, -2, 0, 1, -4, -2, 2, 0, 2, -1, 1, 0, -2, -8, 0, -5, 3, -9}, 3493 /* E */ {0, 1, 3, -6, 4, 4, -6, 1, 1, -2, 0, 0, -3, -2, 2, 0, 3, 0, 0, 0, -2, -8, 0, -5, 3, -9}, 3494 /* F */ {0, -4, -5, -4, -6, -6, 12, -6, -2, 2, 0, -6, 3, 1, -4, -5, -5, -5, -4, -3, -1, 2, -2, 11, -5, -9}, 3495 /* G */ {0, 2, 1, -4, 1, 1, -6, 5, -2, -2, 0, -1, -4, -3, 1, 0, -1, -2, 1, 1, -1, -8, -1, -6, 0, -9}, 3496 /* H */ {0, -1, 1, -4, 1, 1, -2, -2, 7, -2, 0, 1, -2, -2, 2, 0, 3, 2, 0, -1, -2, -3, 0, 0, 2, -9}, 3497 /* I */ {0, 0, -2, -3, -2, -2, 2, -2, -2, 4, 0, -2, 3, 3, -2, -2, -2, -2, -1, 0, 4, -6, 0, 0, -2, -9}, 3498 /* J */ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, 3499 /* K */ {0, -1, 1, -6, 1, 0, -6, -1, 1, -2, 0, 5, -3, 0, 1, -1, 1, 4, 0, 0, -2, -4, -1, -5, 1, -9}, 3500 /* L */ {0, -2, -4, -7, -4, -3, 3, -4, -2, 3, 0, -3, 7, 5, -3, -3, -2, -3, -3, -2, 3, -2, -1, 0, -3, -9}, 3501 /* M */ {0, -1, -2, -6, -2, -2, 1, -3, -2, 3, 0, 0, 5, 6, -2, -2, -1, 0, -2, -1, 2, -4, 0, -2, -2, -9}, 3502 /* N */ {0, 0, 2, -4, 2, 2, -4, 1, 2, -2, 0, 1, -3, -2, 2, 0, 1, 1, 1, 1, -2, -5, 0, -3, 2, -9}, 3503 /* P */ {0, 1, 0, -3, 0, 0, -5, 0, 0, -2, 0, -1, -3, -2, 0, 6, 1, 0, 1, 1, -1, -6, 0, -5, 0, -9}, 3504 /* Q */ {0, 0, 2, -6, 2, 3, -5, -1, 3, -2, 0, 1, -2, -1, 1, 1, 3, 2, 0, 0, -2, -5, 0, -4, 3, -9}, 3505 /* R */ {0, -1, 0, -4, -1, 0, -5, -2, 2, -2, 0, 4, -3, 0, 1, 0, 2, 6, 0, 0, -2, 4, -1, -5, 1, -9}, 3506 /* S */ {0, 1, 1, 0, 1, 0, -4, 1, 0, -1, 0, 0, -3, -2, 1, 1, 0, 0, 1, 1, -1, -3, 0, -3, 0, -9}, 3507 /* T */ {0, 1, 0, -2, 0, 0, -3, 1, -1, 0, 0, 0, -2, -1, 1, 1, 0, 0, 1, 2, 0, -6, 0, -3, 0, -9}, 3508 /* V */ {0, 0, -2, -2, -2, -2, -1, -1, -2, 4, 0, -2, 3, 2, -2, -1, -2, -2, -1, 0, 4, -7, 0, -2, -2, -9}, 3509 /* W */ {0, -7, -6, -9, -8, -8, 2, -8, -3, -6, 0, -4, -2, -4, -5, -6, -5, 4, -3, -6, -7, 27, -4, 1, -7, -9}, 3510 /* X */ {0, 0, 0, -3, 0, 0, -2, -1, 0, 0, 0, -1, -1, 0, 0, 0, 0, -1, 0, 0, 0, -4, -1, -2, 0, -9}, 3511 /* Y */ {0, -4, -4, 1, -5, -5, 11, -6, 0, 0, 0, -5, 0, -2, -3, -5, -4, -5, -3, -3, -2, 1, -2, 14, -5, -9}, 3512 /* Z */ {0, 0, 2, -6, 3, 3, -5, 0, 2, -2, 0, 1, -3, -2, 2, 0, 3, 1, 0, 0, -2, -7, 0, -5, 3, -9}, 3513 /* * */ {0, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, 0, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, 1}, 3514 } 3515 3516 // # 3517 // # This matrix was produced by "pam" Version 1.0.6 [28-Jul-93] 3518 // # 3519 // # PAM 370 substitution matrix, scale = ln(2)/5 = 0.138629 3520 // # 3521 // # Expected score = -0.649, Entropy = 0.165 bits 3522 // # 3523 // # Lowest score = -9, Highest score = 27 3524 // # 3525 // A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V B Z X * 3526 // A 1 -1 0 1 -2 0 1 2 -1 0 -2 -1 -1 -4 1 1 1 -7 -4 0 1 0 0 -9 3527 // R -1 6 1 0 -4 2 0 -2 2 -2 -3 4 0 -5 0 0 0 3 -4 -2 0 1 -1 -9 3528 // N 0 1 2 2 -4 1 2 1 2 -2 -3 1 -2 -4 0 1 0 -5 -3 -1 2 1 0 -9 3529 // D 1 0 2 4 -5 2 3 1 1 -2 -4 1 -2 -6 0 1 0 -7 -5 -2 3 3 0 -9 3530 // C -2 -4 -4 -5 18 -6 -6 -3 -4 -2 -6 -6 -6 -4 -3 0 -2 -9 1 -2 -5 -6 -3 -9 3531 // Q 0 2 1 2 -6 3 2 -1 3 -2 -2 1 -1 -5 1 0 0 -5 -4 -2 2 3 0 -9 3532 // E 1 0 2 3 -6 2 3 1 1 -2 -3 1 -2 -6 0 0 0 -8 -5 -2 3 3 0 -9 3533 // G 2 -2 1 1 -3 -1 1 5 -2 -2 -4 -1 -3 -5 0 1 1 -8 -6 -1 1 0 -1 -9 3534 // H -1 2 2 1 -4 3 1 -2 6 -2 -2 1 -2 -2 0 0 -1 -3 0 -2 1 2 0 -9 3535 // I 0 -2 -2 -2 -2 -2 -2 -2 -2 4 3 -2 3 2 -2 -1 0 -5 0 4 -2 -2 0 -9 3536 // L -2 -3 -3 -4 -6 -2 -3 -4 -2 3 7 -3 5 3 -3 -3 -1 -2 0 3 -3 -3 -1 -9 3537 // K -1 4 1 1 -6 1 1 -1 1 -2 -3 5 0 -6 -1 0 0 -3 -5 -2 1 1 0 -9 3538 // M -1 0 -2 -2 -6 -1 -2 -3 -2 3 5 0 5 1 -2 -1 0 -4 -2 2 -2 -2 0 -9 3539 // F -4 -5 -4 -6 -4 -5 -6 -5 -2 2 3 -6 1 12 -5 -4 -3 2 11 0 -5 -5 -2 -9 3540 // P 1 0 0 0 -3 1 0 0 0 -2 -3 -1 -2 -5 6 1 1 -6 -5 -1 0 0 0 -9 3541 // S 1 0 1 1 0 0 0 1 0 -1 -3 0 -1 -4 1 1 1 -3 -3 -1 1 0 0 -9 3542 // T 1 0 0 0 -2 0 0 1 -1 0 -1 0 0 -3 1 1 2 -6 -3 0 0 0 0 -9 3543 // W -7 3 -5 -7 -9 -5 -8 -8 -3 -5 -2 -3 -4 2 -6 -3 -6 27 1 -7 -6 -6 -4 -9 3544 // Y -4 -4 -3 -5 1 -4 -5 -6 0 0 0 -5 -2 11 -5 -3 -3 1 14 -2 -4 -5 -2 -9 3545 // V 0 -2 -1 -2 -2 -2 -2 -1 -2 4 3 -2 2 0 -1 -1 0 -7 -2 4 -2 -2 0 -9 3546 // B 1 0 2 3 -5 2 3 1 1 -2 -3 1 -2 -5 0 1 0 -6 -4 -2 2 2 0 -9 3547 // Z 0 1 1 3 -6 3 3 0 2 -2 -3 1 -2 -5 0 0 0 -6 -5 -2 2 3 0 -9 3548 // X 0 -1 0 0 -3 0 0 -1 0 0 -1 0 0 -2 0 0 0 -4 -2 0 0 0 -1 -9 3549 // * -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 1 3550 // 3551 PAM370 = [][]int{ 3552 /* - A B C D E F G H I J K L M N P Q R S T V W X Y Z * */ 3553 /* - */ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, 3554 /* A */ {0, 1, 1, -2, 1, 1, -4, 2, -1, 0, 0, -1, -2, -1, 0, 1, 0, -1, 1, 1, 0, -7, 0, -4, 0, -9}, 3555 /* B */ {0, 1, 2, -5, 3, 3, -5, 1, 1, -2, 0, 1, -3, -2, 2, 0, 2, 0, 1, 0, -2, -6, 0, -4, 2, -9}, 3556 /* C */ {0, -2, -5, 18, -5, -6, -4, -3, -4, -2, 0, -6, -6, -6, -4, -3, -6, -4, 0, -2, -2, -9, -3, 1, -6, -9}, 3557 /* D */ {0, 1, 3, -5, 4, 3, -6, 1, 1, -2, 0, 1, -4, -2, 2, 0, 2, 0, 1, 0, -2, -7, 0, -5, 3, -9}, 3558 /* E */ {0, 1, 3, -6, 3, 3, -6, 1, 1, -2, 0, 1, -3, -2, 2, 0, 2, 0, 0, 0, -2, -8, 0, -5, 3, -9}, 3559 /* F */ {0, -4, -5, -4, -6, -6, 12, -5, -2, 2, 0, -6, 3, 1, -4, -5, -5, -5, -4, -3, 0, 2, -2, 11, -5, -9}, 3560 /* G */ {0, 2, 1, -3, 1, 1, -5, 5, -2, -2, 0, -1, -4, -3, 1, 0, -1, -2, 1, 1, -1, -8, -1, -6, 0, -9}, 3561 /* H */ {0, -1, 1, -4, 1, 1, -2, -2, 6, -2, 0, 1, -2, -2, 2, 0, 3, 2, 0, -1, -2, -3, 0, 0, 2, -9}, 3562 /* I */ {0, 0, -2, -2, -2, -2, 2, -2, -2, 4, 0, -2, 3, 3, -2, -2, -2, -2, -1, 0, 4, -5, 0, 0, -2, -9}, 3563 /* J */ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, 3564 /* K */ {0, -1, 1, -6, 1, 1, -6, -1, 1, -2, 0, 5, -3, 0, 1, -1, 1, 4, 0, 0, -2, -3, 0, -5, 1, -9}, 3565 /* L */ {0, -2, -3, -6, -4, -3, 3, -4, -2, 3, 0, -3, 7, 5, -3, -3, -2, -3, -3, -1, 3, -2, -1, 0, -3, -9}, 3566 /* M */ {0, -1, -2, -6, -2, -2, 1, -3, -2, 3, 0, 0, 5, 5, -2, -2, -1, 0, -1, 0, 2, -4, 0, -2, -2, -9}, 3567 /* N */ {0, 0, 2, -4, 2, 2, -4, 1, 2, -2, 0, 1, -3, -2, 2, 0, 1, 1, 1, 0, -1, -5, 0, -3, 1, -9}, 3568 /* P */ {0, 1, 0, -3, 0, 0, -5, 0, 0, -2, 0, -1, -3, -2, 0, 6, 1, 0, 1, 1, -1, -6, 0, -5, 0, -9}, 3569 /* Q */ {0, 0, 2, -6, 2, 2, -5, -1, 3, -2, 0, 1, -2, -1, 1, 1, 3, 2, 0, 0, -2, -5, 0, -4, 3, -9}, 3570 /* R */ {0, -1, 0, -4, 0, 0, -5, -2, 2, -2, 0, 4, -3, 0, 1, 0, 2, 6, 0, 0, -2, 3, -1, -4, 1, -9}, 3571 /* S */ {0, 1, 1, 0, 1, 0, -4, 1, 0, -1, 0, 0, -3, -1, 1, 1, 0, 0, 1, 1, -1, -3, 0, -3, 0, -9}, 3572 /* T */ {0, 1, 0, -2, 0, 0, -3, 1, -1, 0, 0, 0, -1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 2, 0, -6, 0, -3, 0, -9}, 3573 /* V */ {0, 0, -2, -2, -2, -2, 0, -1, -2, 4, 0, -2, 3, 2, -1, -1, -2, -2, -1, 0, 4, -7, 0, -2, -2, -9}, 3574 /* W */ {0, -7, -6, -9, -7, -8, 2, -8, -3, -5, 0, -3, -2, -4, -5, -6, -5, 3, -3, -6, -7, 27, -4, 1, -6, -9}, 3575 /* X */ {0, 0, 0, -3, 0, 0, -2, -1, 0, 0, 0, 0, -1, 0, 0, 0, 0, -1, 0, 0, 0, -4, -1, -2, 0, -9}, 3576 /* Y */ {0, -4, -4, 1, -5, -5, 11, -6, 0, 0, 0, -5, 0, -2, -3, -5, -4, -4, -3, -3, -2, 1, -2, 14, -5, -9}, 3577 /* Z */ {0, 0, 2, -6, 3, 3, -5, 0, 2, -2, 0, 1, -3, -2, 1, 0, 3, 1, 0, 0, -2, -6, 0, -5, 3, -9}, 3578 /* * */ {0, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, 0, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, 1}, 3579 } 3580 3581 // # 3582 // # This matrix was produced by "pam" Version 1.0.6 [28-Jul-93] 3583 // # 3584 // # PAM 380 substitution matrix, scale = ln(2)/5 = 0.138629 3585 // # 3586 // # Expected score = -0.612, Entropy = 0.156 bits 3587 // # 3588 // # Lowest score = -9, Highest score = 26 3589 // # 3590 // A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V B Z X * 3591 // A 1 -1 0 1 -2 0 1 2 -1 0 -2 -1 -1 -4 1 1 1 -6 -4 0 1 0 0 -9 3592 // R -1 6 1 0 -4 2 0 -2 2 -2 -3 4 0 -5 0 0 0 3 -4 -2 0 1 0 -9 3593 // N 0 1 1 2 -4 1 2 1 1 -2 -3 1 -1 -4 0 1 0 -5 -3 -1 2 1 0 -9 3594 // D 1 0 2 3 -5 2 3 1 1 -2 -4 1 -2 -6 0 1 0 -7 -5 -2 3 3 0 -9 3595 // C -2 -4 -4 -5 17 -5 -5 -3 -4 -2 -6 -6 -5 -4 -3 0 -2 -9 1 -2 -4 -5 -3 -9 3596 // Q 0 2 1 2 -5 3 2 -1 3 -2 -2 1 -1 -5 1 0 0 -5 -4 -2 2 3 0 -9 3597 // E 1 0 2 3 -5 2 3 1 1 -2 -3 1 -2 -5 0 0 0 -7 -5 -2 3 3 0 -9 3598 // G 2 -2 1 1 -3 -1 1 5 -1 -2 -4 -1 -2 -5 0 1 1 -8 -5 -1 1 0 0 -9 3599 // H -1 2 1 1 -4 3 1 -1 6 -2 -2 1 -2 -2 0 0 -1 -3 0 -2 1 2 0 -9 3600 // I 0 -2 -2 -2 -2 -2 -2 -2 -2 4 3 -2 3 2 -2 -1 0 -5 0 4 -2 -2 0 -9 3601 // L -2 -3 -3 -4 -6 -2 -3 -4 -2 3 7 -3 4 3 -2 -3 -1 -2 0 3 -3 -3 -1 -9 3602 // K -1 4 1 1 -6 1 1 -1 1 -2 -3 5 0 -5 0 0 0 -3 -5 -2 1 1 0 -9 3603 // M -1 0 -1 -2 -5 -1 -2 -2 -2 3 4 0 5 1 -2 -1 0 -4 -2 2 -2 -1 0 -9 3604 // F -4 -5 -4 -6 -4 -5 -5 -5 -2 2 3 -5 1 12 -5 -4 -3 2 10 0 -5 -5 -2 -9 3605 // P 1 0 0 0 -3 1 0 0 0 -2 -2 0 -2 -5 5 1 1 -6 -5 -1 0 0 0 -9 3606 // S 1 0 1 1 0 0 0 1 0 -1 -3 0 -1 -4 1 1 1 -3 -3 -1 1 0 0 -9 3607 // T 1 0 0 0 -2 0 0 1 -1 0 -1 0 0 -3 1 1 2 -6 -3 0 0 0 0 -9 3608 // W -6 3 -5 -7 -9 -5 -7 -8 -3 -5 -2 -3 -4 2 -6 -3 -6 26 1 -6 -6 -6 -4 -9 3609 // Y -4 -4 -3 -5 1 -4 -5 -5 0 0 0 -5 -2 10 -5 -3 -3 1 13 -2 -4 -4 -2 -9 3610 // V 0 -2 -1 -2 -2 -2 -2 -1 -2 4 3 -2 2 0 -1 -1 0 -6 -2 4 -2 -2 0 -9 3611 // B 1 0 2 3 -4 2 3 1 1 -2 -3 1 -2 -5 0 1 0 -6 -4 -2 2 2 0 -9 3612 // Z 0 1 1 3 -5 3 3 0 2 -2 -3 1 -1 -5 0 0 0 -6 -4 -2 2 3 0 -9 3613 // X 0 0 0 0 -3 0 0 0 0 0 -1 0 0 -2 0 0 0 -4 -2 0 0 0 -1 -9 3614 // * -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 1 3615 // 3616 PAM380 = [][]int{ 3617 /* - A B C D E F G H I J K L M N P Q R S T V W X Y Z * */ 3618 /* - */ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, 3619 /* A */ {0, 1, 1, -2, 1, 1, -4, 2, -1, 0, 0, -1, -2, -1, 0, 1, 0, -1, 1, 1, 0, -6, 0, -4, 0, -9}, 3620 /* B */ {0, 1, 2, -4, 3, 3, -5, 1, 1, -2, 0, 1, -3, -2, 2, 0, 2, 0, 1, 0, -2, -6, 0, -4, 2, -9}, 3621 /* C */ {0, -2, -4, 17, -5, -5, -4, -3, -4, -2, 0, -6, -6, -5, -4, -3, -5, -4, 0, -2, -2, -9, -3, 1, -5, -9}, 3622 /* D */ {0, 1, 3, -5, 3, 3, -6, 1, 1, -2, 0, 1, -4, -2, 2, 0, 2, 0, 1, 0, -2, -7, 0, -5, 3, -9}, 3623 /* E */ {0, 1, 3, -5, 3, 3, -5, 1, 1, -2, 0, 1, -3, -2, 2, 0, 2, 0, 0, 0, -2, -7, 0, -5, 3, -9}, 3624 /* F */ {0, -4, -5, -4, -6, -5, 12, -5, -2, 2, 0, -5, 3, 1, -4, -5, -5, -5, -4, -3, 0, 2, -2, 10, -5, -9}, 3625 /* G */ {0, 2, 1, -3, 1, 1, -5, 5, -1, -2, 0, -1, -4, -2, 1, 0, -1, -2, 1, 1, -1, -8, 0, -5, 0, -9}, 3626 /* H */ {0, -1, 1, -4, 1, 1, -2, -1, 6, -2, 0, 1, -2, -2, 1, 0, 3, 2, 0, -1, -2, -3, 0, 0, 2, -9}, 3627 /* I */ {0, 0, -2, -2, -2, -2, 2, -2, -2, 4, 0, -2, 3, 3, -2, -2, -2, -2, -1, 0, 4, -5, 0, 0, -2, -9}, 3628 /* J */ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, 3629 /* K */ {0, -1, 1, -6, 1, 1, -5, -1, 1, -2, 0, 5, -3, 0, 1, 0, 1, 4, 0, 0, -2, -3, 0, -5, 1, -9}, 3630 /* L */ {0, -2, -3, -6, -4, -3, 3, -4, -2, 3, 0, -3, 7, 4, -3, -2, -2, -3, -3, -1, 3, -2, -1, 0, -3, -9}, 3631 /* M */ {0, -1, -2, -5, -2, -2, 1, -2, -2, 3, 0, 0, 4, 5, -1, -2, -1, 0, -1, 0, 2, -4, 0, -2, -1, -9}, 3632 /* N */ {0, 0, 2, -4, 2, 2, -4, 1, 1, -2, 0, 1, -3, -1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, -1, -5, 0, -3, 1, -9}, 3633 /* P */ {0, 1, 0, -3, 0, 0, -5, 0, 0, -2, 0, 0, -2, -2, 0, 5, 1, 0, 1, 1, -1, -6, 0, -5, 0, -9}, 3634 /* Q */ {0, 0, 2, -5, 2, 2, -5, -1, 3, -2, 0, 1, -2, -1, 1, 1, 3, 2, 0, 0, -2, -5, 0, -4, 3, -9}, 3635 /* R */ {0, -1, 0, -4, 0, 0, -5, -2, 2, -2, 0, 4, -3, 0, 1, 0, 2, 6, 0, 0, -2, 3, 0, -4, 1, -9}, 3636 /* S */ {0, 1, 1, 0, 1, 0, -4, 1, 0, -1, 0, 0, -3, -1, 1, 1, 0, 0, 1, 1, -1, -3, 0, -3, 0, -9}, 3637 /* T */ {0, 1, 0, -2, 0, 0, -3, 1, -1, 0, 0, 0, -1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 2, 0, -6, 0, -3, 0, -9}, 3638 /* V */ {0, 0, -2, -2, -2, -2, 0, -1, -2, 4, 0, -2, 3, 2, -1, -1, -2, -2, -1, 0, 4, -6, 0, -2, -2, -9}, 3639 /* W */ {0, -6, -6, -9, -7, -7, 2, -8, -3, -5, 0, -3, -2, -4, -5, -6, -5, 3, -3, -6, -6, 26, -4, 1, -6, -9}, 3640 /* X */ {0, 0, 0, -3, 0, 0, -2, 0, 0, 0, 0, 0, -1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, -4, -1, -2, 0, -9}, 3641 /* Y */ {0, -4, -4, 1, -5, -5, 10, -5, 0, 0, 0, -5, 0, -2, -3, -5, -4, -4, -3, -3, -2, 1, -2, 13, -4, -9}, 3642 /* Z */ {0, 0, 2, -5, 3, 3, -5, 0, 2, -2, 0, 1, -3, -1, 1, 0, 3, 1, 0, 0, -2, -6, 0, -4, 3, -9}, 3643 /* * */ {0, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, 0, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, 1}, 3644 } 3645 3646 // # 3647 // # This matrix was produced by "pam" Version 1.0.6 [28-Jul-93] 3648 // # 3649 // # PAM 390 substitution matrix, scale = ln(2)/5 = 0.138629 3650 // # 3651 // # Expected score = -0.581, Entropy = 0.147 bits 3652 // # 3653 // # Lowest score = -9, Highest score = 26 3654 // # 3655 // A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V B Z X * 3656 // A 1 -1 0 1 -2 0 1 1 -1 0 -2 -1 -1 -3 1 1 1 -6 -4 0 1 0 0 -9 3657 // R -1 6 1 0 -4 1 0 -2 2 -2 -3 4 0 -5 0 0 0 3 -4 -2 0 1 0 -9 3658 // N 0 1 1 2 -4 1 2 1 1 -2 -3 1 -1 -4 0 1 0 -4 -3 -1 2 1 0 -9 3659 // D 1 0 2 3 -5 2 3 1 1 -2 -4 1 -2 -5 0 1 0 -7 -5 -2 3 3 0 -9 3660 // C -2 -4 -4 -5 17 -5 -5 -3 -4 -2 -6 -5 -5 -4 -3 0 -2 -9 1 -2 -4 -5 -3 -9 3661 // Q 0 1 1 2 -5 3 2 0 3 -2 -2 1 -1 -4 0 0 0 -5 -4 -1 2 3 0 -9 3662 // E 1 0 2 3 -5 2 3 1 1 -2 -3 1 -2 -5 0 0 0 -7 -5 -1 2 3 0 -9 3663 // G 1 -2 1 1 -3 0 1 5 -1 -2 -4 -1 -2 -5 0 1 1 -7 -5 -1 1 0 0 -9 3664 // H -1 2 1 1 -4 3 1 -1 6 -2 -2 1 -2 -2 0 0 -1 -3 0 -2 1 2 0 -9 3665 // I 0 -2 -2 -2 -2 -2 -2 -2 -2 4 3 -2 3 2 -1 -1 0 -5 0 4 -2 -2 0 -9 3666 // L -2 -3 -3 -4 -6 -2 -3 -4 -2 3 7 -3 4 3 -2 -2 -1 -2 0 3 -3 -2 -1 -9 3667 // K -1 4 1 1 -5 1 1 -1 1 -2 -3 4 0 -5 0 0 0 -3 -5 -2 1 1 0 -9 3668 // M -1 0 -1 -2 -5 -1 -2 -2 -2 3 4 0 5 1 -2 -1 0 -4 -1 2 -2 -1 0 -9 3669 // F -3 -5 -4 -5 -4 -4 -5 -5 -2 2 3 -5 1 12 -5 -3 -3 2 10 0 -5 -5 -2 -9 3670 // P 1 0 0 0 -3 0 0 0 0 -1 -2 0 -2 -5 5 1 1 -6 -5 -1 0 0 0 -9 3671 // S 1 0 1 1 0 0 0 1 0 -1 -2 0 -1 -3 1 1 1 -3 -3 -1 1 0 0 -9 3672 // T 1 0 0 0 -2 0 0 1 -1 0 -1 0 0 -3 1 1 1 -5 -3 0 0 0 0 -9 3673 // W -6 3 -4 -7 -9 -5 -7 -7 -3 -5 -2 -3 -4 2 -6 -3 -5 26 1 -6 -6 -6 -4 -9 3674 // Y -4 -4 -3 -5 1 -4 -5 -5 0 0 0 -5 -1 10 -5 -3 -3 1 13 -2 -4 -4 -2 -9 3675 // V 0 -2 -1 -2 -2 -1 -1 -1 -2 4 3 -2 2 0 -1 -1 0 -6 -2 4 -2 -1 0 -9 3676 // B 1 0 2 3 -4 2 2 1 1 -2 -3 1 -2 -5 0 1 0 -6 -4 -2 2 2 0 -9 3677 // Z 0 1 1 3 -5 3 3 0 2 -2 -2 1 -1 -5 0 0 0 -6 -4 -1 2 3 0 -9 3678 // X 0 0 0 0 -3 0 0 0 0 0 -1 0 0 -2 0 0 0 -4 -2 0 0 0 -1 -9 3679 // * -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 1 3680 // 3681 PAM390 = [][]int{ 3682 /* - A B C D E F G H I J K L M N P Q R S T V W X Y Z * */ 3683 /* - */ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, 3684 /* A */ {0, 1, 1, -2, 1, 1, -3, 1, -1, 0, 0, -1, -2, -1, 0, 1, 0, -1, 1, 1, 0, -6, 0, -4, 0, -9}, 3685 /* B */ {0, 1, 2, -4, 3, 2, -5, 