github.com/vertgenlab/gonomics@v1.0.0/cmd/mergesort/testdata/test.vcf (about) 1 chr00 418 . T C 2798.72 PASS AC=6;AF=0.500;AN=12;AS_BaseQRankSum=-0.950;AS_FS=0.000;AS_MQ=31.18;AS_MQRankSum=0.300;AS_ReadPosRankSum=0.000;AS_SOR=1.009;BaseQRankSum=0.277;DP=80;ExcessHet=14.6052;FS=0.000;MLEAC=7;MLEAF=0.583;MQ=31.16;MQRankSum=0.118;QD=25.36;ReadPosRankSum=-1.750e-01;SOR=1.009;VQSLOD=13.27;culprit=AS_FS;AA=C GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:PS 0|1:1,11:12:17:0|1:418_T_C:423,0,17:418 ./.:2,0:2:.:.:.:0,0,0 ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0 0|1:1,14:15:0:0|1:418_T_C:585,0,0:418 0|1:3,22:25:60:1|0:391_T_C:915,0,60:391 0|1:1,5:6:27:0|1:418_T_C:207,0,27:418 0|1:2,13:15:45:0|1:418_T_C:502,0,45:418 0|1:1,4:5:1:0|1:418_T_C:165,0,1:418 2 chr00 75 . G A 54.15 PASS AC=1;AF=0.167;AN=6;AS_BaseQRankSum=-0.500;AS_FS=0.000;AS_MQ=40.00;AS_MQRankSum=-1.000;AS_ReadPosRankSum=0.400;AS_SOR=1.179;BaseQRankSum=-4.310e-01;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=0.333;MQ=41.02;MQRankSum=-9.670e-01;QD=18.05;ReadPosRankSum=0.431;SOR=1.179;VQSLOD=13.22;culprit=AS_FS;AA=A GT:AD:DP:GQ:PL ./.:6,0:6:.:0,0,0 ./.:0,0:0:.:0,0,0 ./.:0,0:0:.:0,0,0 0/0:7,0:7:0:0,0,29 ./.:1,0:1:.:0,0,0 0/0:4,0:4:0:0,0,3 ./.:5,0:5:.:0,0,0 0/1:1,2:3:24:56,0,24 3 chr00 274 . C T 4939 PASS AC=12;AF=1.00;AN=12;AS_BaseQRankSum=1.800;AS_FS=4.296;AS_MQ=34.95;AS_MQRankSum=-2.200;AS_ReadPosRankSum=1.100;AS_SOR=0.172;BaseQRankSum=1.87;DP=239;ExcessHet=3.0103;FS=4.296;MLEAC=14;MLEAF=1.00;MQ=35.14;MQRankSum=-1.029e+00;QD=27.75;ReadPosRankSum=0.725;SOR=0.172;VQSLOD=0.921;culprit=AS_ReadPosRankSum;AA=G GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:PS 1|1:2,45:47:99:1|1:274_C_T:1259,106,0:274 1/1:0,3:3:9:.:.:72,9,0 ./.:4,0:4:.:.:.:0,0,0 1/1:1,48:49:99:.:.:1378,136,0 ./.:54,0:54:.:.:.:0,0,0 1/1:0,21:21:63:.:.:529,63,0 1/1:0,39:39:99:.:.:1234,117,0 1/1:2,17:19:37:.:.:445,37,0 4 chr00 187 . A G 1048.35 PASS AC=6;AF=0.600;AN=10;AS_BaseQRankSum=1.400;AS_FS=24.996;AS_MQ=34.81;AS_MQRankSum=-1.150;AS_ReadPosRankSum=-0.100;AS_SOR=5.853;BaseQRankSum=1.07;DP=56;ExcessHet=7.2016;FS=24.996;MLEAC=8;MLEAF=0.800;MQ=35.77;MQRankSum=-3.040e-01;QD=19.41;ReadPosRankSum=1.60;SOR=5.853;VQSLOD=-7.063e-01;culprit=AS_FS;AA=T GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,13:19:99:352,0,117 ./.:0,0:0:.:0,0,0 ./.:1,0:1:.:0,0,0 0/1:2,9:11:29:229,0,29 ./.:1,0:1:.:0,0,0 0/1:4,2:6:43:43,0,81 1/1:0,11:11:32:313,32,0 0/1:2,5:7:29:112,0,29 5 chr00 390 . C T 44.18 PASS AC=1;AF=0.063;AN=16;AS_BaseQRankSum=-1.400;AS_FS=1.501;AS_MQ=43.06;AS_MQRankSum=2.100;AS_ReadPosRankSum=-0.100;AS_SOR=0.339;BaseQRankSum=-1.365e+00;DP=252;ExcessHet=3.0103;FS=1.501;MLEAC=1;MLEAF=0.063;MQ=35.66;MQRankSum=2.17;QD=0.75;ReadPosRankSum=-6.300e-02;AA=A;SOR=0.339;VQSLOD=1.61;culprit=AS_FS GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:45,0:45:99:0,99,1485 0/0:7,0:7:12:0,12,180 0/0:3,0:3:9:0,9,84 0/0:47,0:47:99:0,120,1800 0/1:50,9:59:55:55,0,1248 0/0:22,0:22:57:0,57,855 0/0:45,0:45:99:0,105,1575 0/0:24,0:24:23:0,23,574 6 chr00 339 . G T 215.65 PASS AC=2;AF=0.125;AN=16;AS_BaseQRankSum=2.300;AS_FS=7.041;AS_MQ=33.11;AS_MQRankSum=-0.200;AS_ReadPosRankSum=0.250;AS_SOR=1.554;BaseQRankSum=2.40;DP=297;ExcessHet=3.3099;FS=7.041;MLEAC=2;MLEAF=0.125;MQ=34.25;MQRankSum=0.847;QD=1.96;ReadPosRankSum=0.390;AA=C;SOR=1.554;VQSLOD=0.782;culprit=AS_FS GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:47,0:47:99:0,104,1467 0/0:7,0:7:21:0,21,171 0/0:3,0:3:9:0,9,84 0/1:50,9:59:79:79,0,1184 0/0:75,0:75:27:0,27,1475 0/0:30,0:30:54:0,54,709 0/1:41,10:51:99:152,0,1243 0/0:24,0:24:72:0,72,666 7 chr00 391 . T C 506.11 PASS AC=6;AF=0.375;AN=16;AS_BaseQRankSum=-1.250;AS_FS=17.394;AS_MQ=34.60;AS_MQRankSum=-0.100;AS_ReadPosRankSum=-0.050;AS_SOR=2.193;BaseQRankSum=0.453;DP=243;ExcessHet=11.2731;FS=17.394;MLEAC=6;MLEAF=0.375;MQ=34.93;MQRankSum=0.842;QD=2.32;ReadPosRankSum=0.00;SOR=2.193;AA=A;VQSLOD=-5.862e-01;culprit=AS_FS GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:PS 0/1:34,7:41:99:.:.:100,0,787 0/1:4,2:6:31:.:.:31,0,93 0/0:3,0:3:0:.:.:0,0,47 0/1:38,8:46:62:.:.:62,0,970 0|1:52,7:59:74:0|1:391_T_C:74,0,1660:391 0/1:17,5:22:99:.:.:103,0,397 0/1:34,10:44:99:.:.:145,0,972 0/0:21,0:21:21:.:.:0,21,315