1, 1, -2, 0, 1, -3, -2, 2, 0, 2, 0, 1, 0, -2, -6, 0, -4, 2, -9}, 3686 /* C */ {0, -2, -4, 17, -5, -5, -4, -3, -4, -2, 0, -5, -6, -5, -4, -3, -5, -4, 0, -2, -2, -9, -3, 1, -5, -9}, 3687 /* D */ {0, 1, 3, -5, 3, 3, -5, 1, 1, -2, 0, 1, -4, -2, 2, 0, 2, 0, 1, 0, -2, -7, 0, -5, 3, -9}, 3688 /* E */ {0, 1, 2, -5, 3, 3, -5, 1, 1, -2, 0, 1, -3, -2, 2, 0, 2, 0, 0, 0, -1, -7, 0, -5, 3, -9}, 3689 /* F */ {0, -3, -5, -4, -5, -5, 12, -5, -2, 2, 0, -5, 3, 1, -4, -5, -4, -5, -3, -3, 0, 2, -2, 10, -5, -9}, 3690 /* G */ {0, 1, 1, -3, 1, 1, -5, 5, -1, -2, 0, -1, -4, -2, 1, 0, 0, -2, 1, 1, -1, -7, 0, -5, 0, -9}, 3691 /* H */ {0, -1, 1, -4, 1, 1, -2, -1, 6, -2, 0, 1, -2, -2, 1, 0, 3, 2, 0, -1, -2, -3, 0, 0, 2, -9}, 3692 /* I */ {0, 0, -2, -2, -2, -2, 2, -2, -2, 4, 0, -2, 3, 3, -2, -1, -2, -2, -1, 0, 4, -5, 0, 0, -2, -9}, 3693 /* J */ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, 3694 /* K */ {0, -1, 1, -5, 1, 1, -5, -1, 1, -2, 0, 4, -3, 0, 1, 0, 1, 4, 0, 0, -2, -3, 0, -5, 1, -9}, 3695 /* L */ {0, -2, -3, -6, -4, -3, 3, -4, -2, 3, 0, -3, 7, 4, -3, -2, -2, -3, -2, -1, 3, -2, -1, 0, -2, -9}, 3696 /* M */ {0, -1, -2, -5, -2, -2, 1, -2, -2, 3, 0, 0, 4, 5, -1, -2, -1, 0, -1, 0, 2, -4, 0, -1, -1, -9}, 3697 /* N */ {0, 0, 2, -4, 2, 2, -4, 1, 1, -2, 0, 1, -3, -1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, -1, -4, 0, -3, 1, -9}, 3698 /* P */ {0, 1, 0, -3, 0, 0, -5, 0, 0, -1, 0, 0, -2, -2, 0, 5, 0, 0, 1, 1, -1, -6, 0, -5, 0, -9}, 3699 /* Q */ {0, 0, 2, -5, 2, 2, -4, 0, 3, -2, 0, 1, -2, -1, 1, 0, 3, 1, 0, 0, -1, -5, 0, -4, 3, -9}, 3700 /* R */ {0, -1, 0, -4, 0, 0, -5, -2, 2, -2, 0, 4, -3, 0, 1, 0, 1, 6, 0, 0, -2, 3, 0, -4, 1, -9}, 3701 /* S */ {0, 1, 1, 0, 1, 0, -3, 1, 0, -1, 0, 0, -2, -1, 1, 1, 0, 0, 1, 1, -1, -3, 0, -3, 0, -9}, 3702 /* T */ {0, 1, 0, -2, 0, 0, -3, 1, -1, 0, 0, 0, -1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 0, -5, 0, -3, 0, -9}, 3703 /* V */ {0, 0, -2, -2, -2, -1, 0, -1, -2, 4, 0, -2, 3, 2, -1, -1, -1, -2, -1, 0, 4, -6, 0, -2, -1, -9}, 3704 /* W */ {0, -6, -6, -9, -7, -7, 2, -7, -3, -5, 0, -3, -2, -4, -4, -6, -5, 3, -3, -5, -6, 26, -4, 1, -6, -9}, 3705 /* X */ {0, 0, 0, -3, 0, 0, -2, 0, 0, 0, 0, 0, -1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, -4, -1, -2, 0, -9}, 3706 /* Y */ {0, -4, -4, 1, -5, -5, 10, -5, 0, 0, 0, -5, 0, -1, -3, -5, -4, -4, -3, -3, -2, 1, -2, 13, -4, -9}, 3707 /* Z */ {0, 0, 2, -5, 3, 3, -5, 0, 2, -2, 0, 1, -2, -1, 1, 0, 3, 1, 0, 0, -1, -6, 0, -4, 3, -9}, 3708 /* * */ {0, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, 0, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, 1}, 3709 } 3710 3711 // # 3712 // # This matrix was produced by "pam" Version 1.0.6 [28-Jul-93] 3713 // # 3714 // # PAM 40 substitution matrix, scale = ln(2)/2 = 0.346574 3715 // # 3716 // # Expected score = -4.27, Entropy = 2.26 bits 3717 // # 3718 // # Lowest score = -15, Highest score = 13 3719 // # 3720 // A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V B Z X * 3721 // A 6 -6 -3 -3 -6 -3 -2 -1 -6 -4 -5 -6 -4 -7 -1 0 0 -12 -7 -2 -3 -2 -3 -15 3722 // R -6 8 -5 -9 -7 -1 -8 -8 -1 -5 -8 1 -3 -8 -3 -2 -5 -1 -9 -7 -6 -3 -5 -15 3723 // N -3 -5 7 2 -9 -3 -1 -2 1 -4 -6 0 -7 -8 -5 0 -1 -7 -4 -7 6 -2 -3 -15 3724 // D -3 -9 2 7 -12 -2 3 -3 -3 -6 -11 -4 -9 -13 -7 -3 -4 -13 -10 -7 6 2 -5 -15 3725 // C -6 -7 -9 -12 9 -12 -12 -8 -7 -5 -13 -12 -12 -11 -7 -2 -7 -14 -3 -5 -11 -12 -8 -15 3726 // Q -3 -1 -3 -2 -12 8 2 -6 1 -7 -4 -2 -3 -11 -2 -4 -5 -11 -10 -6 -2 6 -4 -15 3727 // E -2 -8 -1 3 -12 2 7 -3 -4 -5 -8 -4 -6 -12 -5 -4 -5 -15 -8 -6 2 6 -4 -15 3728 // G -1 -8 -2 -3 -8 -6 -3 6 -8 -9 -9 -6 -7 -8 -5 -1 -5 -13 -12 -5 -2 -4 -4 -15 3729 // H -6 -1 1 -3 -7 1 -4 -8 9 -8 -5 -5 -9 -5 -3 -5 -6 -6 -3 -6 -1 0 -4 -15 3730 // I -4 -5 -4 -6 -5 -7 -5 -9 -8 8 -1 -5 0 -2 -7 -6 -2 -12 -5 2 -5 -5 -4 -15 3731 // L -5 -8 -6 -11 -13 -4 -8 -9 -5 -1 7 -7 1 -2 -6 -7 -6 -5 -6 -2 -8 -6 -5 -15 3732 // K -6 1 0 -4 -12 -2 -4 -6 -5 -5 -7 6 -1 -12 -6 -3 -2 -10 -8 -8 -2 -3 -4 -15 3733 // M -4 -3 -7 -9 -12 -3 -6 -7 -9 0 1 -1 11 -3 -7 -5 -3 -11 -10 -1 -8 -4 -4 -15 3734 // F -7 -8 -8 -13 -11 -11 -12 -8 -5 -2 -2 -12 -3 9 -9 -6 -8 -4 2 -7 -9 -12 -7 -15 3735 // P -1 -3 -5 -7 -7 -2 -5 -5 -3 -7 -6 -6 -7 -9 8 -1 -3 -12 -12 -5 -6 -3 -4 -15 3736 // S 0 -2 0 -3 -2 -4 -4 -1 -5 -6 -7 -3 -5 -6 -1 6 1 -4 -6 -5 -1 -4 -2 -15 3737 // T 0 -5 -1 -4 -7 -5 -5 -5 -6 -2 -6 -2 -3 -8 -3 1 7 -11 -6 -2 -2 -5 -3 -15 3738 // W -12 -1 -7 -13 -14 -11 -15 -13 -6 -12 -5 -10 -11 -4 -12 -4 -11 13 -4 -14 -9 -13 -9 -15 3739 // Y -7 -9 -4 -10 -3 -10 -8 -12 -3 -5 -6 -8 -10 2 -12 -6 -6 -4 10 -6 -6 -8 -7 -15 3740 // V -2 -7 -7 -7 -5 -6 -6 -5 -6 2 -2 -8 -1 -7 -5 -5 -2 -14 -6 7 -7 -6 -4 -15 3741 // B -3 -6 6 6 -11 -2 2 -2 -1 -5 -8 -2 -8 -9 -6 -1 -2 -9 -6 -7 6 1 -4 -15 3742 // Z -2 -3 -2 2 -12 6 6 -4 0 -5 -6 -3 -4 -12 -3 -4 -5 -13 -8 -6 1 6 -4 -15 3743 // X -3 -5 -3 -5 -8 -4 -4 -4 -4 -4 -5 -4 -4 -7 -4 -2 -3 -9 -7 -4 -4 -4 -4 -15 3744 // * -15 -15 -15 -15 -15 -15 -15 -15 -15 -15 -15 -15 -15 -15 -15 -15 -15 -15 -15 -15 -15 -15 -15 1 3745 // 3746 PAM40 = [][]int{ 3747 /* - A B C D E F G H I J K L M N P Q R S T V W X Y Z * */ 3748 /* - */ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, 3749 /* A */ {0, 6, -3, -6, -3, -2, -7, -1, -6, -4, 0, -6, -5, -4, -3, -1, -3, -6, 0, 0, -2, -12, -3, -7, -2, -15}, 3750 /* B */ {0, -3, 6, -11, 6, 2, -9, -2, -1, -5, 0, -2, -8, -8, 6, -6, -2, -6, -1, -2, -7, -9, -4, -6, 1, -15}, 3751 /* C */ {0, -6, -11, 9, -12, -12, -11, -8, -7, -5, 0, -12, -13, -12, -9, -7, -12, -7, -2, -7, -5, -14, -8, -3, -12, -15}, 3752 /* D */ {0, -3, 6, -12, 7, 3, -13, -3, -3, -6, 0, -4, -11, -9, 2, -7, -2, -9, -3, -4, -7, -13, -5, -10, 2, -15}, 3753 /* E */ {0, -2, 2, -12, 3, 7, -12, -3, -4, -5, 0, -4, -8, -6, -1, -5, 2, -8, -4, -5, -6, -15, -4, -8, 6, -15}, 3754 /* F */ {0, -7, -9, -11, -13, -12, 9, -8, -5, -2, 0, -12, -2, -3, -8, -9, -11, -8, -6, -8, -7, -4, -7, 2, -12, -15}, 3755 /* G */ {0, -1, -2, -8, -3, -3, -8, 6, -8, -9, 0, -6, -9, -7, -2, -5, -6, -8, -1, -5, -5, -13, -4, -12, -4, -15}, 3756 /* H */ {0, -6, -1, -7, -3, -4, -5, -8, 9, -8, 0, -5, -5, -9, 1, -3, 1, -1, -5, -6, -6, -6, -4, -3, 0, -15}, 3757 /* I */ {0, -4, -5, -5, -6, -5, -2, -9, -8, 8, 0, -5, -1, 0, -4, -7, -7, -5, -6, -2, 2, -12, -4, -5, -5, -15}, 3758 /* J */ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, 3759 /* K */ {0, -6, -2, -12, -4, -4, -12, -6, -5, -5, 0, 6, -7, -1, 0, -6, -2, 1, -3, -2, -8, -10, -4, -8, -3, -15}, 3760 /* L */ {0, -5, -8, -13, -11, -8, -2, -9, -5, -1, 0, -7, 7, 1, -6, -6, -4, -8, -7, -6, -2, -5, -5, -6, -6, -15}, 3761 /* M */ {0, -4, -8, -12, -9, -6, -3, -7, -9, 0, 0, -1, 1, 11, -7, -7, -3, -3, -5, -3, -1, -11, -4, -10, -4, -15}, 3762 /* N */ {0, -3, 6, -9, 2, -1, -8, -2, 1, -4, 0, 0, -6, -7, 7, -5, -3, -5, 0, -1, -7, -7, -3, -4, -2, -15}, 3763 /* P */ {0, -1, -6, -7, -7, -5, -9, -5, -3, -7, 0, -6, -6, -7, -5, 8, -2, -3, -1, -3, -5, -12, -4, -12, -3, -15}, 3764 /* Q */ {0, -3, -2, -12, -2, 2, -11, -6, 1, -7, 0, -2, -4, -3, -3, -2, 8, -1, -4, -5, -6, -11, -4, -10, 6, -15}, 3765 /* R */ {0, -6, -6, -7, -9, -8, -8, -8, -1, -5, 0, 1, -8, -3, -5, -3, -1, 8, -2, -5, -7, -1, -5, -9, -3, -15}, 3766 /* S */ {0, 0, -1, -2, -3, -4, -6, -1, -5, -6, 0, -3, -7, -5, 0, -1, -4, -2, 6, 1, -5, -4, -2, -6, -4, -15}, 3767 /* T */ {0, 0, -2, -7, -4, -5, -8, -5, -6, -2, 0, -2, -6, -3, -1, -3, -5, -5, 1, 7, -2, -11, -3, -6, -5, -15}, 3768 /* V */ {0, -2, -7, -5, -7, -6, -7, -5, -6, 2, 0, -8, -2, -1, -7, -5, -6, -7, -5, -2, 7, -14, -4, -6, -6, -15}, 3769 /* W */ {0, -12, -9, -14, -13, -15, -4, -13, -6, -12, 0, -10, -5, -11, -7, -12, -11, -1, -4, -11, -14, 13, -9, -4, -13, -15}, 3770 /* X */ {0, -3, -4, -8, -5, -4, -7, -4, -4, -4, 0, -4, -5, -4, -3, -4, -4, -5, -2, -3, -4, -9, -4, -7, -4, -15}, 3771 /* Y */ {0, -7, -6, -3, -10, -8, 2, -12, -3, -5, 0, -8, -6, -10, -4, -12, -10, -9, -6, -6, -6, -4, -7, 10, -8, -15}, 3772 /* Z */ {0, -2, 1, -12, 2, 6, -12, -4, 0, -5, 0, -3, -6, -4, -2, -3, 6, -3, -4, -5, -6, -13, -4, -8, 6, -15}, 3773 /* * */ {0, -15, -15, -15, -15, -15, -15, -15, -15, -15, 0, -15, -15, -15, -15, -15, -15, -15, -15, -15, -15, -15, -15, -15, -15, 1}, 3774 } 3775 3776 // # 3777 // # This matrix was produced by "pam" Version 1.0.6 [28-Jul-93] 3778 // # 3779 // # PAM 400 substitution matrix, scale = ln(2)/5 = 0.138629 3780 // # 3781 // # Expected score = -0.521, Entropy = 0.139 bits 3782 // # 3783 // # Lowest score = -8, Highest score = 26 3784 // # 3785 // A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V B Z X * 3786 // A 1 -1 0 1 -2 0 1 1 -1 0 -2 -1 -1 -3 1 1 1 -6 -3 0 1 0 0 -8 3787 // R -1 5 1 0 -4 1 0 -2 2 -2 -3 4 0 -4 0 0 0 3 -4 -2 0 1 0 -8 3788 // N 0 1 1 2 -3 1 2 1 1 -1 -3 1 -1 -3 0 1 0 -4 -3 -1 2 1 0 -8 3789 // D 1 0 2 3 -5 2 3 1 1 -2 -3 1 -2 -5 0 1 0 -7 -4 -2 2 2 0 -8 3790 // C -2 -4 -3 -5 17 -5 -5 -3 -3 -2 -6 -5 -5 -4 -2 0 -2 -8 1 -2 -4 -5 -3 -8 3791 // Q 0 1 1 2 -5 3 2 0 3 -2 -2 1 -1 -4 0 0 0 -5 -4 -1 2 2 0 -8 3792 // E 1 0 2 3 -5 2 3 1 1 -2 -3 1 -2 -5 0 0 0 -7 -4 -1 2 3 0 -8 3793 // G 1 -2 1 1 -3 0 1 4 -1 -2 -3 -1 -2 -5 0 1 1 -7 -5 -1 1 0 0 -8 3794 // H -1 2 1 1 -3 3 1 -1 5 -2 -2 1 -1 -2 0 0 -1 -2 0 -2 1 2 0 -8 3795 // I 0 -2 -1 -2 -2 -2 -2 -2 -2 4 3 -2 2 2 -1 -1 0 -5 0 3 -2 -2 0 -8 3796 // L -2 -3 -3 -3 -6 -2 -3 -3 -2 3 7 -2 4 3 -2 -2 -1 -2 0 3 -3 -2 -1 -8 3797 // K -1 4 1 1 -5 1 1 -1 1 -2 -2 4 0 -5 0 0 0 -3 -4 -2 1 1 0 -8 3798 // M -1 0 -1 -2 -5 -1 -2 -2 -1 2 4 0 5 1 -1 -1 0 -4 -1 2 -2 -1 0 -8 3799 // F -3 -4 -3 -5 -4 -4 -5 -5 -2 2 3 -5 1 11 -4 -3 -3 2 10 0 -4 -5 -2 -8 3800 // P 1 0 0 0 -2 0 0 0 0 -1 -2 0 -1 -4 5 1 1 -6 -5 -1 0 0 0 -8 3801 // S 1 0 1 1 0 0 0 1 0 -1 -2 0 -1 -3 1 1 1 -3 -3 -1 1 0 0 -8 3802 // T 1 0 0 0 -2 0 0 1 -1 0 -1 0 0 -3 1 1 1 -5 -3 0 0 0 0 -8 3803 // W -6 3 -4 -7 -8 -5 -7 -7 -2 -5 -2 -3 -4 2 -6 -3 -5 26 1 -6 -5 -6 -4 -8 3804 // Y -3 -4 -3 -4 1 -4 -4 -5 0 0 0 -4 -1 10 -5 -3 -3 1 13 -2 -3 -4 -2 -8 3805 // V 0 -2 -1 -2 -2 -1 -1 -1 -2 3 3 -2 2 0 -1 -1 0 -6 -2 4 -1 -1 0 -8 3806 // B 1 0 2 2 -4 2 2 1 1 -2 -3 1 -2 -4 0 1 0 -5 -3 -1 2 2 0 -8 3807 // Z 0 1 1 2 -5 2 3 0 2 -2 -2 1 -1 -5 0 0 0 -6 -4 -1 2 3 0 -8 3808 // X 0 0 0 0 -3 0 0 0 0 0 -1 0 0 -2 0 0 0 -4 -2 0 0 0 -1 -8 3809 // * -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 1 3810 // 3811 PAM400 = [][]int{ 3812 /* - A B C D E F G H I J K L M N P Q R S T V W X Y Z * */ 3813 /* - */ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, 3814 /* A */ {0, 1, 1, -2, 1, 1, -3, 1, -1, 0, 0, -1, -2, -1, 0, 1, 0, -1, 1, 1, 0, -6, 0, -3, 0, -8}, 3815 /* B */ {0, 1, 2, -4, 2, 2, -4, 1, 1, -2, 0, 1, -3, -2, 2, 0, 2, 0, 1, 0, -1, -5, 0, -3, 2, -8}, 3816 /* C */ {0, -2, -4, 17, -5, -5, -4, -3, -3, -2, 0, -5, -6, -5, -3, -2, -5, -4, 0, -2, -2, -8, -3, 1, -5, -8}, 3817 /* D */ {0, 1, 2, -5, 3, 3, -5, 1, 1, -2, 0, 1, -3, -2, 2, 0, 2, 0, 1, 0, -2, -7, 0, -4, 2, -8}, 3818 /* E */ {0, 1, 2, -5, 3, 3, -5, 1, 1, -2, 0, 1, -3, -2, 2, 0, 2, 0, 0, 0, -1, -7, 0, -4, 3, -8}, 3819 /* F */ {0, -3, -4, -4, -5, -5, 11, -5, -2, 2, 0, -5, 3, 1, -3, -4, -4, -4, -3, -3, 0, 2, -2, 10, -5, -8}, 3820 /* G */ {0, 1, 1, -3, 1, 1, -5, 4, -1, -2, 0, -1, -3, -2, 1, 0, 0, -2, 1, 1, -1, -7, 0, -5, 0, -8}, 3821 /* H */ {0, -1, 1, -3, 1, 1, -2, -1, 5, -2, 0, 1, -2, -1, 1, 0, 3, 2, 0, -1, -2, -2, 0, 0, 2, -8}, 3822 /* I */ {0, 0, -2, -2, -2, -2, 2, -2, -2, 4, 0, -2, 3, 2, -1, -1, -2, -2, -1, 0, 3, -5, 0, 0, -2, -8}, 3823 /* J */ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, 3824 /* K */ {0, -1, 1, -5, 1, 1, -5, -1, 1, -2, 0, 4, -2, 0, 1, 0, 1, 4, 0, 0, -2, -3, 0, -4, 1, -8}, 3825 /* L */ {0, -2, -3, -6, -3, -3, 3, -3, -2, 3, 0, -2, 7, 4, -3, -2, -2, -3, -2, -1, 3, -2, -1, 0, -2, -8}, 3826 /* M */ {0, -1, -2, -5, -2, -2, 1, -2, -1, 2, 0, 0, 4, 5, -1, -1, -1, 0, -1, 0, 2, -4, 0, -1, -1, -8}, 3827 /* N */ {0, 0, 2, -3, 2, 2, -3, 1, 1, -1, 0, 1, -3, -1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, -1, -4, 0, -3, 1, -8}, 3828 /* P */ {0, 1, 0, -2, 0, 0, -4, 0, 0, -1, 0, 0, -2, -1, 0, 5, 0, 0, 1, 1, -1, -6, 0, -5, 0, -8}, 3829 /* Q */ {0, 0, 2, -5, 2, 2, -4, 0, 3, -2, 0, 1, -2, -1, 1, 0, 3, 1, 0, 0, -1, -5, 0, -4, 2, -8}, 3830 /* R */ {0, -1, 0, -4, 0, 0, -4, -2, 2, -2, 0, 4, -3, 0, 1, 0, 1, 5, 0, 0, -2, 3, 0, -4, 1, -8}, 3831 /* S */ {0, 1, 1, 0, 1, 0, -3, 1, 0, -1, 0, 0, -2, -1, 1, 1, 0, 0, 1, 1, -1, -3, 0, -3, 0, -8}, 3832 /* T */ {0, 1, 0, -2, 0, 0, -3, 1, -1, 0, 0, 0, -1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 0, -5, 0, -3, 0, -8}, 3833 /* V */ {0, 0, -1, -2, -2, -1, 0, -1, -2, 3, 0, -2, 3, 2, -1, -1, -1, -2, -1, 0, 4, -6, 0, -2, -1, -8}, 3834 /* W */ {0, -6, -5, -8, -7, -7, 2, -7, -2, -5, 0, -3, -2, -4, -4, -6, -5, 3, -3, -5, -6, 26, -4, 1, -6, -8}, 3835 /* X */ {0, 0, 0, -3, 0, 0, -2, 0, 0, 0, 0, 0, -1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, -4, -1, -2, 0, -8}, 3836 /* Y */ {0, -3, -3, 1, -4, -4, 10, -5, 0, 0, 0, -4, 0, -1, -3, -5, -4, -4, -3, -3, -2, 1, -2, 13, -4, -8}, 3837 /* Z */ {0, 0, 2, -5, 2, 3, -5, 0, 2, -2, 0, 1, -2, -1, 1, 0, 2, 1, 0, 0, -1, -6, 0, -4, 3, -8}, 3838 /* * */ {0, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, 0, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, 1}, 3839 } 3840 3841 // # 3842 // # This matrix was produced by "pam" Version 1.0.6 [28-Jul-93] 3843 // # 3844 // # PAM 40 substitution matrix, scale = 0.0693200 3845 // # 3846 // # Expected score = -21.3, Entropy = 2.26 bits 3847 // # 3848 // # Lowest score = -74, Highest score = 64 3849 // # 3850 // A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V B Z X * 3851 // A 28 -30 -14 -13 -28 -17 -8 -5 -31 -19 -27 -29 -20 -37 -4 1 0 -59 -34 -8 -14 -12 -13 -74 3852 // R -30 41 -23 -43 -35 -5 -38 -41 -4 -23 -38 5 -17 -42 -15 -12 -27 -6 -45 -33 -30 -15 -23 -74 3853 // N -14 -23 36 10 -47 -14 -7 -12 4 -22 -31 -2 -37 -38 -24 2 -6 -36 -19 -33 28 -10 -14 -74 3854 // D -13 -43 10 37 -62 -8 15 -13 -15 -32 -54 -18 -47 -64 -33 -14 -19 -67 -49 -35 29 8 -23 -74 3855 // C -28 -35 -47 -62 47 -61 -62 -41 -33 -27 -66 -62 -59 -56 -35 -11 -34 -70 -16 -25 -53 -62 -39 -74 3856 // Q -17 -5 -14 -8 -61 40 8 -30 7 -33 -21 -10 -16 -57 -11 -22 -23 -56 -51 -29 -10 30 -19 -74 3857 // E -8 -38 -7 15 -62 8 36 -17 -20 -24 -41 -18 -30 -62 -23 -18 -25 -74 -38 -28 8 29 -20 -74 3858 // G -5 -41 -12 -13 -41 -30 -17 31 -38 -46 -47 -31 -37 -41 -26 -5 -24 -67 -60 -24 -12 -21 -22 -74 3859 // H -31 -4 4 -15 -33 7 -20 -38 44 -39 -26 -25 -44 -25 -17 -25 -31 -32 -13 -28 -3 -2 -21 -74 3860 // I -19 -23 -22 -32 -27 -33 -24 -46 -39 40 -3 -26 0 -8 -37 -29 -9 -60 -26 12 -26 -27 -20 -74 3861 // L -27 -38 -31 -54 -66 -21 -41 -47 -26 -3 33 -36 6 -9 -31 -36 -29 -26 -29 -8 -39 -29 -26 -74 3862 // K -29 5 -2 -18 -62 -10 -18 -31 -25 -26 -36 32 -5 -61 -28 -16 -12 -51 -42 -39 -9 -14 -22 -74 3863 // M -20 -17 -37 -47 -59 -16 -30 -37 -44 0 6 -5 54 -16 -35 -23 -16 -55 -48 -3 -41 -22 -21 -74 3864 // F -37 -42 -38 -64 -56 -57 -62 -41 -25 -8 -9 -61 -16 43 -44 -28 -38 -18 12 -33 -47 -60 -34 -74 3865 // P -4 -15 -24 -33 -35 -11 -23 -26 -17 -37 -31 -28 -35 -44 39 -5 -17 -60 -59 -24 -28 -16 -21 -74 3866 // S 1 -12 2 -14 -11 -22 -18 -5 -25 -29 -36 -16 -23 -28 -5 30 4 -22 -30 -26 -5 -19 -12 -74 3867 // T 0 -27 -6 -19 -34 -23 -25 -24 -31 -9 -29 -12 -16 -38 -17 4 34 -56 -28 -10 -12 -24 -15 -74 3868 // W -59 -6 -36 -67 -70 -56 -74 -67 -32 -60 -26 -51 -55 -18 -60 -22 -56 64 -21 -68 -45 -63 -47 -74 3869 // Y -34 -45 -19 -49 -16 -51 -38 -60 -13 -26 -29 -42 -48 12 -59 -30 -28 -21 48 -32 -28 -42 -33 -74 3870 // V -8 -33 -33 -35 -25 -29 -28 -24 -28 12 -8 -39 -3 -33 -24 -26 -10 -68 -32 34 -34 -28 -19 -74 3871 // B -14 -30 28 29 -53 -10 8 -12 -3 -26 -39 -9 -41 -47 -28 -5 -12 -45 -28 -34 29 3 -19 -74 3872 // Z -12 -15 -10 8 -62 30 29 -21 -2 -27 -29 -14 -22 -60 -16 -19 -24 -63 -42 -28 3 30 -20 -74 3873 // X -13 -23 -14 -23 -39 -19 -20 -22 -21 -20 -26 -22 -21 -34 -21 -12 -15 -47 -33 -19 -19 -20 -21 -74 3874 // * -74 -74 -74 -74 -74 -74 -74 -74 -74 -74 -74 -74 -74 -74 -74 -74 -74 -74 -74 -74 -74 -74 -74 1 3875 // 3876 PAM40_cdi = [][]int{ 3877 /* - A B C D E F G H I J K L M N P Q R S T V W X Y Z * */ 3878 /* - */ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, 3879 /* A */ {0, 28, -14, -28, -13, -8, -37, -5, -31, -19, 0, -29, -27, -20, -14, -4, -17, -30, 1, 0, -8, -59, -13, -34, -12, -74}, 3880 /* B */ {0, -14, 29, -53, 29, 8, -47, -12, -3, -26, 0, -9, -39, -41, 28, -28, -10, -30, -5, -12, -34, -45, -19, -28, 3, -74}, 3881 /* C */ {0, -28, -53, 47, -62, -62, -56, -41, -33, -27, 0, -62, -66, -59, -47, -35, -61, -35, -11, -34, -25, -70, -39, -16, -62, -74}, 3882 /* D */ {0, -13, 29, -62, 37, 15, -64, -13, -15, -32, 0, -18, -54, -47, 10, -33, -8, -43, -14, -19, -35, -67, -23, -49, 8, -74}, 3883 /* E */ {0, -8, 8, -62, 15, 36, -62, -17, -20, -24, 0, -18, -41, -30, -7, -23, 8, -38, -18, -25, -28, -74, -20, -38, 29, -74}, 3884 /* F */ {0, -37, -47, -56, -64, -62, 43, -41, -25, -8, 0, -61, -9, -16, -38, -44, -57, -42, -28, -38, -33, -18, -34, 12, -60, -74}, 3885 /* G */ {0, -5, -12, -41, -13, -17, -41, 31, -38, -46, 0, -31, -47, -37, -12, -26, -30, -41, -5, -24, -24, -67, -22, -60, -21, -74}, 3886 /* H */ {0, -31, -3, -33, -15, -20, -25, -38, 44, -39, 0, -25, -26, -44, 4, -17, 7, -4, -25, -31, -28, -32, -21, -13, -2, -74}, 3887 /* I */ {0, -19, -26, -27, -32, -24, -8, -46, -39, 40, 0, -26, -3, 0, -22, -37, -33, -23, -29, -9, 12, -60, -20, -26, -27, -74}, 3888 /* J */ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, 3889 /* K */ {0, -29, -9, -62, -18, -18, -61, -31, -25, -26, 0, 32, -36, -5, -2, -28, -10, 5, -16, -12, -39, -51, -22, -42, -14, -74}, 3890 /* L */ {0, -27, -39, -66, -54, -41, -9, -47, -26, -3, 0, -36, 33, 6, -31, -31, -21, -38, -36, -29, -8, -26, -26, -29, -29, -74}, 3891 /* M */ {0, -20, -41, -59, -47, -30, -16, -37, -44, 0, 0, -5, 6, 54, -37, -35, -16, -17, -23, -16, -3, -55, -21, -48, -22, -74}, 3892 /* N */ {0, -14, 28, -47, 10, -7, -38, -12, 4, -22, 0, -2, -31, -37, 36, -24, -14, -23, 2, -6, -33, -36, -14, -19, -10, -74}, 3893 /* P */ {0, -4, -28, -35, -33, -23, -44, -26, -17, -37, 0, -28, -31, -35, -24, 39, -11, -15, -5, -17, -24, -60, -21, -59, -16, -74}, 3894 /* Q */ {0, -17, -10, -61, -8, 8, -57, -30, 7, -33, 0, -10, -21, -16, -14, -11, 40, -5, -22, -23, -29, -56, -19, -51, 30, -74}, 3895 /* R */ {0, -30, -30, -35, -43, -38, -42, -41, -4, -23, 0, 5, -38, -17, -23, -15, -5, 41, -12, -27, -33, -6, -23, -45, -15, -74}, 3896 /* S */ {0, 1, -5, -11, -14, -18, -28, -5, -25, -29, 0, -16, -36, -23, 2, -5, -22, -12, 30, 4, -26, -22, -12, -30, -19, -74}, 3897 /* T */ {0, 0, -12, -34, -19, -25, -38, -24, -31, -9, 0, -12, -29, -16, -6, -17, -23, -27, 4, 34, -10, -56, -15, -28, -24, -74}, 3898 /* V */ {0, -8, -34, -25, -35, -28, -33, -24, -28, 12, 0, -39, -8, -3, -33, -24, -29, -33, -26, -10, 34, -68, -19, -32, -28, -74}, 3899 /* W */ {0, -59, -45, -70, -67, -74, -18, -67, -32, -60, 0, -51, -26, -55, -36, -60, -56, -6, -22, -56, -68, 64, -47, -21, -63, -74}, 3900 /* X */ {0, -13, -19, -39, -23, -20, -34, -22, -21, -20, 0, -22, -26, -21, -14, -21, -19, -23, -12, -15, -19, -47, -21, -33, -20, -74}, 3901 /* Y */ {0, -34, -28, -16, -49, -38, 12, -60, -13, -26, 0, -42, -29, -48, -19, -59, -51, -45, -30, -28, -32, -21, -33, 48, -42, -74}, 3902 /* Z */ {0, -12, 3, -62, 8, 29, -60, -21, -2, -27, 0, -14, -29, -22, -10, -16, 30, -15, -19, -24, -28, -63, -20, -42, 30, -74}, 3903 /* * */ {0, -74, -74, -74, -74, -74, -74, -74, -74, -74, 0, -74, -74, -74, -74, -74, -74, -74, -74, -74, -74, -74, -74, -74, -74, 1}, 3904 } 3905 3906 // # 3907 // # This matrix was produced by "pam" Version 1.0.6 [28-Jul-93] 3908 // # 3909 // # PAM 410 substitution matrix, scale = ln(2)/6 = 0.115525 3910 // # 3911 // # Expected score = -0.617, Entropy = 0.131 bits 3912 // # 3913 // # Lowest score = -10, Highest score = 31 3914 // # 3915 // A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V B Z X * 3916 // A 1 -1 0 1 -2 0 1 2 -1 0 -2 -1 -1 -4 1 1 1 -7 -4 0 1 0 0 -10 3917 // R -1 6 1 0 -4 2 0 -2 2 -2 -3 4 0 -5 0 0 0 4 -5 -2 0 1 0 -10 3918 // N 0 1 1 2 -4 1 2 1 1 -2 -3 1 -2 -4 0 1 1 -5 -3 -1 2 2 0 -10 3919 // D 1 0 2 3 -6 2 3 1 1 -2 -4 1 -2 -6 0 1 0 -8 -5 -2 3 3 0 -10 3920 // C -2 -4 -4 -6 20 -6 -6 -4 -4 -3 -7 -6 -6 -4 -3 0 -2 -10 1 -2 -5 -6 -3 -10 3921 // Q 0 2 1 2 -6 3 2 0 3 -2 -2 1 -1 -5 1 0 0 -5 -4 -2 2 3 0 -10 3922 // E 1 0 2 3 -6 2 3 1 1 -2 -3 1 -2 -6 0 1 0 -8 -5 -2 3 3 0 -10 3923 // G 2 -2 1 1 -4 0 1 5 -1 -2 -4 -1 -3 -6 0 1 1 -8 -6 -1 1 0 0 -10 3924 // H -1 2 1 1 -4 3 1 -1 6 -2 -2 1 -2 -2 0 0 -1 -3 0 -2 1 2 0 -10 3925 // I 0 -2 -2 -2 -3 -2 -2 -2 -2 4 4 -2 3 2 -2 -1 0 -6 0 4 -2 -2 0 -10 3926 // L -2 -3 -3 -4 -7 -2 -3 -4 -2 4 8 -3 5 4 -3 -3 -1 -2 1 3 -3 -3 -1 -10 3927 // K -1 4 1 1 -6 1 1 -1 1 -2 -3 5 0 -6 0 0 0 -3 -5 -2 1 1 0 -10 3928 // M -1 0 -2 -2 -6 -1 -2 -3 -2 3 5 0 5 1 -2 -1 0 -4 -2 2 -2 -2 0 -10 3929 // F -4 -5 -4 -6 -4 -5 -6 -6 -2 2 4 -6 1 14 -5 -4 -3 2 12 0 -5 -5 -2 -10 3930 // P 1 0 0 0 -3 1 0 0 0 -2 -3 0 -2 -5 6 1 1 -7 -5 -1 0 0 0 -10 3931 // S 1 0 1 1 0 0 1 1 0 -1 -3 0 -1 -4 1 1 1 -3 -3 -1 1 0 0 -10 3932 // T 1 0 1 0 -2 0 0 1 -1 0 -1 0 0 -3 1 1 2 -6 -3 0 0 0 0 -10 3933 // W -7 4 -5 -8 -10 -5 -8 -8 -3 -6 -2 -3 -4 2 -7 -3 -6 31 2 -7 -6 -7 -4 -10 3934 // Y -4 -5 -3 -5 1 -4 -5 -6 0 0 1 -5 -2 12 -5 -3 -3 2 15 -2 -4 -5 -2 -10 3935 // V 0 -2 -1 -2 -2 -2 -2 -1 -2 4 3 -2 2 0 -1 -1 0 -7 -2 4 -2 -2 0 -10 3936 // B 1 0 2 3 -5 2 3 1 1 -2 -3 1 -2 -5 0 1 0 -6 -4 -2 2 2 0 -10 3937 // Z 0 1 2 3 -6 3 3 0 2 -2 -3 1 -2 -5 0 0 0 -7 -5 -2 2 3 0 -10 3938 // X 0 0 0 0 -3 0 0 0 0 0 -1 0 0 -2 0 0 0 -4 -2 0 0 0 -1 -10 3939 // * -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 1 3940 // 3941 PAM410 = [][]int{ 3942 /* - A B C D E F G H I J K L M N P Q R S T V W X Y Z * */ 3943 /* - */ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, 3944 /* A */ {0, 1, 1, -2, 1, 1, -4, 2, -1, 0, 0, -1, -2, -1, 0, 1, 0, -1, 1, 1, 0, -7, 0, -4, 0, -10}, 3945 /* B */ {0, 1, 2, -5, 3, 3, -5, 1, 1, -2, 0, 1, -3, -2, 2, 0, 2, 0, 1, 0, -2, -6, 0, -4, 2, -10}, 3946 /* C */ {0, -2, -5, 20, -6, -6, -4, -4, -4, -3, 0, -6, -7, -6, -4, -3, -6, -4, 0, -2, -2, -10, -3, 1, -6, -10}, 3947 /* D */ {0, 1, 3, -6, 3, 3, -6, 1, 1, -2, 0, 1, -4, -2, 2, 0, 2, 0, 1, 0, -2, -8, 0, -5, 3, -10}, 3948 /* E */ {0, 1, 3, -6, 3, 3, -6, 1, 1, -2, 0, 1, -3, -2, 2, 0, 2, 0, 1, 0, -2, -8, 0, -5, 3, -10}, 3949 /* F */ {0, -4, -5, -4, -6, -6, 14, -6, -2, 2, 0, -6, 4, 1, -4, -5, -5, -5, -4, -3, 0, 2, -2, 12, -5, -10}, 3950 /* G */ {0, 2, 1, -4, 1, 1, -6, 5, -1, -2, 0, -1, -4, -3, 1, 0, 0, -2, 1, 1, -1, -8, 0, -6, 0, -10}, 3951 /* H */ {0, -1, 1, -4, 1, 1, -2, -1, 6, -2, 0, 1, -2, -2, 1, 0, 3, 2, 0, -1, -2, -3, 0, 0, 2, -10}, 3952 /* I */ {0, 0, -2, -3, -2, -2, 2, -2, -2, 4, 0, -2, 4, 3, -2, -2, -2, -2, -1, 0, 4, -6, 0, 0, -2, -10}, 3953 /* J */ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, 3954 /* K */ {0, -1, 1, -6, 1, 1, -6, -1, 1, -2, 0, 5, -3, 0, 1, 0, 1, 4, 0, 0, -2, -3, 0, -5, 1, -10}, 3955 /* L */ {0, -2, -3, -7, -4, -3, 4, -4, -2, 4, 0, -3, 8, 5, -3, -3, -2, -3, -3, -1, 3, -2, -1, 1, -3, -10}, 3956 /* M */ {0, -1, -2, -6, -2, -2, 1, -3, -2, 3, 0, 0, 5, 5, -2, -2, -1, 0, -1, 0, 2, -4, 0, -2, -2, -10}, 3957 /* N */ {0, 0, 2, -4, 2, 2, -4, 1, 1, -2, 0, 1, -3, -2, 1, 0, 1, 1, 1, 1, -1, -5, 0, -3, 2, -10}, 3958 /* P */ {0, 1, 0, -3, 0, 0, -5, 0, 0, -2, 0, 0, -3, -2, 0, 6, 1, 0, 1, 1, -1, -7, 0, -5, 0, -10}, 3959 /* Q */ {0, 0, 2, -6, 2, 2, -5, 0, 3, -2, 0, 1, -2, -1, 1, 1, 3, 2, 0, 0, -2, -5, 0, -4, 3, -10}, 3960 /* R */ {0, -1, 0, -4, 0, 0, -5, -2, 2, -2, 0, 4, -3, 0, 1, 0, 2, 6, 0, 0, -2, 4, 0, -5, 1, -10}, 3961 /* S */ {0, 1, 1, 0, 1, 1, -4, 1, 0, -1, 0, 0, -3, -1, 1, 1, 0, 0, 1, 1, -1, -3, 0, -3, 0, -10}, 3962 /* T */ {0, 1, 0, -2, 0, 0, -3, 1, -1, 0, 0, 0, -1, 0, 1, 1, 0, 0, 1, 2, 0, -6, 0, -3, 0, -10}, 3963 /* V */ {0, 0, -2, -2, -2, -2, 0, -1, -2, 4, 0, -2, 3, 2, -1, -1, -2, -2, -1, 0, 4, -7, 0, -2, -2, -10}, 3964 /* W */ {0, -7, -6, -10, -8, -8, 2, -8, -3, -6, 0, -3, -2, -4, -5, -7, -5, 4, -3, -6, -7, 31, -4, 2, -7, -10}, 3965 /* X */ {0, 0, 0, -3, 0, 0, -2, 0, 0, 0, 0, 0, -1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, -4, -1, -2, 0, -10}, 3966 /* Y */ {0, -4, -4, 1, -5, -5, 12, -6, 0, 0, 0, -5, 1, -2, -3, -5, -4, -5, -3, -3, -2, 2, -2, 15, -5, -10}, 3967 /* Z */ {0, 0, 2, -6, 3, 3, -5, 0, 2, -2, 0, 1, -3, -2, 2, 0, 3, 1, 0, 0, -2, -7, 0, -5, 3, -10}, 3968 /* * */ {0, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, 0, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, 1}, 3969 } 3970 3971 // # 3972 // # This matrix was produced by "pam" Version 1.0.6 [28-Jul-93] 3973 // # 3974 // # PAM 420 substitution matrix, scale = ln(2)/6 = 0.115525 3975 // # 3976 // # Expected score = -0.599, Entropy = 0.124 bits 3977 // # 3978 // # Lowest score = -10, Highest score = 31 3979 // # 3980 // A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V B Z X * 3981 // A 1 -1 0 1 -2 0 1 2 -1 0 -2 0 -1 -4 1 1 1 -7 -4 0 1 0 0 -10 3982 // R -1 6 1 0 -4 2 0 -2 2 -2 -3 4 0 -5 0 0 0 4 -5 -2 0 1 0 -10 3983 // N 0 1 1 2 -4 1 2 1 1 -2 -3 1 -1 -4 0 1 0 -5 -3 -1 2 2 0 -10 3984 // D 1 0 2 3 -5 2 3 1 1 -2 -4 1 -2 -6 0 1 0 -8 -5 -2 3 3 0 -10 3985 // C -2 -4 -4 -5 20 -6 -6 -3 -4 -3 -7 -6 -6 -4 -3 0 -2 -10 1 -2 -5 -6 -3 -10 3986 // Q 0 2 1 2 -6 3 2 0 3 -2 -2 1 -1 -5 1 0 0 -5 -4 -2 2 3 0 -10 3987 // E 1 0 2 3 -6 2 3 1 1 -2 -3 1 -2 -6 0 1 0 -8 -5 -2 3 3 0 -10 3988 // G 2 -2 1 1 -3 0 1 5 -1 -2 -4 -1 -2 -6 0 1 1 -8 -6 -1 1 0 0 -10 3989 // H -1 2 1 1 -4 3 1 -1 6 -2 -2 1 -2 -2 0 0 -1 -3 0 -2 1 2 0 -10 3990 // I 0 -2 -2 -2 -3 -2 -2 -2 -2 4 4 -2 3 2 -2 -1 0 -6 0 4 -2 -2 0 -10 3991 // L -2 -3 -3 -4 -7 -2 -3 -4 -2 4 7 -3 5 4 -2 -3 -1 -2 1 3 -3 -3 -1 -10 3992 // K 0 4 1 1 -6 1 1 -1 1 -2 -3 5 0 -6 0 0 0 -3 -5 -2 1 1 0 -10 3993 // M -1 0 -1 -2 -6 -1 -2 -2 -2 3 5 0 5 1 -2 -1 0 -4 -1 2 -2 -1 0 -10 3994 // F -4 -5 -4 -6 -4 -5 -6 -6 -2 2 4 -6 1 13 -5 -4 -3 2 12 0 -5 -5 -2 -10 3995 // P 1 0 0 0 -3 1 0 0 0 -2 -2 0 -2 -5 5 1 1 -6 -5 -1 0 0 0 -10 3996 // S 1 0 1 1 0 0 1 1 0 -1 -3 0 -1 -4 1 1 1 -3 -3 -1 1 0 0 -10 3997 // T 1 0 0 0 -2 0 0 1 -1 0 -1 0 0 -3 1 1 1 -6 -3 0 0 0 0 -10 3998 // W -7 4 -5 -8 -10 -5 -8 -8 -3 -6 -2 -3 -4 2 -6 -3 -6 31 2 -7 -6 -7 -4 -10 3999 // Y -4 -5 -3 -5 1 -4 -5 -6 0 0 1 -5 -1 12 -5 -3 -3 2 15 -2 -4 -5 -2 -10 4000 // V 0 -2 -1 -2 -2 -2 -2 -1 -2 4 3 -2 2 0 -1 -1 0 -7 -2 4 -2 -2 0 -10 4001 // B 1 0 2 3 -5 2 3 1 1 -2 -3 1 -2 -5 0 1 0 -6 -4 -2 2 2 0 -10 4002 // Z 0 1 2 3 -6 3 3 0 2 -2 -3 1 -1 -5 0 0 0 -7 -5 -2 2 3 0 -10 4003 // X 0 0 0 0 -3 0 0 0 0 0 -1 0 0 -2 0 0 0 -4 -2 0 0 0 -1 -10 4004 // * -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 1 4005 // 4006 PAM420 = [][]int{ 4007 /* - A B C D E F G H I J K L M N P Q R S T V W X Y Z * */ 4008 /* - */ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, 4009 /* A */ {0, 1, 1, -2, 1, 1, -4, 2, -1, 0, 0, 0, -2, -1, 0, 1, 0, -1, 1, 1, 0, -7, 0, -4, 0, -10}, 4010 /* B */ {0, 1, 2, -5, 3, 3, -5, 1, 1, -2, 0, 1, -3, -2, 2, 0, 2, 0, 1, 0, -2, -6, 0, -4, 2, -10}, 4011 /* C */ {0, -2, -5, 20, -5, -6, -4, -3, -4, -3, 0, -6, -7, -6, -4, -3, -6, -4, 0, -2, -2, -10, -3, 1, -6, -10}, 4012 /* D */ {0, 1, 3, -5, 3, 3, -6, 1, 1, -2, 0, 1, -4, -2, 2, 0, 2, 0, 1, 0, -2, -8, 0, -5, 3, -10}, 4013 /* E */ {0, 1, 3, -6, 3, 3, -6, 1, 1, -2, 0, 1, -3, -2, 2, 0, 2, 0, 1, 0, -2, -8, 0, -5, 3, -10}, 4014 /* F */ {0, -4, -5, -4, -6, -6, 13, -6, -2, 2, 0, -6, 4, 1, -4, -5, -5, -5, -4, -3, 0, 2, -2, 12, -5, -10}, 4015 /* G */ {0, 2, 1, -3, 1, 1, -6, 5, -1, -2, 0, -1, -4, -2, 1, 0, 0, -2, 1, 1, -1, -8, 0, -6, 0, -10}, 4016 /* H */ {0, -1, 1, -4, 1, 1, -2, -1, 6, -2, 0, 1, -2, -2, 1, 0, 3, 2, 0, -1, -2, -3, 0, 0, 2, -10}, 4017 /* I */ {0, 0, -2, -3, -2, -2, 2, -2, -2, 4, 0, -2, 4, 3, -2, -2, -2, -2, -1, 0, 4, -6, 0, 0, -2, -10}, 4018 /* J */ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, 4019 /* K */ {0, 0, 1, -6, 1, 1, -6, -1, 1, -2, 0, 5, -3, 0, 1, 0, 1, 4, 0, 0, -2, -3, 0, -5, 1, -10}, 4020 /* L */ {0, -2, -3, -7, -4, -3, 4, -4, -2, 4, 0, -3, 7, 5, -3, -2, -2, -3, -3, -1, 3, -2, -1, 1, -3, -10}, 4021 /* M */ {0, -1, -2, -6, -2, -2, 1, -2, -2, 3, 0, 0, 5, 5, -1, -2, -1, 0, -1, 0, 2, -4, 0, -1, -1, -10}, 4022 /* N */ {0, 0, 2, -4, 2, 2, -4, 1, 1, -2, 0, 1, -3, -1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, -1, -5, 0, -3, 2, -10}, 4023 /* P */ {0, 1, 0, -3, 0, 0, -5, 0, 0, -2, 0, 0, -2, -2, 0, 5, 1, 0, 1, 1, -1, -6, 0, -5, 0, -10}, 4024 /* Q */ {0, 0, 2, -6, 2, 2, -5, 0, 3, -2, 0, 1, -2, -1, 1, 1, 3, 2, 0, 0, -2, -5, 0, -4, 3, -10}, 4025 /* R */ {0, -1, 0, -4, 0, 0, -5, -2, 2, -2, 0, 4, -3, 0, 1, 0, 2, 6, 0, 0, -2, 4, 0, -5, 1, -10}, 4026 /* S */ {0, 1, 1, 0, 1, 1, -4, 1, 0, -1, 0, 0, -3, -1, 1, 1, 0, 0, 1, 1, -1, -3, 0, -3, 0, -10}, 4027 /* T */ {0, 1, 0, -2, 0, 0, -3, 1, -1, 0, 0, 0, -1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 0, -6, 0, -3, 0, -10}, 4028 /* V */ {0, 0, -2, -2, -2, -2, 0, -1, -2, 4, 0, -2, 3, 2, -1, -1, -2, -2, -1, 0, 4, -7, 0, -2, -2, -10}, 4029 /* W */ {0, -7, -6, -10, -8, -8, 2, -8, -3, -6, 0, -3, -2, -4, -5, -6, -5, 4, -3, -6, -7, 31, -4, 2, -7, -10}, 4030 /* X */ {0, 0, 0, -3, 0, 0, -2, 0, 0, 0, 0, 0, -1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, -4, -1, -2, 0, -10}, 4031 /* Y */ {0, -4, -4, 1, -5, -5, 12, -6, 0, 0, 0, -5, 1, -1, -3, -5, -4, -5, -3, -3, -2, 2, -2, 15, -5, -10}, 4032 /* Z */ {0, 0, 2, -6, 3, 3, -5, 0, 2, -2, 0, 1, -3, -1, 2, 0, 3, 1, 0, 0, -2, -7, 0, -5, 3, -10}, 4033 /* * */ {0, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, 0, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, 1}, 4034 } 4035 4036 // # 4037 // # This matrix was produced by "pam" Version 1.0.6 [28-Jul-93] 4038 // # 4039 // # PAM 430 substitution matrix, scale = ln(2)/6 = 0.115525 4040 // # 4041 // # Expected score = -0.543, Entropy = 0.117 bits 4042 // # 4043 // # Lowest score = -9, Highest score = 31 4044 // # 4045 // A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V B Z X * 4046 // A 1 -1 0 1 -2 0 1 2 -1 0 -2 0 -1 -4 1 1 1 -7 -4 0 1 0 0 -9 4047 // R -1 6 1 0 -4 2 0 -2 2 -2 -3 4 0 -5 0 0 0 4 -4 -2 0 1 0 -9 4048 // N 0 1 1 2 -4 1 2 1 1 -2 -3 1 -1 -4 0 1 0 -5 -3 -1 2 1 0 -9 4049 // D 1 0 2 3 -5 2 3 1 1 -2 -4 1 -2 -6 0 1 0 -7 -5 -2 3 3 0 -9 4050 // C -2 -4 -4 -5 20 -6 -5 -3 -4 -2 -6 -6 -5 -4 -3 0 -2 -9 1 -2 -4 -5 -3 -9 4051 // Q 0 2 1 2 -6 3 2 0 3 -2 -2 1 -1 -5 1 0 0 -5 -4 -1 2 3 0 -9 4052 // E 1 0 2 3 -5 2 3 1 1 -2 -3 1 -2 -6 0 1 0 -8 -5 -1 2 3 0 -9 4053 // G 2 -2 1 1 -3 0 1 5 -1 -2 -4 -1 -2 -5 0 1 1 -8 -5 -1 1 0 0 -9 4054 // H -1 2 1 1 -4 3 1 -1 5 -2 -2 1 -1 -2 0 0 -1 -3 0 -2 1 2 0 -9 4055 // I 0 -2 -2 -2 -2 -2 -2 -2 -2 4 4 -2 3 2 -1 -1 0 -5 0 4 -2 -2 0 -9 4056 // L -2 -3 -3 -4 -6 -2 -3 -4 -2 4 7 -3 5 4 -2 -2 -1 -2 1 3 -3 -3 -1 -9 4057 // K 0 4 1 1 -6 1 1 -1 1 -2 -3 4 0 -5 0 0 0 -3 -5 -2 1 1 0 -9 4058 // M -1 0 -1 -2 -5 -1 -2 -2 -1 3 5 0 5 1 -2 -1 0 -4 -1 2 -2 -1 0 -9 4059 // F -4 -5 -4 -6 -4 -5 -6 -5 -2 2 4 -5 1 13 -5 -4 -3 2 12 0 -5 -5 -2 -9 4060 // P 1 0 0 0 -3 1 0 0 0 -1 -2 0 -2 -5 5 1 1 -6 -5 -1 0 0 0 -9 4061 // S 1 0 1 1 0 0 1 1 0 -1 -2 0 -1 -4 1 1 1 -3 -3 -1 1 0 0 -9 4062 // T 1 0 0 0 -2 0 0 1 -1 0 -1 0 0 -3 1 1 1 -6 -3 0 0 0 0 -9 4063 // W -7 4 -5 -7 -9 -5 -8 -8 -3 -5 -2 -3 -4 2 -6 -3 -6 31 2 -7 -6 -6 -4 -9 4064 // Y -4 -4 -3 -5 1 -4 -5 -5 0 0 1 -5 -1 12 -5 -3 -3 2 15 -2 -4 -5 -2 -9 4065 // V 0 -2 -1 -2 -2 -1 -1 -1 -2 4 3 -2 2 0 -1 -1 0 -7 -2 4 -1 -1 0 -9 4066 // B 1 0 2 3 -4 2 2 1 1 -2 -3 1 -2 -5 0 1 0 -6 -4 -1 2 2 0 -9 4067 // Z 0 1 1 3 -5 3 3 0 2 -2 -3 1 -1 -5 0 0 0 -6 -5 -1 2 3 0 -9 4068 // X 0 0 0 0 -3 0 0 0 0 0 -1 0 0 -2 0 0 0 -4 -2 0 0 0 -1 -9 4069 // * -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 1 4070 // 4071 PAM430 = [][]int{ 4072 /* - A B C D E F G H I J K L M N P Q R S T V W X Y Z * */ 4073 /* - */ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, 4074 /* A */ {0, 1, 1, -2, 1, 1, -4, 2, -1, 0, 0, 0, -2, -1, 0, 1, 0, -1, 1, 1, 0, -7, 0, -4, 0, -9}, 4075 /* B */ {0, 1, 2, -4, 3, 2, -5, 1, 1, -2, 0, 1, -3, -2, 2, 0, 2, 0, 1, 0, -1, -6, 0, -4, 2, -9}, 4076 /* C */ {0, -2, -4, 20, -5, -5, -4, -3, -4, -2, 0, -6, -6, -5, -4, -3, -6, -4, 0, -2, -2, -9, -3, 1, -5, -9}, 4077 /* D */ {0, 1, 3, -5, 3, 3, -6, 1, 1, -2, 0, 1, -4, -2, 2, 0, 2, 0, 1, 0, -2, -7, 0, -5, 3, -9}, 4078 /* E */ {0, 1, 2, -5, 3, 3, -6, 1, 1, -2, 0, 1, -3, -2, 2, 0, 2, 0, 1, 0, -1, -8, 0, -5, 3, -9}, 4079 /* F */ {0, -4, -5, -4, -6, -6, 13, -5, -2, 2, 0, -5, 4, 1, -4, -5, -5, -5, -4, -3, 0, 2, -2, 12, -5, -9}, 4080 /* G */ {0, 2, 1, -3, 1, 1, -5, 5, -1, -2, 0, -1, -4, -2, 1, 0, 0, -2, 1, 1, -1, -8, 0, -5, 0, -9}, 4081 /* H */ {0, -1, 1, -4, 1, 1, -2, -1, 5, -2, 0, 1, -2, -1, 1, 0, 3, 2, 0, -1, -2, -3, 0, 0, 2, -9}, 4082 /* I */ {0, 0, -2, -2, -2, -2, 2, -2, -2, 4, 0, -2, 4, 3, -2, -1, -2, -2, -1, 0, 4, -5, 0, 0, -2, -9}, 4083 /* J */ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, 4084 /* K */ {0, 0, 1, -6, 1, 1, -5, -1, 1, -2, 0, 4, -3, 0, 1, 0, 1, 4, 0, 0, -2, -3, 0, -5, 1, -9}, 4085 /* L */ {0, -2, -3, -6, -4, -3, 4, -4, -2, 4, 0, -3, 7, 5, -3, -2, -2, -3, -2, -1, 3, -2, -1, 1, -3, -9}, 4086 /* M */ {0, -1, -2, -5, -2, -2, 1, -2, -1, 3, 0, 0, 5, 5, -1, -2, -1, 0, -1, 0, 2, -4, 0, -1, -1, -9}, 4087 /* N */ {0, 0, 2, -4, 2, 2, -4, 1, 1, -2, 0, 1, -3, -1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, -1, -5, 0, -3, 1, -9}, 4088 /* P */ {0, 1, 0, -3, 0, 0, -5, 0, 0, -1, 0, 0, -2, -2, 0, 5, 1, 0, 1, 1, -1, -6, 0, -5, 0, -9}, 4089 /* Q */ {0, 0, 2, -6, 2, 2, -5, 0, 3, -2, 0, 1, -2, -1, 1, 1, 3, 2, 0, 0, -1, -5, 0, -4, 3, -9}, 4090 /* R */ {0, -1, 0, -4, 0, 0, -5, -2, 2, -2, 0, 4, -3, 0, 1, 0, 2, 6, 0, 0, -2, 4, 0, -4, 1, -9}, 4091 /* S */ {0, 1, 1, 0, 1, 1, -4, 1, 0, -1, 0, 0, -2, -1, 1, 1, 0, 0, 1, 1, -1, -3, 0, -3, 0, -9}, 4092 /* T */ {0, 1, 0, -2, 0, 0, -3, 1, -1, 0, 0, 0, -1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 0, -6, 0, -3, 0, -9}, 4093 /* V */ {0, 0, -1, -2, -2, -1, 0, -1, -2, 4, 0, -2, 3, 2, -1, -1, -1, -2, -1, 0, 4, -7, 0, -2, -1, -9}, 4094 /* W */ {0, -7, -6, -9, -7, -8, 2, -8, -3, -5, 0, -3, -2, -4, -5, -6, -5, 4, -3, -6, -7, 31, -4, 2, -6, -9}, 4095 /* X */ {0, 0, 0, -3, 0, 0, -2, 0, 0, 0, 0, 0, -1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, -4, -1, -2, 0, -9}, 4096 /* Y */ {0, -4, -4, 1, -5, -5, 12, -5, 0, 0, 0, -5, 1, -1, -3, -5, -4, -4, -3, -3, -2, 2, -2, 15, -5, -9}, 4097 /* Z */ {0, 0, 2, -5, 3, 3, -5, 0, 2, -2, 0, 1, -3, -1, 1, 0, 3, 1, 0, 0, -1, -6, 0, -5, 3, -9}, 4098 /* * */ {0, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, 0, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, 1}, 4099 } 4100 4101 // # 4102 // # This matrix was produced by "pam" Version 1.0.6 [28-Jul-93] 4103 // # 4104 // # PAM 440 substitution matrix, scale = ln(2)/6 = 0.115525 4105 // # 4106 // # Expected score = -0.529, Entropy = 0.111 bits 4107 // # 4108 // # Lowest score = -9, Highest score = 30 4109 // # 4110 // A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V B Z X * 4111 // A 1 -1 0 1 -2 0 1 2 -1 0 -2 0 -1 -4 1 1 1 -6 -4 0 1 0 0 -9 4112 // R -1 5 1 0 -4 2 0 -2 2 -2 -3 4 0 -5 0 0 0 4 -4 -2 0 1 0 -9 4113 // N 0 1 1 2 -4 1 2 1 1 -2 -3 1 -1 -4 0 1 0 -5 -3 -1 2 1 0 -9 4114 // D 1 0 2 3 -5 2 3 1 1 -2 -3 1 -2 -6 0 1 0 -7 -5 -2 2 2 0 -9 4115 // C -2 -4 -4 -5 20 -5 -5 -3 -4 -2 -6 -5 -5 -4 -3 0 -2 -9 1 -2 -4 -5 -3 -9 4116 // Q 0 2 1 2 -5 3 2 0 3 -2 -2 1 -1 -4 1 0 0 -5 -4 -1 2 2 0 -9 4117 // E 1 0 2 3 -5 2 3 1 1 -2 -3 1 -2 -5 0 1 0 -7 -5 -1 2 3 0 -9 4118 // G 2 -2 1 1 -3 0 1 4 -1 -2 -4 -1 -2 -5 0 1 1 -8 -5 -1 1 0 0 -9 4119 // H -1 2 1 1 -4 3 1 -1 5 -2 -2 1 -1 -2 0 0 -1 -3 0 -2 1 2 0 -9 4120 // I 0 -2 -2 -2 -2 -2 -2 -2 -2 4 4 -2 3 2 -1 -1 0 -5 0 3 -2 -2 0 -9 4121 // L -2 -3 -3 -3 -6 -2 -3 -4 -2 4 7 -3 5 4 -2 -2 -1 -2 1 3 -3 -2 -1 -9 4122 // K 0 4 1 1 -5 1 1 -1 1 -2 -3 4 0 -5 0 0 0 -3 -5 -2 1 1 0 -9 4123 // M -1 0 -1 -2 -5 -1 -2 -2 -1 3 5 0 4 1 -1 -1 0 -4 -1 2 -2 -1 0 -9 4124 // F -4 -5 -4 -6 -4 -4 -5 -5 -2 2 4 -5 1 13 -5 -4 -3 2 12 0 -5 -5 -2 -9 4125 // P 1 0 0 0 -3 1 0 0 0 -1 -2 0 -1 -5 5 1 1 -6 -5 -1 0 0 0 -9 4126 // S 1 0 1 1 0 0 1 1 0 -1 -2 0 -1 -4 1 1 1 -3 -3 -1 1 0 0 -9 4127 // T 1 0 0 0 -2 0 0 1 -1 0 -1 0 0 -3 1 1 1 -6 -3 0 0 0 0 -9 4128 // W -6 4 -5 -7 -9 -5 -7 -8 -3 -5 -2 -3 -4 2 -6 -3 -6 30 2 -6 -6 -6 -4 -9 4129 // Y -4 -4 -3 -5 1 -4 -5 -5 0 0 1 -5 -1 12 -5 -3 -3 2 15 -2 -4 -4 -2 -9 4130 // V 0 -2 -1 -2 -2 -1 -1 -1 -2 3 3 -2 2 0 -1 -1 0 -6 -2 4 -1 -1 0 -9 4131 // B 1 0 2 2 -4 2 2 1 1 -2 -3 1 -2 -5 0 1 0 -6 -4 -1 2 2 0 -9 4132 // Z 0 1 1 2 -5 2 3 0 2 -2 -2 1 -1 -5 0 0 0 -6 -4 -1 2 3 0 -9 4133 // X 0 0 0 0 -3 0 0 0 0 0 -1 0 0 -2 0 0 0 -4 -2 0 0 0 -1 -9 4134 // * -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 1 4135 // 4136 PAM440 = [][]int{ 4137 /* - A B C D E F G H I J K L M N P Q R S T V W X Y Z * */ 4138 /* - */ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, 4139 /* A */ {0, 1, 1, -2, 1, 1, -4, 2, -1, 0, 0, 0, -2, -1, 0, 1, 0, -1, 1, 1, 0, -6, 0, -4, 0, -9}, 4140 /* B */ {0, 1, 2, -4, 2, 2, -5, 1, 1, -2, 0, 1, -3, -2, 2, 0, 2, 0, 1, 0, -1, -6, 0, -4, 2, -9}, 4141 /* C */ {0, -2, -4, 20, -5, -5, -4, -3, -4, -2, 0, -5, -6, -5, -4, -3, -5, -4, 0, -2, -2, -9, -3, 1, -5, -9}, 4142 /* D */ {0, 1, 2, -5, 3, 3, -6, 1, 1, -2, 0, 1, -3, -2, 2, 0, 2, 0, 1, 0, -2, -7, 0, -5, 2, -9}, 4143 /* E */ {0, 1, 2, -5, 3, 3, -5, 1, 1, -2, 0, 1, -3, -2, 2, 0, 2, 0, 1, 0, -1, -7, 0, -5, 3, -9}, 4144 /* F */ {0, -4, -5, -4, -6, -5, 13, -5, -2, 2, 0, -5, 4, 1, -4, -5, -4, -5, -4, -3, 0, 2, -2, 12, -5, -9}, 4145 /* G */ {0, 2, 1, -3, 1, 1, -5, 4, -1, -2, 0, -1, -4, -2, 1, 0, 0, -2, 1, 1, -1, -8, 0, -5, 0, -9}, 4146 /* H */ {0, -1, 1, -4, 1, 1, -2, -1, 5, -2, 0, 1, -2, -1, 1, 0, 3, 2, 0, -1, -2, -3, 0, 0, 2, -9}, 4147 /* I */ {0, 0, -2, -2, -2, -2, 2, -2, -2, 4, 0, -2, 4, 3, -2, -1, -2, -2, -1, 0, 3, -5, 0, 0, -2, -9}, 4148 /* J */ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, 4149 /* K */ {0, 0, 1, -5, 1, 1, -5, -1, 1, -2, 0, 4, -3, 0, 1, 0, 1, 4, 0, 0, -2, -3, 0, -5, 1, -9}, 4150 /* L */ {0, -2, -3, -6, -3, -3, 4, -4, -2, 4, 0, -3, 7, 5, -3, -2, -2, -3, -2, -1, 3, -2, -1, 1, -2, -9}, 4151 /* M */ {0, -1, -2, -5, -2, -2, 1, -2, -1, 3, 0, 0, 5, 4, -1, -1, -1, 0, -1, 0, 2, -4, 0, -1, -1, -9}, 4152 /* N */ {0, 0, 2, -4, 2, 2, -4, 1, 1, -2, 0, 1, -3, -1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, -1, -5, 0, -3, 1, -9}, 4153 /* P */ {0, 1, 0, -3, 0, 0, -5, 0, 0, -1, 0, 0, -2, -1, 0, 5, 1, 0, 1, 1, -1, -6, 0, -5, 0, -9}, 4154 /* Q */ {0, 0, 2, -5, 2, 2, -4, 0, 3, -2, 0, 1, -2, -1, 1, 1, 3, 2, 0, 0, -1, -5, 0, -4, 2, -9}, 4155 /* R */ {0, -1, 0, -4, 0, 0, -5, -2, 2, -2, 0, 4, -3, 0, 1, 0, 2, 5, 0, 0, -2, 4, 0, -4, 1, -9}, 4156 /* S */ {0, 1, 1, 0, 1, 1, -4, 1, 0, -1, 0, 0, -2, -1, 1, 1, 0, 0, 1, 1, -1, -3, 0, -3, 0, -9}, 4157 /* T */ {0, 1, 0, -2, 0, 0, -3, 1, -1, 0, 0, 0, -1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 0, -6, 0, -3, 0, -9}, 4158 /* V */ {0, 0, -1, -2, -2, -1, 0, -1, -2, 3, 0, -2, 3, 2, -1, -1, -1, -2, -1, 0, 4, -6, 0, -2, -1, -9}, 4159 /* W */ {0, -6, -6, -9, -7, -7, 2, -8, -3, -5, 0, -3, -2, -4, -5, -6, -5, 4, -3, -6, -6, 30, -4, 2, -6, -9}, 4160 /* X */ {0, 0, 0, -3, 0, 0, -2, 0, 0, 0, 0, 0, -1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, -4, -1, -2, 0, -9}, 4161 /* Y */ {0, -4, -4, 1, -5, -5, 12, -5, 0, 0, 0, -5, 1, -1, -3, -5, -4, -4, -3, -3, -2, 2, -2, 15, -4, -9}, 4162 /* Z */ {0, 0, 2, -5, 2, 3, -5, 0, 2, -2, 0, 1, -2, -1, 1, 0, 2, 1, 0, 0, -1, -6, 0, -4, 3, -9}, 4163 /* * */ {0, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, 0, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, 1}, 4164 } 4165 4166 // # 4167 // # This matrix was produced by "pam" Version 1.0.6 [28-Jul-93] 4168 // # 4169 // # PAM 450 substitution matrix, scale = ln(2)/6 = 0.115525 4170 // # 4171 // # Expected score = -0.476, Entropy = 0.105 bits 4172 // # 4173 // # Lowest score = -9, Highest score = 30 4174 // # 4175 // A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V B Z X * 4176 // A 1 -1 0 1 -2 0 1 1 -1 0 -2 0 -1 -3 1 1 1 -6 -4 0 1 0 0 -9 4177 // R -1 5 1 0 -4 2 0 -1 2 -2 -3 4 0 -4 0 0 0 4 -4 -2 0 1 0 -9 4178 // N 0 1 1 2 -4 1 2 1 1 -1 -2 1 -1 -4 0 1 0 -4 -3 -1 1 1 0 -9 4179 // D 1 0 2 3 -5 2 3 1 1 -2 -3 1 -2 -5 0 1 0 -7 -5 -1 2 2 0 -9 4180 // C -2 -4 -4 -5 20 -5 -5 -3 -4 -2 -6 -5 -5 -4 -2 0 -2 -9 1 -2 -4 -5 -2 -9 4181 // Q 0 2 1 2 -5 3 2 0 3 -1 -2 1 -1 -4 1 0 0 -5 -4 -1 2 2 0 -9 4182 // E 1 0 2 3 -5 2 3 1 1 -2 -3 1 -2 -5 0 1 0 -7 -5 -1 2 3 0 -9 4183 // G 1 -1 1 1 -3 0 1 4 -1 -2 -3 -1 -2 -5 0 1 1 -8 -5 -1 1 0 0 -9 4184 // H -1 2 1 1 -4 3 1 -1 5 -2 -2 1 -1 -2 0 0 -1 -2 0 -2 1 2 0 -9 4185 // I 0 -2 -1 -2 -2 -1 -2 -2 -2 4 3 -2 3 2 -1 -1 0 -5 0 3 -2 -2 0 -9 4186 // L -2 -3 -2 -3 -6 -2 -3 -3 -2 3 7 -2 4 4 -2 -2 -1 -1 1 3 -3 -2 -1 -9 4187 // K 0 4 1 1 -5 1 1 -1 1 -2 -2 4 0 -5 0 0 0 -3 -5 -2 1 1 0 -9 4188 // M -1 0 -1 -2 -5 -1 -2 -2 -1 3 4 0 4 1 -1 -1 0 -4 -1 2 -2 -1 0 -9 4189 // F -3 -4 -4 -5 -4 -4 -5 -5 -2 2 4 -5 1 13 -5 -3 -3 2 12 0 -4 -5 -2 -9 4190 // P 1 0 0 0 -2 1 0 0 0 -1 -2 0 -1 -5 5 1 1 -6 -5 -1 0 0 0 -9 4191 // S 1 0 1 1 0 0 1 1 0 -1 -2 0 -1 -3 1 1 1 -3 -3 -1 1 0 0 -9 4192 // T 1 0 0 0 -2 0 0 1 -1 0 -1 0 0 -3 1 1 1 -5 -3 0 0 0 0 -9 4193 // W -6 4 -4 -7 -9 -5 -7 -8 -2 -5 -1 -3 -4 2 -6 -3 -5 30 2 -6 -6 -6 -4 -9 4194 // Y -4 -4 -3 -5 1 -4 -5 -5 0 0 1 -5 -1 12 -5 -3 -3 2 14 -2 -4 -4 -2 -9 4195 // V 0 -2 -1 -1 -2 -1 -1 -1 -2 3 3 -2 2 0 -1 -1 0 -6 -2 3 -1 -1 0 -9 4196 // B 1 0 1 2 -4 2 2 1 1 -2 -3 1 -2 -4 0 1 0 -6 -4 -1 2 2 0 -9 4197 // Z 0 1 1 2 -5 2 3 0 2 -2 -2 1 -1 -5 0 0 0 -6 -4 -1 2 2 0 -9 4198 // X 0 0 0 0 -2 0 0 0 0 0 -1 0 0 -2 0 0 0 -4 -2 0 0 0 0 -9 4199 // * -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 1 4200 // 4201 PAM450 = [][]int{ 4202 /* - A B C D E F G H I J K L M N P Q R S T V W X Y Z * */ 4203 /* - */ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, 4204 /* A */ {0, 1, 1, -2, 1, 1, -3, 1, -1, 0, 0, 0, -2, -1, 0, 1, 0, -1, 1, 1, 0, -6, 0, -4, 0, -9}, 4205 /* B */ {0, 1, 2, -4, 2, 2, -4, 1, 1, -2, 0, 1, -3, -2, 1, 0, 2, 0, 1, 0, -1, -6, 0, -4, 2, -9}, 4206 /* C */ {0, -2, -4, 20, -5, -5, -4, -3, -4, -2, 0, -5, -6, -5, -4, -2, -5, -4, 0, -2, -2, -9, -2, 1, -5, -9}, 4207 /* D */ {0, 1, 2, -5, 3, 3, -5, 1, 1, -2, 0, 1, -3, -2, 2, 0, 2, 0, 1, 0, -1, -7, 0, -5, 2, -9}, 4208 /* E */ {0, 1, 2, -5, 3, 3, -5, 1, 1, -2, 0, 1, -3, -2, 2, 0, 2, 0, 1, 0, -1, -7, 0, -5, 3, -9}, 4209 /* F */ {0, -3, -4, -4, -5, -5, 13, -5, -2, 2, 0, -5, 4, 1, -4, -5, -4, -4, -3, -3, 0, 2, -2, 12, -5, -9}, 4210 /* G */ {0, 1, 1, -3, 1, 1, -5, 4, -1, -2, 0, -1, -3, -2, 1, 0, 0, -1, 1, 1, -1, -8, 0, -5, 0, -9}, 4211 /* H */ {0, -1, 1, -4, 1, 1, -2, -1, 5, -2, 0, 1, -2, -1, 1, 0, 3, 2, 0, -1, -2, -2, 0, 0, 2, -9}, 4212 /* I */ {0, 0, -2, -2, -2, -2, 2, -2, -2, 4, 0, -2, 3, 3, -1, -1, -1, -2, -1, 0, 3, -5, 0, 0, -2, -9}, 4213 /* J */ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, 4214 /* K */ {0, 0, 1, -5, 1, 1, -5, -1, 1, -2, 0, 4, -2, 0, 1, 0, 1, 4, 0, 0, -2, -3, 0, -5, 1, -9}, 4215 /* L */ {0, -2, -3, -6, -3, -3, 4, -3, -2, 3, 0, -2, 7, 4, -2, -2, -2, -3, -2, -1, 3, -1, -1, 1, -2, -9}, 4216 /* M */ {0, -1, -2, -5, -2, -2, 1, -2, -1, 3, 0, 0, 4, 4, -1, -1, -1, 0, -1, 0, 2, -4, 0, -1, -1, -9}, 4217 /* N */ {0, 0, 1, -4, 2, 2, -4, 1, 1, -1, 0, 1, -2, -1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, -1, -4, 0, -3, 1, -9}, 4218 /* P */ {0, 1, 0, -2, 0, 0, -5, 0, 0, -1, 0, 0, -2, -1, 0, 5, 1, 0, 1, 1, -1, -6, 0, -5, 0, -9}, 4219 /* Q */ {0, 0, 2, -5, 2, 2, -4, 0, 3, -1, 0, 1, -2, -1, 1, 1, 3, 2, 0, 0, -1, -5, 0, -4, 2, -9}, 4220 /* R */ {0, -1, 0, -4, 0, 0, -4, -1, 2, -2, 0, 4, -3, 0, 1, 0, 2, 5, 0, 0, -2, 4, 0, -4, 1, -9}, 4221 /* S */ {0, 1, 1, 0, 1, 1, -3, 1, 0, -1, 0, 0, -2, -1, 1, 1, 0, 0, 1, 1, -1, -3, 0, -3, 0, -9}, 4222 /* T */ {0, 1, 0, -2, 0, 0, -3, 1, -1, 0, 0, 0, -1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 0, -5, 0, -3, 0, -9}, 4223 /* V */ {0, 0, -1, -2, -1, -1, 0, -1, -2, 3, 0, -2, 3, 2, -1, -1, -1, -2, -1, 0, 3, -6, 0, -2, -1, -9}, 4224 /* W */ {0, -6, -6, -9, -7, -7, 2, -8, -2, -5, 0, -3, -1, -4, -4, -6, -5, 4, -3, -5, -6, 30, -4, 2, -6, -9}, 4225 /* X */ {0, 0, 0, -2, 0, 0, -2, 0, 0, 0, 0, 0, -1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, -4, 0, -2, 0, -9}, 4226 /* Y */ {0, -4, -4, 1, -5, -5, 12, -5, 0, 0, 0, -5, 1, -1, -3, -5, -4, -4, -3, -3, -2, 2, -2, 14, -4, -9}, 4227 /* Z */ {0, 0, 2, -5, 2, 3, -5, 0, 2, -2, 0, 1, -2, -1, 1, 0, 2, 1, 0, 0, -1, -6, 0, -4, 2, -9}, 4228 /* * */ {0, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, 0, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, 1}, 4229 } 4230 4231 // # 4232 // # This matrix was produced by "pam" Version 1.0.6 [28-Jul-93] 4233 // # 4234 // # PAM 460 substitution matrix, scale = ln(2)/6 = 0.115525 4235 // # 4236 // # Expected score = -0.429, Entropy = 0.0994 bits 4237 // # 4238 // # Lowest score = -9, Highest score = 30 4239 // # 4240 // A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V B Z X * 4241 // A 1 -1 0 1 -2 0 1 1 0 0 -1 0 -1 -3 1 1 1 -6 -3 0 1 0 0 -9 4242 // R -1 5 1 0 -4 1 0 -1 2 -2 -2 4 0 -4 0 0 0 4 -4 -2 0 1 0 -9 4243 // N 0 1 1 2 -3 1 1 1 1 -1 -2 1 -1 -3 0 1 0 -4 -3 -1 1 1 0 -9 4244 // D 1 0 2 3 -5 2 3 1 1 -2 -3 1 -2 -5 0 1 0 -7 -4 -1 2 2 0 -9 4245 // C -2 -4 -3 -5 19 -5 -5 -3 -3 -2 -6 -5 -5 -3 -2 0 -2 -9 2 -2 -4 -5 -2 -9 4246 // Q 0 1 1 2 -5 2 2 0 2 -1 -2 1 -1 -4 1 0 0 -5 -4 -1 1 2 0 -9 4247 // E 1 0 1 3 -5 2 3 1 1 -2 -3 1 -2 -5 0 1 0 -7 -4 -1 2 2 0 -9 4248 // G 1 -1 1 1 -3 0 1 4 -1 -2 -3 -1 -2 -5 1 1 1 -7 -5 -1 1 0 0 -9 4249 // H 0 2 1 1 -3 2 1 -1 5 -2 -2 1 -1 -2 0 0 0 -2 0 -2 1 2 0 -9 4250 // I 0 -2 -1 -2 -2 -1 -2 -2 -2 3 3 -2 2 2 -1 -1 0 -5 0 3 -2 -2 0 -9 4251 // L -1 -2 -2 -3 -6 -2 -3 -3 -2 3 7 -2 4 3 -2 -2 -1 -1 1 3 -3 -2 -1 -9 4252 // K 0 4 1 1 -5 1 1 -1 1 -2 -2 4 0 -5 0 0 0 -3 -4 -2 1 1 0 -9 4253 // M -1 0 -1 -2 -5 -1 -2 -2 -1 2 4 0 4 1 -1 -1 0 -4 -1 2 -2 -1 0 -9 4254 // F -3 -4 -3 -5 -3 -4 -5 -5 -2 2 3 -5 1 12 -4 -3 -3 2 11 0 -4 -5 -2 -9 4255 // P 1 0 0 0 -2 1 0 1 0 -1 -2 0 -1 -4 4 1 1 -6 -5 -1 0 0 0 -9 4256 // S 1 0 1 1 0 0 1 1 0 -1 -2 0 -1 -3 1 1 1 -3 -3 -1 1 0 0 -9 4257 // T 1 0 0 0 -2 0 0 1 0 0 -1 0 0 -3 1 1 1 -5 -3 0 0 0 0 -9 4258 // W -6 4 -4 -7 -9 -5 -7 -7 -2 -5 -1 -3 -4 2 -6 -3 -5 30 2 -6 -6 -6 -4 -9 4259 // Y -3 -4 -3 -4 2 -4 -4 -5 0 0 1 -4 -1 11 -5 -3 -3 2 14 -2 -4 -4 -2 -9 4260 // V 0 -2 -1 -1 -2 -1 -1 -1 -2 3 3 -2 2 0 -1 -1 0 -6 -2 3 -1 -1 0 -9 4261 // B 1 0 1 2 -4 1 2 1 1 -2 -3 1 -2 -4 0 1 0 -6 -4 -1 2 2 0 -9 4262 // Z 0 1 1 2 -5 2 2 0 2 -2 -2 1 -1 -5 0 0 0 -6 -4 -1 2 2 0 -9 4263 // X 0 0 0 0 -2 0 0 0 0 0 -1 0 0 -2 0 0 0 -4 -2 0 0 0 0 -9 4264 // * -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 1 4265 // 4266 PAM460 = [][]int{ 4267 /* - A B C D E F G H I J K L M N P Q R S T V W X Y Z * */ 4268 /* - */ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, 4269 /* A */ {0, 1, 1, -2, 1, 1, -3, 1, 0, 0, 0, 0, -1, -1, 0, 1, 0, -1, 1, 1, 0, -6, 0, -3, 0, -9}, 4270 /* B */ {0, 1, 2, -4, 2, 2, -4, 1, 1, -2, 0, 1, -3, -2, 1, 0, 1, 0, 1, 0, -1, -6, 0, -4, 2, -9}, 4271 /* C */ {0, -2, -4, 19, -5, -5, -3, -3, -3, -2, 0, -5, -6, -5, -3, -2, -5, -4, 0, -2, -2, -9, -2, 2, -5, -9}, 4272 /* D */ {0, 1, 2, -5, 3, 3, -5, 1, 1, -2, 0, 1, -3, -2, 2, 0, 2, 0, 1, 0, -1, -7, 0, -4, 2, -9}, 4273 /* E */ {0, 1, 2, -5, 3, 3, -5, 1, 1, -2, 0, 1, -3, -2, 1, 0, 2, 0, 1, 0, -1, -7, 0, -4, 2, -9}, 4274 /* F */ {0, -3, -4, -3, -5, -5, 12, -5, -2, 2, 0, -5, 3, 1, -3, -4, -4, -4, -3, -3, 0, 2, -2, 11, -5, -9}, 4275 /* G */ {0, 1, 1, -3, 1, 1, -5, 4, -1, -2, 0, -1, -3, -2, 1, 1, 0, -1, 1, 1, -1, -7, 0, -5, 0, -9}, 4276 /* H */ {0, 0, 1, -3, 1, 1, -2, -1, 5, -2, 0, 1, -2, -1, 1, 0, 2, 2, 0, 0, -2, -2, 0, 0, 2, -9}, 4277 /* I */ {0, 0, -2, -2, -2, -2, 2, -2, -2, 3, 0, -2, 3, 2, -1, -1, -1, -2, -1, 0, 3, -5, 0, 0, -2, -9}, 4278 /* J */ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, 4279 /* K */ {0, 0, 1, -5, 1, 1, -5, -1, 1, -2, 0, 4, -2, 0, 1, 0, 1, 4, 0, 0, -2, -3, 0, -4, 1, -9}, 4280 /* L */ {0, -1, -3, -6, -3, -3, 3, -3, -2, 3, 0, -2, 7, 4, -2, -2, -2, -2, -2, -1, 3, -1, -1, 1, -2, -9}, 4281 /* M */ {0, -1, -2, -5, -2, -2, 1, -2, -1, 2, 0, 0, 4, 4, -1, -1, -1, 0, -1, 0, 2, -4, 0, -1, -1, -9}, 4282 /* N */ {0, 0, 1, -3, 2, 1, -3, 1, 1, -1, 0, 1, -2, -1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, -1, -4, 0, -3, 1, -9}, 4283 /* P */ {0, 1, 0, -2, 0, 0, -4, 1, 0, -1, 0, 0, -2, -1, 0, 4, 1, 0, 1, 1, -1, -6, 0, -5, 0, -9}, 4284 /* Q */ {0, 0, 1, -5, 2, 2, -4, 0, 2, -1, 0, 1, -2, -1, 1, 1, 2, 1, 0, 0, -1, -5, 0, -4, 2, -9}, 4285 /* R */ {0, -1, 0, -4, 0, 0, -4, -1, 2, -2, 0, 4, -2, 0, 1, 0, 1, 5, 0, 0, -2, 4, 0, -4, 1, -9}, 4286 /* S */ {0, 1, 1, 0, 1, 1, -3, 1, 0, -1, 0, 0, -2, -1, 1, 1, 0, 0, 1, 1, -1, -3, 0, -3, 0, -9}, 4287 /* T */ {0, 1, 0, -2, 0, 0, -3, 1, 0, 0, 0, 0, -1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 0, -5, 0, -3, 0, -9}, 4288 /* V */ {0, 0, -1, -2, -1, -1, 0, -1, -2, 3, 0, -2, 3, 2, -1, -1, -1, -2, -1, 0, 3, -6, 0, -2, -1, -9}, 4289 /* W */ {0, -6, -6, -9, -7, -7, 2, -7, -2, -5, 0, -3, -1, -4, -4, -6, -5, 4, -3, -5, -6, 30, -4, 2, -6, -9}, 4290 /* X */ {0, 0, 0, -2, 0, 0, -2, 0, 0, 0, 0, 0, -1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, -4, 0, -2, 0, -9}, 4291 /* Y */ {0, -3, -4, 2, -4, -4, 11, -5, 0, 0, 0, -4, 1, -1, -3, -5, -4, -4, -3, -3, -2, 2, -2, 14, -4, -9}, 4292 /* Z */ {0, 0, 2, -5, 2, 2, -5, 0, 2, -2, 0, 1, -2, -1, 1, 0, 2, 1, 0, 0, -1, -6, 0, -4, 2, -9}, 4293 /* * */ {0, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, 0, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, 1}, 4294 } 4295 4296 // # 4297 // # This matrix was produced by "pam" Version 1.0.6 [28-Jul-93] 4298 // # 4299 // # PAM 470 substitution matrix, scale = ln(2)/7 = 0.0990210 4300 // # 4301 // # Expected score = -0.520, Entropy = 0.0942 bits 4302 // # 4303 // # Lowest score = -10, Highest score = 35 4304 // # 4305 // A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V B Z X * 4306 // A 1 -1 1 1 -2 0 1 2 -1 0 -2 0 -1 -4 1 1 1 -7 -4 0 1 0 0 -10 4307 // R -1 6 1 0 -4 2 0 -1 2 -2 -3 4 0 -5 0 0 0 4 -5 -2 0 1 0 -10 4308 // N 1 1 1 2 -4 1 2 1 1 -2 -3 1 -1 -4 0 1 0 -5 -3 -1 2 1 0 -10 4309 // D 1 0 2 3 -5 2 3 1 1 -2 -4 1 -2 -6 0 1 0 -8 -5 -2 3 3 0 -10 4310 // C -2 -4 -4 -5 22 -6 -5 -3 -4 -2 -6 -6 -6 -4 -3 0 -2 -10 2 -2 -5 -6 -3 -10 4311 // Q 0 2 1 2 -6 3 2 0 3 -2 -2 1 -1 -5 1 0 0 -5 -4 -1 2 2 0 -10 4312 // E 1 0 2 3 -5 2 3 1 1 -2 -3 1 -2 -6 0 1 0 -8 -5 -1 2 3 0 -10 4313 // G 2 -1 1 1 -3 0 1 5 -1 -2 -4 -1 -2 -6 1 1 1 -8 -6 -1 1 1 0 -10 4314 // H -1 2 1 1 -4 3 1 -1 5 -2 -2 1 -1 -2 0 0 0 -3 0 -2 1 2 0 -10 4315 // I 0 -2 -2 -2 -2 -2 -2 -2 -2 4 4 -2 3 2 -1 -1 0 -5 0 3 -2 -2 0 -10 4316 // L -2 -3 -3 -4 -6 -2 -3 -4 -2 4 8 -3 5 4 -2 -2 -1 -2 1 3 -3 -3 -1 -10 4317 // K 0 4 1 1 -6 1 1 -1 1 -2 -3 4 0 -5 0 0 0 -3 -5 -2 1 1 0 -10 4318 // M -1 0 -1 -2 -6 -1 -2 -2 -1 3 5 0 4 1 -1 -1 0 -4 -1 2 -2 -1 0 -10 4319 // F -4 -5 -4 -6 -4 -5 -6 -6 -2 2 4 -5 1 14 -5 -4 -3 3 13 0 -5 -5 -2 -10 4320 // P 1 0 0 0 -3 1 0 1 0 -1 -2 0 -1 -5 5 1 1 -6 -5 -1 0 1 0 -10 4321 // S 1 0 1 1 0 0 1 1 0 -1 -2 0 -1 -4 1 1 1 -4 -3 -1 1 0 0 -10 4322 // T 1 0 0 0 -2 0 0 1 0 0 -1 0 0 -3 1 1 1 -6 -3 0 0 0 0 -10 4323 // W -7 4 -5 -8 -10 -5 -8 -8 -3 -5 -2 -3 -4 3 -6 -4 -6 35 2 -7 -6 -7 -4 -10 4324 // Y -4 -5 -3 -5 2 -4 -5 -6 0 0 1 -5 -1 13 -5 -3 -3 2 16 -2 -4 -5 -2 -10 4325 // V 0 -2 -1 -2 -2 -1 -1 -1 -2 3 3 -2 2 0 -1 -1 0 -7 -2 4 -1 -1 0 -10 4326 // B 1 0 2 3 -5 2 2 1 1 -2 -3 1 -2 -5 0 1 0 -6 -4 -1 2 2 0 -10 4327 // Z 0 1 1 3 -6 2 3 1 2 -2 -3 1 -1 -5 1 0 0 -7 -5 -1 2 3 0 -10 4328 // X 0 0 0 0 -3 0 0 0 0 0 -1 0 0 -2 0 0 0 -4 -2 0 0 0 0 -10 4329 // * -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 1 4330 // 4331 PAM470 = [][]int{ 4332 /* - A B C D E F G H I J K L M N P Q R S T V W X Y Z * */ 4333 /* - */ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, 4334 /* A */ {0, 1, 1, -2, 1, 1, -4, 2, -1, 0, 0, 0, -2, -1, 1, 1, 0, -1, 1, 1, 0, -7, 0, -4, 0, -10}, 4335 /* B */ {0, 1, 2, -5, 3, 2, -5, 1, 1, -2, 0, 1, -3, -2, 2, 0, 2, 0, 1, 0, -1, -6, 0, -4, 2, -10}, 4336 /* C */ {0, -2, -5, 22, -5, -5, -4, -3, -4, -2, 0, -6, -6, -6, -4, -3, -6, -4, 0, -2, -2, -10, -3, 2, -6, -10}, 4337 /* D */ {0, 1, 3, -5, 3, 3, -6, 1, 1, -2, 0, 1, -4, -2, 2, 0, 2, 0, 1, 0, -2, -8, 0, -5, 3, -10}, 4338 /* E */ {0, 1, 2, -5, 3, 3, -6, 1, 1, -2, 0, 1, -3, -2, 2, 0, 2, 0, 1, 0, -1, -8, 0, -5, 3, -10}, 4339 /* F */ {0, -4, -5, -4, -6, -6, 14, -6, -2, 2, 0, -5, 4, 1, -4, -5, -5, -5, -4, -3, 0, 3, -2, 13, -5, -10}, 4340 /* G */ {0, 2, 1, -3, 1, 1, -6, 5, -1, -2, 0, -1, -4, -2, 1, 1, 0, -1, 1, 1, -1, -8, 0, -6, 1, -10}, 4341 /* H */ {0, -1, 1, -4, 1, 1, -2, -1, 5, -2, 0, 1, -2, -1, 1, 0, 3, 2, 0, 0, -2, -3, 0, 0, 2, -10}, 4342 /* I */ {0, 0, -2, -2, -2, -2, 2, -2, -2, 4, 0, -2, 4, 3, -2, -1, -2, -2, -1, 0, 3, -5, 0, 0, -2, -10}, 4343 /* J */ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, 4344 /* K */ {0, 0, 1, -6, 1, 1, -5, -1, 1, -2, 0, 4, -3, 0, 1, 0, 1, 4, 0, 0, -2, -3, 0, -5, 1, -10}, 4345 /* L */ {0, -2, -3, -6, -4, -3, 4, -4, -2, 4, 0, -3, 8, 5, -3, -2, -2, -3, -2, -1, 3, -2, -1, 1, -3, -10}, 4346 /* M */ {0, -1, -2, -6, -2, -2, 1, -2, -1, 3, 0, 0, 5, 4, -1, -1, -1, 0, -1, 0, 2, -4, 0, -1, -1, -10}, 4347 /* N */ {0, 1, 2, -4, 2, 2, -4, 1, 1, -2, 0, 1, -3, -1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, -1, -5, 0, -3, 1, -10}, 4348 /* P */ {0, 1, 0, -3, 0, 0, -5, 1, 0, -1, 0, 0, -2, -1, 0, 5, 1, 0, 1, 1, -1, -6, 0, -5, 1, -10}, 4349 /* Q */ {0, 0, 2, -6, 2, 2, -5, 0, 3, -2, 0, 1, -2, -1, 1, 1, 3, 2, 0, 0, -1, -5, 0, -4, 2, -10}, 4350 /* R */ {0, -1, 0, -4, 0, 0, -5, -1, 2, -2, 0, 4, -3, 0, 1, 0, 2, 6, 0, 0, -2, 4, 0, -5, 1, -10}, 4351 /* S */ {0, 1, 1, 0, 1, 1, -4, 1, 0, -1, 0, 0, -2, -1, 1, 1, 0, 0, 1, 1, -1, -4, 0, -3, 0, -10}, 4352 /* T */ {0, 1, 0, -2, 0, 0, -3, 1, 0, 0, 0, 0, -1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 0, -6, 0, -3, 0, -10}, 4353 /* V */ {0, 0, -1, -2, -2, -1, 0, -1, -2, 3, 0, -2, 3, 2, -1, -1, -1, -2, -1, 0, 4, -7, 0, -2, -1, -10}, 4354 /* W */ {0, -7, -6, -10, -8, -8, 3, -8, -3, -5, 0, -3, -2, -4, -5, -6, -5, 4, -4, -6, -7, 35, -4, 2, -7, -10}, 4355 /* X */ {0, 0, 0, -3, 0, 0, -2, 0, 0, 0, 0, 0, -1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, -4, 0, -2, 0, -10}, 4356 /* Y */ {0, -4, -4, 2, -5, -5, 13, -6, 0, 0, 0, -5, 1, -1, -3, -5, -4, -5, -3, -3, -2, 2, -2, 16, -5, -10}, 4357 /* Z */ {0, 0, 2, -6, 3, 3, -5, 1, 2, -2, 0, 1, -3, -1, 1, 1, 2, 1, 0, 0, -1, -7, 0, -5, 3, -10}, 4358 /* * */ {0, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, 0, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, 1}, 4359 } 4360 4361 // # 4362 // # This matrix was produced by "pam" Version 1.0.6 [28-Jul-93] 4363 // # 4364 // # PAM 480 substitution matrix, scale = ln(2)/7 = 0.0990210 4365 // # 4366 // # Expected score = -0.494, Entropy = 0.0893 bits 4367 // # 4368 // # Lowest score = -10, Highest score = 35 4369 // # 4370 // A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V B Z X * 4371 // A 1 -1 1 1 -2 0 1 2 0 0 -2 0 -1 -4 1 1 1 -7 -4 0 1 0 0 -10 4372 // R -1 5 1 0 -4 2 0 -1 2 -2 -3 4 0 -5 0 0 0 4 -4 -2 0 1 0 -10 4373 // N 1 1 1 2 -4 1 2 1 1 -1 -3 1 -1 -4 0 1 0 -5 -3 -1 2 1 0 -10 4374 // D 1 0 2 3 -5 2 3 1 1 -2 -3 1 -2 -6 0 1 0 -7 -5 -1 2 2 0 -10 4375 // C -2 -4 -4 -5 22 -5 -5 -3 -4 -2 -6 -6 -5 -4 -3 0 -2 -10 2 -2 -4 -5 -3 -10 4376 // Q 0 2 1 2 -5 3 2 0 3 -2 -2 1 -1 -5 1 0 0 -5 -4 -1 2 2 0 -10 4377 // E 1 0 2 3 -5 2 3 1 1 -2 -3 1 -2 -5 0 1 0 -8 -5 -1 2 3 0 -10 4378 // G 2 -1 1 1 -3 0 1 4 -1 -2 -4 -1 -2 -5 1 1 1 -8 -5 -1 1 1 0 -10 4379 // H 0 2 1 1 -4 3 1 -1 5 -2 -2 1 -1 -2 0 0 0 -3 0 -2 1 2 0 -10 4380 // I 0 -2 -1 -2 -2 -2 -2 -2 -2 4 4 -2 3 2 -1 -1 0 -5 0 3 -2 -2 0 -10 4381 // L -2 -3 -3 -3 -6 -2 -3 -4 -2 4 7 -3 5 4 -2 -2 -1 -2 1 3 -3 -3 -1 -10 4382 // K 0 4 1 1 -6 1 1 -1 1 -2 -3 4 0 -5 0 0 0 -3 -5 -2 1 1 0 -10 4383 // M -1 0 -1 -2 -5 -1 -2 -2 -1 3 5 0 4 1 -1 -1 0 -4 -1 2 -2 -1 0 -10 4384 // F -4 -5 -4 -6 -4 -5 -5 -5 -2 2 4 -5 1 14 -5 -4 -3 3 13 0 -5 -5 -2 -10 4385 // P 1 0 0 0 -3 1 0 1 0 -1 -2 0 -1 -5 5 1 1 -6 -5 -1 0 1 0 -10 4386 // S 1 0 1 1 0 0 1 1 0 -1 -2 0 -1 -4 1 1 1 -3 -3 -1 1 0 0 -10 4387 // T 1 0 0 0 -2 0 0 1 0 0 -1 0 0 -3 1 1 1 -6 -3 0 0 0 0 -10 4388 // W -7 4 -5 -7 -10 -5 -8 -8 -3 -5 -2 -3 -4 3 -6 -3 -6 35 2 -7 -6 -6 -4 -10 4389 // Y -4 -4 -3 -5 2 -4 -5 -5 0 0 1 -5 -1 13 -5 -3 -3 2 16 -2 -4 -5 -2 -10 4390 // V 0 -2 -1 -1 -2 -1 -1 -1 -2 3 3 -2 2 0 -1 -1 0 -7 -2 3 -1 -1 0 -10 4391 // B 1 0 2 2 -4 2 2 1 1 -2 -3 1 -2 -5 0 1 0 -6 -4 -1 2 2 0 -10 4392 // Z 0 1 1 2 -5 2 3 1 2 -2 -3 1 -1 -5 1 0 0 -6 -5 -1 2 2 0 -10 4393 // X 0 0 0 0 -3 0 0 0 0 0 -1 0 0 -2 0 0 0 -4 -2 0 0 0 0 -10 4394 // * -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 1 4395 // 4396 PAM480 = [][]int{ 4397 /* - A B C D E F G H I J K L M N P Q R S T V W X Y Z * */ 4398 /* - */ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, 4399 /* A */ {0, 1, 1, -2, 1, 1, -4, 2, 0, 0, 0, 0, -2, -1, 1, 1, 0, -1, 1, 1, 0, -7, 0, -4, 0, -10}, 4400 /* B */ {0, 1, 2, -4, 2, 2, -5, 1, 1, -2, 0, 1, -3, -2, 2, 0, 2, 0, 1, 0, -1, -6, 0, -4, 2, -10}, 4401 /* C */ {0, -2, -4, 22, -5, -5, -4, -3, -4, -2, 0, -6, -6, -5, -4, -3, -5, -4, 0, -2, -2, -10, -3, 2, -5, -10}, 4402 /* D */ {0, 1, 2, -5, 3, 3, -6, 1, 1, -2, 0, 1, -3, -2, 2, 0, 2, 0, 1, 0, -1, -7, 0, -5, 2, -10}, 4403 /* E */ {0, 1, 2, -5, 3, 3, -5, 1, 1, -2, 0, 1, -3, -2, 2, 0, 2, 0, 1, 0, -1, -8, 0, -5, 3, -10}, 4404 /* F */ {0, -4, -5, -4, -6, -5, 14, -5, -2, 2, 0, -5, 4, 1, -4, -5, -5, -5, -4, -3, 0, 3, -2, 13, -5, -10}, 4405 /* G */ {0, 2, 1, -3, 1, 1, -5, 4, -1, -2, 0, -1, -4, -2, 1, 1, 0, -1, 1, 1, -1, -8, 0, -5, 1, -10}, 4406 /* H */ {0, 0, 1, -4, 1, 1, -2, -1, 5, -2, 0, 1, -2, -1, 1, 0, 3, 2, 0, 0, -2, -3, 0, 0, 2, -10}, 4407 /* I */ {0, 0, -2, -2, -2, -2, 2, -2, -2, 4, 0, -2, 4, 3, -1, -1, -2, -2, -1, 0, 3, -5, 0, 0, -2, -10}, 4408 /* J */ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, 4409 /* K */ {0, 0, 1, -6, 1, 1, -5, -1, 1, -2, 0, 4, -3, 0, 1, 0, 1, 4, 0, 0, -2, -3, 0, -5, 1, -10}, 4410 /* L */ {0, -2, -3, -6, -3, -3, 4, -4, -2, 4, 0, -3, 7, 5, -3, -2, -2, -3, -2, -1, 3, -2, -1, 1, -3, -10}, 4411 /* M */ {0, -1, -2, -5, -2, -2, 1, -2, -1, 3, 0, 0, 5, 4, -1, -1, -1, 0, -1, 0, 2, -4, 0, -1, -1, -10}, 4412 /* N */ {0, 1, 2, -4, 2, 2, -4, 1, 1, -1, 0, 1, -3, -1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, -1, -5, 0, -3, 1, -10}, 4413 /* P */ {0, 1, 0, -3, 0, 0, -5, 1, 0, -1, 0, 0, -2, -1, 0, 5, 1, 0, 1, 1, -1, -6, 0, -5, 1, -10}, 4414 /* Q */ {0, 0, 2, -5, 2, 2, -5, 0, 3, -2, 0, 1, -2, -1, 1, 1, 3, 2, 0, 0, -1, -5, 0, -4, 2, -10}, 4415 /* R */ {0, -1, 0, -4, 0, 0, -5, -1, 2, -2, 0, 4, -3, 0, 1, 0, 2, 5, 0, 0, -2, 4, 0, -4, 1, -10}, 4416 /* S */ {0, 1, 1, 0, 1, 1, -4, 1, 0, -1, 0, 0, -2, -1, 1, 1, 0, 0, 1, 1, -1, -3, 0, -3, 0, -10}, 4417 /* T */ {0, 1, 0, -2, 0, 0, -3, 1, 0, 0, 0, 0, -1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 0, -6, 0, -3, 0, -10}, 4418 /* V */ {0, 0, -1, -2, -1, -1, 0, -1, -2, 3, 0, -2, 3, 2, -1, -1, -1, -2, -1, 0, 3, -7, 0, -2, -1, -10}, 4419 /* W */ {0, -7, -6, -10, -7, -8, 3, -8, -3, -5, 0, -3, -2, -4, -5, -6, -5, 4, -3, -6, -7, 35, -4, 2, -6, -10}, 4420 /* X */ {0, 0, 0, -3, 0, 0, -2, 0, 0, 0, 0, 0, -1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, -4, 0, -2, 0, -10}, 4421 /* Y */ {0, -4, -4, 2, -5, -5, 13, -5, 0, 0, 0, -5, 1, -1, -3, -5, -4, -4, -3, -3, -2, 2, -2, 16, -5, -10}, 4422 /* Z */ {0, 0, 2, -5, 2, 3, -5, 1, 2, -2, 0, 1, -3, -1, 1, 1, 2, 1, 0, 0, -1, -6, 0, -5, 2, -10}, 4423 /* * */ {0, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, 0, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, 1}, 4424 } 4425 4426 // # 4427 // # This matrix was produced by "pam" Version 1.0.6 [28-Jul-93] 4428 // # 4429 // # PAM 490 substitution matrix, scale = ln(2)/7 = 0.0990210 4430 // # 4431 // # Expected score = -0.431, Entropy = 0.0847 bits 4432 // # 4433 // # Lowest score = -9, Highest score = 34 4434 // # 4435 // A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V B Z X * 4436 // A 1 -1 0 1 -2 0 1 2 0 0 -1 0 -1 -3 1 1 1 -6 -4 0 1 0 0 -9 4437 // R -1 5 1 0 -4 2 0 -1 2 -2 -3 4 0 -5 0 0 0 4 -4 -2 0 1 0 -9 4438 // N 0 1 1 2 -4 1 2 1 1 -1 -2 1 -1 -4 0 1 0 -5 -3 -1 1 1 0 -9 4439 // D 1 0 2 3 -5 2 3 1 1 -2 -3 1 -2 -5 0 1 0 -7 -5 -1 2 2 0 -9 4440 // C -2 -4 -4 -5 22 -5 -5 -3 -4 -2 -6 -5 -5 -4 -3 0 -2 -9 2 -2 -4 -5 -2 -9 4441 // Q 0 2 1 2 -5 2 2 0 2 -1 -2 1 -1 -4 1 0 0 -5 -4 -1 2 2 0 -9 4442 // E 1 0 2 3 -5 2 3 1 1 -2 -3 1 -2 -5 0 1 0 -7 -5 -1 2 2 0 -9 4443 // G 2 -1 1 1 -3 0 1 4 -1 -2 -3 -1 -2 -5 1 1 1 -8 -5 -1 1 1 0 -9 4444 // H 0 2 1 1 -4 2 1 -1 5 -2 -2 1 -1 -2 0 0 0 -3 0 -2 1 2 0 -9 4445 // I 0 -2 -1 -2 -2 -1 -2 -2 -2 3 4 -2 3 2 -1 -1 0 -5 0 3 -2 -2 0 -9 4446 // L -1 -3 -2 -3 -6 -2 -3 -3 -2 4 7 -2 5 4 -2 -2 -1 -1 1 3 -3 -2 -1 -9 4447 // K 0 4 1 1 -5 1 1 -1 1 -2 -2 4 0 -5 0 0 0 -3 -5 -2 1 1 0 -9 4448 // M -1 0 -1 -2 -5 -1 -2 -2 -1 3 5 0 4 1 -1 -1 0 -4 -1 2 -2 -1 0 -9 4449 // F -3 -5 -4 -5 -4 -4 -5 -5 -2 2 4 -5 1 14 -5 -4 -3 3 13 0 -5 -5 -2 -9 4450 // P 1 0 0 0 -3 1 0 1 0 -1 -2 0 -1 -5 4 1 1 -6 -5 -1 0 1 0 -9 4451 // S 1 0 1 1 0 0 1 1 0 -1 -2 0 -1 -4 1 1 1 -3 -3 -1 1 0 0 -9 4452 // T 1 0 0 0 -2 0 0 1 0 0 -1 0 0 -3 1 1 1 -6 -3 0 0 0 0 -9 4453 // W -6 4 -5 -7 -9 -5 -7 -8 -3 -5 -1 -3 -4 3 -6 -3 -6 34 2 -6 -6 -6 -4 -9 4454 // Y -4 -4 -3 -5 2 -4 -5 -5 0 0 1 -5 -1 13 -5 -3 -3 2 15 -2 -4 -4 -2 -9 4455 // V 0 -2 -1 -1 -2 -1 -1 -1 -2 3 3 -2 2 0 -1 -1 0 -6 -2 3 -1 -1 0 -9 4456 // B 1 0 1 2 -4 2 2 1 1 -2 -3 1 -2 -5 0 1 0 -6 -4 -1 2 2 0 -9 4457 // Z 0 1 1 2 -5 2 2 1 2 -2 -2 1 -1 -5 1 0 0 -6 -4 -1 2 2 0 -9 4458 // X 0 0 0 0 -2 0 0 0 0 0 -1 0 0 -2 0 0 0 -4 -2 0 0 0 0 -9 4459 // * -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 1 4460 // 4461 PAM490 = [][]int{ 4462 /* - A B C D E F G H I J K L M N P Q R S T V W X Y Z * */ 4463 /* - */ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, 4464 /* A */ {0, 1, 1, -2, 1, 1, -3, 2, 0, 0, 0, 0, -1, -1, 0, 1, 0, -1, 1, 1, 0, -6, 0, -4, 0, -9}, 4465 /* B */ {0, 1, 2, -4, 2, 2, -5, 1, 1, -2, 0, 1, -3, -2, 1, 0, 2, 0, 1, 0, -1, -6, 0, -4, 2, -9}, 4466 /* C */ {0, -2, -4, 22, -5, -5, -4, -3, -4, -2, 0, -5, -6, -5, -4, -3, -5, -4, 0, -2, -2, -9, -2, 2, -5, -9}, 4467 /* D */ {0, 1, 2, -5, 3, 3, -5, 1, 1, -2, 0, 1, -3, -2, 2, 0, 2, 0, 1, 0, -1, -7, 0, -5, 2, -9}, 4468 /* E */ {0, 1, 2, -5, 3, 3, -5, 1, 1, -2, 0, 1, -3, -2, 2, 0, 2, 0, 1, 0, -1, -7, 0, -5, 2, -9}, 4469 /* F */ {0, -3, -5, -4, -5, -5, 14, -5, -2, 2, 0, -5, 4, 1, -4, -5, -4, -5, -4, -3, 0, 3, -2, 13, -5, -9}, 4470 /* G */ {0, 2, 1, -3, 1, 1, -5, 4, -1, -2, 0, -1, -3, -2, 1, 1, 0, -1, 1, 1, -1, -8, 0, -5, 1, -9}, 4471 /* H */ {0, 0, 1, -4, 1, 1, -2, -1, 5, -2, 0, 1, -2, -1, 1, 0, 2, 2, 0, 0, -2, -3, 0, 0, 2, -9}, 4472 /* I */ {0, 0, -2, -2, -2, -2, 2, -2, -2, 3, 0, -2, 4, 3, -1, -1, -1, -2, -1, 0, 3, -5, 0, 0, -2, -9}, 4473 /* J */ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, 4474 /* K */ {0, 0, 1, -5, 1, 1, -5, -1, 1, -2, 0, 4, -2, 0, 1, 0, 1, 4, 0, 0, -2, -3, 0, -5, 1, -9}, 4475 /* L */ {0, -1, -3, -6, -3, -3, 4, -3, -2, 4, 0, -2, 7, 5, -2, -2, -2, -3, -2, -1, 3, -1, -1, 1, -2, -9}, 4476 /* M */ {0, -1, -2, -5, -2, -2, 1, -2, -1, 3, 0, 0, 5, 4, -1, -1, -1, 0, -1, 0, 2, -4, 0, -1, -1, -9}, 4477 /* N */ {0, 0, 1, -4, 2, 2, -4, 1, 1, -1, 0, 1, -2, -1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, -1, -5, 0, -3, 1, -9}, 4478 /* P */ {0, 1, 0, -3, 0, 0, -5, 1, 0, -1, 0, 0, -2, -1, 0, 4, 1, 0, 1, 1, -1, -6, 0, -5, 1, -9}, 4479 /* Q */ {0, 0, 2, -5, 2, 2, -4, 0, 2, -1, 0, 1, -2, -1, 1, 1, 2, 2, 0, 0, -1, -5, 0, -4, 2, -9}, 4480 /* R */ {0, -1, 0, -4, 0, 0, -5, -1, 2, -2, 0, 4, -3, 0, 1, 0, 2, 5, 0, 0, -2, 4, 0, -4, 1, -9}, 4481 /* S */ {0, 1, 1, 0, 1, 1, -4, 1, 0, -1, 0, 0, -2, -1, 1, 1, 0, 0, 1, 1, -1, -3, 0, -3, 0, -9}, 4482 /* T */ {0, 1, 0, -2, 0, 0, -3, 1, 0, 0, 0, 0, -1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 0, -6, 0, -3, 0, -9}, 4483 /* V */ {0, 0, -1, -2, -1, -1, 0, -1, -2, 3, 0, -2, 3, 2, -1, -1, -1, -2, -1, 0, 3, -6, 0, -2, -1, -9}, 4484 /* W */ {0, -6, -6, -9, -7, -7, 3, -8, -3, -5, 0, -3, -1, -4, -5, -6, -5, 4, -3, -6, -6, 34, -4, 2, -6, -9}, 4485 /* X */ {0, 0, 0, -2, 0, 0, -2, 0, 0, 0, 0, 0, -1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, -4, 0, -2, 0, -9}, 4486 /* Y */ {0, -4, -4, 2, -5, -5, 13, -5, 0, 0, 0, -5, 1, -1, -3, -5, -4, -4, -3, -3, -2, 2, -2, 15, -4, -9}, 4487 /* Z */ {0, 0, 2, -5, 2, 2, -5, 1, 2, -2, 0, 1, -2, -1, 1, 1, 2, 1, 0, 0, -1, -6, 0, -4, 2, -9}, 4488 /* * */ {0, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, 0, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, 1}, 4489 } 4490 4491 // # 4492 // # This matrix was produced by "pam" Version 1.0.6 [28-Jul-93] 4493 // # 4494 // # PAM 50 substitution matrix, scale = ln(2)/2 = 0.346574 4495 // # 4496 // # Expected score = -3.70, Entropy = 2.00 bits 4497 // # 4498 // # Lowest score = -13, Highest score = 13 4499 // # 4500 // A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V B Z X * 4501 // A 5 -5 -2 -2 -5 -3 -1 -1 -5 -3 -5 -5 -4 -7 0 0 0 -11 -6 -1 -2 -2 -2 -13 4502 // R -5 8 -4 -7 -6 0 -7 -7 0 -4 -7 1 -3 -8 -3 -2 -5 -1 -8 -6 -5 -2 -4 -13 4503 // N -2 -4 7 2 -8 -2 -1 -2 1 -4 -6 0 -6 -7 -4 1 -1 -7 -3 -6 5 -1 -2 -13 4504 // D -2 -7 2 7 -11 -1 3 -2 -2 -6 -10 -3 -8 -12 -6 -2 -3 -12 -9 -6 6 2 -4 -13 4505 // C -5 -6 -8 -11 9 -11 -11 -7 -6 -5 -12 -11 -11 -10 -6 -2 -6 -13 -3 -5 -9 -11 -7 -13 4506 // Q -3 0 -2 -1 -11 8 2 -5 2 -6 -4 -2 -3 -10 -2 -4 -4 -10 -9 -5 -2 6 -3 -13 4507 // E -1 -7 -1 3 -11 2 7 -3 -3 -4 -7 -3 -5 -11 -4 -3 -4 -13 -7 -5 2 6 -3 -13 4508 // G -1 -7 -2 -2 -7 -5 -3 6 -7 -8 -9 -6 -7 -8 -4 -1 -4 -12 -11 -4 -2 -4 -4 -13 4509 // H -5 0 1 -2 -6 2 -3 -7 9 -7 -5 -4 -8 -5 -3 -4 -5 -6 -2 -5 0 0 -4 -13 4510 // I -3 -4 -4 -6 -5 -6 -4 -8 -7 8 0 -5 0 -1 -7 -5 -1 -11 -5 3 -5 -5 -3 -13 4511 // L -5 -7 -6 -10 -12 -4 -7 -9 -5 0 6 -6 2 -1 -6 -7 -5 -5 -5 -1 -7 -5 -5 -13 4512 // K -5 1 0 -3 -11 -2 -3 -6 -4 -5 -6 6 -1 -11 -5 -3 -2 -9 -8 -7 -1 -2 -4 -13 4513 // M -4 -3 -6 -8 -11 -3 -5 -7 -8 0 2 -1 10 -3 -6 -4 -3 -10 -8 0 -7 -4 -4 -13 4514 // F -7 -8 -7 -12 -10 -10 -11 -8 -5 -1 -1 -11 -3 9 -8 -5 -7 -3 3 -6 -9 -11 -6 -13 4515 // P 0 -3 -4 -6 -6 -2 -4 -4 -3 -7 -6 -5 -6 -8 8 -1 -3 -11 -11 -4 -5 -3 -4 -13 4516 // S 0 -2 1 -2 -2 -4 -3 -1 -4 -5 -7 -3 -4 -5 -1 6 1 -4 -5 -4 -1 -3 -2 -13 4517 // T 0 -5 -1 -3 -6 -4 -4 -4 -5 -1 -5 -2 -3 -7 -3 1 6 -10 -5 -2 -2 -4 -2 -13 4518 // W -11 -1 -7 -12 -13 -10 -13 -12 -6 -11 -5 -9 -10 -3 -11 -4 -10 13 -4 -12 -8 -11 -9 -13 4519 // Y -6 -8 -3 -9 -3 -9 -7 -11 -2 -5 -5 -8 -8 3 -11 -5 -5 -4 9 -6 -5 -8 -6 -13 4520 // V -1 -6 -6 -6 -5 -5 -5 -4 -5 3 -1 -7 0 -6 -4 -4 -2 -12 -6 7 -6 -5 -3 -13 4521 // B -2 -5 5 6 -9 -2 2 -2 0 -5 -7 -1 -7 -9 -5 -1 -2 -8 -5 -6 5 1 -3 -13 4522 // Z -2 -2 -1 2 -11 6 6 -4 0 -5 -5 -2 -4 -11 -3 -3 -4 -11 -8 -5 1 6 -3 -13 4523 // X -2 -4 -2 -4 -7 -3 -3 -4 -4 -3 -5 -4 -4 -6 -4 -2 -2 -9 -6 -3 -3 -3 -4 -13 4524 // * -13 -13 -13 -13 -13 -13 -13 -13 -13 -13 -13 -13 -13 -13 -13 -13 -13 -13 -13 -13 -13 -13 -13 1 4525 // 4526 PAM50 = [][]int{ 4527 /* - A B C D E F G H I J K L M N P Q R S T V W X Y Z * */ 4528 /* - */ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, 4529 /* A */ {0, 5, -2, -5, -2, -1, -7, -1, -5, -3, 0, -5, -5, -4, -2, 0, -3, -5, 0, 0, -1, -11, -2, -6, -2, -13}, 4530 /* B */ {0, -2, 5, -9, 6, 2, -9, -2, 0, -5, 0, -1, -7, -7, 5, -5, -2, -5, -1, -2, -6, -8, -3, -5, 1, -13}, 4531 /* C */ {0, -5, -9, 9, -11, -11, -10, -7, -6, -5, 0, -11, -12, -11, -8, -6, -11, -6, -2, -6, -5, -13, -7, -3, -11, -13}, 4532 /* D */ {0, -2, 6, -11, 7, 3, -12, -2, -2, -6, 0, -3, -10, -8, 2, -6, -1, -7, -2, -3, -6, -12, -4, -9, 2, -13}, 4533 /* E */ {0, -1, 2, -11, 3, 7, -11, -3, -3, -4, 0, -3, -7, -5, -1, -4, 2, -7, -3, -4, -5, -13, -3, -7, 6, -13}, 4534 /* F */ {0, -7, -9, -10, -12, -11, 9, -8, -5, -1, 0, -11, -1, -3, -7, -8, -10, -8, -5, -7, -6, -3, -6, 3, -11, -13}, 4535 /* G */ {0, -1, -2, -7, -2, -3, -8, 6, -7, -8, 0, -6, -9, -7, -2, -4, -5, -7, -1, -4, -4, -12, -4, -11, -4, -13}, 4536 /* H */ {0, -5, 0, -6, -2, -3, -5, -7, 9, -7, 0, -4, -5, -8, 1, -3, 2, 0, -4, -5, -5, -6, -4, -2, 0, -13}, 4537 /* I */ {0, -3, -5, -5, -6, -4, -1, -8, -7, 8, 0, -5, 0, 0, -4, -7, -6, -4, -5, -1, 3, -11, -3, -5, -5, -13}, 4538 /* J */ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, 4539 /* K */ {0, -5, -1, -11, -3, -3, -11, -6, -4, -5, 0, 6, -6, -1, 0, -5, -2, 1, -3, -2, -7, -9, -4, -8, -2, -13}, 4540 /* L */ {0, -5, -7, -12, -10, -7, -1, -9, -5, 0, 0, -6, 6, 2, -6, -6, -4, -7, -7, -5, -1, -5, -5, -5, -5, -13}, 4541 /* M */ {0, -4, -7, -11, -8, -5, -3, -7, -8, 0, 0, -1, 2, 10, -6, -6, -3, -3, -4, -3, 0, -10, -4, -8, -4, -13}, 4542 /* N */ {0, -2, 5, -8, 2, -1, -7, -2, 1, -4, 0, 0, -6, -6, 7, -4, -2, -4, 1, -1, -6, -7, -2, -3, -1, -13}, 4543 /* P */ {0, 0, -5, -6, -6, -4, -8, -4, -3, -7, 0, -5, -6, -6, -4, 8, -2, -3, -1, -3, -4, -11, -4, -11, -3, -13}, 4544 /* Q */ {0, -3, -2, -11, -1, 2, -10, -5, 2, -6, 0, -2, -4, -3, -2, -2, 8, 0, -4, -4, -5, -10, -3, -9, 6, -13}, 4545 /* R */ {0, -5, -5, -6, -7, -7, -8, -7, 0, -4, 0, 1, -7, -3, -4, -3, 0, 8, -2, -5, -6, -1, -4, -8, -2, -13}, 4546 /* S */ {0, 0, -1, -2, -2, -3, -5, -1, -4, -5, 0, -3, -7, -4, 1, -1, -4, -2, 6, 1, -4, -4, -2, -5, -3, -13}, 4547 /* T */ {0, 0, -2, -6, -3, -4, -7, -4, -5, -1, 0, -2, -5, -3, -1, -3, -4, -5, 1, 6, -2, -10, -2, -5, -4, -13}, 4548 /* V */ {0, -1, -6, -5, -6, -5, -6, -4, -5, 3, 0, -7, -1, 0, -6, -4, -5, -6, -4, -2, 7, -12, -3, -6, -5, -13}, 4549 /* W */ {0, -11, -8, -13, -12, -13, -3, -12, -6, -11, 0, -9, -5, -10, -7, -11, -10, -1, -4, -10, -12, 13, -9, -4, -11, -13}, 4550 /* X */ {0, -2, -3, -7, -4, -3, -6, -4, -4, -3, 0, -4, -5, -4, -2, -4, -3, -4, -2, -2, -3, -9, -4, -6, -3, -13}, 4551 /* Y */ {0, -6, -5, -3, -9, -7, 3, -11, -2, -5, 0, -8, -5, -8, -3, -11, -9, -8, -5, -5, -6, -4, -6, 9, -8, -13}, 4552 /* Z */ {0, -2, 1, -11, 2, 6, -11, -4, 0, -5, 0, -2, -5, -4, -1, -3, 6, -2, -3, -4, -5, -11, -3, -8, 6, -13}, 4553 /* * */ {0, -13, -13, -13, -13, -13, -13, -13, -13, -13, 0, -13, -13, -13, -13, -13, -13, -13, -13, -13, -13, -13, -13, -13, -13, 1}, 4554 } 4555 4556 // # 4557 // # This matrix was produced by "pam" Version 1.0.6 [28-Jul-93] 4558 // # 4559 // # PAM 500 substitution matrix, scale = ln(2)/7 = 0.0990210 4560 // # 4561 // # Expected score = -0.401, Entropy = 0.0803 bits 4562 // # 4563 // # Lowest score = -9, Highest score = 34 4564 // # 4565 // A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V B Z X * 4566 // A 1 -1 0 1 -2 0 1 1 0 0 -1 0 -1 -3 1 1 1 -6 -3 0 1 0 0 -9 4567 // R -1 5 1 0 -4 2 0 -1 2 -2 -2 4 0 -4 0 0 0 4 -4 -2 0 1 0 -9 4568 // N 0 1 1 2 -3 1 1 1 1 -1 -2 1 -1 -4 0 1 0 -5 -3 -1 1 1 0 -9 4569 // D 1 0 2 3 -5 2 3 1 1 -2 -3 1 -2 -5 0 1 0 -7 -5 -1 2 2 0 -9 4570 // C -2 -4 -3 -5 22 -5 -5 -3 -4 -2 -6 -5 -5 -3 -2 0 -2 -9 2 -2 -4 -5 -2 -9 4571 // Q 0 2 1 2 -5 2 2 0 2 -1 -2 1 -1 -4 1 0 0 -5 -4 -1 2 2 0 -9 4572 // E 1 0 1 3 -5 2 3 1 1 -2 -3 1 -1 -5 0 1 0 -7 -5 -1 2 2 0 -9 4573 // G 1 -1 1 1 -3 0 1 4 -1 -2 -3 0 -2 -5 1 1 1 -8 -5 -1 1 1 0 -9 4574 // H 0 2 1 1 -4 2 1 -1 4 -2 -2 1 -1 -2 0 0 0 -2 0 -2 1 2 0 -9 4575 // I 0 -2 -1 -2 -2 -1 -2 -2 -2 3 4 -2 3 2 -1 -1 0 -5 0 3 -2 -2 0 -9 4576 // L -1 -2 -2 -3 -6 -2 -3 -3 -2 4 7 -2 4 4 -2 -2 -1 -1 1 3 -3 -2 -1 -9 4577 // K 0 4 1 1 -5 1 1 0 1 -2 -2 4 0 -5 0 0 0 -3 -5 -2 1 1 0 -9 4578 // M -1 0 -1 -2 -5 -1 -1 -2 -1 3 4 0 4 1 -1 -1 0 -4 -1 2 -1 -1 0 -9 4579 // F -3 -4 -4 -5 -3 -4 -5 -5 -2 2 4 -5 1 13 -4 -3 -3 3 13 0 -4 -5 -2 -9 4580 // P 1 0 0 0 -2 1 0 1 0 -1 -2 0 -1 -4 4 1 1 -6 -5 -1 0 1 0 -9 4581 // S 1 0 1 1 0 0 1 1 0 -1 -2 0 -1 -3 1 1 1 -3 -3 -1 1 0 0 -9 4582 // T 1 0 0 0 -2 0 0 1 0 0 -1 0 0 -3 1 1 1 -6 -3 0 0 0 0 -9 4583 // W -6 4 -5 -7 -9 -5 -7 -8 -2 -5 -1 -3 -4 3 -6 -3 -6 34 2 -6 -6 -6 -4 -9 4584 // Y -3 -4 -3 -5 2 -4 -5 -5 0 0 1 -5 -1 13 -5 -3 -3 2 15 -1 -4 -4 -2 -9 4585 // V 0 -2 -1 -1 -2 -1 -1 -1 -2 3 3 -2 2 0 -1 -1 0 -6 -1 3 -1 -1 0 -9 4586 // B 1 0 1 2 -4 2 2 1 1 -2 -3 1 -1 -4 0 1 0 -6 -4 -1 2 2 0 -9 4587 // Z 0 1 1 2 -5 2 2 1 2 -2 -2 1 -1 -5 1 0 0 -6 -4 -1 2 2 0 -9 4588 // X 0 0 0 0 -2 0 0 0 0 0 -1 0 0 -2 0 0 0 -4 -2 0 0 0 0 -9 4589 // * -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 1 4590 // 4591 PAM500 = [][]int{ 4592 /* - A B C D E F G H I J K L M N P Q R S T V W X Y Z * */ 4593 /* - */ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, 4594 /* A */ {0, 1, 1, -2, 1, 1, -3, 1, 0, 0, 0, 0, -1, -1, 0, 1, 0, -1, 1, 1, 0, -6, 0, -3, 0, -9}, 4595 /* B */ {0, 1, 2, -4, 2, 2, -4, 1, 1, -2, 0, 1, -3, -1, 1, 0, 2, 0, 1, 0, -1, -6, 0, -4, 2, -9}, 4596 /* C */ {0, -2, -4, 22, -5, -5, -3, -3, -4, -2, 0, -5, -6, -5, -3, -2, -5, -4, 0, -2, -2, -9, -2, 2, -5, -9}, 4597 /* D */ {0, 1, 2, -5, 3, 3, -5, 1, 1, -2, 0, 1, -3, -2, 2, 0, 2, 0, 1, 0, -1, -7, 0, -5, 2, -9}, 4598 /* E */ {0, 1, 2, -5, 3, 3, -5, 1, 1, -2, 0, 1, -3, -1, 1, 0, 2, 0, 1, 0, -1, -7, 0, -5, 2, -9}, 4599 /* F */ {0, -3, -4, -3, -5, -5, 13, -5, -2, 2, 0, -5, 4, 1, -4, -4, -4, -4, -3, -3, 0, 3, -2, 13, -5, -9}, 4600 /* G */ {0, 1, 1, -3, 1, 1, -5, 4, -1, -2, 0, 0, -3, -2, 1, 1, 0, -1, 1, 1, -1, -8, 0, -5, 1, -9}, 4601 /* H */ {0, 0, 1, -4, 1, 1, -2, -1, 4, -2, 0, 1, -2, -1, 1, 0, 2, 2, 0, 0, -2, -2, 0, 0, 2, -9}, 4602 /* I */ {0, 0, -2, -2, -2, -2, 2, -2, -2, 3, 0, -2, 4, 3, -1, -1, -1, -2, -1, 0, 3, -5, 0, 0, -2, -9}, 4603 /* J */ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, 4604 /* K */ {0, 0, 1, -5, 1, 1, -5, 0, 1, -2, 0, 4, -2, 0, 1, 0, 1, 4, 0, 0, -2, -3, 0, -5, 1, -9}, 4605 /* L */ {0, -1, -3, -6, -3, -3, 4, -3, -2, 4, 0, -2, 7, 4, -2, -2, -2, -2, -2, -1, 3, -1, -1, 1, -2, -9}, 4606 /* M */ {0, -1, -1, -5, -2, -1, 1, -2, -1, 3, 0, 0, 4, 4, -1, -1, -1, 0, -1, 0, 2, -4, 0, -1, -1, -9}, 4607 /* N */ {0, 0, 1, -3, 2, 1, -4, 1, 1, -1, 0, 1, -2, -1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, -1, -5, 0, -3, 1, -9}, 4608 /* P */ {0, 1, 0, -2, 0, 0, -4, 1, 0, -1, 0, 0, -2, -1, 0, 4, 1, 0, 1, 1, -1, -6, 0, -5, 1, -9}, 4609 /* Q */ {0, 0, 2, -5, 2, 2, -4, 0, 2, -1, 0, 1, -2, -1, 1, 1, 2, 2, 0, 0, -1, -5, 0, -4, 2, -9}, 4610 /* R */ {0, -1, 0, -4, 0, 0, -4, -1, 2, -2, 0, 4, -2, 0, 1, 0, 2, 5, 0, 0, -2, 4, 0, -4, 1, -9}, 4611 /* S */ {0, 1, 1, 0, 1, 1, -3, 1, 0, -1, 0, 0, -2, -1, 1, 1, 0, 0, 1, 1, -1, -3, 0, -3, 0, -9}, 4612 /* T */ {0, 1, 0, -2, 0, 0, -3, 1, 0, 0, 0, 0, -1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 0, -6, 0, -3, 0, -9}, 4613 /* V */ {0, 0, -1, -2, -1, -1, 0, -1, -2, 3, 0, -2, 3, 2, -1, -1, -1, -2, -1, 0, 3, -6, 0, -1, -1, -9}, 4614 /* W */ {0, -6, -6, -9, -7, -7, 3, -8, -2, -5, 0, -3, -1, -4, -5, -6, -5, 4, -3, -6, -6, 34, -4, 2, -6, -9}, 4615 /* X */ {0, 0, 0, -2, 0, 0, -2, 0, 0, 0, 0, 0, -1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, -4, 0, -2, 0, -9}, 4616 /* Y */ {0, -3, -4, 2, -5, -5, 13, -5, 0, 0, 0, -5, 1, -1, -3, -5, -4, -4, -3, -3, -1, 2, -2, 15, -4, -9}, 4617 /* Z */ {0, 0, 2, -5, 2, 2, -5, 1, 2, -2, 0, 1, -2, -1, 1, 1, 2, 1, 0, 0, -1, -6, 0, -4, 2, -9}, 4618 /* * */ {0, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, 0, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, 1}, 4619 } 4620 4621 // # 4622 // # This matrix was produced by "pam" Version 1.0.6 [28-Jul-93] 4623 // # 4624 // # PAM 60 substitution matrix, scale = ln(2)/2 = 0.346574 4625 // # 4626 // # Expected score = -3.21, Entropy = 1.79 bits 4627 // # 4628 // # Lowest score = -12, Highest score = 13 4629 // # 4630 // A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V B Z X * 4631 // A 5 -5 -2 -2 -5 -3 -1 0 -5 -3 -4 -5 -3 -6 0 1 1 -10 -6 -1 -2 -2 -2 -12 4632 // R -5 8 -3 -6 -6 0 -6 -7 0 -4 -6 2 -2 -7 -2 -2 -4 0 -8 -5 -5 -2 -4 -12 4633 // N -2 -3 6 2 -7 -2 0 -1 1 -4 -5 0 -6 -6 -4 1 -1 -6 -3 -5 5 -1 -2 -12 4634 // D -2 -6 2 7 -10 -1 3 -2 -2 -5 -9 -2 -7 -11 -5 -2 -3 -11 -8 -6 5 2 -3 -12 4635 // C -5 -6 -7 -10 9 -10 -10 -7 -6 -4 -11 -10 -10 -9 -6 -1 -5 -12 -2 -4 -9 -10 -6 -12 4636 // Q -3 0 -2 -1 -10 7 2 -5 2 -5 -3 -1 -2 -9 -1 -3 -4 -9 -8 -5 -1 6 -3 -12 4637 // E -1 -6 0 3 -10 2 7 -2 -3 -4 -7 -3 -5 -10 -3 -2 -4 -12 -7 -4 2 5 -3 -12 4638 // G 0 -7 -1 -2 -7 -5 -2 6 -6 -7 -8 -5 -6 -7 -4 0 -3 -11 -10 -4 -2 -3 -3 -12 4639 // H -5 0 1 -2 -6 2 -3 -6 8 -6 -4 -4 -7 -4 -2 -4 -5 -5 -2 -5 0 0 -3 -12 4640 // I -3 -4 -4 -5 -4 -5 -4 -7 -6 7 0 -4 1 -1 -6 -4 -1 -10 -4 3 -4 -4 -3 -12 4641 // L -4 -6 -5 -9 -11 -3 -7 -8 -4 0 6 -6 2 -1 -5 -6 -5 -4 -5 -1 -7 -5 -4 -12 4642 // K -5 2 0 -2 -10 -1 -3 -5 -4 -4 -6 6 0 -10 -4 -2 -2 -8 -7 -6 -1 -2 -3 -12 4643 // M -3 -2 -6 -7 -10 -2 -5 -6 -7 1 2 0 10 -2 -6 -4 -2 -9 -7 0 -6 -4 -3 -12 4644 // F -6 -7 -6 -11 -9 -9 -10 -7 -4 -1 -1 -10 -2 8 -7 -5 -6 -3 3 -5 -8 -10 -5 -12 4645 // P 0 -2 -4 -5 -6 -1 -3 -4 -2 -6 -5 -4 -6 -7 7 0 -2 -10 -10 -4 -4 -2 -3 -12 4646 // S 1 -2 1 -2 -1 -3 -2 0 -4 -4 -6 -2 -4 -5 0 5 1 -4 -5 -4 0 -3 -2 -12 4647 // T 1 -4 -1 -3 -5 -4 -4 -3 -5 -1 -5 -2 -2 -6 -2 1 6 -9 -5 -1 -2 -4 -2 -12 4648 // W -10 0 -6 -11 -12 -9 -12 -11 -5 -10 -4 -8 -9 -3 -10 -4 -9 13 -3 -11 -8 -11 -8 -12 4649 // Y -6 -8 -3 -8 -2 -8 -7 -10 -2 -4 -5 -7 -7 3 -10 -5 -5 -3 9 -5 -5 -7 -5 -12 4650 // V -1 -5 -5 -6 -4 -5 -4 -4 -5 3 -1 -6 0 -5 -4 -4 -1 -11 -5 6 -5 -5 -3 -12 4651 // B -2 -5 5 5 -9 -1 2 -2 0 -4 -7 -1 -6 -8 -4 0 -2 -8 -5 -5 5 1 -3 -12 4652 // Z -2 -2 -1 2 -10 6 5 -3 0 -4 -5 -2 -4 -10 -2 -3 -4 -11 -7 -5 1 5 -3 -12 4653 // X -2 -4 -2 -3 -6 -3 -3 -3 -3 -3 -4 -3 -3 -5 -3 -2 -2 -8 -5 -3 -3 -3 -3 -12 4654 // * -12 -12 -12 -12 -12 -12 -12 -12 -12 -12 -12 -12 -12 -12 -12 -12 -12 -12 -12 -12 -12 -12 -12 1 4655 // 4656 PAM60 = [][]int{ 4657 /* - A B C D E F G H I J K L M N P Q R S T V W X Y Z * */ 4658 /* - */ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, 4659 /* A */ {0, 5, -2, -5, -2, -1, -6, 0, -5, -3, 0, -5, -4, -3, -2, 0, -3, -5, 1, 1, -1, -10, -2, -6, -2, -12}, 4660 /* B */ {0, -2, 5, -9, 5, 2, -8, -2, 0, -4, 0, -1, -7, -6, 5, -4, -1, -5, 0, -2, -5, -8, -3, -5, 1, -12}, 4661 /* C */ {0, -5, -9, 9, -10, -10, -9, -7, -6, -4, 0, -10, -11, -10, -7, -6, -10, -6, -1, -5, -4, -12, -6, -2, -10, -12}, 4662 /* D */ {0, -2, 5, -10, 7, 3, -11, -2, -2, -5, 0, -2, -9, -7, 2, -5, -1, -6, -2, -3, -6, -11, -3, -8, 2, -12}, 4663 /* E */ {0, -1, 2, -10, 3, 7, -10, -2, -3, -4, 0, -3, -7, -5, 0, -3, 2, -6, -2, -4, -4, -12, -3, -7, 5, -12}, 4664 /* F */ {0, -6, -8, -9, -11, -10, 8, -7, -4, -1, 0, -10, -1, -2, -6, -7, -9, -7, -5, -6, -5, -3, -5, 3, -10, -12}, 4665 /* G */ {0, 0, -2, -7, -2, -2, -7, 6, -6, -7, 0, -5, -8, -6, -1, -4, -5, -7, 0, -3, -4, -11, -3, -10, -3, -12}, 4666 /* H */ {0, -5, 0, -6, -2, -3, -4, -6, 8, -6, 0, -4, -4, -7, 1, -2, 2, 0, -4, -5, -5, -5, -3, -2, 0, -12}, 4667 /* I */ {0, -3, -4, -4, -5, -4, -1, -7, -6, 7, 0, -4, 0, 1, -4, -6, -5, -4, -4, -1, 3, -10, -3, -4, -4, -12}, 4668 /* J */ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, 4669 /* K */ {0, -5, -1, -10, -2, -3, -10, -5, -4, -4, 0, 6, -6, 0, 0, -4, -1, 2, -2, -2, -6, -8, -3, -7, -2, -12}, 4670 /* L */ {0, -4, -7, -11, -9, -7, -1, -8, -4, 0, 0, -6, 6, 2, -5, -5, -3, -6, -6, -5, -1, -4, -4, -5, -5, -12}, 4671 /* M */ {0, -3, -6, -10, -7, -5, -2, -6, -7, 1, 0, 0, 2, 10, -6, -6, -2, -2, -4, -2, 0, -9, -3, -7, -4, -12}, 4672 /* N */ {0, -2, 5, -7, 2, 0, -6, -1, 1, -4, 0, 0, -5, -6, 6, -4, -2, -3, 1, -1, -5, -6, -2, -3, -1, -12}, 4673 /* P */ {0, 0, -4, -6, -5, -3, -7, -4, -2, -6, 0, -4, -5, -6, -4, 7, -1, -2, 0, -2, -4, -10, -3, -10, -2, -12}, 4674 /* Q */ {0, -3, -1, -10, -1, 2, -9, -5, 2, -5, 0, -1, -3, -2, -2, -1, 7, 0, -3, -4, -5, -9, -3, -8, 6, -12}, 4675 /* R */ {0, -5, -5, -6, -6, -6, -7, -7, 0, -4, 0, 2, -6, -2, -3, -2, 0, 8, -2, -4, -5, 0, -4, -8, -2, -12}, 4676 /* S */ {0, 1, 0, -1, -2, -2, -5, 0, -4, -4, 0, -2, -6, -4, 1, 0, -3, -2, 5, 1, -4, -4, -2, -5, -3, -12}, 4677 /* T */ {0, 1, -2, -5, -3, -4, -6, -3, -5, -1, 0, -2, -5, -2, -1, -2, -4, -4, 1, 6, -1, -9, -2, -5, -4, -12}, 4678 /* V */ {0, -1, -5, -4, -6, -4, -5, -4, -5, 3, 0, -6, -1, 0, -5, -4, -5, -5, -4, -1, 6, -11, -3, -5, -5, -12}, 4679 /* W */ {0, -10, -8, -12, -11, -12, -3, -11, -5, -10, 0, -8, -4, -9, -6, -10, -9, 0, -4, -9, -11, 13, -8, -3, -11, -12}, 4680 /* X */ {0, -2, -3, -6, -3, -3, -5, -3, -3, -3, 0, -3, -4, -3, -2, -3, -3, -4, -2, -2, -3, -8, -3, -5, -3, -12}, 4681 /* Y */ {0, -6, -5, -2, -8, -7, 3, -10, -2, -4, 0, -7, -5, -7, -3, -10, -8, -8, -5, -5, -5, -3, -5, 9, -7, -12}, 4682 /* Z */ {0, -2, 1, -10, 2, 5, -10, -3, 0, -4, 0, -2, -5, -4, -1, -2, 6, -2, -3, -4, -5, -11, -3, -7, 5, -12}, 4683 /* * */ {0, -12, -12, -12, -12, -12, -12, -12, -12, -12, 0, -12, -12, -12, -12, -12, -12, -12, -12, -12, -12, -12, -12, -12, -12, 1}, 4684 } 4685 4686 // # 4687 // # This matrix was produced by "pam" Version 1.0.6 [28-Jul-93] 4688 // # 4689 // # PAM 70 substitution matrix, scale = ln(2)/2 = 0.346574 4690 // # 4691 // # Expected score = -2.77, Entropy = 1.60 bits 4692 // # 4693 // # Lowest score = -11, Highest score = 13 4694 // # 4695 // A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V B Z X * 4696 // A 5 -4 -2 -1 -4 -2 -1 0 -4 -2 -4 -4 -3 -6 0 1 1 -9 -5 -1 -1 -1 -2 -11 4697 // R -4 8 -3 -6 -5 0 -5 -6 0 -3 -6 2 -2 -7 -2 -1 -4 0 -7 -5 -4 -2 -3 -11 4698 // N -2 -3 6 3 -7 -1 0 -1 1 -3 -5 0 -5 -6 -3 1 0 -6 -3 -5 5 -1 -2 -11 4699 // D -1 -6 3 6 -9 0 3 -1 -1 -5 -8 -2 -7 -10 -4 -1 -2 -10 -7 -5 5 2 -3 -11 4700 // C -4 -5 -7 -9 9 -9 -9 -6 -5 -4 -10 -9 -9 -8 -5 -1 -5 -11 -2 -4 -8 -9 -6 -11 4701 // Q -2 0 -1 0 -9 7 2 -4 2 -5 -3 -1 -2 -9 -1 -3 -3 -8 -8 -4 -1 5 -2 -11 4702 // E -1 -5 0 3 -9 2 6 -2 -2 -4 -6 -2 -4 -9 -3 -2 -3 -11 -6 -4 2 5 -3 -11 4703 // G 0 -6 -1 -1 -6 -4 -2 6 -6 -6 -7 -5 -6 -7 -3 0 -3 -10 -9 -3 -1 -3 -3 -11 4704 // H -4 0 1 -1 -5 2 -2 -6 8 -6 -4 -3 -6 -4 -2 -3 -4 -5 -1 -4 0 1 -3 -11 4705 // I -2 -3 -3 -5 -4 -5 -4 -6 -6 7 1 -4 1 0 -5 -4 -1 -9 -4 3 -4 -4 -3 -11 4706 // L -4 -6 -5 -8 -10 -3 -6 -7 -4 1 6 -5 2 -1 -5 -6 -4 -4 -4 0 -6 -4 -4 -11 4707 // K -4 2 0 -2 -9 -1 -2 -5 -3 -4 -5 6 0 -9 -4 -2 -1 -7 -7 -6 -1 -2 -3 -11 4708 // M -3 -2 -5 -7 -9 -2 -4 -6 -6 1 2 0 10 -2 -5 -3 -2 -8 -7 0 -6 -3 -3 -11 4709 // F -6 -7 -6 -10 -8 -9 -9 -7 -4 0 -1 -9 -2 8 -7 -4 -6 -2 4 -5 -7 -9 -5 -11 4710 // P 0 -2 -3 -4 -5 -1 -3 -3 -2 -5 -5 -4 -5 -7 7 0 -2 -9 -9 -3 -4 -2 -3 -11 4711 // S 1 -1 1 -1 -1 -3 -2 0 -3 -4 -6 -2 -3 -4 0 5 2 -3 -5 -3 0 -2 -1 -11 4712 // T 1 -4 0 -2 -5 -3 -3 -3 -4 -1 -4 -1 -2 -6 -2 2 6 -8 -4 -1 -1 -3 -2 -11 4713 // W -9 0 -6 -10 -11 -8 -11 -10 -5 -9 -4 -7 -8 -2 -9 -3 -8 13 -3 -10 -7 -10 -7 -11 4714 // Y -5 -7 -3 -7 -2 -8 -6 -9 -1 -4 -4 -7 -7 4 -9 -5 -4 -3 9 -5 -4 -7 -5 -11 4715 // V -1 -5 -5 -5 -4 -4 -4 -3 -4 3 0 -6 0 -5 -3 -3 -1 -10 -5 6 -5 -4 -2 -11 4716 // B -1 -4 5 5 -8 -1 2 -1 0 -4 -6 -1 -6 -7 -4 0 -1 -7 -4 -5 5 1 -2 -11 4717 // Z -1 -2 -1 2 -9 5 5 -3 1 -4 -4 -2 -3 -9 -2 -2 -3 -10 -7 -4 1 5 -3 -11 4718 // X -2 -3 -2 -3 -6 -2 -3 -3 -3 -3 -4 -3 -3 -5 -3 -1 -2 -7 -5 -2 -2 -3 -3 -11 4719 // * -11 -11 -11 -11 -11 -11 -11 -11 -11 -11 -11 -11 -11 -11 -11 -11 -11 -11 -11 -11 -11 -11 -11 1 4720 // 4721 PAM70 = [][]int{ 4722 /* - A B C D E F G H I J K L M N P Q R S T V W X Y Z * */ 4723 /* - */ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, 4724 /* A */ {0, 5, -1, -4, -1, -1, -6, 0, -4, -2, 0, -4, -4, -3, -2, 0, -2, -4, 1, 1, -1, -9, -2, -5, -1, -11}, 4725 /* B */ {0, -1, 5, -8, 5, 2, -7, -1, 0, -4, 0, -1, -6, -6, 5, -4, -1, -4, 0, -1, -5, -7, -2, -4, 1, -11}, 4726 /* C */ {0, -4, -8, 9, -9, -9, -8, -6, -5, -4, 0, -9, -10, -9, -7, -5, -9, -5, -1, -5, -4, -11, -6, -2, -9, -11}, 4727 /* D */ {0, -1, 5, -9, 6, 3, -10, -1, -1, -5, 0, -2, -8, -7, 3, -4, 0, -6, -1, -2, -5, -10, -3, -7, 2, -11}, 4728 /* E */ {0, -1, 2, -9, 3, 6, -9, -2, -2, -4, 0, -2, -6, -4, 0, -3, 2, -5, -2, -3, -4, -11, -3, -6, 5, -11}, 4729 /* F */ {0, -6, -7, -8, -10, -9, 8, -7, -4, 0, 0, -9, -1, -2, -6, -7, -9, -7, -4, -6, -5, -2, -5, 4, -9, -11}, 4730 /* G */ {0, 0, -1, -6, -1, -2, -7, 6, -6, -6, 0, -5, -7, -6, -1, -3, -4, -6, 0, -3, -3, -10, -3, -9, -3, -11}, 4731 /* H */ {0, -4, 0, -5, -1, -2, -4, -6, 8, -6, 0, -3, -4, -6, 1, -2, 2, 0, -3, -4, -4, -5, -3, -1, 1, -11}, 4732 /* I */ {0, -2, -4, -4, -5, -4, 0, -6, -6, 7, 0, -4, 1, 1, -3, -5, -5, -3, -4, -1, 3, -9, -3, -4, -4, -11}, 4733 /* J */ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, 4734 /* K */ {0, -4, -1, -9, -2, -2, -9, -5, -3, -4, 0, 6, -5, 0, 0, -4, -1, 2, -2, -1, -6, -7, -3, -7, -2, -11}, 4735 /* L */ {0, -4, -6, -10, -8, -6, -1, -7, -4, 1, 0, -5, 6, 2, -5, -5, -3, -6, -6, -4, 0, -4, -4, -4, -4, -11}, 4736 /* M */ {0, -3, -6, -9, -7, -4, -2, -6, -6, 1, 0, 0, 2, 10, -5, -5, -2, -2, -3, -2, 0, -8, -3, -7, -3, -11}, 4737 /* N */ {0, -2, 5, -7, 3, 0, -6, -1, 1, -3, 0, 0, -5, -5, 6, -3, -1, -3, 1, 0, -5, -6, -2, -3, -1, -11}, 4738 /* P */ {0, 0, -4, -5, -4, -3, -7, -3, -2, -5, 0, -4, -5, -5, -3, 7, -1, -2, 0, -2, -3, -9, -3, -9, -2, -11}, 4739 /* Q */ {0, -2, -1, -9, 0, 2, -9, -4, 2, -5, 0, -1, -3, -2, -1, -1, 7, 0, -3, -3, -4, -8, -2, -8, 5, -11}, 4740 /* R */ {0, -4, -4, -5, -6, -5, -7, -6, 0, -3, 0, 2, -6, -2, -3, -2, 0, 8, -1, -4, -5, 0, -3, -7, -2, -11}, 4741 /* S */ {0, 1, 0, -1, -1, -2, -4, 0, -3, -4, 0, -2, -6, -3, 1, 0, -3, -1, 5, 2, -3, -3, -1, -5, -2, -11}, 4742 /* T */ {0, 1, -1, -5, -2, -3, -6, -3, -4, -1, 0, -1, -4, -2, 0, -2, -3, -4, 2, 6, -1, -8, -2, -4, -3, -11}, 4743 /* V */ {0, -1, -5, -4, -5, -4, -5, -3, -4, 3, 0, -6, 0, 0, -5, -3, -4, -5, -3, -1, 6, -10, -2, -5, -4, -11}, 4744 /* W */ {0, -9, -7, -11, -10, -11, -2, -10, -5, -9, 0, -7, -4, -8, -6, -9, -8, 0, -3, -8, -10, 13, -7, -3, -10, -11}, 4745 /* X */ {0, -2, -2, -6, -3, -3, -5, -3, -3, -3, 0, -3, -4, -3, -2, -3, -2, -3, -1, -2, -2, -7, -3, -5, -3, -11}, 4746 /* Y */ {0, -5, -4, -2, -7, -6, 4, -9, -1, -4, 0, -7, -4, -7, -3, -9, -8, -7, -5, -4, -5, -3, -5, 9, -7, -11}, 4747 /* Z */ {0, -1, 1, -9, 2, 5, -9, -3, 1, -4, 0, -2, -4, -3, -1, -2, 5, -2, -2, -3, -4, -10, -3, -7, 5, -11}, 4748 /* * */ {0, -11, -11, -11, -11, -11, -11, -11, -11, -11, 0, -11, -11, -11, -11, -11, -11, -11, -11, -11, -11, -11, -11, -11, -11, 1}, 4749 } 4750 4751 // # 4752 // # This matrix was produced by "pam" Version 1.0.6 [28-Jul-93] 4753 // # 4754 // # PAM 80 substitution matrix, scale = ln(2)/2 = 0.346574 4755 // # 4756 // # Expected score = -2.55, Entropy = 1.44 bits 4757 // # 4758 // # Lowest score = -11, Highest score = 13 4759 // # 4760 // A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V B Z X * 4761 // A 4 -4 -1 -1 -4 -2 -1 0 -4 -2 -4 -4 -3 -5 0 1 1 -8 -5 0 -1 -1 -1 -11 4762 // R -4 7 -2 -5 -5 0 -4 -6 0 -3 -5 2 -2 -6 -2 -1 -3 0 -7 -5 -3 -1 -3 -11 4763 // N -1 -2 5 3 -6 -1 0 -1 2 -3 -5 0 -4 -5 -3 1 0 -5 -3 -4 4 0 -1 -11 4764 // D -1 -5 3 6 -9 0 4 -1 -1 -4 -7 -2 -6 -9 -4 -1 -2 -10 -7 -5 5 2 -3 -11 4765 // C -4 -5 -6 -9 9 -9 -9 -6 -5 -4 -9 -9 -8 -8 -5 -1 -4 -10 -2 -3 -7 -9 -5 -11 4766 // Q -2 0 -1 0 -9 7 2 -4 2 -4 -3 -1 -2 -8 -1 -3 -3 -8 -7 -4 0 5 -2 -11 4767 // E -1 -4 0 4 -9 2 6 -2 -2 -3 -6 -2 -4 -9 -3 -2 -3 -11 -6 -4 2 5 -2 -11 4768 // G 0 -6 -1 -1 -6 -4 -2 6 -5 -6 -7 -4 -5 -6 -3 0 -2 -10 -8 -3 -1 -2 -3 -11 4769 // H -4 0 2 -1 -5 2 -2 -5 8 -5 -4 -3 -5 -3 -2 -3 -4 -4 -1 -4 0 1 -2 -11 4770 // I -2 -3 -3 -4 -4 -4 -3 -6 -5 7 1 -4 1 0 -5 -4 -1 -8 -3 3 -4 -4 -2 -11 4771 // L -4 -5 -5 -7 -9 -3 -6 -7 -4 1 6 -5 2 0 -4 -5 -4 -3 -4 0 -6 -4 -3 -11 4772 // K -4 2 0 -2 -9 -1 -2 -4 -3 -4 -5 6 0 -9 -4 -2 -1 -7 -6 -5 -1 -1 -3 -11 4773 // M -3 -2 -4 -6 -8 -2 -4 -5 -5 1 2 0 9 -2 -5 -3 -2 -7 -6 1 -5 -3 -2 -11 4774 // F -5 -6 -5 -9 -8 -8 -9 -6 -3 0 0 -9 -2 8 -7 -4 -5 -2 4 -4 -7 -8 -5 -11 4775 // P 0 -2 -3 -4 -5 -1 -3 -3 -2 -5 -4 -4 -5 -7 7 0 -2 -9 -8 -3 -3 -2 -2 -11 4776 // S 1 -1 1 -1 -1 -3 -2 0 -3 -4 -5 -2 -3 -4 0 4 2 -3 -4 -3 0 -2 -1 -11 4777 // T 1 -3 0 -2 -4 -3 -3 -2 -4 -1 -4 -1 -2 -5 -2 2 5 -8 -4 -1 -1 -3 -1 -11 4778 // W -8 0 -5 -10 -10 -8 -11 -10 -4 -8 -3 -7 -7 -2 -9 -3 -8 13 -2 -10 -7 -9 -7 -11 4779 // Y -5 -7 -3 -7 -2 -7 -6 -8 -1 -3 -4 -6 -6 4 -8 -4 -4 -2 9 -5 -4 -6 -4 -11 4780 // V 0 -5 -4 -5 -3 -4 -4 -3 -4 3 0 -5 1 -4 -3 -3 -1 -10 -5 6 -4 -4 -2 -11 4781 // B -1 -3 4 5 -7 0 2 -1 0 -4 -6 -1 -5 -7 -3 0 -1 -7 -4 -4 5 2 -2 -11 4782 // Z -1 -1 0 2 -9 5 5 -2 1 -4 -4 -1 -3 -8 -2 -2 -3 -9 -6 -4 2 5 -2 -11 4783 // X -1 -3 -1 -3 -5 -2 -2 -3 -2 -2 -3 -3 -2 -5 -2 -1 -1 -7 -4 -2 -2 -2 -3 -11 4784 // * -11 -11 -11 -11 -11 -11 -11 -11 -11 -11 -11 -11 -11 -11 -11 -11 -11 -11 -11 -11 -11 -11 -11 1 4785 // 4786 PAM80 = [][]int{ 4787 /* - A B C D E F G H I J K L M N P Q R S T V W X Y Z * */ 4788 /* - */ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, 4789 /* A */ {0, 4, -1, -4, -1, -1, -5, 0, -4, -2, 0, -4, -4, -3, -1, 0, -2, -4, 1, 1, 0, -8, -1, -5, -1, -11}, 4790 /* B */ {0, -1, 5, -7, 5, 2, -7, -1, 0, -4, 0, -1, -6, -5, 4, -3, 0, -3, 0, -1, -4, -7, -2, -4, 2, -11}, 4791 /* C */ {0, -4, -7, 9, -9, -9, -8, -6, -5, -4, 0, -9, -9, -8, -6, -5, -9, -5, -1, -4, -3, -10, -5, -2, -9, -11}, 4792 /* D */ {0, -1, 5, -9, 6, 4, -9, -1, -1, -4, 0, -2, -7, -6, 3, -4, 0, -5, -1, -2, -5, -10, -3, -7, 2, -11}, 4793 /* E */ {0, -1, 2, -9, 4, 6, -9, -2, -2, -3, 0, -2, -6, -4, 0, -3, 2, -4, -2, -3, -4, -11, -2, -6, 5, -11}, 4794 /* F */ {0, -5, -7, -8, -9, -9, 8, -6, -3, 0, 0, -9, 0, -2, -5, -7, -8, -6, -4, -5, -4, -2, -5, 4, -8, -11}, 4795 /* G */ {0, 0, -1, -6, -1, -2, -6, 6, -5, -6, 0, -4, -7, -5, -1, -3, -4, -6, 0, -2, -3, -10, -3, -8, -2, -11}, 4796 /* H */ {0, -4, 0, -5, -1, -2, -3, -5, 8, -5, 0, -3, -4, -5, 2, -2, 2, 0, -3, -4, -4, -4, -2, -1, 1, -11}, 4797 /* I */ {0, -2, -4, -4, -4, -3, 0, -6, -5, 7, 0, -4, 1, 1, -3, -5, -4, -3, -4, -1, 3, -8, -2, -3, -4, -11}, 4798 /* J */ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, 4799 /* K */ {0, -4, -1, -9, -2, -2, -9, -4, -3, -4, 0, 6, -5, 0, 0, -4, -1, 2, -2, -1, -5, -7, -3, -6, -1, -11}, 4800 /* L */ {0, -4, -6, -9, -7, -6, 0, -7, -4, 1, 0, -5, 6, 2, -5, -4, -3, -5, -5, -4, 0, -3, -3, -4, -4, -11}, 4801 /* M */ {0, -3, -5, -8, -6, -4, -2, -5, -5, 1, 0, 0, 2, 9, -4, -5, -2, -2, -3, -2, 1, -7, -2, -6, -3, -11}, 4802 /* N */ {0, -1, 4, -6, 3, 0, -5, -1, 2, -3, 0, 0, -5, -4, 5, -3, -1, -2, 1, 0, -4, -5, -1, -3, 0, -11}, 4803 /* P */ {0, 0, -3, -5, -4, -3, -7, -3, -2, -5, 0, -4, -4, -5, -3, 7, -1, -2, 0, -2, -3, -9, -2, -8, -2, -11}, 4804 /* Q */ {0, -2, 0, -9, 0, 2, -8, -4, 2, -4, 0, -1, -3, -2, -1, -1, 7, 0, -3, -3, -4, -8, -2, -7, 5, -11}, 4805 /* R */ {0, -4, -3, -5, -5, -4, -6, -6, 0, -3, 0, 2, -5, -2, -2, -2, 0, 7, -1, -3, -5, 0, -3, -7, -1, -11}, 4806 /* S */ {0, 1, 0, -1, -1, -2, -4, 0, -3, -4, 0, -2, -5, -3, 1, 0, -3, -1, 4, 2, -3, -3, -1, -4, -2, -11}, 4807 /* T */ {0, 1, -1, -4, -2, -3, -5, -2, -4, -1, 0, -1, -4, -2, 0, -2, -3, -3, 2, 5, -1, -8, -1, -4, -3, -11}, 4808 /* V */ {0, 0, -4, -3, -5, -4, -4, -3, -4, 3, 0, -5, 0, 1, -4, -3, -4, -5, -3, -1, 6, -10, -2, -5, -4, -11}, 4809 /* W */ {0, -8, -7, -10, -10, -11, -2, -10, -4, -8, 0, -7, -3, -7, -5, -9, -8, 0, -3, -8, -10, 13, -7, -2, -9, -11}, 4810 /* X */ {0, -1, -2, -5, -3, -2, -5, -3, -2, -2, 0, -3, -3, -2, -1, -2, -2, -3, -1, -1, -2, -7, -3, -4, -2, -11}, 4811 /* Y */ {0, -5, -4, -2, -7, -6, 4, -8, -1, -3, 0, -6, -4, -6, -3, -8, -7, -7, -4, -4, -5, -2, -4, 9, -6, -11}, 4812 /* Z */ {0, -1, 2, -9, 2, 5, -8, -2, 1, -4, 0, -1, -4, -3, 0, -2, 5, -1, -2, -3, -4, -9, -2, -6, 5, -11}, 4813 /* * */ {0, -11, -11, -11, -11, -11, -11, -11, -11, -11, 0, -11, -11, -11, -11, -11, -11, -11, -11, -11, -11, -11, -11, -11, -11, 1}, 4814 } 4815 4816 // # 4817 // # This matrix was produced by "pam" Version 1.0.6 [28-Jul-93] 4818 // # 4819 // # PAM 80 substitution matrix, scale = 0.0693200 4820 // # 4821 // # Expected score = -12.6, Entropy = 1.44 bits 4822 // # 4823 // # Lowest score = -53, Highest score = 63 4824 // # 4825 // A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V B Z X * 4826 // A 21 -19 -6 -6 -19 -10 -3 1 -20 -10 -18 -18 -13 -27 1 5 5 -42 -25 -2 -6 -5 -6 -53 4827 // R -19 37 -12 -25 -26 1 -22 -28 2 -16 -26 10 -9 -31 -8 -6 -16 1 -33 -23 -17 -7 -14 -53 4828 // N -6 -12 27 13 -31 -5 1 -5 8 -15 -23 2 -22 -27 -14 5 -1 -27 -13 -21 21 -1 -7 -53 4829 // D -6 -25 13 30 -43 0 18 -5 -6 -22 -37 -9 -30 -45 -20 -6 -10 -49 -34 -23 24 12 -13 -53 4830 // C -19 -26 -31 -43 46 -43 -43 -29 -24 -19 -47 -44 -42 -39 -24 -5 -22 -52 -8 -17 -36 -43 -27 -53 4831 // Q -10 1 -5 0 -43 34 12 -19 12 -22 -14 -4 -9 -39 -4 -13 -14 -39 -35 -19 -2 25 -10 -53 4832 // E -3 -22 1 18 -43 12 30 -9 -9 -17 -29 -10 -21 -44 -14 -9 -14 -53 -29 -18 12 24 -11 -53 4833 // G 1 -28 -5 -5 -29 -19 -9 28 -25 -29 -34 -21 -26 -31 -15 0 -12 -49 -42 -15 -5 -12 -13 -53 4834 // H -20 2 8 -6 -24 12 -9 -25 39 -26 -18 -14 -27 -17 -9 -14 -19 -22 -6 -19 2 4 -12 -53 4835 // I -10 -16 -15 -22 -19 -22 -17 -29 -26 34 4 -18 5 -1 -24 -18 -3 -42 -16 16 -18 -19 -11 -53 4836 // L -18 -26 -23 -37 -47 -14 -29 -34 -18 4 30 -25 12 -1 -22 -25 -19 -17 -19 0 -29 -20 -16 -53 4837 // K -18 10 2 -9 -44 -4 -10 -21 -14 -18 -25 28 0 -43 -18 -8 -6 -33 -31 -26 -3 -7 -13 -53 4838 // M -13 -9 -22 -30 -42 -9 -21 -26 -27 5 12 0 47 -8 -23 -15 -9 -37 -30 3 -26 -15 -12 -53 4839 // F -27 -31 -27 -45 -39 -39 -44 -31 -17 -1 -1 -43 -8 41 -33 -21 -26 -10 19 -20 -34 -42 -23 -53 4840 // P 1 -8 -14 -20 -24 -4 -14 -15 -9 -24 -22 -18 -23 -33 35 1 -8 -43 -41 -15 -17 -9 -12 -53 4841 // S 5 -6 5 -6 -5 -13 -9 0 -14 -18 -25 -8 -15 -21 1 22 8 -15 -21 -15 0 -10 -6 -53 4842 // T 5 -16 -1 -10 -22 -14 -14 -12 -19 -3 -19 -6 -9 -26 -8 8 27 -39 -20 -4 -5 -14 -7 -53 4843 // W -42 1 -27 -49 -52 -39 -53 -49 -22 -42 -17 -33 -37 -10 -43 -15 -39 63 -12 -49 -35 -45 -33 -53 4844 // Y -25 -33 -13 -34 -8 -35 -29 -42 -6 -16 -19 -31 -30 19 -41 -21 -20 -12 45 -23 -20 -31 -22 -53 4845 // V -2 -23 -21 -23 -17 -19 -18 -15 -19 16 0 -26 3 -20 -15 -15 -4 -49 -23 29 -22 -19 -11 -53 4846 // B -6 -17 21 24 -36 -2 12 -5 2 -18 -29 -3 -26 -34 -17 0 -5 -35 -20 -22 23 8 -10 -53 4847 // Z -5 -7 -1 12 -43 25 24 -12 4 -19 -20 -7 -15 -42 -9 -10 -14 -45 -31 -19 8 25 -11 -53 4848 // X -6 -14 -7 -13 -27 -10 -11 -13 -12 -11 -16 -13 -12 -23 -12 -6 -7 -33 -22 -11 -10 -11 -13 -53 4849 // * -53 -53 -53 -53 -53 -53 -53 -53 -53 -53 -53 -53 -53 -53 -53 -53 -53 -53 -53 -53 -53 -53 -53 1 4850 // 4851 PAM80_cdi = [][]int{ 4852 /* - A B C D E F G H I J K L M N P Q R S T V W X Y Z * */ 4853 /* - */ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, 4854 /* A */ {0, 21, -6, -19, -6, -3, -27, 1, -20, -10, 0, -18, -18, -13, -6, 1, -10, -19, 5, 5, -2, -42, -6, -25, -5, -53}, 4855 /* B */ {0, -6, 23, -36, 24, 12, -34, -5, 2, -18, 0, -3, -29, -26, 21, -17, -2, -17, 0, -5, -22, -35, -10, -20, 8, -53}, 4856 /* C */ {0, -19, -36, 46, -43, -43, -39, -29, -24, -19, 0, -44, -47, -42, -31, -24, -43, -26, -5, -22, -17, -52, -27, -8, -43, -53}, 4857 /* D */ {0, -6, 24, -43, 30, 18, -45, -5, -6, -22, 0, -9, -37, -30, 13, -20, 0, -25, -6, -10, -23, -49, -13, -34, 12, -53}, 4858 /* E */ {0, -3, 12, -43, 18, 30, -44, -9, -9, -17, 0, -10, -29, -21, 1, -14, 12, -22, -9, -14, -18, -53, -11, -29, 24, -53}, 4859 /* F */ {0, -27, -34, -39, -45, -44, 41, -31, -17, -1, 0, -43, -1, -8, -27, -33, -39, -31, -21, -26, -20, -10, -23, 19, -42, -53}, 4860 /* G */ {0, 1, -5, -29, -5, -9, -31, 28, -25, -29, 0, -21, -34, -26, -5, -15, -19, -28, 0, -12, -15, -49, -13, -42, -12, -53}, 4861 /* H */ {0, -20, 2, -24, -6, -9, -17, -25, 39, -26, 0, -14, -18, -27, 8, -9, 12, 2, -14, -19, -19, -22, -12, -6, 4, -53}, 4862 /* I */ {0, -10, -18, -19, -22, -17, -1, -29, -26, 34, 0, -18, 4, 5, -15, -24, -22, -16, -18, -3, 16, -42, -11, -16, -19, -53}, 4863 /* J */ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, 4864 /* K */ {0, -18, -3, -44, -9, -10, -43, -21, -14, -18, 0, 28, -25, 0, 2, -18, -4, 10, -8, -6, -26, -33, -13, -31, -7, -53}, 4865 /* L */ {0, -18, -29, -47, -37, -29, -1, -34, -18, 4, 0, -25, 30, 12, -23, -22, -14, -26, -25, -19, 0, -17, -16, -19, -20, -53}, 4866 /* M */ {0, -13, -26, -42, -30, -21, -8, -26, -27, 5, 0, 0, 12, 47, -22, -23, -9, -9, -15, -9, 3, -37, -12, -30, -15, -53}, 4867 /* N */ {0, -6, 21, -31, 13, 1, -27, -5, 8, -15, 0, 2, -23, -22, 27, -14, -5, -12, 5, -1, -21, -27, -7, -13, -1, -53}, 4868 /* P */ {0, 1, -17, -24, -20, -14, -33, -15, -9, -24, 0, -18, -22, -23, -14, 35, -4, -8, 1, -8, -15, -43, -12, -41, -9, -53}, 4869 /* Q */ {0, -10, -2, -43, 0, 12, -39, -19, 12, -22, 0, -4, -14, -9, -5, -4, 34, 1, -13, -14, -19, -39, -10, -35, 25, -53}, 4870 /* R */ {0, -19, -17, -26, -25, -22, -31, -28, 2, -16, 0, 10, -26, -9, -12, -8, 1, 37, -6, -16, -23, 1, -14, -33, -7, -53}, 4871 /* S */ {0, 5, 0, -5, -6, -9, -21, 0, -14, -18, 0, -8, -25, -15, 5, 1, -13, -6, 22, 8, -15, -15, -6, -21, -10, -53}, 4872 /* T */ {0, 5, -5, -22, -10, -14, -26, -12, -19, -3, 0, -6, -19, -9, -1, -8, -14, -16, 8, 27, -4, -39, -7, -20, -14, -53}, 4873 /* V */ {0, -2, -22, -17, -23, -18, -20, -15, -19, 16, 0, -26, 0, 3, -21, -15, -19, -23, -15, -4, 29, -49, -11, -23, -19, -53}, 4874 /* W */ {0, -42, -35, -52, -49, -53, -10, -49, -22, -42, 0, -33, -17, -37, -27, -43, -39, 1, -15, -39, -49, 63, -33, -12, -45, -53}, 4875 /* X */ {0, -6, -10, -27, -13, -11, -23, -13, -12, -11, 0, -13, -16, -12, -7, -12, -10, -14, -6, -7, -11, -33, -13, -22, -11, -53}, 4876 /* Y */ {0, -25, -20, -8, -34, -29, 19, -42, -6, -16, 0, -31, -19, -30, -13, -41, -35, -33, -21, -20, -23, -12, -22, 45, -31, -53}, 4877 /* Z */ {0, -5, 8, -43, 12, 24, -42, -12, 4, -19, 0, -7, -20, -15, -1, -9, 25, -7, -10, -14, -19, -45, -11, -31, 25, -53}, 4878 /* * */ {0, -53, -53, -53, -53, -53, -53, -53, -53, -53, 0, -53, -53, -53, -53, -53, -53, -53, -53, -53, -53, -53, -53, -53, -53, 1}, 4879 } 4880 4881 // # 4882 // # This matrix was produced by "pam" Version 1.0.6 [28-Jul-93] 4883 // # 4884 // # PAM 90 substitution matrix, scale = ln(2)/2 = 0.346574 4885 // # 4886 // # Expected score = -2.26, Entropy = 1.30 bits 4887 // # 4888 // # Lowest score = -10, Highest score = 13 4889 // # 4890 // A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V B Z X * 4891 // A 4 -4 -1 -1 -3 -2 0 0 -4 -2 -3 -3 -2 -5 0 1 1 -8 -5 0 -1 -1 -1 -10 4892 // R -4 7 -2 -5 -5 0 -4 -5 1 -3 -5 2 -2 -6 -1 -1 -3 0 -6 -4 -3 -1 -2 -10 4893 // N -1 -2 5 3 -6 -1 0 -1 2 -3 -4 1 -4 -5 -2 1 0 -5 -2 -4 4 0 -1 -10 4894 // D -1 -5 3 6 -8 0 4 -1 -1 -4 -7 -2 -5 -8 -4 -1 -2 -9 -6 -4 5 3 -2 -10 4895 // C -3 -5 -6 -8 9 -8 -8 -5 -5 -3 -9 -8 -8 -7 -5 -1 -4 -10 -1 -3 -7 -8 -5 -10 4896 // Q -2 0 -1 0 -8 6 2 -3 2 -4 -3 -1 -2 -7 -1 -2 -3 -7 -6 -4 0 5 -2 -10 4897 // E 0 -4 0 4 -8 2 6 -1 -1 -3 -5 -2 -4 -8 -2 -2 -2 -10 -6 -3 2 5 -2 -10 4898 // G 0 -5 -1 -1 -5 -3 -1 5 -5 -5 -6 -4 -5 -6 -3 0 -2 -9 -8 -3 -1 -2 -2 -10 4899 // H -4 1 2 -1 -5 2 -1 -5 8 -5 -3 -2 -5 -3 -2 -3 -3 -4 -1 -4 1 1 -2 -10 4900 // I -2 -3 -3 -4 -3 -4 -3 -5 -5 6 1 -3 1 0 -4 -3 0 -8 -3 3 -3 -3 -2 -10 4901 // L -3 -5 -4 -7 -9 -3 -5 -6 -3 1 6 -5 2 0 -4 -5 -3 -3 -3 0 -5 -4 -3 -10 4902 // K -3 2 1 -2 -8 -1 -2 -4 -2 -3 -5 5 0 -8 -3 -1 -1 -6 -6 -5 0 -1 -2 -10 4903 // M -2 -2 -4 -5 -8 -2 -4 -5 -5 1 2 0 9 -1 -4 -3 -2 -7 -6 1 -5 -3 -2 -10 4904 // F -5 -6 -5 -8 -7 -7 -8 -6 -3 0 0 -8 -1 8 -6 -4 -5 -2 4 -4 -6 -8 -4 -10 4905 // P 0 -1 -2 -4 -5 -1 -2 -3 -2 -4 -4 -3 -4 -6 7 0 -1 -8 -8 -3 -3 -2 -2 -10 4906 // S 1 -1 1 -1 -1 -2 -2 0 -3 -3 -5 -1 -3 -4 0 4 2 -3 -4 -3 0 -2 -1 -10 4907 // T 1 -3 0 -2 -4 -3 -2 -2 -3 0 -3 -1 -2 -5 -1 2 5 -7 -4 -1 -1 -2 -1 -10 4908 // W -8 0 -5 -9 -10 -7 -10 -9 -4 -8 -3 -6 -7 -2 -8 -3 -7 13 -2 -9 -7 -8 -6 -10 4909 // Y -5 -6 -2 -6 -1 -6 -6 -8 -1 -3 -3 -6 -6 4 -8 -4 -4 -2 9 -4 -4 -6 -4 -10 4910 // V 0 -4 -4 -4 -3 -4 -3 -3 -4 3 0 -5 1 -4 -3 -3 -1 -9 -4 6 -4 -3 -2 -10 4911 // B -1 -3 4 5 -7 0 2 -1 1 -3 -5 0 -5 -6 -3 0 -1 -7 -4 -4 4 2 -2 -10 4912 // Z -1 -1 0 3 -8 5 5 -2 1 -3 -4 -1 -3 -8 -2 -2 -2 -8 -6 -3 2 5 -2 -10 4913 // X -1 -2 -1 -2 -5 -2 -2 -2 -2 -2 -3 -2 -2 -4 -2 -1 -1 -6 -4 -2 -2 -2 -2 -10 4914 // * -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 1 4915 // 4916 PAM90 = [][]int{ 4917 /* - A B C D E F G H I J K L M N P Q R S T V W X Y Z * */ 4918 /* - */ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, 4919 /* A */ {0, 4, -1, -3, -1, 0, -5, 0, -4, -2, 0, -3, -3, -2, -1, 0, -2, -4, 1, 1, 0, -8, -1, -5, -1, -10}, 4920 /* B */ {0, -1, 4, -7, 5, 2, -6, -1, 1, -3, 0, 0, -5, -5, 4, -3, 0, -3, 0, -1, -4, -7, -2, -4, 2, -10}, 4921 /* C */ {0, -3, -7, 9, -8, -8, -7, -5, -5, -3, 0, -8, -9, -8, -6, -5, -8, -5, -1, -4, -3, -10, -5, -1, -8, -10}, 4922 /* D */ {0, -1, 5, -8, 6, 4, -8, -1, -1, -4, 0, -2, -7, -5, 3, -4, 0, -5, -1, -2, -4, -9, -2, -6, 3, -10}, 4923 /* E */ {0, 0, 2, -8, 4, 6, -8, -1, -1, -3, 0, -2, -5, -4, 0, -2, 2, -4, -2, -2, -3, -10, -2, -6, 5, -10}, 4924 /* F */ {0, -5, -6, -7, -8, -8, 8, -6, -3, 0, 0, -8, 0, -1, -5, -6, -7, -6, -4, -5, -4, -2, -4, 4, -8, -10}, 4925 /* G */ {0, 0, -1, -5, -1, -1, -6, 5, -5, -5, 0, -4, -6, -5, -1, -3, -3, -5, 0, -2, -3, -9, -2, -8, -2, -10}, 4926 /* H */ {0, -4, 1, -5, -1, -1, -3, -5, 8, -5, 0, -2, -3, -5, 2, -2, 2, 1, -3, -3, -4, -4, -2, -1, 1, -10}, 4927 /* I */ {0, -2, -3, -3, -4, -3, 0, -5, -5, 6, 0, -3, 1, 1, -3, -4, -4, -3, -3, 0, 3, -8, -2, -3, -3, -10}, 4928 /* J */ {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, 4929 /* K */ {0, -3, 0, -8, -2, -2, -8, -4, -2, -3, 0, 5, -5, 0, 1, -3, -1, 2, -1, -1, -5, -6, -2, -6, -1, -10}, 4930 /* L */ {0, -3, -5, -9, -7, -5, 0, -6, -3, 1, 0, -5, 6, 2, -4, -4, -3, -5, -5, -3, 0, -3, -3, -3, -4, -10}, 4931 /* M */ {0, -2, -5, -8, -5, -4, -1, -5, -5, 1, 0, 0, 2, 9, -4, -4, -2, -2, -3, -2, 1, -7, -2, -6, -3, -10}, 4932 /* N */ {0, -1, 4, -6, 3, 0, -5, -1, 2, -3, 0, 1, -4, -4, 5, -2, -1, -2, 1, 0, -4, -5, -1, -2, 0, -10}, 4933 /* P */ {0, 0, -3, -5, -4, -2, -6, -3, -2, -4, 0, -3, -4, -4, -2, 7, -1, -1, 0, -1, -3, -8, -2, -8, -2, -10}, 4934 /* Q */ {0, -2, 0, -8, 0, 2, -7, -3, 2, -4, 0, -1, -3, -2, -1, -1, 6, 0, -2, -3, -4, -7, -2, -6, 5, -10}, 4935 /* R */ {0, -4, -3, -5, -5, -4, -6, -5, 1, -3, 0, 2, -5, -2, -2, -1, 0, 7, -1, -3, -4, 0, -2, -6, -1, -10}, 4936 /* S */ {0, 1, 0, -1, -1, -2, -4, 0, -3, -3, 0, -1, -5, -3, 1, 0, -2, -1, 4, 2, -3, -3, -1, -4, -2, -10}, 4937 /* T */ {0, 1, -1, -4, -2, -2, -5, -2, -3, 0, 0, -1, -3, -2, 0, -1, -3, -3, 2, 5, -1, -7, -1, -4, -2, -10}, 4938 /* V */ {0, 0, -4, -3, -4, -3, -4, -3, -4, 3, 0, -5, 0, 1, -4, -3, -4, -4, -3, -1, 6, -9, -2, -4, -3, -10}, 4939 /* W */ {0, -8, -7, -10, -9, -10, -2, -9, -4, -8, 0, -6, -3, -7, -5, -8, -7, 0, -3, -7, -9, 13, -6, -2, -8, -10}, 4940 /* X */ {0, -1, -2, -5, -2, -2, -4, -2, -2, -2, 0, -2, -3, -2, -1, -2, -2, -2, -1, -1, -2, -6, -2, -4, -2, -10}, 4941 /* Y */ {0, -5, -4, -1, -6, -6, 4, -8, -1, -3, 0, -6, -3, -6, -2, -8, -6, -6, -4, -4, -4, -2, -4, 9, -6, -10}, 4942 /* Z */ {0, -1, 2, -8, 3, 5, -8, -2, 1, -3, 0, -1, -4, -3, 0, -2, 5, -1, -2, -2, -3, -8, -2, -6, 5, -10}, 4943 /* * */ {0, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, 0, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, -10, 1}, 4944 } 4945 )